bioinformática posgrado. image analysis` background subtraction normalization summarization...
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NORMALIZACIÓN DE MICROARREGLOS (GENÉRICO)
Bioinformática Posgrado
Image Analysis`
Background Subtraction
Normalization
Summarization
Transformation
Data Processing
BackgroundDetection & Subtraction
a)
Filtering
Microarray
ImageScanning
SpotDetection
IntensityValue
Affymetrix
Two-dyes
b) Image Analysis and Background Subtraction
c)
Transformation
BetweenWithin
d)
A=log2(R*G)/2
M=log2(R/G) Normalization
MICROARRAY PRE-PROCESSING SUMMARY
COLUMNAS EN ARCHIVO .MEV UID IA IB R C MR Print-tip
Normalization MC Print-tip
Normalization SR SC FlagA FlagB SA SF QC QCA QCB
BkgA BkgB SDA SDB SDBkgA SDBkgB MedA MedB MNA Signal Ch. A = Cy3
[Green] MNB Signal Ch. B = Cy5 [Red] MedBkgA Background Ch. A MedBkgB Background Ch. B X Y PValueA PValueB
COLUMNAS EN GENEPIX .GPR FILE Block Print-tip Normalization Column Row Name ID X Y Dia. F635 Median F635 Mean F635 SD B635 Median B635 Mean B635 SD % > B635 + 1 SD % > B635 + 2 SD F635 % Sat. F532 Median F532 Mean F532 SD B532 Median B532 Mean B532 SD % > B532 + 1 SD % > B532 + 2 SD
F532 % Sat. Ratio of Medians Ratio of Means Median of Ratios Mean of Ratios Ratios SD Rgn Ratio Rgn R² F Pixels B Pixels Sum of Medians Sum of Means Log Ratio Flags Normalize F1 Median - B1 F2 Median - B2 F1 Mean - B1 Signal -
Background F2 Mean - B2 Signal -
Background SNR 1 F1 Total Intensity Index "User Defined"http://www.moleculardevices.com/pages/software/gn_genepix_file_formats.html#gpr
NORMALIZACION – OPCIONES “FÁCILES” www.gepas.org
Casi cualquier Microarreglo Excepto SpotFinder!
MIDAS TM4
NORMALIZACION USANDO MIDAS – TM4 (TIGR)
http://www.tm4.org/midas.html
(1) Project New (2) Read Data Single
Data File Especifique su
archivo .MEV (3) Operations LocFit
Normalization (Lowess) “Loc” – Local = por
print tip, Lowess o Loess es la normalización de MA
NORMALIZACION USANDO MIDAS – TM4 (TIGR)
(4) Write Data Desactive las casillas
“virtual” (5) Pulse Execution
Esto ejecuta la normalización y escribe algunos archivos.
Escribe 2 carpetas llamadas “raw” (datos crudos u originales) y “lowess” (resultado de la normalización)
NORMALIZACION USANDO MIDAS – TM4 (TIGR)
Visualice los resultados en pestaña “Investigation”
De click con el botón derecho en cada rubro y use “Plot” tanto en raw como en lowess