biodiverzita kultivovatelných prokaryot v hranické · pdf filehranická...
TRANSCRIPT
![Page 1: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/1.jpg)
BiodiverzitaBiodiverzita kultivovatelnýchkultivovatelných prokaryotprokaryotv Hranické propastiv Hranické propasti
Bc. Marcel Kosina
RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
Mgr. Dana Nováková, Ph.D.
Česká sbírka mikroorganismůMasarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta
![Page 2: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/2.jpg)
Cíle:Cíle:
�� IzolaceIzolace
�� UchováníUchování
�� CharakterizaceCharakterizace
�� IdentifikaceIdentifikace
�� Průkaz biotické složky Průkaz biotické složky specifických specifických speleotémspeleotém
TESTY:
FENOTYPOVÉ
MOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ
CHEMOTAXONOMICKÉ
![Page 3: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/3.jpg)
Hranická propast(součást NPR Hůrka u Hranic)
� Nejhlubší v ČR (274,1 m)� Hranický kras
- devonské vápence- řeka Bečva
![Page 4: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/4.jpg)
![Page 5: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/5.jpg)
„suchá část“
„mokrá část“
TEPLOTA VODY
16°C
13,5°C – 24 °C
pH
6,3
Speleotémy = sekundární výplně jeskyň - povlaky
![Page 6: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/6.jpg)
SpeleotémySpeleotémy -- povlakypovlaky
U Gejzíráků
![Page 7: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/7.jpg)
Odběr vzorkůOdběr vzorků
�� 4 odběry: XII/2005; III,VI, IX/20064 odběry: XII/2005; III,VI, IX/2006
�� Vzorky: Vzorky:
vodavoda
povlakypovlaky
guánoguáno
![Page 8: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/8.jpg)
U Gejzíráků
![Page 9: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/9.jpg)
IzolaceIzolace
�� TSATSA
�� NWRINWRI--agar (= pro agar (= pro oligotrofyoligotrofy))
�� 15°C15°C
![Page 10: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/10.jpg)
Charakterizace / identifikaceCharakterizace / identifikace
�� Biochemické a fyziologické testy: Biochemické a fyziologické testy: �� všechny všechny izolátyizoláty
�� Analýza celkových buněčných proteinů SDSAnalýza celkových buněčných proteinů SDS--PAGE PAGE (SDS=(SDS=dodecyldodecyl sulfát sodný; PAGE=sulfát sodný; PAGE=polyakrylamidovápolyakrylamidová gelovágelová elektroforéza):elektroforéza):
�� GG-- tyčkytyčky
�� RibotypizaceRibotypizace::�� GG-- nefermentující tyčky (rod nefermentující tyčky (rod PseudomonasPseudomonas))
�� MALDIMALDI--TOF MS:TOF MS:�� GG-- nefermentující tyčky (rod nefermentující tyčky (rod PseudomonasPseudomonas))
OPTIMALIZACE METODYOPTIMALIZACE METODY
![Page 11: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/11.jpg)
VýsledkyVýsledky
�� Izolováno a uchováno 80 kmenůIzolováno a uchováno 80 kmenů(61(61--voda, 18voda, 18--povlaky, 1povlaky, 1--guáno)guáno)
�� 29,5 % 29,5 % psychrofilníchpsychrofilních kmenů z vody kmenů z vody �� 28 % 28 % psychrofilníchpsychrofilních kmenů z povlakůkmenů z povlaků
�� Jezírko: 27 % Jezírko: 27 % psychrofilníchpsychrofilních�� U U GejzírákůGejzíráků: 32 % : 32 % psychrofilníchpsychrofilních
![Page 12: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/12.jpg)
Zařazení kmen ů do skupinZařazení kmen ů do skupin(mikroskopie, fermentace cukr ů)(mikroskopie, fermentace cukr ů)
18Gram-pozitivní koky až rozpadající se tyčky
6Gram-pozitivní sporulujícítyčky
29Gram-pozitivní nesporulujícítyčky
3Gram-negativní fermentující tyčky
24Gram-negativní nefermentující tyčky
POČET KMENŮSKUPINA
![Page 13: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/13.jpg)
Celkové zastoupení skupin (%)Celkové zastoupení skupin (%)
30%4%
35%
8%
23% G-nefermentující tyčky
G-fermentující tyčky
G+nesporulující tyčky
G+sporulující tyčky
G+koky-rozpadající setyčky
!!! G+ bakterie převažovaly nad G- negativními !!!
![Page 14: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/14.jpg)
Identifikace Identifikace
Celkem identifikováno 19 kmenů
Aneurinibacillus sp. (2 kmeny)
Bacillus sp. (2 kmeny)
Rotunda sucháBacillus fusiformis (1 kmen)
U GejzírákůPseudomonas fluorescens (2 kmeny)
Sporosarcina psychrophila (1 kmen)
Pseudomonas putida (1 kmen)
Pseudomonas stutzeri (1 kmen)
Pseudomonas alcaligenes (1 kmen)
Pseudomonas fluorescens (6 kmenů)Jezírko
Aeromonas hydrophila (2 kmeny)
PŮVODIDENTIFIKACE
![Page 15: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/15.jpg)
Průkaz biotické složky povlak ůPrůkaz biotické složky povlak ů
�� Kultivace: 18 kmenůKultivace: 18 kmenů�� BacillusBacillus spsp. (2 kmeny). (2 kmeny)�� PseudomonasPseudomonas fluorescensfluorescens (1 kmen)(1 kmen)�� PseudomonasPseudomonas stutzeristutzeri (1 kmen)(1 kmen)
�� Mikroskopie bujónové kulturyMikroskopie bujónové kultury(přímá (přímá inokulaceinokulace homogenizovanými povlaky)homogenizovanými povlaky)
�� GramovoGramovo barveníbarvení
![Page 16: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/16.jpg)
Výsledky mikroskopie 2Výsledky mikroskopie 2 --denní bujónové denní bujónové kultury povlak ůkultury povlak ů
![Page 17: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/17.jpg)
ZÁVĚRZÁVĚR
�� Rovnoměrný výskyt Rovnoměrný výskyt psychrofilníchpsychrofilních kmenů kmenů ––původ, původ, místo odběrumísto odběru
�� !!! G+ převažovaly nad G!!! G+ převažovaly nad G-- !!!!!!
�� Identifikováno 19 Identifikováno 19 kmenůkmenů, , z nich 11 rod z nich 11 rod PseudomonasPseudomonas , , 2 kmeny2 kmenyAeromonasAeromonas hydrophilahydrophila, , 6 kmenů G+ 6 kmenů G+ sporulujícísporulující tyčky: tyčky: BacillusBacillus spsp., ., AneurinibacilusAneurinibacilus spsp., ., SporosarcinaSporosarcina psychrophilapsychrophila, , BacillusBacillus fusiformisfusiformis..
�� Biotická složka prokázánaBiotická složka prokázána
![Page 18: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/18.jpg)
Poděkování:Poděkování:
Fraňo Travěnec „Sabbath“Bc. Andrea Teshim
Mgr. Ondřej Šedo, Ph.D. Mgr. Milan Geršl
Podpořeno: MSM0021622416
![Page 19: Biodiverzita kultivovatelných prokaryot v Hranické · PDF fileHranická propast (sou část NPR H ůrka u Hranic) Nejhlubší v ČR (274,1 m) Hranický kras - devonské vápence-řeka](https://reader034.vdocuments.site/reader034/viewer/2022052318/5a7093627f8b9a9d538c1cfb/html5/thumbnails/19.jpg)
Děkuji za pozornost…Děkuji za pozornost…