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Cours 6
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VII. Exemples réels publiés
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1. Génétique des populations d'Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse
B. burgdorferi
Borrelia valaisiana
B. garinii
B. afzelii
B. Spielmanii
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0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All
f ( F
is e
stim
ator
)
-1
-0.75
-0.5
-0.25
0
0.25
0.5
0.75
1
109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131
Allele size
Fis
(pa
rtia
ls)
Déficits en hétérozygotes
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Distribution sexe spécifique du polymorphisme
B. burgdorferi
B. valaisiana
B. gariniiB. afzelii
Biais de dispersion sexe spécifique des tiques
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Détection des Borrelia dans les tiques
Pour Borrelia burgdorferi
P =0.012
0.02
0.03
0.04
0.05
0.06
0.07
0.08
F M
Sex of the tick
Prév
alen
ce o
f B
. bur
gdor
feri
ss
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Pour Borrelia afzelii
Saines Infectées
Détection des borrélies dans les tiques
Saines Infectées
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2. Candida albicans à Abidjan (Côte d'Ivoire)
42 Patients SIDA
19 femmes 23 hommes
FPatient≈0.5 (P<0.001)
FSex≈0.08 (P<0.02)
14 loci enzymatiques
Fis=-0.66 Fis=-0.97
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Clones structurés en de nombreux dèmes
is
is
F
FNm
4
1
T
TIIT
T
TSST
S
SIIS
Q
QQF
Q
QQF
Q
QQF
1
1
1
0
1
IT
SST
S
SIS
F
QF
Q
QF
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Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire
Week 1, with the seven most polymorphic loci
-1
-0.8
-0.6
-0.4
-0.2
0
0.2
Womenuncombined
Womencombined
Menuncombined
Men combined Women andmen combined
Fis
Nm=0.09 Nm=0.01
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Conclusions
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Echantillonnage: une problème clé et pourtant trop souvent négligé-Echantillonner des individus de la même cohorte-Equilibrer le mieux possible les tailles des sous-échantillons-Au moins 20 individus par échantillons est souhaitable, et pas moins de 5- Au moins 5 sous-échantillons mais plutôt 10-Tenir compte de tous les facteurs susceptibles d'avoir un rôle (autant que faire se peut) et noter les coordonnées GPS
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t1 t1+x
Echantillonnage: une problème clé et pourtant trop souvent négligé-Echantillonnages des mêmes sites espacés dans le temps en tenant compte du temps de génération (au moins une génération entre deux échantillons temporels)
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Le choix des marqueurs est capital- Diploïde
- Codominants- Autosomiques- Pas moins de 5, 10-20 c'est mieux- Microsatellites dinucléotidiques (non codants) représentent en principe le meilleur rapport qualité/prix- SNPs beaucoup plus chers, deux allèles, pas forcément non-codant, méthode d'isolement biaisante- RFLP chers et gourmands en ADN- MLST chers et matériel codant- Pas d'allèles nuls- Pas de dropout d'allèles- Pas de stuttering- Pas de dominance d'allèles courts- Ne jamais laisser un FIS>0 inexpliqué- Vérifier la constance d'un signal d'un locus à l'autre- Ne jamais hésiter à laisser de côté quelques loci outliers
Les marqueurs (ou organismes) haploïdes ne donnent pas accès à la structure locale (pas d'hétérozygotie)
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Le cas des haploïdes
Bactériophage Dengue Grippe HIV
Mosaïque du tabac
Ebola
Virus
Escherichia coliBorrelia
Salmonella Vibrio cholerae
Helicobacter pilori
Bactéries
Plasmodium
Dinophysis
Gregarina
Eucaryotes haploïdes (Alvéolaires)
Taenia solium
Diploïdes homozygotes
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Le cas des haploïdes
Virus Séquence complète Peu ou pas de zones non codantes
Bactéries Séquence complète, séquences, microsatellites Peu ou pas de zones non codantes
Eucaryotes haploïdes ou ultra consanguins (homozygotes)
A→AA→FST→
Structure, BAPS, AFC, ACP...
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Le choix des analyses- Privilégier les analyses multi-locus plus puissantes et plus faciles à interpréter (une seule valeur, une seule P-value)- Se débarrasser des déséquilibres de liaison en 1er
- Analyser la structure locale ensuite mais après s'être assuré à quel niveau se situe la plus petite unité démographique (ppud)- Analyser la différenciation aux différents niveau possibles- N'utiliser les tests de différentiation par paire que s'il n'existe pas d'autre solution mais le faire alors de façon planifiée (ne comparer que les paires de ppud pertinentes) pour éviter la perte de puissance liée aux corrections de seuil (Bonferroni)- Ne pas pooler des ppud hétérogènes: il existe des méthodes qui utilisent les individus (isolement par la distance entre individus)- Bien se demander quel est le risque le plus grave dans la décision statistique prise au final: H0 ou H1
- Bien se demander ce que signifient biologiquement H0 et H1
Ne jamais hésiter à demander conseil aux personnes compétentes dans un domaine ou l'autre:
Ils sont payés pour ça
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