non-synonymous snp id

Additionally,  

5’‐TCTAAAATGGGTGAC‐3 

5’‐UCUAAAAUGGGUGAC‐3 

1.  UCU  AAA  AUG  GGU  GAC 2.   . CUA  AAA  UGG  GUG  AC 3.   .  . UAA  AAU  GGG  UGA  C 

 dsDNA 

RNA 

6 possible RFs for dsDNA    3 possible RFs in each direction 

1 sequence with 1 SNP  

2 sequences, one for each SNP allele 

Translate into AA sequence for all 6 reading frames  

Determine RF with protein BLAST 

Align AA sequences for RF with highest e‐value for each 

locus 

Identify non‐synonymous SNPs 

2 sequences, one for each SNP allele 

1 sequence with 1 SNP  

http://www.ebi.ac.Tk/Tools/emboss/transeq/index.html? 

276 sequences  84 sequences BLASTP 

All 23 loci  18 loci 

INPUT  OUTPUT 

       Query                   Top Hit                     E‐value           Scenario  

AlleleLocus Reading frame 

Only 1 reading frame had hits 

Multiple reading frames had hits,1 had higher E‐value 

17 synonymous SNPs (no change in AA) 

1 non‐ synonymous SNP 

SNP U1214: [A/C] 

Gene: Sialytransferase 

GO Terms 

SNP Table  AA difference 

Create SNP Table   Determine RF for ref seq via getORF 

Import reading frame as  GenBank format 

Create new SNP table with AA difference