生物配列解析基礎

生物配列解析基礎

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ガイダンス

法政大学 生命科学部応用植物科学科

大島 研郎

生物配列解析基礎 2

生物配列解析基礎 3

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生物配列解析基礎のページを開いてください

1. 「配列データベースとホモロジー検索」とその実習2. 「ゲノムデータベースとプログラミング」とその実習3. 「配列から機能を予測するさまざまな手法」とその実習4. 「分子進化と系統樹作成」とその実習

生物配列解析基礎 4

あらかじめ、３つのソフトウェアをインストールしておいてください

１

BLAST （1回目の講義で使います） ActivePerl （1回目、2回目の講義で使います） MEGA （4回目の講義で使います）

生物配列解析基礎

矢印１のサイトにアクセスします．ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

Windowsの場合は，このファイルをダウンロードします

ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてインストールします

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BLAST （stand-alone BLAST）のインストール

１

２

生物配列解析基礎

C:¥Users¥student>

コマンドプロンプトを立ち上げてください（Mac OS の場合はターミナル）

スタート Windowsシステムツール コマンドプロンプト

BLASTについての説明が表示されれば，OKです

「blastp -help」と入力して，リターン

> blastp -help

>

以下，省略して

と記述します

6

スペースが入ります

生物配列解析基礎 7

ActivePerl のインストール

矢印１のサイトにアクセスします．https://www.activestate.com/products/perl/downloads/

１

2

3

ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてインストールします

生物配列解析基礎

コマンドプロンプトを立ち上げてください

スタート Windowsシステムツール コマンドプロンプト

Perl についての説明が表示されれば，OKです

「perl -v」と入力して，リターン

> perl -v

8

スペースが入ります

生物配列解析基礎 9

MEGA のインストール

矢印１のサイトにアクセスします．https://www.megasoftware.net/ １

ご自分のPC環境に合わせてダウンロードしてください

ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてインストールします

MEGAが立ち上がるかどうか確認してください

生物配列解析基礎

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2020

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生物配列解析基礎 のページに講義で使用するファイルをアップします

（講義の前日までにはアップします）

講義が始まるまでにファイルをダウンロードしておいてください

通信量のことを考慮して、講義は基本的には「A方式」で行いますが、必要な時には「B方式」（画面共有）に切り替えます