système d'information génétique
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Des exemples concrets de valorisation de données
(problèmes rencontrés,solutions trouvées, valeur ajoutée du service...)
L’accès aux données pour la recherche & innovation »
Workshop ACTA 8 Octobre 2015
FGE : Système d'Information Génétique
France Génétique Elevage : Système d’Information Génétique
Béatrice BALVAY (idele)
FGE : Système d'Information Génétique
� 1966 : Loi sur l’élevage� Organise l’amélioration génétique des ruminants
� Très forte implication des pouvoirs publics :
� Contexte fortement réglementé avec monopoles de zones d’activité
� Financements publics abondants
� Collecte de données de terrain et transmission vers l’INRA pour Indexation
� Un Système d’Information à 2 niveaux : Régional - National� Organismes de terrain non informatisés
� Mutualisation informatique au Centre Régional Informatique (CRI)
� Transmission par vecteurs standard vers le centre national INRA (CTIG)
� Arrêté du 9 mai 1973 sur accès aux données zootechniques� Ont accès à toutes les données, pour leurs missions d’amélioration génétique :
� INRA, ITEB (ex idele), UPRas (ex Organismes de Sélection), US (ex entreprises de sélection)
FGE : Système d'Information Génétique
Un peu d’histoire (1)
� Années 80 : Constitution de Bases de Données Régionales� Accords inter-organismes d’accès mutuels aux données
� Objectifs :� Consolider les données par une mise en cohérence entre métiers
� Maximiser les valorisations des données par tous les acteurs pour :� Inciter à la collecte en enrichissant les retours à l’éleveur
� Fiabiliser les données par la détection des erreurs
� Collecte de données de terrain et transmission vers l’INRA pour Indexation
� Années 90 : Conception du SIG� Un système intégrant niveau régional et national dans un outil unique
� Un SI dont l’ambition est d’être « la colonne vertébrale » du SI de l’élevage
Un Système d’Information conçu dans un monde très différent du monde actuel !
FGE : Système d'Information Génétique
Un peu d’histoire (2)
Un outil collectif pour :
� Fiabiliser les données collectées sur le terrain
� Faire circuler les données entre les acteurs de l’amélioration génétique des bovins
� Mettre à leur disposition les données� à jour
� explicitement définies au niveau national et gérées selon des règles connues
� de façon simple : une seule source constitue la référence.
� Un Système d’Information constitué :� D’un NOYAU COMMUN NATIONAL� Inséré au cœur des applications spécifiques de chaque site
� Périmètre fonctionnel du SIG :� Identité des bovins, exploitations (= cheptels) et détenteurs� Mouvements des bovins� Événements de reproduction et filiations certifiées� Performances lait et viande� Pointages morphologiques et qualifications� Index
� 3 éléments constituent le noyau commun :� DONNEES : une base de donnée unique� TRAITEMENTS : un «catalogue» de FONCTIONS de mise à jour� ECHANGES : un système assurant la circulation entre sites
FGE : Système d'Information Génétique
Qu’est-ce que le SIG ?
FGE : Système d'Information Génétique
Circuit des principalesdonnées brutes
Institut del’Elevage
INRAGABI
ECELOBC
EDEMOCPB
EMPS EDEMOIPG
DonnéesBrutes pour indexation
ÉquipesT.E.
Laboratoiresanalyses
Donnéestaureaux
ES
OS
ApplicationsRégionales
BD - SIG+ Fonctions SIG
ApplicationsSpécifiques
BD - SIG+ Fonctions SIG
CTIG
CTIG
ARSOE
ARSOE
Perf. Laitet viande
Labo C.L.Taux C.L.
Parentéscertifiées
I.A. Pointagestestage lait Collectes
Mises en place
Identités :* Cheptels* animaux* détenteursMouvements
PointagesQualifications
Réf. GénétiquesCompatibilités Géné.
