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Controllo Esterno di qualità dei test genetici
Schema Citogenetica Oncologica:
Risultati CEQ 2015
Discussione dei casi che hanno portato a performance insufficiente
Barbara Crescenzi: Struttura Semplice di Genomica dei Tumori, Struttura Complessa di
Ematologia, A.O.di Perugia
Sabine Stioui: UOS Citogenetica-ASST-Ovest Milanese
Marco Mancini: UOC di Ematologia, Azienda Policlinico Umberto I, Roma
Roma 15 Aprile 2016
1.La qualità del bandeggio è insufficiente/inadeguata e non permette una
corretta ricostruzione dei cariotipi
2.Vi sono più di due errori di ricostruzione cariotipica
3.L’analisi/diagnosi citogenetica è errata
4.L’ISCN utilizzata per la formula citogenetica convenzionale e/o la formula
FISH è assente o errata e fuorviante
5.La completezza/appropriatezza dell’analisi non è adeguata o non è
valutabile
6.La descrizione del risultato è assente o errata
7.L’interpretazione è assente o errata
8.Punteggio ottenuto inferiore a 5/11.5
CRITERI 2015
PERFORMANCE INSUFFICIENTE
46,XY,der(9)[20]Sospetto diagnostico SMD
Commento: presenza di un derivativo 9 in tutte le metafasi analizzateIl risultato potrebbe essere compatibile con il sospetto diagnostico.
1.La qualità del bandeggio è insufficiente/inadeguata e non permette una
corretta ricostruzione dei cariotipi
2.Vi sono più di due errori di ricostruzione cariotipica
3.L’analisi/diagnosi citogenetica è errata
4.L’ISCN utilizzata per la formula citogenetica convenzionale e/o la formula
FISH è assente o errata e fuorviante
5.La completezza/appropriatezza dell’analisi non è adeguata o non è
valutabile
6.La descrizione del risultato è assente o errata
7.L’interpretazione è assente o errata
8.Punteggio ottenuto inferiore a 5/11.5
CRITERI 2015
Descrizione del risultato
La formula del cariotipo (ISCN 2013) deve essere descritta nella sua completezza
Specificare il numero di cellule osservate [20]
Specificare il numero di cromosomi dell’assetto
Specificare l’assetto cromosomico sessuale (opzionale)
Descrivere l’anomalia osservata (es. trisomia, delezione o traslocazione)
scrivendo i cromosomi coinvolti, i punti di rottura e i geni, soprattutto quando
confermati in FISH
Descrivere anche la formula di un cariotipo normale
“Sono state analizzate 20 metafasi in cui si osserva un assetto cromosomico
(maschile/femminile) a 46 cromosomi in cui non si sono osservate alterazioni
numeriche e strutturali”
Es.“Sono state analizzate 20 metafasi delle quali 10 rappresentano un clone
anormale caratterizzato da un assetto cromosomico (maschile/femminile) a 47
cromosomi per la presenza della trisomia di un cromosoma 8”
….a 46 cromosomi per la presenza di una traslocazione tra il braccio lungo di un
cromosoma 9 ed il braccio lungo di un cromosoma 22 rispettivamente in q34 e q11.
Interpretazione del risultato
Correlare il risultato, quando possibile con il sospetto diagnostico
Far riferimento alla patologie presenti nella WHO 2008 in caso di ritrovamento di
anomalie con significato prognostico definito
Nel caso non siano anomalie riportate nella WHO far riferimento alla letteratura
se vi è comunque una associazione sostenuta da molteplici pubblicazioni/trials
Nei casi di follow-up specificare se NON si è ritrovato il clone osservato
all’esordio, oppure se il clone osservato è il medesimo
Importante specificare la necessità di ulteriori indagini per una corretta
interpretazione del dato
Importante specificare se il tessuto di indagine non è il tessuto di elezione
Caso 1 sospetta SMD
45,XY,-7[20]/46,XY[4] interpretazione assente
La monosomia 7 identifica un sottogruppo di SMD a cattiva prognosi
(IPSS-R , Greenberg PL et al., Blood, 2012)
Il presente referto deve essere interpretato in sede di consulenza genetica
o con lo specialista che lo ha prescritto
Rimandare alla consulenza genetica non è sempre appropriato in oncoematologia
Caso 2 piastrinopenia
paziente del 1934
45,X,-Y[10]/46,XY[11]
Interpretazione assente
La perdita del cromosoma Y potrebbe essere correlata all’età del paziente. Tale
dato, in assenza di segni morfologici di displasia, non è sufficiente per una
diagnosi di SMD (WHO 2008). Se la morfologia depone per una SMD
l’IPSS-R gli assegna “very good”.
