pubmed@keio · 2020-03-30 · 初級：はじめてのpubmed 2) 出力・保存法を選択：...

2020.3.17改訂慶應義塾大学信濃町メディアセンター

（北里記念医学図書館）レファレンス担当TEL 03-5363-3725 内線62755

PubMed@KEIO

検索の基本と検索語の選び方

はじめにPubMed と PubMed@KEIO

初級：はじめてのPubMed簡単検索からフルテキスト入手 / 検索結果の保存

中級：検索結果の広げ方・狭め方多すぎるor少なすぎる検索結果から文献を探す方法

PubMed便利機能臨床医学領域の検索機能 / アラート設定

参考情報おすすめ電子リソース / レファレンスサービス

はじめに

Ⅰ. PubMed

Ⅱ. PubMed@KEIO

Ⅲ．アクセス

• 米国National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicineが開発・提供するMEDLINEを含む文献データベース

– 利用費用：無料

– 収載範囲：1946年以降の医学論文＋電子ブック

– 収録件数：3,000万件以上（毎日2,000-4,000件追加）

– 収載雑誌：現行約7,400誌（約40言語-英語99%）

日本発行149誌（癌と化学療法ほか）;日本語46誌

– 索引語：Medical Subject Headings (MeSH)

– 検索語：英語、検索結果も英語で表示

I. PubMedはじめに：

• 分子生物学データベース統合検索システムEntrez（アントレ）の一部でもある

– Entrezに含まれるデータベース

• ヌクレオチド配列

• タンパク質配列

• 全ゲノム配列ほか

– PubMedとのリンクあり

– 横断検索も可

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/search

II. PubMed@KEIOはじめに：

• 検索は普通のPubMedと同じ

• 検索結果に、KOSMOSにリンクしたKEIO-LINKアイコン表示

• 全塾/信濃町メディアセンターが契約している電子ジャーナルは、信濃町キャンパス内/リモートアクセスでフルテキストまでアクセス可

＊このほかにもアクセス可能な無料ジャーナル論文が多数あります。[スライド23]

＊リモートアクセスは信濃町キャンパス在籍の教職員および学生が対象です。

III. アクセス - キャンパス内から

はじめに：

信濃町メディアセンターWebサイト

https://www.lib.keio.ac.jp/med

ぜひブックマーク登録を！

III. アクセス - キャンパス外から

はじめに：

keio.jp(慶應ID)でログイン後、メディアセンター＞電子ジャーナル/データベース＞データベースからデータベースナビを開き「pubmed」を検索

初級：はじめてのPubMed

Ⅰ．検索の基礎

Ⅱ．検索結果

Ⅲ．フルテキスト入手

Ⅳ．検索結果の出力・保存

Ⅴ．便利な検索

I. 検索の基礎初級：はじめてのPubMed

Query Box に検索語を入れてSearch

1. 検索支援① 検索語候補の一覧

② スペルチェック

2. 文字の入力– 大文字、小文字の区別なし

– 著者名は姓（フル）+名（イニシャル）

+ ミドルネーム（イニシャル）例）okano h

– 検索対象外のストップワードあり

例）a, about, always, if, kg, than, without…

– 記号、アクセント記号は省略

例）Behçet’s syndrome behcets syndrome

– ギリシャ文字は読みで

例）β-galactosidase beta galactosidase

※記号、アクセント記号、ギリシャ文字の検索は、結果の太字表記に反映されません[スライド16]

3. 熟語（フレーズ）の入力半角スペースで語をつなげる。

ゴミが多い時は半角ﾀﾞﾌﾞﾙｸｫｰﾃｰｼｮﾝで囲む例）”single cell” OR “single cells”

4. 前方一致アスタリスクを追加

なるべくモレのない検索をしたい時例）injur* injury, injuries, injured…

5. 論理演算子

複数概念の組み合わせを指定したい時

例）gastric cancer AND endoscopic surgery

gastric cancer OR colorectal cancer

gastric cancer AND surgery NOT endoscopy

※演算子は大文字、前後に半角スペース

aaa AND bbb（論理積） aaa OR bbb（論理和） aaa NOT bbb（補集合）*ANDの代わりに半角スペースでも可

6. フィールド指定検索（タグ）

注1）フルネームで論文掲載あるものはフルネーム検索可（2002～）

注2）著者名数に制限あり（1984～1999）

※タグ一覧 → Helpの右側目次 Search Field Descriptions and Tagshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.Search_Field_Descriptions_and

