Cambios Conformacionales Mínimos

Se asume que CatD y sus inhibidores sufren cambios conformacionales limitados similar a CatD y CatD-pepstatina.

Para verificar: Simulación MD de EHMA en una caja de agua con mesh particle Ewald para tratar el amplio rango de interacciones electrostáticas y con cutoff de 9A para las interacciones de corto rango

Desviación rms de todos los átomos del ligando en función al tiempo de simulación

rms promedio: 3.4A 142ps: 4.7A (R1 y

R3)

EHMA Verde: en

agua Rojo: con

CatD

R1

R2

R3

R4

Análisis PROFEC

Software para la estimación de la energía libre. Cómo los inhibidores pueden ser modificados

para mejorar la afinidad de unión. EHMA: molde PROFEC: Estima el costo de energía libre de

adicionar una partícula al inhibidor

R1: no modificaciones R3: oxígeno de unión de R3, podría ser sustituido por

un átomo positivamente cargado, pero….

La conformación dicloro-fenilo está restringida por el oxigeno de unión.

Debido al gran cambio conformacional que causaría reemplazar el oxígeno de unión, esto se rechaza

R4 Reemplazo de H con

grupos grandes para R4 y grupos cargados (+) al fenilo

Ellman: inhibidor con sustituyentes grandes tolerados por rearreglos de la proteína que PROFEC no detecta R1

R2

R3

R4

R2

H53 NH2 (+)

H52 F (-)

D75: potencial aceptor de H

Simulación MD

R1

R2

R3

R4

H53: Desolvatación: penalty incremetada La conformación del ligando cambia La red de enlaces de hidrógenos cambia Tabla2 El en electrostática se contrarresta con el alto costo de

desolvatación: 12,2 kcal/mol H52: en interacciones vdW, pero las interacciones

electrostáticas son menos favorables 9,6, el costo de desolvatación es un poco menor

Conclusiones

Se ha estudiado la energía de unión Los resultados de las simulaciones MD coincidieron

con las estructuras cristalizadas