Toutes données
� Mécanisme de transferts inter-zone de dossiers complets :� Respect de la cohérence assuré
� Accès à l’information depuis chaque site
� Une BD complète au CTIG :� Plus d’animaux épurés
� Consultation possible
FGE : Système d'Information Génétique
Forces du SIG
� Modèle de données unique sur tous les sites� Travail inter organismes facilité
� Pas d’équivoque sur la définition des données
� Application de mise à jour unique� Règles de gestion connues et identiques sur tout le territoire
� Mise en place des évolutions mieux maîtrisées
� 2 cibles complémentaires :� Les techniciens des organismes� Les éleveurs
� Des services collectifs pour tout le territoire� Indexation des reproducteurs� Travaux de recherche collective (génétique, alimentation…)� Calcul de résultats officiels (cumul lactation, Poids Age Type...)� Production de documents officiels (fiches vaches, bilans troupeau…)
� Des services métiers fournis par les organismes de terrain� Portails éleveurs� Logiciels techniciens de collecte données et d’appui technique� Voire technico-économique
� Une valorisation des données dépassant largement les objectifs initiaux (génétique)
Les services rendus avec les données SIG
En apport et mise à jour de données
� Possible exclusivement par l’application SIG :� Les sites s’interdisent tout accès direct à la BD-SIG en Mise à Jour
� Chaque site a organisé ses programmes régionaux en intégrant l’appel des fonctions SIG et le traitement de leur réponse
� Donnée SIG : donnée officielle� Seuls les organismes agréés peuvent mettre à jour la BD-SIG
� Notion d’habilitation
� Chaque organisme est référencé par un code unique
� Selon sa ou ses activités, il est HABILITÉ pour un ou plusieurs types d’apports pour une zone et une (ou plusieurs) races données
� Pour chaque fonction, l’appel est signé de l’organisme apporteur et le SIG vérifie que celui-ci est habilité à apporter ces données
FGE : Système d'Information Génétique
Les accès aux donnéesdans le SIG
En lecture des données
� Les valorisations des données de la BD-SIG sont de la responsabilité de chaque utilisateur� Une charte « Droits et Devoirs » définit quelles valorisations chaque
famille d’organisme est autorisée à faire de chaque type de données� Complétée après 2007 d’un tableau des « Droits d’accès »
� L’accès en lecture à la BD-SIG (consultations, extractions, valorisations) est sous la responsabilité des instances décisionnelles du site dans le respect de la Charte puis du tableau
FGE : Système d'Information Génétique
Les accès aux donnéesdans le SIG
Périmètre de l’outil informatique collectif
� Une gestion « fermée » des apports de données� Pour garantir la traçabilité et la fiabilité des données
� Une gestion « ouverte » des lectures de données� Qui facilitait la multiplication des valorisations
FGE : Système d'Information Génétique
Les accès aux donnéesdans le SIG
� 2006 : Loi d’orientation agricole� Fin du monopole de zones pour la mise en place de l’IA� Création de l’interprofession France Génétique Elevage� Désengagement financier progressif de l’état� Arrêté SNIG du 12 septembre 2007
� Années 2000 : La donnée, nouvelle valeur montante� Restructuration des acteurs� La donnée est un enjeu commercial� Base du conseil en élevage (pour tous acteurs)
� Multiplication des sources possibles avecles nouveaux matériels (robots, capteurs…)
� Indexation GENOMIQUE
� 2014 : Ouverture à la concurrencedu Contrôle de Performances
� L’accès aux données devient un enjeu crucial !FGE : Système d'Information Génétique
Encore de l’histoire…Plus récente
� Une pression d’organismes extérieurs pour l’accès aux données
� Une demande forte des acteurs de renforcer la sécurité des données = gestion plus fermée des accès en lecture
� Une remise en cause de l’intérêt de la mutualisation du système d’information au niveau national
� Un mouvement « centrifuge »de privatisation des données� Renforcement des systèmes
d’informations d’entreprise
� Constitution de bases de donnéescomplémentaires, hors SIG
� Une évolution réglementaire importante :l’arrêté SNIG du 24 mars 2015 : obligation du consentement de l’éleveur FGE : Système d'Information Génétique
Les impacts du nouveau contexte sur le SIG
Business
changed
a lot…
I’d say
even more:
it evolved !
� Fourniture d’un service national de restitution automatique des données aux éleveurs : EDEL (depuis 2009)
� Définition d’une typologie de données selon plusieurs statuts :� Données SNIG réglementaires� Données SNIG communes par accord interprofessionnel� Données privatives
� Fourniture d’outils adaptés à la gestion des données privatives
� Notion de « Standard FGE » pour garantir l’interopérabilité des données et outils y compris privatifs
� Evolution technique des outils SIG : passage aux Web Service� Qui permettent d’implémenter la gestion des droits d’accès� D’abord de l’outil EDEL (aujourd’hui)� Puis l’outil de gestion des consentements des éleveurs (demain)� Enfin plus généralement pour accéder aux données SIG (après-demain)
Les adaptations du SIG
Une période charnière pour le Dispositif Génétique Français, son interprofession FGE et son système d’information le SIG.
� La restructuration des acteurs se poursuit, voire s’accélère dans un contexte très concurrentiel
� L’indexation génomique se généralise facilitant la production d’index (rapidité, plus besoin de testage)
� Un nouveau Règlement Zootechnique Européen (RZUE) est en cours de rédaction qui bouleverse l’organisation des métiers :� Fin du monopole INRA de l’évaluation des reproducteurs� Responsabilité confiée aux « Breed Societies UE » du contrôle de
performances et de l’évaluation
� Passage d’un dispositif réglementé à un dispositif contractuel
� Le marché du service à l’éleveur s’ouvre à de nouveaux acteurs y compris internationaux
Les perspectives
Les organisations professionnelles s’y préparent :
� Réflexion prospective de FGE : quel Dispositif Génétique Français demain ?
� Audit EASI (des systèmes d’information et d’évaluation génétique) commandé par la CNE pour définir les conditions du maintien du système mutualisé
Merci pour votre attention
Pour conclure
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