著者名 okano h [au] *自動で前方一致

注1,2) “smith r” [au] *前方一致しない

雑誌名 new engl j med [ta] *フルタイトルも可

出版年 1995 [dp] または 1995:2000 [dp]

所属 keio [ad] *～2013 第一著者のみ

言語 english [la]

論文の種類 review [pt]

DOI DOI番号 [AID]

タイトルと抄録 gastric cancer [tiab]

多くの場合はPubMed側で

自動判別

7. フィールド指定検索（Advanced Search）

1) Advanced

2) フィールド指定＋検索語入力

4) Search

3) ADDをクリック

（プルダウンからAND, OR, NOTの演算子を指定可能）

Query boxに検索式が入力される

・Summary形式、1ページ10件、Best match順が基本

・ウインドウ幅によって画面表示や使用できる機能が異なる[スライド29, 73]

II. 検索結果 - 一覧画面①

検索結果件数

検索語の太字表記

II. 検索結果 - 一覧画面②

PMID識別番号

※これだけで検索可

[スライド62]

タイトル, 著者名, 収載誌, 巻号頁など

抄録のスニペット表示

（検索語に関連する部分の抜粋）

[ ]：翻訳タイトルと

言語（英語以外のみ）

II. 検索結果 - 一覧画面③

Books and Documents：

図書の一部

Review：レビュー（総説）論文

※原著やほかの記事は区別なし

II. 検索結果 - 一覧画面④

画面左側 Results by year：

出版年別の検索結果グラフ

グラフにマウスオーバー

➡ 詳細な論文数表示

左右にスライドさせることで出版年による検索結果の絞り込みが可能

II. 検索結果 - 詳細画面

タイトルをクリックして

詳細画面へ

フルテキストへのリンク

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Online ahead of print : 印刷版出版前

➡ ページ数やフルテキストがまだ無いことも

Abstract

II. 検索結果 - 表示形式変更

※FormatをAbstract形式にすると、抄録全文つきの詳細表示となります。フルテキストへも行きやすく便利です。

III. フルテキスト入手初級：はじめてのPubMed

1. 慶應リンクアイコンから

1) 詳細画面の慶應リンクアイコンをクリック

2) 開いたKOSMOSのページで電子ジャーナルへのリンクが表示されたらクリック

3) 電子ジャーナルのページで“PDF”や“Get PDF”などの表示を探しクリック

印刷版の所蔵がある場合は配架場所が表示される※左上のボタンから出版年、

巻号などで絞り込み可

2. KOSMOSからフルテキストにアクセスできない場合は、他のアイコンを試す。

* 無料文献のアイコンにFreeやOpen Accessと表示あり。種類は多数。

※ID/PWDやクレジットカード情報を求められる場合は有料、契約外誌。

3. 他キャンパスまたは他大学から文献複写を取り寄せる。

申し込む

文献複写申込

申込み用のフォームをご利用ください

1. 検索結果一覧画面から各種出力・保存

IV. 検索結果の出力・保存初級：はじめてのPubMed

2) 出力・保存法を選択：

Save：ファイルとして保存

Email：メール送信

Clipboard：クリップボードに保存

My Bibliography：My NCBIに保存

Collections：My NCBIに保存

Citation manager：EndNoteへの取込み

My NCBIについて

➡[スライド68-73]1) 対象論文にチェック

※チェックなしだと全件選択

※Clipboardは500件、E-mailは200件まで、など各サービスにより上限あり

2. Clipboard

Clipboard

Clipboardは検索終了後8時間有効

IV. 検索結果の出力・保存初級：はじめてのPubMed

永久保存はMy NCBI へ

Query box下のリンクから再呼び出し可

1. フィルタの適用 ①

Filters activated:

