alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidestese.pdf · defesa...
TRANSCRIPT
![Page 1: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/1.jpg)
Defesa de Mestrado
Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos
1
Sérgio Jeferson Rafael Ordine
Orientador: Zanoni Dias
![Page 2: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/2.jpg)
Agenda
2
❖ Introdução
❖ ALGAe
❖ Melhorias
❖ Anubis
❖ Considerações Finais
![Page 3: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/3.jpg)
Introdução
3
![Page 4: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/4.jpg)
Alinhamento de Sequências
❖ Arranjo de sequências de caracteres
❖ Maximizar Pontuação
❖ Para sequências biológicas - evidencia similaridades:
❖ Estruturais
❖ Funcionais
❖ Modela a história evolucionária
4
![Page 5: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/5.jpg)
Alinhamento de Sequências
M KWTARP DER
M KWEAVHA
M S S KKG GA R
M A K L S K Q Q K K
5
![Page 6: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/6.jpg)
Alinhamento de Sequências
M KWTARP DER
M KWEAVHA
M S S KKG GA R
M A K L S K Q Q K K
5
![Page 7: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/7.jpg)
Alinhamento de Sequências
M KWTARP DER
M KWEAVHA
M S S KKG GA R
M A K L S K Q Q K K
-
5
![Page 8: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/8.jpg)
Alinhamento de Sequências
M KWTARP DER
M KWEAVHA
M S S KKG GA R
M A K L S K Q Q K K
-
--
5
![Page 9: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/9.jpg)
Alinhamento de Sequências
❖ Alinhamento de 2 sequências
❖ Needleman e Wunsch (1970)
❖ Programação dinâmica
❖ θ(mn)
7
![Page 10: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/10.jpg)
Alinhamento de Sequências
❖ Alinhamento de 2 sequências
❖ Semi-Global
❖ Local: Smith e Waterman (1981)
8
![Page 11: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/11.jpg)
Alinhamento Múltiplo de Sequências
9
❖ Multiple Sequence Alignment (MSA)
❖ Conjunto de 3 ou mais sequências
❖ NP-Difícil: Wang e Jiang (1994), Just (2001)
❖ Foco deste trabalho: Sequências de proteínas
![Page 12: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/12.jpg)
MSA
10
Progressivo
![Page 13: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/13.jpg)
MSA
10
Progressivo
![Page 14: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/14.jpg)
MSA
10
Progressivo
![Page 15: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/15.jpg)
MSA
10
Progressivo
![Page 16: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/16.jpg)
MSA
10
Progressivo
![Page 17: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/17.jpg)
MSA
11
Progressivo
![Page 18: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/18.jpg)
MSA
11
Progressivo
![Page 19: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/19.jpg)
MSA
11
Progressivo
![Page 20: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/20.jpg)
MSA
12
Iterativo
![Page 21: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/21.jpg)
MSA
12
Iterativo
![Page 22: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/22.jpg)
MSA
12
Iterativo
![Page 23: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/23.jpg)
MSA
12
Iterativo
![Page 24: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/24.jpg)
MSA
12
Iterativo
![Page 25: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/25.jpg)
MSA
12
Iterativo
![Page 26: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/26.jpg)
Algoritmos Genéticos
13
❖ Algoritmos de otimização
❖ Inspirado na Seleção Natural
❖ Holland (1975)
❖ SAGA: Notredame e Higgins (1996)
❖ Precursor do uso de Algoritimos Genéticos para MSA
![Page 27: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/27.jpg)
Algoritmos Genéticos
14
![Page 28: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/28.jpg)
Algoritmos Genéticos
14
População Inicial
![Page 29: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/29.jpg)
Algoritmos Genéticos
15
• População Inicial
![Page 30: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/30.jpg)
Algoritmos Genéticos
15
• População Inicial
Crossover
![Page 31: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/31.jpg)
Algoritmos Genéticos
15
• População Inicial
Crossover
![Page 32: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/32.jpg)
Algoritmos Genéticos
Crossover16
• População Inicial
![Page 33: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/33.jpg)
Algoritmos Genéticos
17
• População Inicial• Crossover
![Page 34: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/34.jpg)
Algoritmos Genéticos
18
• População Inicial• Crossover
Mutação
![Page 35: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/35.jpg)
Algoritmos Genéticos
18
• População Inicial• Crossover
Mutação
![Page 36: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/36.jpg)
Algoritmos Genéticos
Mutação19
• População Inicial• Crossover
![Page 37: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/37.jpg)
Algoritmos Genéticos
19
• População Inicial• Crossover• Mutação
![Page 38: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/38.jpg)
Algoritmos Genéticos
Seleção20
• População Inicial• Crossover• Mutação
![Page 39: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/39.jpg)
Algoritmos Genéticos
Seleção20
• População Inicial• Crossover• Mutação
![Page 40: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/40.jpg)
Algoritmos Genéticos
20
• População Inicial• Crossover• Mutação• Seleção
![Page 41: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/41.jpg)
Algoritmos Genéticos
21
• População Inicial• Crossover• Mutação• Seleção
![Page 42: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/42.jpg)
Algoritmos Genéticos
❖ População Inicial
❖ Crossover
❖ Mutação
❖ Seleção
![Page 43: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/43.jpg)
Algoritmos Genéticos
❖ População Inicial
❖ Crossover
❖ Mutação
❖ Seleção
❖ Função objetivo (fitness function)
![Page 44: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/44.jpg)
Algoritmos Genéticos
❖ Problema
❖ Utilizar algoritmos genéticos para MSA
❖ Diversos parâmetros
❖ Diversas possibilidades para cada parâmetro
❖ Avaliação dos resultados
![Page 45: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/45.jpg)
ALGAe
25
![Page 46: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/46.jpg)
ALGAe
26
❖ Ambiente configurável
❖ Algoritmo genético para resolução de MSA
❖ Java
❖ Log
❖ Testes com algumas variações para cada parâmetro
❖ Foco em proteínas
![Page 47: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/47.jpg)
Parâmetros
❖ População inicial
❖ Mutação
❖ Crossover
❖ Seleção
❖ Função objetivo
27
![Page 48: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/48.jpg)
População Inicial
❖ Basic Star Alignment
❖ Random Star Alignment
❖ Super Population
❖ Population CR (Conserved Region)
28
![Page 49: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/49.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
29
![Page 50: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/50.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
29
![Page 51: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/51.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
29
![Page 52: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/52.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
29
![Page 53: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/53.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