5 gruppi citogenetici
Very good 11q-,-YGood 5q, 12p-, 20q-, 5q-+1abnIntermediate 7q-, +8, +19, i(17q), any other single or indipendent clonePoor inv(3)/t(3;3)/del 3q, -7/7q-, complex 3 abnVery poor >3 abn
Caso 1: Leucemia Mieloide Acuta (prima diagnosi)
Cariotipo : 45,XX,-7[15]/46,XX[10].nuc
ish(KMT2AX2)[300],(CBFBX2)X2[300],(RUNX1,RUNX1T1)X2[300]
CONCLUSIONI: Il 60% delle metafasi analizzate (15/25) mostra
cariotipo femminile a 45 cromosomi con assenza di un cromosoma 7. A
cariotipo femminile normale le restanti metafasi. L’indagine FISH
condotta su nuclei in interfase e in ibridazioni separate non mostra
alterazioni a carico delle regioni studiate dei cromosomi 8,11,16 e 21.
Interpretazione assente
La monosomia 7 hanno un significato prognostico sfavorevole
nelle LAM
.
Anomalia cromosomica Fattore prognostico
t(8;21)(q22;q22) RUNX1-RUNX1T1 Favorevole
t(15;17)(q21;q24) PML-RARA Favorevole
inv(16)(p13q22)/t(16;16)(p13;q22) CBFB-MYH11 Favorevole
t(9;11)(p22;q23) MLLT3-MLL Intermedio
inv(3)(q21q26.2) t(3;3)(q21;q26.2) RPN1-EVI1 Sfavorevole
t(6;9)(p23;q34) DEK-NUP214 Sfavorevole
t(v;11)(v;q23) riarrangiamenti MLL Sfavorevole
Anomalie # 5, 7, 17p Sfavorevole
Cariotipo complesso Sfavorevole
Cariotipo monosomico Estremamente sfavorevole
Significato prognostico Leucemie MieloidiAcute
Da integrare con ricerca di mutazioni a carico di NPM1, FLT3 e CEPBA
Caso 1: sospetta SMD
45,X,-Y[10]/46,XY[11]
Nessuna interpretazione del risultato citogenetico
La perdita del cromosoma Y potrebbe essere correlata all’età del
paziente. Tale dato, in assenza di segni morfologici di displasia, non è
sufficiente per una diagnosi di SMD (WHO 2008). Se la morfologia
depone per una SMD l’IPSS-R gli assegna “very good”.
Caso 2: sospetta SMD
46,XY,del(13)(q14)[12]/46,XY[8]
Anomalia rara
5 gruppi citogenetici
Very good 11q-,-YGood 5q, 12p-, 20q-, 5q-+1abnIntermediate 7q-, +8, +19, i(17q), any other single or indipendent clonePoor inv(3)/t(3;3)/del 3q, -7/7q-, complex 3 abnVery poor >3 abn
Caso 1: SMD con ipoplasia midollare
45,XX,-7[18]/46,XX[7] R-IPSS (poor)
Nessuna interpretazione
Caso 2: B-CLL
45,XX,ish dic(8;17)(q11;p11)(TP53-),del(14)(q22?-qter)[15]/46,XX[3]
La FISH ha evidenziato una delezione di una copia del gene P53
Nessuna interpretazione
Anomalia Prognosi
del(17)(p13.1) TP53 Sfavorevole
del(11)(q22.3) ATM Sfavorevole
Trisomia 12 Intermedia (a-CLL)
del(13q14) DLEU Favorevole
del(6q) Intermedia
t(11;14)(q13;q32) Diagnosi differenziale con linfoma mantellare
- L’interpretazione è forviante
- Non c'è alcun riferimento alla complessità del cariotipo (+ di 3 anomalie) che, al
di là dei cromosomi e delle regioni coinvolte, è legato a cattiva prognosi
- Non si capisce se c’è delezione delle regioni critiche 5q31 e 5q34 (I-FISH)
- Referto dopo 60 giorni.
Caso 2: leucemia mieloide acuta esordio (M7)
Cariotipo: 47,XX,ins(2;5)(q33;q21q35),der(3)t(3;5)(p23;q35),der(5)del(5)(q21q35)t(3;5)(p23;q35),+19[29].ish
ins(2;5)(wcp2+,wcp5+),der(3)(TelVysion5q+,wcp5+,TelVysion3p-
,wcp3+),der(5)(wcp5+,TelVysion5q-, wcp3+,TelVysion3p+),+19(wcp19+)
Conclusioni: Sono state analizzate 29 metafasi con assetto cromosomico femminile
a 47 cromosomi con trisomia 19 e anomalie che coinvolgevano i cromosomi 2, 3 e 5.
Per definire queste anomalie si sono quindi utilizzate la tecnica multiFISH e l'analisi
FISH con le sonde per i telomeri 3p e 5q. In tutte le metafasi analizzate si e' cosi'
evidenziata la presenza di un riarrangiamento complesso, apparentemente
bilanciato, che comprende l'inserzione della regione 5q21-5q35 del cromosoma 5 nel
braccio lungo del cromosoma 2 a livello della banda 2q33 ed una traslocazione
reciproca tra il cromosoma 3 ed il cromosoma 5, coinvolto nell'inserzione, con punti
di rottura a livello delle bande 3p23 e 5q35.