現在適用中のフィルタ

V. 便利な検索 - 絞り込み検索

使用したい条件にチェックを入れる

デフォルトで表示される項目以外にも条件が設定されている。

1. フィルタの適用 ②

上記以外の項目を表示する場合は、Additional filters

をクリック

必要な項目にチェックをしてShow をクリック

ウインドウ幅を小さくした場合は、左上のFiltersをクリックしてフィルターを表示

2. 条件の解除

解除したい条件を再クリック、またはページ上部の「Clear all」かフィルタ下の「Reset all filters」

をクリックするまで絞り込み条件は有効

1. 検索式・検索語の掛け合わせ検索 ①

1) Advanced

2) フィールド指定＋検索語入力

3) ADDをクリック

（プルダウンからAND, OR, NOTの演算子を指定可能）

V. 便利な検索 - 履歴検索

4) プルダウンからAdd to Historyを選択

6) 組み合わせたい検索式のをクリックし、Add queryを選択

※2個目以降の検索式は論理演算子を選択して追加することができる

7) プルダウンからSearchを選択

1. 検索式・検索語の掛け合わせ検索 ②

5) 画面下部History and Search Details

に検索式が追加される

2. 過去の検索結果を再確認

History and Search Details内の該当検索式の件数をクリック

検索結果一覧画面

< PubMed初級…演習 >

1. gastric cancer で以下の検索をしましょう。

① gastric cancer ② “gastric cancer” ③gastric cancer [tiab]※件数が異なる理由を説明できますか？

2. 1-③の検索結果Summary一覧で表示変更しましょう。

Abstract形式 & 1ページ50件

3. 2の中からKEIO-LINKアイコンをクリックしてみましょう。

4. 2(1-③)の中から数件をClipboardに保存しましょう。※保存できているか確認しましょう。

5. 2(1-③)の結果を以下の条件で絞り込みましょう。

review & Japanese (Language)※絞り込んだ結果を確認したら、すべての条件を解除しましょう。

中級：検索結果の広げ方・狭め方

Ⅰ. 検索を極めるには

Ⅱ. 知りたいことの整理

Ⅲ．MeSH

Ⅳ．MeSHの活用

Ⅴ．検索語の吟味

検索の目的：

ぴったりの論文がない、本当かな？

エビデンス収集のため網羅的に検索したい！

レビュー・原著論文作成や、診療ガイドライン作成を目的とした検索

手順：

1. 知りたいことを日本語で整理→英語に変換

2. 検索語の吟味（MeSH）36

I. 検索を極めるには

「胃がん再発」の何を調べたいのか？検索の前に掘り下げる

胃がん再発について

II. 知りたいことの整理

どんな胃がん？胃がんに対して何かした結果？

何かと比較して？

1. 研究質問を疑問文で表す

PICO: EBMで使われる質問定式化の項目臨床系の質問なら論点整理に便利

※日本語の用語や切り口は、医学大辞典や医中誌Webで日本語の論文を参照

PPatientProblemParticipant

患者、病態、疾患、対象者

I Intervention 介入、指標

C Comparison 比較

O outcome アウトカム

2. 検索概念の抽出

治療病因診断予後

P患者

早期胃がん患者

I介入

ヘリコバクター・ピロリ菌除

アルコール摂取

FDG-PET再発後のリンパ節転

C比較

除菌しない場合と比べ

断酒内視鏡検査転移がない場合と比べ

Oアウトカム

どの程度再発予防できる？

再発率が異なる？

再発発見率が高まる？

治癒率に変化があ

る？

3. PICOによる整理例（日本語）

P 早期胃がん患者がearly gastric cancerearly-stage stomach caner

I ヘリコバクター・ピロリ菌除菌をすることで

helicobacter infectionhelicobacter pylori

O 再発を recurrence

どの程度予防できるか prevention

4. PICOによる整理例（英語に置き換える）

PICOを用いた論点整理後、検索語を整理するだけで自分の興味に沿った検索結果を厳選することが可能

① 胃癌×再発(gastric cancer OR stomach cancer) AND recurrence → 10,887件

② 早期胃がん×再発予防(early gastric cancer OR early-stage stomach cancer ) AND(recurrence AND prevention) → 203件

