astimda genetİk ÇaliŞmalar
DESCRIPTION
ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR. Dr. Ömer KALAYCI H acettepe Ü niversit esi Tıp Fakültesi. Mendelian Kistik fibrozis Nadir Tek gen Ağır mutasyonlar Büyük fenotipik efekt. Kompleks Astım, allerji Sık Birçok gen Hafif mutasyonlar Küçük fenotipik etki. Mendelian – Kompleks Hastalıklar. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
![Page 1: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/1.jpg)
ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR
Dr. Ömer KALAYCI
Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi
![Page 2: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/2.jpg)
Mendelian – Kompleks Hastalıklar
Mendelian• Kistik fibrozis• Nadir• Tek gen• Ağır mutasyonlar• Büyük fenotipik efekt
Kompleks• Astım, allerji• Sık• Birçok gen• Hafif mutasyonlar• Küçük fenotipik etki
![Page 3: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/3.jpg)
Genler Çevre
Astım
Genler
![Page 4: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/4.jpg)
ASTIM İLE İLİŞKİLİ GENLERİN ARAŞTIRILMASI
METODLAR
![Page 5: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/5.jpg)
astım genlerinin araştırılması (I)Aday gen çalışmaları
![Page 6: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/6.jpg)
• Bilinen SNP lerin tanımlanması
• Tanımlanmamaış SNP lerin bulunması
Aday gen çalışmaları
![Page 7: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/7.jpg)
Exon 1 Intron 1 Exon 2 Intron 2 Exon 3
5' 3'
Yabanıl tip TGTTAGGGCCCCCCTCCCTGAAMutant tip TGTTAGGGTCCCCCTCCCTGAA
-159
![Page 8: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/8.jpg)
AGGGTCACACAGCTTGTTAGTGACACCTGGAA T
CTGGAACAAAGATTGCTCATCTCCTTTCCTCGTTCACCTTTCTTGCTGTTCTGGGCTGACCTTCTCTGCCTCCTCCAGCTCAGCCCAGCTTCTGTCTCGGTACCGACCTCGGCC GGCC GGCC GGCCTTATG GCAGCAGTCATTGCTGTCACCCGCTCTGCCCAGGCTGCCCGCCAGGTCCACTTATGCCGAGGAGTCTTCCCCTTGCTTTACCGTGAACCTCCAGAAGCCATCTGGGCAGATGATGTAGATCGCCGGGTGCAATTTGGCATTGAAAGTGGTGAGCTACCTAGACCTTCCCTGCCACTCCTACCATTTGTATCAGGAGCCCCCCAACCCAGCTTCCCATACCCACTCAAAGGGCCTTGCCT CTCTCCTGTG GTCCCAGGTT TTCCCTGTGA GAGTCACTAA
![Page 9: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/9.jpg)
X geninde gösterilen polimorfizmler
• Ulrich Wahn’ın makalesinden tablo 2 eklenecek.
Bierbaum S. ARJCCM 2005 Sep
![Page 10: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/10.jpg)
yabanıl
C A A T C T A G G C
mutant
![Page 11: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/11.jpg)
X geni promoterBölgesinde saptanan SNPJel görüntüsü
![Page 12: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/12.jpg)
TTCAACCATTTT
TCCAACCATTCT
217
11998
![Page 13: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/13.jpg)
SAĞLIKLI ASTIM p
n 188 396
X geni
Normal
Heterezigot
Mutant
153 (0.814)
33 (0.176)
2 (0.011)
316 (0.798)
75 (0.189)
5 (0.013)
>0.05
![Page 14: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/14.jpg)
KARDİOPULMONER HASTALIKLARDA FENOTİPLER
KardiovaskülerKoroner arter hst
İkincilHipertansiyon
Serum kolesterolHLDL/LDL/Trigliserid
Sol vent hipertrofisi
SolunumAstIM
İkincilBronş aşırı duyarlılığıSerum IgE düzeyleriAtopiİnflamatuvar belirteçlerSolunum fonksiyonlarıAstım şiddeti
![Page 15: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/15.jpg)
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
Kontrol hafif orta ağır
mm
+ m
w g
eno
typ
e
![Page 16: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/16.jpg)
İLİŞKİLENDİRME ÇALIŞMASI(ASSOCIATION)
• Hastalık ve hastalık fenotipleri çok iyi tanımlanmalı
• Büyük olgu kontrol grubu sağlanmalı
• Gelişigüzel (random) seçilmeli
• Olgu-kontrol grupları dengeli olmalı
• Fenotipler çok iyitanımlanmalı
![Page 17: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/17.jpg)
TANIMLANAN SNP’İN İŞLEVİ NE?
