i

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

VŨ TUẤN NAM

PHÁT TRIỂN KÍT CHẨN ĐOÁN PHYTOPLASMA GÂY BỆNH

CHỔI RỒNG TRÊN SẮN DỰA TRÊN KỸ THUẬT LAMP

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

Hà Nội, tháng 12 năm 2014

ii

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

Vũ Tuấn Nam

PHÁT TRIỂN KÍT CHẨN ĐOÁN PHYTOPLASMA GÂY BỆNH

CHỔI RỒNG TRÊN SẮN DỰA TRÊN KỸ THUẬT LAMP

Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm

Mã số: 60420114

Cán bộ hướng dẫn: TS. Lê Tiến Dũng

TS. Trần Thị Dụ Chi

Hà Nội, tháng 12 năm 2014

i

LỜI CẢM ƠN

Lời đầu tiên, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS. Lê Tiến Dũng và TS.

Trần Thị Dụ Chi, đã tận tình chỉ bảo, hướng dẫn tôi trong suốt quá trình học tập,

nghiên cứu khoa học và thực hiện luận văn này.

Tôi xin trân trọng cảm ơn các thầy, cô giáo trong Khoa Sinh học, Trường Đại

học Khoa học Tự nhiên đã tận tình giảng dạy, dìu dắt tôi trong thời gian học tập tại

Trường.

Tôi cũng xin được gửi lời cảm ơn chân thành tới toàn thể cán bộ và học viên

làm việc tại Phòng thí nghiệm Trọng điểm Quốc gia Công nghệ Tế bào thực vật,

Viện Di truyền Nông nghiệp đã hết lòng giúp đỡ tôi thực hiện thành công luận văn

này.

Cuối cùng, tôi vô cùng biết ơn gia đình và bạn bè đã khích lệ, động viên, giúp

đỡ và là chỗ dựa vững chắc cho tôi trong quãng thời gian qua.

Luận văn được thực hiện với sự hỗ trợ kinh phí từ Trung tâm Nghiên cứu

Quốc tế về Nông nghiệp Nhiệt đới (International Center for Tropical Agriculture –

CIAT) cho TS. Lê Tiến Dũng.

Hà Nội, tháng 12 năm 2014

Học viên

Vũ Tuấn Nam

i

MỤC LỤC

DANH MỤC CÁC BẢNG .............................................................................................. iv

DANH MỤC CÁC HÌNH ............................................................................................... v

DANH MỤC THUẬT NGỮ VÀ TỪ VIẾT TẮT ........................................................ vii

MỞ ĐẦU ........................................................................................................................... 1

CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU ............................................... 2

1.1. Giới thiệu về cây sắn .......................................................................................... 2

1.1.1. Nguồn gốc, phân loại học và lịch sử canh tác ............................................ 2

1.1.2. Đặc điểm sinh học và sinh thái của sắn ...................................................... 4

1.1.2.1. Đặc trưng sinh thái ................................................................................. 4

1.1.2.2. Đặc điểm sinh học .................................................................................. 4

1.1.3. Vai trò của sắn .............................................................................................. 5

1.1.4. Tình hình sản xuất và sử dụng sắn trên thế giới và ở Việt Nam ............... 7

1.1.4.1. Trên thế giới ........................................................................................... 7

1.1.4.2. Ở Việt Nam ............................................................................................. 9

1.2. Bệnh chổi rồng trên cây sắn ............................................................................ 11

1.2.1. Bệnh sắn nói chung ................................................................................... 11

1.2.2. Bệnh chổi rồng trên cây sắn ...................................................................... 11

1.3. Phytoplasma ..................................................................................................... 13

1.3.1. Đặc điểm sinh học và phân loại................................................................. 13

1.3.2. Cơ chế truyền bệnh .................................................................................... 16

1.3.3. Các giải pháp quản lý và phòng trừ phytoplasma .................................... 17

1.4. Chẩn đoán phân tử các bệnh cây trồng gây ra bởi phytoplasma ................ 18

1.4.1. Kỹ thuật PCR .............................................................................................. 18

1.4.2. PCR-RFLP ................................................................................................. 19

ii

1.4.3. Các kỹ thuật khác ....................................................................................... 19

1.4.4. Hạn chế của các kĩ thuật trên ....................................................................... 20

1.5. LAMP, nguyên lý và ứng dụng ....................................................................... 20

1.5.1. Nguyên lý .................................................................................................... 21

1.5.2. Phát hiện sản phẩm của LAMP ................................................................ 24

1.5.2.1. Điện di .................................................................................................. 24

1.5.2.2. Hydroxy naphthol blue (HNB) ............................................................. 25

1.5.2.3. Calcein .................................................................................................. 25

1.5.2.4. Phát hiện dựa vào kết tủa ..................................................................... 26

1.5.3. Ưu điểm và nhược điểm của LAMP .......................................................... 26

1.5.3.1. Ưu điểm ................................................................................................ 26

1.5.3.2. Nhược điểm........................................................................................... 30

1.5.4. Ứng dụng của LAMP trong chẩn đoán bệnh cây trồng ........................... 31

1.6. Mục tiêu nghiên cứu ........................................................................................ 33

Chương 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .................................. 35

2.1. Vật liệu nghiên cứu .......................................................................................... 35

2.1.1. Đối tượng nghiên cứu ................................................................................ 35

2.1.2. Hóa chất ...................................................................................................... 35

2.1.3. Thiết bị ........................................................................................................ 35