③ 早期胃がん×再発予防×ピロリ菌(early gastric cancer OR early-stage stomach cancer ) AND(recurrence AND prevention) AND(Helicobacter infection OR Helicobacter pylori) → 35件

2020.2現在の件数

5. 検索式に適用する

MeSH：Medical Subject Headings索引誌Index Medicusの見出し語として、NLMが1960年に開発した医学用語集

– 一つ一つの用語は、統制語、MeSH用語などと称される

– PubMedほか文献データベースの索引語として付与

– 1論文あたり中心的主題のMajor Topicとして2～3語、その他10～20語のMeSHが付与される

– 毎年改訂され、過去分のPubMed文献データにも反映される（反映されないまま残ってしまうものもあるので注意）

※世界の医学図書館の蔵書目録でも利用

III. MeSH - MeSHとは

PubMedに登録されている同概念の言葉を同時に検索してくれる用語

StomachCancer

Gastric Neoplasm

Gastric Cancer

Stomach Neoplasm

Stomach Neoplasms

MeSHの統制語で検索すると

同義語も含めて

自動で検索してくれる

III. MeSH - 統制語とは

検索語に関連するMeSHを自動的に検索するしくみ。

実際には...

検索語を MeSH→ Journal（雑誌名）→ Author（著者名）の

各変換表に照会し、より正確・網羅的な検索語に変換して検索してくれるシステム。

Advanced Search画面下部

History and Search Details

III. MeSH - 自動用語マッピング

Detailsを開くと検索式の詳細が確認できる

⑤ “stomach neoplasms”という文字列を含む文献

④ “stomach”と”neoplasms”の両方の文字列を含む文献

③ “stomach neoplasms”というMeSHを含む文献

② “gastric”と”cancer” の両方の文字列を含む文献

① “gastric cancer”という文字列を含む文献

②⑤④

→①~⑤のいずれかに当てはまる文献を検索（OR検索）

Search Details

III. MeSH - 実際の検索例

IV. MeSHの活用 - MeSH Database

1. MeSH Databaseで検索する

2) MeSH用語を確認したいキーワードを検索窓に入力

1) PubMedトップ画面右下MeSH Database

一覧画面

おまけ情報：医中誌Webのシソーラスブラウザの詳細画面でもMeSH用語を確認できるものがあります。

2. 検索結果が複数の場合、一覧画面で確認

定義を確認する

詳細画面の下部

Neoplasms

ツリー構造から

・何の概念に含まれるのか、・上位または下位語により適した語がないか ...など確認する

用語をクリックして詳細画面を表示

Digestive System

Disease

3. ツリー構造で上位・下位概念を確認

組み合わせるべきSubheadingsがないか確認する

このMeSHと組み合わせできるSubheadingsのみ表示される

詳細画面

4. Subheadingsを確認

詳細画面

1) Add to search builder

※複数語の場合は、演算子を指定して次の用語を追加

IV. MeSHの活用 - PubMed検索

画面右

2) Search

PubMed

1. MeSH Database詳細画面からPubMed検索

ここからも検索可

※Subheadingsを指定しても無効になる

例）stomach neoplasms [majr] AND helicobacter pylori [mh]

タグでMeSHを指定

➡ [mh] MeSH terms （全MeSH）[majr] MeSH Major Topic（主要MeSH）

※Subheadingsと組み合わせると、タグ指定なしでもMeSH検索に

例） stomach neoplasms/surgery

2. PubMedのQuery Boxから検索

1) MeSH Terms かMeSH Major Topic を選択

2) 検索語を入力

※MeSHディスクリプタまたは見出し語が候補として出る→選択可

3) Addをクリックし、Query boxに検索式が入力されたらSearch

3. PubMedのAdvanced Searchから検索

PubMed

Abstract画面

4. PubMedのAbstract画面から検索

3) 左クリックでSearch in PubMed

1) Abstract画面を下にスクロールしてMeSH termsの項目を表示

2) 文献に付与されたMeSHのうちMajor MeSH（*つき）を中心に、自身のテーマの主題に関連するMeSHを検索語として適用

IV. MeSHの活用 - 特長

類似表現を網羅した検索ができる

例）neoplasms [mh]

