computersimuleringer af molekylære systemer
DESCRIPTION
Computersimuleringer af Molekylære Systemer. Ulf Rørbæk Pedersen. www.urp.dk [email protected]. Ph.D. studerende ved Center for glas og tid Roskilde Universitetscenter (RUC). Oversigt. Hvad er en molekyledynamik-simulering? Et lille eksempel: Tumling modellen Simulering af en cellemembran - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
11
Computersimuleringer afComputersimuleringer afMolekylære SystemerMolekylære Systemer
Ulf Rørbæk PedersenUlf Rørbæk [email protected]
Ph.D. studerende vedCenter for glas og tid
Roskilde Universitetscenter (RUC)
22
OversigtOversigt
Hvad er en molekyledynamik-Hvad er en molekyledynamik-simulering?simulering?
Et lille eksempel: Tumling modellenEt lille eksempel: Tumling modellen
Simulering af en cellemembranSimulering af en cellemembran Simulering af glasSimulering af glas
33
Newtons mekanikNewtons mekanik
Bevægelses Bevægelses ligningerneligningerne
F: Kræft [kgF: Kræft [kgm/s]m/s]
a: acceleration [m/sa: acceleration [m/s22]]
v: hastighed [m/s]v: hastighed [m/s]
x: sted [m]x: sted [m]
dtvxd
dtavd
amF
44
Energier og kræfter mellem Energier og kræfter mellem atomeratomer
Model
55
Dynamik: ”Tumling” Dynamik: ”Tumling” molekyletmolekylet
66
””Tumling” dråberTumling” dråber
77
Typiske tal for en MD-Typiske tal for en MD-simuleringsimulering
LængdeskalaLængdeskala: 10: 10-9 -9 m til 10m til 10-7-7 m m TidsskalaTidsskala: 10: 10-15 -15 s til 10s til 10-8 -8 ss Antal atomerAntal atomer: 1 000 til 60 000: 1 000 til 60 000 RegnetidRegnetid: Fra nogle minutter på 1 : Fra nogle minutter på 1
cpu til måneder på 128 cpu’ercpu til måneder på 128 cpu’er
88
Den biologiske membranDen biologiske membran
En cellemembran
99
En model af en En model af en cellemembrancellemembran
1010
En vandkanal i en En vandkanal i en cellemembancellememban
1111
En vandkanal i en En vandkanal i en cellemembancellememban
1212
BedøvelsesmidlerBedøvelsesmidler
1313
Alkohol i en membranAlkohol i en membran
n-hexanol og DMPC
1414
Areal pr. PhospholipidAreal pr. Phospholipid
1515
Voronoi VolumenerVoronoi Volumener
1616
Lateral diffusionLateral diffusion
1
2
222
2
2
½
4
for 2
2
kTmlD
vmkTE
lvDD
DtyxR
tDtx
kin
l
Mobiliteten stiger ved tilsætning af n-hexanol
sm
sm
sm
D
D
D
2
2
2
10
10
10
105
1011
1014
DMPC
DMPC/hex
Hexanol
1717
CaCa2+2+ i membraner i membraner
1818
GlasGlas
1919
Glas er en stivnet væskeGlas er en stivnet væske
2020
Nedkøling af en væske Nedkøling af en væske (toluen)(toluen)
Toluen ved 300 K Nedkøling fra 325 K til 175 K
Bevægelsen af et molekyle i en væske
2121
Massetæthed af toluen som Massetæthed af toluen som funktion af temperaturenfunktion af temperaturen
2222
Toluen ved 175 KToluen ved 175 K
2323
DiffusionDiffusion
T=325 K
2424
OpsummeringOpsummering
MD-simuleringer kan bruges til at MD-simuleringer kan bruges til at undersøger molekylære systemer på undersøger molekylære systemer på nano meter skalaennano meter skalaen
Give en detaljeret indsigt i fysiske Give en detaljeret indsigt i fysiske fænomenerfænomener
Men det er en model af virkelighedenMen det er en model af virkeligheden
2525
Tak for jeres Tak for jeres opmærksomhedopmærksomhed
Ulf Rørbæk Pedersenwww.urp.dk, [email protected]
2626
Kraftfelt: CHARMM27 med modificerede Kraftfelt: CHARMM27 med modificerede ladninger i DMPC hovedgruppenladninger i DMPC hovedgruppen
MD-simuleringerMD-simuleringer
dtvdx
dtadv
dxm
dEa
ii
ii
iii
Bevægelsesligningerne Bevægelsesligningerne løses inden for løses inden for klassiskmekanikklassiskmekanik
2727
SAXS SAXS
q = |kin - kout|
2828
Strukturelle ændringerStrukturelle ændringer
2929
Perturberet membranPerturberet membran
3030
Hydrofobt match hypotesenHydrofobt match hypotesenGlpFPOPE
3131
Model for tykkelsen af en Model for tykkelsen af en perturberet membranperturberet membran
Membran tykkelseved tilsætning af n-hexanol
Å 84.0
Å 21.0
1
b
t
z
z
3232
Lateralt tryk hypotesenLateralt tryk hypotesen
Robert S. Cantor: Biochemistry 36 (9) 1997 2340-2344Robert S. Cantor: Chemistry and Physics of Lipids 101 (1999) 45–56
h
h
b
tr
zz
z
dzzAzpTk
eKK
K
z
zAzzV
zVzW
)()(
)(
)()(
)()(
1
0
)(
3333
Membran profilMembran profil
0,25
0,27
0,29
0,31
0,33
0,35
0,37
2 4 6 8 10 12
nr. kulstof i acylkæde
ele
ktro
ntæ
the
d [
e/Å
³]
DMPC
DMPC/hex.
Vand
SAXS MD-simuleringer
D15PC/heptanol 32.0 25.0 0
3434
DiffusionDiffusion
3535
OpsummeringOpsummering
Ved tilsætning af n-alkohol til en membran sesVed tilsætning af n-alkohol til en membran ses
større lateral diffusions (n-hexanol)større lateral diffusions (n-hexanol) blødere membran (n-hexanol)blødere membran (n-hexanol) i den inderste del, større uorden af acylkæderne, i den inderste del, større uorden af acylkæderne,
løsere pakningløsere pakning i den yderste del af membranen, større orden af i den yderste del af membranen, større orden af
acylkæderneacylkæderne ændring af den hydrofobe højdeændring af den hydrofobe højde ændring af membranens trykprofilændring af membranens trykprofil
Specialet med mere kan findespå www.urp.dk/speciale
3636
PropmodellenPropmodellen
Betydningen af hydrofobt mishmaching lipider
3737
Figur 3.8Figur 3.8
3838
MD-simuleringerMD-simuleringer
3939
DiverseDiverse
Hexanol: D = 1.4 Å2/ns = 14 x10 m²/s
DMPC/hexanol: D = 1.1 Å2/nsRen DMPC: D = 0.5 Å2/ns
Model af et membranprotein
4141
Model systemModel systemn-hexanol og DMPC