oxford nanopore minion

OXFORD NANOPORE: MinIONSECUENCIACIÓN DE TERCERA GENERACIÓN

Bothrops atrox

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

¿SECUENCIACIÓN DE TERCERA GENERACIÓN? MinION?

05/02/2023 2Unidad de Venómica Estructural y Funcional

El Genetista, El Químico y El Biólogo

3

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

George Church David Deamer Daniel Branton

UN POCO DE HISTORIA

(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)

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Hitos de la secuenciación nanopore

(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)

5

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¿CÓMO FUNCIONA?

6

(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)

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CONSTRUCCIÓN DE LA LIBRERÍA 7

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(Jain et al. Nature Methods 2015.)

TECNOLOGÍA EN DESARROLLO

MinION(2015)

MinION MkIB(201

6)

8

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α-Hemolisina (Exp)

MspA (R7)

MspA (R7)HOLEY GRAIL(R9)

MinION MAP(2014)

(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)

OUTPUT

.fast5

.fasta.fastq

https://www.hdfgroup.org/

9

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HERRAMIENTAS PARA FORMATO FAST5

10

(Hengyun Lu, et al Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly, 2016)

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APLICACIONES

PARTIMOS DE: 12

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Bothrops atrox

13NUESTRO TRABAJO HASTA EL MOMENTO

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Freq

uenc

y

Read length

Bothrops atrox

PRIMEROS RESULTADOS 14

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PRIMEROS RESULTADOS

05/02/2023 15Unidad de Venómica Estructural y Funcional

Secu

enci

a de

Ref

eren

cia

Secuencia de Interés

Grafico de Dot-Plot

PRIMEROS RESULTADOS

05/02/202316Unidad de Venómica Estructural y Funcional

NUESTRO OBJETIVO

17Unidad de Venómica Estructural y Funcional

Echis ocellatus

AGRADECIMIENTOS:18

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Unidad de Genética molecular