➡ cancer, carcinoma, neoplasm, tumor を網羅的に検索

正確な検索ができる例） acquired immunodeficiency syndrome [mh]

➡ AIDS（後天性免疫不全症）が検索される※ “AIDS” で検索すると、”aids”（助ける）が含まれる

MeSHの構造を利用することで実現例）上位のMeSHに広げる / 下位のMeSHで絞り込む

同じレベルのMeSHをORで掛け合わせる

用語の統一

用語の特定

多様な検索

IV. MeSHの活用 - 注意点

MeSHの強みを理解するとともに、

自由語検索や関連するMeSH用語を組み合わせるなど、

MeSHの弱みを補う検索が必要

◎新しい文献には付与されていない

◎索引の専門家がトレーニングを積んで索引づけを行っているが、多少のユレもある

V. 検索語の吟味 - 吟味の手順

該当する用語を日本語で整理 [スライド38-39]

・思いついたキーワード・医中誌Webのシソーラス用語や医学用語辞典を参照

・PICOでの整理が有用

英語に変換 [スライド40, 77]

・思いついたキーワード・英語辞書

MeSHの用語確認 [スライド57]

・Search Details・MeSH Database

・これぞという文献のMeSHを参照

入力語がMeSHにリンクしているか：確認手順

※検索語がMeSHにリンクしない場合、新規概念や地域特有の言葉などはMeSHの用語集に登録されていない可能性もある。

→ フレーズ検索(” ”)、前方一致検索(*)、論題抄録限定の検索([tiab])に切り替える

Search Details内で検索語が[MeSH]つきの言葉(=MeSH)にリンクしている？

検索語を再考

MeSHの定義は検索語と同概念？

MeSH Databaseで確認OK!

? 不明

V. 検索語の吟味 - MeSHの用語確認

多すぎる・ゴミばかり ...

・とりあえず少ない件数を見るために

－年代、言語、対象、論文タイプなどで絞り込み

・的を絞った検索をするために

－検索語を追加してAND検索する

－ MeSHを検索語にする（概念を限定する）

/ 下位語を検索語にする

－略語をスペルアウトして検索する

例）bse bovine spongiform encephalopathy

breast self examination

－臨床研究ならClinical Queriesから検索する[スライド65-67] 58

V. 検索語の吟味 - 結果を狭める

少ない・モレが心配 ...– 似た検索語（類義語）を追加してOR検索する

– これぞという論文からひろった検索語に変える

– MeSHを検索語に追加する / 上位語を検索語にする

– 略語とフルスペルの両方でOR検索する

例）adl OR activities of daily living

– 前方一致で検索する

– 芋づる式に関連論文をたぐる Related Citations

検索された論文の参考文献をチェックする

V. 検索語の吟味 - 結果を広げる

< PubMed中級…演習 >

1. shingles(帯状疱疹)でPubMedを検索してMeSH用語を確認しましょう。

2. 1のMeSH用語をMeSH Databaseで検索して、同義語と下位概念の用語を確認しましょう。

3. 1のMeSH用語にMeSH Major Topicタグ指定をしてPubMedを検索しましょう。

4. 3の結果から1つ選び、その文献に付与されている、他のMeSH Major Topicを確認しましょう。

5. 4のMajor Topicから1つ選び、PubMedを検索しましょう。

PubMed便利機能

Ⅰ. 特定の論文を探す

Ⅱ. Clinical Queries（臨床医学領域）

Ⅲ．My NCBI（登録サービス）

1. PubMed ID（PMID）による検索

※PMIDひとつでとても簡単!!