2.2. Phương pháp nghiên cứu ................................................................................ 36

2.2.1. Xác định sự nhiễm phytoplasma chổi rồng bằng kỹ thuật PCR lồng ...... 36

2.2.2. Tách dòng đoạn ADN mã hóa cho 16S rRNA vào vector pGEM-T ........ 37

2.2.3. Thiết kế mồi LAMP .................................................................................... 38

2.2.4. Xác định điều kiện phản ứng phù hợp cho các bộ mồi ............................ 39

2.2.5. Các phương pháp kiểm tra kết quả ........................................................... 39

iii

2.2.6. Xác định độ nhạy của các bộ mồi .............................................................. 40

2.2.7. Xác định độ đặc hiệu của các bộ mồi ........................................................ 40

2.2.8. Xác định trên mẫu bệnh từ đồng ruộng .................................................... 40

Chương 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN.................................................................... 41

3.1. Tách dòng đoạn ADN mã hóa cho 16S rRNA vào vector pGEM-T .............. 41

3.2. Thiết kế các cặp mồi cho phản ứng LAMP ...................................................... 42

3.3. Xác định nhiệt độ gắn mồi phù hợp cho phản ứng LAMP ............................. 42

3.4. Kiểm tra kết quả của phản ứng ......................................................................... 43

3.4.1. Thử nghiệm chất chỉ thị màu ........................................................................ 43

3.4.2. Kiểm tra kết quả thông qua kết tủa và điện di .............................................. 47

3.5. Độ nhạy của phản ứng ........................................................................................ 50

3.6. Đánh giá khả năng phản ứng chéo với ADN sắn ............................................. 54

3.7. Thiết kế bộ mồi đối chứng dương nội chuẩn .................................................... 55

3.8. Kiểm tra các mẫu sắn thu thập từ thực địa ...................................................... 60

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ....................................................................................... 66

Kết luận ....................................................................................................................... 66

Kiến nghị ..................................................................................................................... 66

TÀI LIỆU THAM KHẢO ............................................................................................. 67

iv

DANH MỤC CÁC BẢNG

Bảng 1. Diện tích trồng sắn tại Việt Nam (x1000 ha) từ năm 1995 – 2011 [112] .......... 9

Bảng 2. Sản lượng sắn (x 1000 tấn) trồng tại Việt Nam từ 1995 – 2011 [112] .............. 10

Bảng 3. Các mồi được dùng trong phản ứng LAMP....................................................... 22

Bảng 4. So sánh kỹ thuật LAMP và PCR [22] ............................................................... 29

Bảng 5. Thành phần phản ứng PCR lồng ........................................................................ 36

Bảng 6. Trình tự các cặp mồi được sử dụng trong phản ứng PCR lồng ......................... 37

Bảng 7. Các chu trình nhiệt của phản ứng PCR lồng ...................................................... 37

Bảng 8. Thành phần hỗn hợp phản ứng LAMP .............................................................. 39

Bảng 9. Trình tự các mồi cho phản ứng LAMP .............................................................. 42

v

DANH MỤC CÁC HÌNH

Hình 1. Cây sắn ................................................................................................................. 2

Hình 2. Diện tích, năng suất và sản lượng sắn của thế giới từ năm 1995 – 2012 [111] ... 8

Hình 3. Sản lượng sắn (năm 2008) của các nước trên thế giới [111] ................................ 9

Hình 4. Cây sắn bị bệnh chổi rồng .................................................................................. 12

Hình 5. Hình thái của phytoplasma qua kính hiển vi có độ phóng đại 6000 lần [14] ..... 14

Hình 6. Chu trình vòng đời của phytoplasma .................................................................. 16

Hình 7. Cấu trúc và vị trí bắt cặp của các mồi trong phản ứng LAMP [98] .................. 21

Hình 8. Cơ chế phản ứng LAMP [98] ............................................................................ 23

Hình 9. Hình ảnh điện di sản phẩm LAMP trên gel agarose [58] ................................... 24

Hình 10. Cấu trúc phân từ HNB [70] .............................................................................. 25

Hình 11. Phát hiện sản phẩm LAMP dựa và chất chỉ thị huỳnh quang calcein [98] ...... 26

Hình 12. Quy trình nghiên cứu phát triển KIT chẩn đoán phytoplasma gây bệnh chổi

rồng trên sắn dựa trên kỹ thuật LAMP ............................................................................ 36

Hình 13. Sản phẩm PCR lồng trên ADN tách từ mẫu sắn có triệu chứng bệnh chổi

rồng .................................................................................................................................. 41

Hình 14. Điện di sản phẩm LAMP ở các nhiệt độ khác nhau ......................................... 43

Hình 15. Phản ứng LAMP với các chất chỉ thị màu khác nhau ...................................... 44

Hình 16. Điện di sản phẩm LAMP với nồng độ HNB khác nhau ................................... 45

Hình 17. Sản phẩm LAMP sau khi tối ưu các điều kiện phản ứng ................................. 48

Hình 18. Kiểm tra độ nhạy của phản ứng LAMP với bộ mồi thứ nhất ........................... 51

Hình 19. Điện di kiểm tra độ nhạy của PCR với cặp mồi F3/B3 của bộ mồi thứ nhất ... 52

Hình 20. Kiểm tra độ nhạy của phản ứng LAMP với bộ mồi thứ 2 ................................ 53

Hình 21. Điện di xác định độ nhạy của phản ứng PCR với cặp mồi F3/B3 của bộ mồi

thứ 2 ................................................................................................................................. 54

Hình 22. Điện di xác định độ đăc hiệu của mồi LAMP .................................................. 55