![Page 18: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/18.jpg)
Exon 1 Intron 1 Exon 2 Intron 2 Exon 3
5' 3'
Yabanıl tip TGTTAGGGCCCCCCTCCCTGAAMutant tip TGTTAGGGTCCCCCTCCCTGAA
-159
GGCCC
TF
GGTCCX
![Page 19: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/19.jpg)
Transfection analysis with PromoterReporter Construct - A549 cells n=4
0
50
100
150
200250
300
350
400
450
ww mm PGL-3 basic PGL-3 control
Constructs
Luci
fera
se
activ
ity
Kalaycı O, AJRCMB 2003
![Page 20: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/20.jpg)
astım genlerinin araştırılması (II)
Genom boyu tarama
+
Pozisyonel klonlama
![Page 21: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/21.jpg)
Am J Hum Genet 2001;68:1437-1446
Genom boyu tarama
Hastalığı taşıyan aileler
Polimorfik belirteçler
Hastalık ile kromozomalbölge arasında istatistikselbağlantı (linkage analizi)
5q, 6p, 12q, 13q
![Page 22: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/22.jpg)
• 460 aile• En az iki astımlı kardeş• Genom boyu tarama + Linkage
analizi• 20 kromozomun kısa kolunda
bir DNA bölgesi Etkilenen kardeşlerde X1000
daha sık• Polimorfik belirteçler
ADAM 33 20p13
![Page 23: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/23.jpg)
Pozisyonel klonlama
• Fonksiyonunu bilmeksizin bir hastalık geninin tanımlanması
• Bilinmeyen bir genin tanımlanması
![Page 24: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/24.jpg)
astım genlerinin araştırılması (III)
Genom boyu polimorfizm taraması
![Page 25: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/25.jpg)
![Page 26: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/26.jpg)
ORMDL3p=10-22
Endoplasmik retikulumda bulunan
transmembran protein
![Page 27: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/27.jpg)
Astım ve atopi ile ilişkili fentotiplerle >10 bağımsız çalışmada
ilişkili bulunan genler• IL-4• IL-13• CD14• ADRB2• HLA-DRB1• HLA-DQB1• TNF• FCεR1β• IL4Rα• ADAM 33
![Page 28: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/28.jpg)
• Astımın ailevi özelliği vardır.
• Genetik polimorfizmler astım riskini etkiler
• Çevresel faktörler astım riskini etkiler
• Genetik yatkınlıkla çevresel faktörler arasında çok sıkı bir ilişki vardır
![Page 29: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/29.jpg)
Astma genetiği
• Astma genlerinin araştırılması• Fizyopatoloji
• Presemptomatik tedavi
• Koruyucu tedavi
• Fonksiyonel genomik çalışmalar
• Farmakogenetik
![Page 30: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/30.jpg)
Astım Farmakogenetiği
Genetik bilgiyi kullanarak hangi hastanın tedaviye iyi / kötü yanıt vereceğini
saptamak
![Page 31: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/31.jpg)
Populasyon değişkenliği
Plasebo Çıft kör“izlem” Aktıf Tedavı2 hafta 12 hafta
Montelukast
Beclomethasone*
Malmstrom et al. Ann Intern Med. 1999;130:487-495.
FEV1 12 hafta
![Page 32: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/32.jpg)
% değişiklik(ort ± SE)
Hafta
Beclomethasone
Montelukast
-3-113579
11131517
0 3 6 9 12
Bazal=2.2 L
Malmstrom et al. Arch Intern Med. 1999;130:487-495.
FEV1
![Page 33: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/33.jpg)
0
5
10
15
20
25
30
<-30 -30 to<-20
-20 to<-10
-10 to<0
0 to
<1010 to<20
20 to<30
30 to<40
40 to<50
³50
Hastaların yüzdesi
Beclomethasone Montelukast
FEV1 Bazal değerden % değişiklik
Malmstrom et al. Ann Intern Med. 1999;130:487-495.
Populasyon değişkenliği
![Page 34: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/34.jpg)
Liggett et al. AJRCCM, 1997
MGQPGNGSAFLLAPNRSHAPDH
D
V
T
Q
Q
R
D
EV
W
VV
V
G M G
V M S
L I V
L A I
F G N
V L V
I
T A I
I
AK
FE
R L Q T VT
N
Y
F
L I H
A G F
P V V
A L G
V L D
A C A
AI
S T I
L
M
E F W
S I D
V L C
V T A
I E T
L C V
T
A V D
Y W H
Q I P
L F S
T L G
V I W
V M L
M
I V R
Q A Y
I A S
S I V
S F Y
P L V
I M V
A
V Y S
I V H
I N V
I F F
P L W
L T F
T G M
V
I G L
E V Y
L L N
W I G
Y V N
G F N
P L I
I
C R S
S
I
S
I
V
F
C
I
S
Y
D N L IQ R
K
C
C
D
F
FT
N
T
EN
AYC
NI
A
E
Q
H
T
A
RCMK
MW T F G
N
WF
AF
YR
I
TS
PF K Y Q S L
LT
K
N
KA R
F
V
QE
A K R Q L Q KI
F R G E S K DHVQ
NL S Q V E Q D G R T G H G L
RR
S
K L
S
E C
K
K H
F
AL
TK
IF RD
P
L
QE
FA
L
C
L
R
R
S
SLKAG YE G T N G N S S Y G NS QGY
HV
EL L C E D L P G T EK
N R G Q S D I N D SC
D F V G
P V T GQ
HE K E NQ
STD NSL L
¨
2AR Polimorfizmleri
84 (CTG CTA)
413 (CTG CTA)
HOOC
366 (TAT TAC)
351 (GGG GGC)
175 (CGG AGG)
Gln 27 Glu (CAA GAA)
Arg 16 Gly (AGA GGA)
NH2
Val 34 Met (GTG ATG)
Thr 164 Ile (ACC ATC)
![Page 35: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/35.jpg)
Run-in6 hafta
Randomize kör tedavi16 hafta
Placebo inhaler 4x+Gerektikçe salbutamol
Run-out4 hafta
Salbutamol inhaler x4 +Gerektikçe salbutamol
NHLBI BAGS ÇALIŞMASI
![Page 36: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/36.jpg)
BAGS Genetik Analiz
Randomizasyon sonrası hafta
Arg/Arg-LHGly/Gly-Düzenli
Arg/Arg-Düzenli
S
abah
PE
F (
L/m
in)
-25
-20
-15
-10
-50
5
10
0 5 10 15 20
Israel EJ et al., AJRCCM; 2000
![Page 37: ASTIMDA GENETİK ÇALIŞMALAR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022051116/56815444550346895dc250f7/html5/thumbnails/37.jpg)
Genetik çalışmalar
astım tanı ve tedavisinde
önümüzdeki yılların en önemli beklentisidir
SONUÇ