Query BoxにPMIDを入れてSearch

I. 特定の論文を探す

PubMed便利機能

2. Single Citation Matcherによる検索 ①※PMIDがわからなくても簡単に

> Single Citation Matcher

PubMed便利機能

2. Single Citation Matcherによる検索 ②

文献の掲載情報（知っている情報）を入れて Go

例) Author name + First page

PubMed便利機能

> Clinical Queries

II. Clinical Queries

PubMed便利機能

1. トップ画面のPubMed Toolsからアクセス※エビデンスレベルの高い研究・遺伝学関連研究を短時間で

2. 検索

それぞれ See all から全件表示へ

PubMed便利機能

検索語を入れて Search

臨床研究システマティック

レビュー遺伝学に特化した

論文

3. 絞り込み検索

PubMed便利機能

臨床研究の指定：

Category: 病因,診断,治療,

予後,診療ガイドライン

Scope: Narrow(ゴミのない）

Broad(モレの少ない）

遺伝トピック指定

検索式・文献データの保存、アラートサービスなど

2) 使用したいアカウントを選んでLog in

III. My NCBI - 登録・ログイン

PubMed便利機能

1) ページ右上Log in

新規登録はSign upCreate new

NCBI Account

複数文献の場合:

該当文献にチェック後、をクリックして

Collectionsを選択

ログイン中（Username表示）

III. My NCBI - 文献情報の保存

PubMed便利機能

1件だけの場合:

Abstract画面でFavorites

III. My NCBI - 文献情報の保存

PubMed便利機能

1) 保存したい検索をした後Create alert

2) 検索式の名前、アラートメールの有無、送信先、送信頻度などを設定

III. My NCBI - 検索式保存・アラート

PubMed便利機能

III. My NCBI – フィルターのカスタマイズ

PubMed便利機能

testkeio2) Dashboard(My NCBI)

3) Manage Filters

1) 画面右上Username

III. My NCBI – フィルターのカスタマイズ

PubMed便利機能

4) Propertiesを選択

5) 追加したいフィルタにチェックを入れる

検索結果一覧画面の左上に設定したフィルタが表示される

※ウインドウ幅を小さくすると、設定したフィルタは使用不可

参考情報

Ⅰ．「図解PubMedの使い方」

Ⅱ．おすすめの電子リソース

Ⅲ．レファレンスサービス

インターネットで医学文献を探す

「図解PubMedの使い方」

第7版 2016.11刊行

1階PC資料コーナー

請求記号：Z699.5@Z6

I. 「図解PubMedの使い方」

参考情報

＊legacy（旧）PubMedに準拠した内容です。

II. おすすめの電子リソース

参考情報

学習/研究サポート

「インパクトファクター・引用情報・研究・助成」

インパクトファクター

引用情報

- Web of Science

プロトコル

- Springer Protocols

- Current Protocols など

学習 / 研究サポート

「おすすめリソース」

・よく使われる電子リソースにアクセスできます。

・いずれもリモートアクセス可能です。

「臨床データベース・臨床情報・EBM」

- UpToDate

- DynaMed Plus

- 今日の診療など

II. おすすめの電子リソース

参考情報

学習 / 研究サポート

英語辞書学習 / 研究サポート＞お役立ちリンク集 >

学習・国試・臨床試験 > 英語学習

• こんな時に...- 探したい文献が見つからない

- 検索方法がわからない

- フルテキストが入手できないなど

• レファレンス担当への問い合わせ受付: 平日8:45～17:00

電話: 03-5363-3725（内線62755）

メール:

オンラインフォーム: 質問のすゝめ！

III. レファレンスサービス

参考情報

詳細目次

はじめに：Ⅰ. PubMed 3Ⅱ. PubMed@KEIO 5Ⅲ. アクセス 6

初級：はじめてのPubMedⅠ. 検索の基礎 9

Ⅱ. 検索結果 16

Ⅲ. フルテキスト入手 22

Ⅳ. 検索結果の出力・保存26

Ⅴ. 便利な検索 27

中級：検索結果の広げ方・

狭め方Ⅰ. 検索を極めるには 36

Ⅱ. 知りたいことの整理 37

Ⅲ. MeSH 42

Ⅳ. MeSHの活用 46

Ⅴ. 検索語の吟味 56

PubMedの便利機能：Ⅰ. 特定の論文を探す 62

Ⅱ. Clinical Queries 65

Ⅲ. My NCBI 68

参考情報：

Ⅰ. 「図解PubMedの使い方」75

Ⅱ. おすすめ電子リソース 76

Ⅲ. レファレンスサービス 78

PubMed初級…演習 34

PubMed中級…演習 60

pubmed@keio · 2020-03-30 · 初級：はじめてのpubmed 2) 出力・保存法を選択：...

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