Hình 23. Điện di xác định kích thước sản phẩm của cặp mồi nội chuẩn ........................ 56

Hình 24. Sự thay đổi màu sắc của HNB ở phản ứng LAMP với các nhiệt độ khác

nhau ................................................................................................................................. 57

vi

Hình 25. Xác định nhiệt độ phù hợp cho phản ứng LAMP với cặp mồi nội chuẩn ........ 58

Hình 26. Sự thay đổi màu của HNB trong phản ứng LAMP với cặp mồi nội chuẩn ..... 59

Hình 27. Điện di xác định độ nhạy của phản ứng LAMP với cặp mồi nội chuẩn .......... 59

Hình 28. Vị trí thu mẫu sắn nhiễm bệnh chổi rồng ......................................................... 60

Hình 29. Các cây sắn bị nhiễm bệnh chổi rồng được thu mẫu lá để phân tích ............... 60

Hình 30. Đánh giá phản ứng LAMP với ADN của sắn thu từ đồng ruộng thông qua chất

chỉ thị màu ....................................................................................................................... 61

Hình 30. Điện di sản phẩm phản ứng LAMP và PCR lồng của mẫu ADN sắn thu từ

đồng ruộng ....................................................................................................................... 64

vii

DANH MỤC THUẬT NGỮ VÀ TỪ VIẾT TẮT

Tên ký hiệu,

viết tắt Tên tiếng Anh Tên tiếng Việt

LAMP Loop-mediated Isothermal Amplification Phản ứng khếch đại đẳng nhiệt

F3 Forward outer primer Mồi xuôi phía ngoài

B3 Backward outer primer Mồi ngược phía ngoài

FIP Forward inner primer Mồi xuôi phía trong

BIP Backward inner primer Mồi ngược phía trong

F1c Complementary sequence of F1 Trình tự bổ sung với F1

B1c Complementary sequence of B1 Trình tự bổ sung với B1

HNB Hydroxynaphthol Blue Xanh náp-tôn

PCR Polymerase Chain Reaction Chuỗi phản ứng khuếch đại

FAO Food and Agriculture Organization of

the United Nations

Tổ chức Nông-Lâm và Lương

thực của Liên Hợp Quốc

RFLP Restriction fragment length

polymorphism

Đa hình chiều dài đoạn cắt giới

hạn

cs Cộng sự

CFU Colony-forming unit Đơn vị hình thành khuẩn lạc

67

TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tài liệu tiếng Việt

1. Hoàng Phú Hiệp, Lê Quang Huấn (2012), “Phát triển kỹ thuật LAMP (loop-

mediated isothermal amplification) cho việc phát hiện nhanh và chính xác vi khuẩn

Escherichia coli O157: H7”, Tạp chí Sinh học 34(3), pp. 343-346.

2. Nguyễn Đức Thành, Mai Văn Quân, Ngô Gia Bôn, Nguyễn Hữu Hỷ, Hà Viết

Cường, Trịnh Xuân Hoạt (2014), “Đặc điểm sinh học của bệnh chổi rồng sắn tại

Đồng Nai năm 2011 -2013”, Tạp chí Khoa học và Phát triển 12(3), pp. 325-333.

Tài liệu tiếng nước ngoài

3. Ademiluyi, F.T. and H.D. Mepba (2013), “Yield and Properties of Ethanol Biofuel

Produced from Different Whole Cassava Flours”, ISRN Biotechnology, 2013, pp.

6.

4. Aliotta, J.M., J.J. Pelletier, J.L. Ware, L.S. Moran, J.S. Benner, and H. Kong

(1996), “Thermostable Bst DNA polymerase I lacks a 3′ → 5′ proofreading

exonuclease activity”, Genetic Analysis: Biomolecular Engineering, 12(5–6), pp.

185-195.

5. Allem, A.C. (2002), “The origins and taxonomy of cassava”, Cassava: Biology,

Production and Utilization, pp. 1-16.

6. Álvarez, E., G.A. Llano, and J.F. Mejía (2013), “Cassava diseases”, in Cassava in

the Third Millennium. Modern Production, Processing, Use, and Marketing

Systems CIAT, Editor, CIAT Publication, Colombia, pp. 165-199.

7. Alvarez, E., P.J. Manuel, M.J. Fernando, B. Assunta, T.N. Duc, and H.T. Xuan

(2013), “Detection and identification of ‘Candidatus Phytoplasma asteris’-related

phytoplasmas associated with a witches’ broom disease of cassava in Vietnam”,

Phytopathogenic Mollicutes, 3(2), pp. 77-81.

8. Ammar, E.-D. and S.A. Hogenhout (2006), “Mollicutes associated with arthropods

and plants”, in Insect Symbiosis, Volume 2, K. Bourtzis and T.A. Miller, Editors,

CRC Press, Taylor and Francis Group, Boca Raton, FL, USA, pp. 97-118.

68

9. Bai, X., J. Zhang, A. Ewing, S.A. Miller, A. Jancso Radek, D.V. Shevchenko, K.

Tsukerman, T. Walunas, A. Lapidus, J.W. Campbell, and S.A. Hogenhout (2006),

“Living with Genome Instability: the Adaptation of Phytoplasmas to Diverse

Environments of Their Insect and Plant Hosts”, Journal of Bacteriology, 188(10),

pp. 3682-3696.

10. Bastos, C.N. and H.C. Evans (1985), “A new pathotype of Crinipellis perniciosa

(witches' broom disease) on solanaceous hosts”, Plant Pathology, 34(2), pp. 306-

312.