Queste anomalie non sono incluse nelle anomalie citogenetiche con
significato prognostico nei casi di leucemia acuta mieloide (LAM)
Anomalia cromosomica Fattore prognostico
t(8;21)(q22;q22) RUNX1-RUNX1T1 Favorevole
t(15;17)(q21;q24) PML-RARA Favorevole
inv(16)(p13q22)/t(16;16)(p13;q22) CBFB-MYH11 Favorevole
t(9;11)(p22;q23) MLLT3-MLL Intermedio
inv(3)(q21q26.2) t(3;3)(q21;q26.2) RPN1-EVI1 Sfavorevole
t(6;9)(p23;q34) DEK-NUP214 Sfavorevole
t(v;11)(v;q23) riarrangiamenti MLL Sfavorevole
Anomalie # 5, 7, 17p Sfavorevole
Cariotipo complesso Sfavorevole
Cariotipo monosomico Estremamente sfavorevole
Significato prognostico Leucemie MieloidiAcute
Da integrare con ricerca di mutazioni a carico di NPM1, FLT3 e CEPBA
Le delezioni del braccio lungo del cromosoma 7 definiscono un sottogruppo
preciso di SMD a prognosi intermedia (IPSS-R 2012)
Caso 1 sospetta SMD
46,XY,del(7)(q22) 11/46,XY
Interpretazione assente
Caso 2
46,XY,t(9;22)(q34;q11)
Traslocazione reciproca tra le bande 9q34 e 22q11, non
viene menzionato il Cromosoma Filadelfia
Esordio??? Follow-up????
Caso 1: LAM
47,XY,del(13)(q15),+mar[21].nuc ish(D7Z1)X2 mar
[200].RUNX1T1x2,RUNX1T1x3~7 [160/200],(D11Z1)x2
[200],(D13S319,LAMP)x1[139/180]
3-7 copie di AML1 nel cromosoma marker (hight level amplifications)
Significato prognostico definito nelle B-ALL (iAMP21-cattiva prognosi)
Nelle SMD/LAM stretta associazione con i cromosomi marker
Rara, pochi casi descritti, difficile correlare con la prognosi
Caso1: SMD/LAM
47-51,XY,del(5)(q13q34)[20],+del(5)(q13q34)[3],+8 [23],-21[23],+22
[20],+22x2 [3],+r(?)[7],+1~5mar [14],1~10dmin [cp23]
Solo descrizione delle anomalie, interpretazione assente
Cariotipo complesso quindi prognosi sfavorevole sia nelle SMD che LAM
1.La qualità del bandeggio è insufficiente/inadeguata e non permette una
corretta ricostruzione dei cariotipi
2.L’analisi/diagnosi citogenetica è errata
3.Vi sono più di due errori di ricostruzione cariotipica
4.L’ISCN utilizzata per la formula citogenetica convenzionale e/o la formula
FISH è assente o errata e fuorviante
5.La completezza/appropriatezza dell’analisi non è adeguata o non è
valutabile
6.La descrizione del risultato è assente o errata
7.L’interpretazione è assente o errata
8.Punteggio ottenuto inferiore a 5/11.5
CRITERI 2015
Caso 1: leucemia mieloide cronica
3 errori di ricostruzione in uno due cariotipi inviati per la valutazione
Caso 2: leucemia linfoblastica acuta (LAL)
(età paziente 2 anni)
46,XY[8]/48,XY,+21,+21,t(12;21)(p13;q22)[2].nuc ish
12p13(TELX3),21q22(AML1x5)(AML1con TELx2)[40/200],
8q24(MYCx2),14q32(IGHx2),11q23 (MLLx2),9q34(BCRx2),22q11.2
(ABLx2)[200]
Solo descrizione delle anomalie
Interpretazione assente
B-ALL PROGNOSIS
Cytogenetic findings Genetic alteration Prognosis
t(9;22)(q34;q11) BCR/ABL Unfavourable
t(4;11)(q21;q23) AF4/MLL Unfavourable
t(1;19)(q23;p13) PBX/E2A Unfavourable
t(12;21)(p13;q22) TEL/AML1 Favourable
der(21) iAMP21 amp RUNX1 Unfavourable
11q23 MLL rearrangements partners
t(17;19)(q22;p13) HLF-TCF3 Unfavourable
Hyperdiploid>50 Favourable
Hypodiploidy Unfavourable
t(12;21) e anomalie addizionali (del ETV6, +21, +der(21)t(12;21))Moorman AV, Blood ASH Abstract 2008
Barbany et al, Leukemia Research 2012
Riferimenti
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