11. Bekele, B., J. Hodgetts, J. Tomlinson, N. Boonham, P. Nikolić, P. Swarbrick, and

M. Dickinson (2011), “Use of a real-time LAMP isothermal assay for detecting

16SrII and XII phytoplasmas in fruit and weeds of the Ethiopian Rift Valley”,

Plant Pathology, 60(2), pp. 345-355.

12. Bertaccini, A. (2007), “Phytoplasmas: diversity, taxonomy, and epidemiology”,

Bioscience 12, pp. 673-689.

13. Bertaccini, A. and B. Duduk (2009), “Review: Phytoplasma and phytoplasma

diseases: a review of recent research”, Phytopathologia Mediterranea, 48(3), pp.

355-378.

14. Bertaccini, A., B. Duduk, S. Paltrinieri, and N. Contaldo (2014), “Phytoplasmas

and Phytoplasma Diseases: A Severe Threat to Agriculture”, American Journal of

Plant Sciences, 5, pp. 1763-1788.

15. Bhat, A.I., A. Siljo, and K.P. Deeshma (2013), “Rapid detection of Piper yellow

mottle virus and Cucumber mosaic virus infecting black pepper (Piper nigrum) by

loop-mediated isothermal amplification (LAMP)”, Journal of Virological

Methods, 193(1), pp. 190-196.

16. Bien, P.V., H. Kim, and R.H. Howeler (1996), “Cassava cultural practices in

Vietnam”, in Benchmark study on Cassava Production, Processing and Marketing

in Vietnam, CIAT, Editor, pp. 58-97.

17. Bruyn, A.D., J. Villemot, P. Lefeuvre, E. Villar, M. Hoareau, et al. (2012), “East

African cassava mosaic-like viruses from Africa to Indian ocean islands:

molecular diversity, evolutionary history and geographical dissemination of a

bipartite begomovirus”, BMC Evolutionary Biology 12, pp. 228.

69

18. Ceballos, H. (2012), “Cassava in Colombia and the world: new prospects for a

millennial crop”, in Cassava in the Third Millennium: Modern Production,

Processing, Use, and Marketing Systems, B. Ospina and H. Ceballos, Editors,

CIAT publication, Cali, Colombia, pp. 1-11.

19. Ceballos, H. and G.D.L. Cruz (2012), “Cassava Taxonomy and Morphology”, in

Cassava in the third Millennium: Modern Production, Processing, Use and

Marketing Systems, CIAT, Editor, CIAT, Colombia, pp. 15-28.

20. Champoux, J.J., W.L. Drew, F.C. Neidhardt, and J.J. Plorde (2004), Sherris

medical microbiology. An introduction to infectious diseases, ed. K.J. Ryan and

C.G. Ray, Mc Graw-Hill USA, 979 p.

21. Dai, T.-T., C.-C. Lu, J. Lu, S. Dong, W. Ye, Y. Wang, and X. Zheng (2012),

“Development of a loop-mediated isothermal amplification assay for detection of

Phytophthora sojae”, FEMS Microbiology Letters, 334(1), pp. 27-34.

22. Dhama, K., K. Karthik, S. Chakraborty, R. Tiwari, S. Kapoor, A. Kumar, and P.

Thomas (2014), “Loop-mediated Isothermal Amplification of DNA (LAMP): A

New Diagnostic Tool Lights the World of Diagnosis of Animal and Human

Pathogens: A Review”, Pakistan Journal of Biological Sciences, 17(2), pp. 151-

166.

23. Doi, Y., M. Teranaka, K. Yora, and H. Asuyama (1967), “Mycoplasma- or PLT

Group-like Microorganisms Found in the Phloem Elements of Plants Infected with

Mulberry Dwarf, Potato Witches' Broom, Aster Yellows, or Paulownia Witches'

Broom”, Japanese Journal of Phytopathology, 33(4), pp. 259-266.

24. Drapała, D. and M. Kordalewska (2013), “Loop-mediated Isothermal

Amplification (LAMP) as a diagnostic tool in detection of infectious diseases”,

PhD Interdisciplinary Journal 1, pp. 19-23.

25. Duduk, B. and A. Bertaccini (2011), “Phytoplasma classification: taxonomy based

on 16S ribosomal gene, is it enough”, Phytopathogenic Mollicutes, 1(1), pp. 1-13.

26. El-Sharkawy, M.A. (2004), “Cassava biology and physiology”, Plant Molecular

Biology, 56, pp. 481–501.

27. Evans, H.C. (1978), “Witches' broom disease of cocoa Crinipellis perniciosa) in

Ecuador”, Annals of Applied Biology, 89(2), pp. 185-192.

70

28. Fao (2012), “Cassava processing”, in FAO Plant Production and Protection Series

No. 3, M.R. Grace, Editor, FAO, Rome, Italy.

29. Fao (2013), Save and Grow: Cassava - A guide to sustainable production

intensification, FAO Publisher, Rome, 129 p.

30. Fermont, A.M., P.J.A. Van Asten, and K.E. Giller (2008), “Increasing land

pressure in East Africa: The changing role of cassava and consequences for

sustainability of farming systems”, Agriculture, Ecosystems & Environment,

128(4), pp. 239-250.

31. Flôres, D., I.C. Haas, M.C. Canale, and I.P. Bedendo (2013), “Molecular

identification of a 16SrIII-B phytoplasma associated with cassava witches’broom

disease”, Eur J Plant Pathol, 137, pp. 237-242.

32. Fu, S., G. Qu, S. Guo, L. Ma, N. Zhang, S. Zhang, S. Gao, and Z. Shen (2011),

“Applications of Loop-Mediated Isothermal DNA Amplification”, Applied

Biochemistry and Biotechnology 163, pp. 845-850.

33. Fukuta, S., T. Iida, Y. Mizukami, A. Ishida, J. Ueda, M. Kanbe, and Y. Ishimoto

(2003), “Detection of Japanese yam mosaic virus by RT-LAMP”, Arch Virol,

148(9), pp. 1713-1720.

34. Fukuta, S., K. Ohishi, K. Yoshida, Y. Mizukami, A. Ishida, and M. Kanbe (2004),

“Development of immunocapture reverse transcription loop-mediated isothermal

amplification for the detection of tomato spotted wilt virus from chrysanthemum”,

Journal of Virological Methods, 121(1), pp. 49-55.

35. Gibson, N.J., C.R. Newton, and S. Little (1997), “A Colorimetric Assay for

Phosphate to Measure Amplicon Accumulation in Polymerase Chain Reaction”,

Analytical Biochemistry, 254(1), pp. 18-22.

36. Glass, J.I., E.J. Lefkowitz, J.S. Glass, C.R. Heiner, E.Y. Chen, and G.H. Cassell

(2000), “The complete sequence of the mucosal pathogen Ureaplasma

urealyticum”, Nature, 407(6805), pp. 757-762.

37. Goto, M., E. Honda, A. Ogura, A. Nomoto, and K.-I. Hanaki (2009), “Colorimetric

detection of loopmediated isothermal amplification reaction by using hydroxy

naphthol blue”, BioTechniques, 46(3), pp. 167-172.

71

38. Goto, M., E. Honda, A. Ogura, A. Nomoto, and D.V.M. Ken-Ichi Hanaki (2009),

“Colorimetric detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by

using hydroxy naphthol blue”, BioTechniques, 46(3), pp. 167–172.

39. Green, M.J., D.A. Thompson, and D.J. Mackenzie (1999), “Easy and Efficient

DNA Extraction from Woody Plants for the Detection of Phytoplasmas by

Polymerase Chain Reaction”, Plant Disease, 83(5), pp. 482-485.

40. Hadidi, A., H. Czosnek, and M. Barba (2004), “DNA Microarrays and their

potential applications for the detection of plant viruses, viroids, and

phytoplasmas”, Journal of Plant Pathology, 86(2), pp. 97-104.

41. Hall, J., S. Matos, L. Severino, and N. Beltrão (2009), “Brazilian biofuels and

social exclusion: established and concentrated ethanol versus emerging and

dispersed biodiesel”, Journal of Cleaner Production, 17, (1), pp. S77-S85.

42. Hodgetts, J., J. Tomlinson, N. Boonham, I. González-Martín, P. Nikolić, P.

Swarbrick, E.N. Yankey, and M. Dickinson (2011), “Development of rapid in-

field loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assays for phytoplasmas”,

Bulletin of Insectology 64(Supplement), pp. S41-S42.

43. Hogenhout, S.A., K. Oshima, E.-D. Ammar, S. Kakizawa, H.N. Kingdom, and S.

Namba (2008), “Phytoplasmas: bacteria that manipulate plants and insects”,

Molecular Plant Pathology, 9(4), pp. 403-423.

44. Hoshi, A., Y. Ishii, S. Kakizawa, K. Oshima, and S. Namba (2007), “Host-parasite

interaction of phytoplasmas from a molecular biological perspective”, Bulletin of

Insectology, 60(2), pp. 105-107.

45. Irpcm (2004), “‘Candidatus Phytoplasma’, a taxon for the wall-less, non-helical

prokaryotes that colonize plant phloem and insects”, International Journal of

Systematic and Evolutionary Microbiology, 54(4), pp. 1243-1255.

46. Ito, A. and K. Ueno (1970), “Successive chelatometric titration of calcium and

magnesium using Hydroxynaphthol Blue (HNB) indicator”, Japan Analyst, 19, pp.

393-397.

47. James, W.D., T. Berger, and D.M. Elston (2011), Andrews' Diseases of the Skin:

Clinical Dermatology, 11thth edition, Saunders Elsevier 968 p.

72

48. Jarvis, A., J. Ramirez-Villegas, B. Herrera Campo, and C. Navarro-Racines

(2012), “Is Cassava the Answer to African Climate Change Adaptation?”, Tropical

Plant Biol., 5(1), pp. 9-29.

49. Jędryczka, M., A. Burzyńsk, A. Brachaczek, W. Langwiński, P. Song, and J.

Kaczmarek (2013), “Loop-mediated isothermal amplification as a good tool to

study changing Leptosphaeria populations in oilseed rape plants and air samples”,

Acta Agrobotanic, 66(4), pp. 93-100.

50. Jensen, M.A., J.A. Webster, and N. Straus (1993), “Rapid identification of bacteria

on the basis of polymerase chain reaction-amplified ribosomal DNA spacer

polymorphisms”, Applied and Environmental Microbiology, 59(4), pp. 945-952.

51. Jung, H.-Y., T. Sawayanagi, S. Kakizawa, H. Nishigawa, W. Wei, K. Oshima, S.-

I. Miyata, M. Ugaki, T. Hibi, and S. Namba (2003), “‘Candidatus Phytoplasma

ziziphi’, a novel phytoplasma taxon associated with jujube witches'-broom

disease”, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,

53(4), pp. 1037-1041.

52. Karanis, P. and J. Ongerth (2009), “LAMP – a powerful and flexible tool for

monitoring microbial pathogens”, Trends in Parasitology, 25(11), pp. 498-499.

53. Kerr, A. and K. Gibb (1997), “Bacteria and Phytoplasmas as Plant Parasite”, in

Plant Pathogens and Plant Diseases, P. Pathogens and P. Diseases, Editors,

Rockvale Publication, Australia, pp. 86-103.

54. Kim, H., P.V. Bien, R. Howeler, J.J. Wang, T.N. Ngoan, K. Kawano, and H.

Ceballos (2005), The history and recent developments of the cassava sector in

Vietnam. in Innovative technologies for commercialization: Concise papers of The

Second International Symposium on Sweet potato and Cassava. 14-17 June 2005,

Corus Hotel, Kuala Lumpur, Malaysia: Malaysian Agricultural Research and

Development Institute, International Society for Horticultural Science with

cooperation of Food Biopolymer Research Group, Universiti Sains Malaysia, pp.

26-27.

55. Kim, H., N.V. Bo, H. Long, N.T. Hien, H. Ceballos, and R. R.H. (2010), Current

situation of cassava in Vietnam. In A New Furture for Cassava in Asia: Its Use as

73

Food, Feed and Fuel to Benefit the Poor. in 8th Asian Cassava Research

Workshop October 20 – 24. Vientiane, Lao PDR, pp. 100-112.

56. Labarre, P., K.R. Hawkins, J. Gerlach, J. Wilmoth, A. Beddoe, J. Singleton, D.

Boyle, and B. Weigl (2011), “A Simple, Inexpensive Device for Nucleic Acid

Amplification without Electricity—Toward Instrument Free Molecular

Diagnostics in Low-Resource Settings”, PLoS ONE 6(5), pp. e19738.

57. Lancaster, P.A. and J.E. Brooks (1983), “Cassava leaves as human food”, Econ

Bot, 37(3), pp. 331-348.

58. Le, D.T., O. Netsu, T. Uehara-Ichiki, T. Shimizu, I.-R. Choi, T. Omura, and T.

Sasaya (2010), “Molecular detection of nine rice viruses by a reverse-transcription

loop-mediated isothermal amplification assay”, Journal of Virological Methods,

170(1–2), pp. 90-93.

59. Le, T.H., N.T.B. Nguyen, N.H. Truong, and N.V. De (2012), “Development of

Mitochondrial Loop-Mediated Isothermal Amplification for Detection of the

Small Liver Fluke Opisthorchis viverrini (Opisthorchiidae; Trematoda;

Platyhelminthes)”, Journal of Clinical Microbiology, 50(4), pp. 1178-1184.

60. Lee, I.-M., R.E. Davis, and D.E. Gundersen-Rindal (2000), “PHYTOPLASMA:

Phytopathogenic Mollicutes1”, Annual Review of Microbiology, 54(1), pp. 221-

255.

61. Lee, I.-M., D.E. Gundersen-Rindal, R.E. Davis, and I.M. Bartoszyk (1998),

“Revised classification scheme of phytoplasmas based on RFLP analyses of 16S

rRNA and ribosomal protein gene sequences”, International Journal of Systematic

Bacteriology, 48(4), pp. 1153-1169.

62. Lee, I.M. and R.E. Davis (1986), “Prospects for in Vitro Culture of Plant-

Pathogenic Mycoplasmalike Organisms”, Annual Review of Phytopathology,

24(1), pp. 339-354.

63. Lefol, C., A. Caudwell, J. Lherminier, and J. Larrue (1993), “Attachment of the

Flavescence doree pathogen (MLO) to leafhopper vectors and other insects”,

Annals of Applied Biology, 123(3), pp. 611-622.

64. Li, R. and K.-S. Ling (2014), “Development of reverse transcription loop-

mediated isothermal amplification assay for rapid detection of an emerging

74

potyvirus: Tomato necrotic stunt virus”, Journal of Virological Methods, 200, pp.

35-40.

65. Li, W., J.S. Hartung, and L. Levy (2007), “Evaluation of DNA Amplification

Methods for Improved Detection of “Candidatus Liberibacter Species” Associated

with Citrus Huanglongbing”, Plant Disease, 91(1), pp. 51-58.

66. Lim, P.O. and B.B. Sears (1992), “Evolutionary relationships of a plant-

pathogenic mycoplasmalike organism and Acholeplasma laidlawii deduced from

two ribosomal protein gene sequences”, Journal of Bacteriology, 174(8), pp. 2606-

2611.

67. Liu, Y., Z. Wang, Y. Qian, J. Mu, L. Shen, F. Wang, and J. Yang (2010), “Rapid

detection of tobacco mosaic virus using the reverse transcription loop-mediated

isothermal amplification method”, Arch Virol, 155(10), pp. 1681-1685.

68. Londo, M., S. Lensink, A. Wakker, G. Fischer, S. Prieler, et al. (2010), “The

REFUEL EU road map for biofuels in transport: Application of the project's tools

to some short-term policy issues”, Biomass and Bioenergy, 34(2), pp. 244-250.

69. Maruyama, F., T. Kenzaka, N. Yamaguchi, K. Tani, and M. Nasu (2003),

“Detection of Bacteria Carrying the stx2 Gene by In Situ Loop-Mediated

Isothermal Amplification”, Applied and Environmental Microbiology, 69(8), pp.

5023-5028.

70. Mcnaught, A.D. and A.D. Mcnaught (1997), Compendium of chemical

terminology, Vol. 1669, Blackwell Science Oxford p.

71. Meinhardt, L.W., J. Rincones, B.A. Bailey, M.C. Aime, G.W. Griffith, D. Zhang,

and G.a.G. Pereira (2008), “Moniliophthora perniciosa, the causal agent of

witches’ broom disease of cacao: what's new from this old foe?”, Molecular Plant

Pathology, 9(5), pp. 577-588.

72. Mkandawire, A.B., R.B. Mabagala, P. Guzmán, P. Gepts, and R.L. Gilbertson

(2004), “Genetic diversity and pathogenic variation of common blight bacteria

(Xanthomonas campestris pv. phaseoli and X. campestris pv. phaseoli var.

fuscans) suggests pathogen coevolution with the common bean”, Phytopathology,

94(6), pp. 593-603.

75

73. Mondal, K.K. and V. Shanmugam (2013), “Advancements in the diagnosis of

bacterial plant pathogens: An overview”, Biotechnology and Molecular Biology

Reviews, 8(1), pp. 1-11.

74. Mori, Y., K. Nagamine, N. Tomita, and T. Notomi (2001), “Detection of Loop-

Mediated Isothermal Amplification Reaction by Turbidity Derived from

Magnesium Pyrophosphate Formation”, Biochemical and Biophysical Research

Communications, 289(1), pp. 150-154.

75. Mori, Y. and T. Notomi (2009), “Loop-mediated isothermal amplification

(LAMP): a rapid, accurate, and cost-effective diagnostic method for infectious

diseases”, Journal of Infection and Chemotherapy, 15(2), pp. 62-69.

76. Mullis, K.B. (1987), Process for amplifying nucleic acid sequences. 1987, US

Patent 4,683,202.

77. Nagamine, K., T. Hase, and T. Notomi (2002), “Accelerated reaction by loop-

mediated isothermal amplification using loop primers”, Molecular and Cellular

Probes, 16(3), pp. 223-229.

78. Njiru, Z., A. Mikosza, E. Matovu, J. Enyaru, J. Ouma, S. Kibona, R. Thompson,

and J. Ndung’u (2008), “African trypanosomiasis: Sensitive and rapid detection of

the sub-genus Trypanozoon by loop-mediated isothermal amplification (LAMP)

of parasite DNA”, International journal for parasitology, 38(5), pp. 589-599.

79. Notomi, T., H. Okayama, H. Masubuchi, T. Yonekawa, K. Watanabe, N. Amino,

and T. Hase (2000), “Loop-mediated isothermal amplification of DNA”, Nucleic

Acids Research, 28(12), pp. e63-e63.

80. Okogbenin, E., T.L. Setter, M. Ferguson, R. Mutegi, H. Ceballos, B. Olasanmi,

and M. Fregene (2013), “Phenotypic Approaches to Drought in Cassava: Review”,

Frontiers in Physiology, 4(93), pp. 1-15.

81. Okuda, M., M. Matsumoto, Y. Tanaka, S. Subandiyah, and T. Iwanami (2005),

“Characterization of the tufB-secE-nusG-rplKAJL-rpoB Gene Cluster of the

Citrus Greening Organism and Detection by Loop-Mediated Isothermal

Amplification”, Plant Disease, 89(7), pp. 705-711.

82. Oshima, K., T. Shiomi, T. Kuboyama, T. Sawayanagi, H. Nishigawa, S. Kakizawa,

S.-I. Miyata, M. Ugaki, and S. Namba (2001), “Isolation and Characterization of

76

Derivative Lines of the Onion Yellows Phytoplasma that Do Not Cause Stunting

or Phloem Hyperplasia”, Phytopathology, 91(11), pp. 1024-1029.

83. Parmessur, Y., S. Aljanabi, S. Saumtally, and A. Dookun-Saumtally (2002),

“Sugarcane yellow leaf virus and sugarcane yellows phytoplasma: elimination by

tissue culture”, Plant Pathology, 51(5), pp. 561-566.

84. Patel, H., C. Tscheka, and H. Heerklotz (2009), “Characterizing vesicle leakage

by fluorescence lifetime measurements”, Soft Matter, 5(15), pp. 2849-2851.

85. Peng, J., M. Shi, Z. Xia, J. Huang, and Z. Fan (2012), “Detection of cucumber

mosaic virus isolates from banana by one-step reverse transcription loop-mediated

isothermal amplification”, Arch Virol, 157(11), pp. 2213-2217.

86. Purdy, L.H. and R.A. Schmidt (1996), “STATUS OF CACAO WITCHES'

BROOM: Biology, Epidemiology, and Management”, Annual Review of

Phytopathology, 34(1), pp. 573-594.

87. Ravindran, A., J. Levy, E. Pierson, and D.C. Gross (2012), “Development of a

Loop-Mediated Isothermal Amplification Procedure as a Sensitive and Rapid

Method for Detection of ‘Candidatus Liberibacter solanacearum’ in Potatoes and

Psyllids”, Phytopathology, 102(9), pp. 899-907.

88. Razin, S. and L. Hayflick (2010), “Highlights of mycoplasma research—An

historical perspective”, Biologicals, 38(2), pp. 183-190.

89. Razin, S., D. Yogev, and Y. Naot (1998), “Molecular Biology and Pathogenicity

of Mycoplasmas”, Microbiology and Molecular Biology Reviews, 62(4), pp. 1094-

1156.

90. Renvoize, B.S. (1972), “The area of origin of Manihot esculenta as a crop plant—

a review of the evidence”, Econ Bot, 26(4), pp. 352-360.

91. Rigano, L., M. Marano, A. Castagnaro, A. Do Amaral, and A. Vojnov (2010),

“Rapid and sensitive detection of Citrus Bacterial Canker by loop-mediated

isothermal amplification combined with simple visual evaluation methods”, BMC

Microbiology, 10(1), pp. 176.

92. Rist, L., J. Ser, H. Lee, and L.P. Koh. (2009), “Biofuels: Social benefits”, Science,

326, pp. 1344-a.

77

93. Saharan, P., P. Khatri, S. Dingolia, J.S. Duhan, and S.K. Gahlawat (2013), “Rapid

Detection of Viruses Using Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP): A

Review”, in Biotechnology: Prospects and Applications, R.K. Salar, S.K.

Gahlawat, P. Siwach, and J.S. Duhan, Editors, Springer India, pp. 287-306.

94. Schaad, N., P. Gaush, E. Postnikova, and R. Frederick (2001), “On-site one hour

PCR diagnosis of bacterial diseases”, Phytopathology, 91, pp. S79-S89.

95. Seemüller, E., C. Marcone, U. Lauer, A. Ragozzino, and M. Göschl (1998),

“Current Status of Molecular Classification of The Phytoplasmas”, Journal of

Plant Pathology, 80(1), pp. 3-26.

96. Shukla, P., G. Verma, R. Kumar, D. Singh, A. Kumar, A. Saxena, and R. Jain

(2012), “The reliable and rapid polymerase chain reaction (PCR) diagnosis for

Xanthomonas axonopodis pv. punicae in pomegranate”, African Journal of

Microbiology Research, 6(30), pp. 5950-5956.

97. Smart, C.D., B. Schneider, C.L. Blomquist, L.J. Guerra, N.A. Harrison, U. Ahrens,

K.H. Lorenz, E. Seemüller, and B.C. Kirkpatrick (1996), “Phytoplasma-Specific

PCR Primers Based on Sequences of the 16S-23S rRNA Spacer Region”, Applied

and Environmental Microbiology, 62(8), pp. 2988-2993.

98. Tomita, N., Y. Mori, H. Kanda, and T. Notomi (2008), “Loop-mediated isothermal

amplification (LAMP) of gene sequences and simple visual detection of products”,

Nature Protocols, 3(5), pp. 877–882.

99. Tomlinson, J.A., N. Boonham, and M. Dickinson (2010), “Development and

evaluation of a one-hour DNA extraction and loop-mediated isothermal

amplification assay for rapid detection of phytoplasmas”, Plant Pathology, 59(3),

pp. 465-471.

100. Torres, E., E. Bertolini, M. Cambra, C. Montón, and M.P. Martín (2005), “Real-

time PCR for simultaneous and quantitative detection of quarantine phytoplasmas

from apple proliferation (16SrX) group”, Molecular and Cellular Probes, 19(5),

pp. 334-340.

101. Tsutsumi, N., H. Yanagisawa, Y. Fujiwara, and T. Ohara (2010), “Detection of

Potato Spindle Tuber Viroid by Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal

Amplification”, Res. Bull. Pl. Prot. Japan, 46, pp. 61-67.

78

102. Ugent, D., S. Pozorski, and T. Pozorski (1986), “Archaeological manioc (Manihot)

from Coastal Peru”, Econ Bot, 40(1), pp. 78-102.

103. Ushikubo, H. (2004), “Principle of LAMP method-a simple and rapid gene

amplification method”, Uirusu, 54(1), pp. 107-112.

104. Wanapat, M. (2002), The role of cassava hay as animal feed. in 7th Regional

Workshop. held in Rama Gardens Hotel, Bangkok, Thailand. Oct, pp. 504-518.

105. Wei, Q.-W., C. Yu, S.-Y. Zhang, C.-Y. Yang, K. Miriam, W.-N. Zhang, D.-L.

Dou, and X.-R. Tao (2012), “One-step detection of Bean pod mottle virus in

soybean seeds by the reverse-transcription loop-mediated isothermal

amplification”, Virology Journal, 9(1), pp. 187.

106. Weintraub, P.G. and L. Beanland (2006), “Insect Vectors of Phytoplasmas”,

Annual Review of Entomology, 51(1), pp. 91-111.

107. Yeoh, H.H. and M.Y. Chew (1976), “Protein content and amino acid composition

of cassava leaf”, Phytochemistry, 15(11), pp. 1597-1599.

108. Zhang, Z.-Y., X.-J. Liu, D.-W. Li, J.-L. Yu, and C.-G. Han (2011), “Rapid

detection of wheat yellow mosaic virus by reverse transcription loop-mediated

isothermal amplification”, Virology Journal, 8, pp. 550.

109. Ziska, L.H., G.B. Runion, M. Tomecek, S.A. Prior, H.A. Torbet, and R. Sicher

(2009), “An evaluation of cassava, sweet potato and field corn as potential

carbohydrate sources for bioethanol production in Alabama and Maryland”,

Biomass and Bioenergy, 33(11), pp. 1503-1508.

110. Zreik, L., P. Carle, J.M. Bov, and M. Garnier (1995), “Characterization of the

mycoplasmalike organism associated with witches'-broom disease of lime and

proposition of a Candidatus taxon for the organism,“Candidates phytoplasma

aurantifolia””, International Journal of Systematic Bacteriology, 45(3), pp. 449-

453.

Tài liệu World Wide Web

111. http://faostat.fao.org/

112. http://www.gso.gov.vn/