29
![Page 54: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/54.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
29
![Page 55: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/55.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
29
![Page 56: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/56.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
30
![Page 57: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/57.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
30
![Page 58: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/58.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
30
![Page 59: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/59.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
30
![Page 60: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/60.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
31
![Page 61: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/61.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
31
![Page 62: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/62.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
31
![Page 63: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/63.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
31
![Page 64: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/64.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
31
![Page 65: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/65.jpg)
População InicialBasic Star Alignment Population
31
![Page 66: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/66.jpg)
População InicialRandom Star Alignment Population
32
![Page 67: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/67.jpg)
População InicialRandom Star Alignment Population
32
![Page 68: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/68.jpg)
População InicialRandom Star Alignment Population
32
![Page 69: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/69.jpg)
População Inicial
❖ Super Population
❖ União das populações dos métodos anteriores
❖ População maior que o limite populacional
❖ Extinção em massa na primeira geração
34
![Page 70: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/70.jpg)
População Inicial
❖ PopulationCR
❖ Criado sobre o método Super Population
❖ Alinhamento baseado em regiões conservadas
❖ Par a par
❖ Progressivo - Sequências com maior similaridade
![Page 71: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/71.jpg)
População Inicial
❖ Abordagem A1
❖ Alinhamento local
❖ Recursivo - prefixo e sufixo
![Page 72: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/72.jpg)
População InicialPopulationCR
Abordagem A1
37
A V P E A S S M P I T L N R S M N V A L QWASKYMPARDL
![Page 73: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/73.jpg)
População InicialPopulationCR
Abordagem A1
37
A V P E A S S M P I T L N R S M N V A L QWASKYMPARDL
![Page 74: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/74.jpg)
População InicialPopulationCR
Abordagem A1
37
A V P E A S S M P I T L N R S M N V A L QWASKYMPARDL
![Page 75: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/75.jpg)
População InicialPopulationCR
Abordagem A1
37
A V P E A S S M P I T L N R S M N V A L QWASKYMPARDL
![Page 76: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/76.jpg)
População InicialPopulationCR
Abordagem A1
37
A V P E A S S M P I T L N R S M N V A L QWASKYMPARDL
![Page 77: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/77.jpg)
População InicialPopulationCR
Abordagem A1
37
A V P E A S S M P I T L N R S M N V A L QWASKYMPARDL
![Page 78: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/78.jpg)
População Inicial
❖ Abordagem A2
❖ Blocos identicos
❖ Janela deslizante
❖ Grafo orientado de blocos consistentes
❖ Caminho máximo
![Page 79: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/79.jpg)
População Inicial
❖ Abordagem A2
❖ Caminho máximo
❖ Grafo acíclico
❖ Ordenação topológica
![Page 80: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/80.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
40
![Page 81: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/81.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
TTK
K T T
40
![Page 82: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/82.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
TTK
K T T
40
![Page 83: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/83.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
KDATTK
K T T A D K
40
![Page 84: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/84.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
KDATTK
K T T A D K
40
![Page 85: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/85.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
KDATTK
K T T A D K
40
![Page 86: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/86.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
41
![Page 87: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/87.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
D TK
D K T
41
![Page 88: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/88.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
D TK
D K T
41
![Page 89: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/89.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
D TTK
D K T T
TK
K T
41
![Page 90: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/90.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
D TTK
D K T T
TK
K T
41
![Page 91: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/91.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
D TTK
D K T T
TK
K T
41
![Page 92: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/92.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
42
![Page 93: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/93.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
KDA
A D K
42
![Page 94: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/94.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
KDA
A D K
42
![Page 95: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/95.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
TKDA
K T T A D K
TK
42
![Page 96: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/96.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
TKDA
K T T A D K
TK
42
![Page 97: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/97.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
43
![Page 98: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/98.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
D TK
D K T
43
![Page 99: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/99.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
D TK
D K T
43
![Page 100: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/100.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
D TTK
D K T K T T
TK
43
![Page 101: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/101.jpg)
População Inicial
A TKDAYD TTK
K T T A D K T T A K
T
T T
Abordagem A2
PopulationCR
D TTK
D K T K T T
TK
43
![Page 102: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/102.jpg)
População Inicial
❖ Abordagem A2
❖ Janela deslizante (k = 5)
44
![Page 103: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/103.jpg)
População Inicial
❖ Abordagem A2a
❖ Alfabetos comprimidos
❖ Janela deslizante (k = 12)
45
![Page 104: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/104.jpg)
População Inicial
❖ PopulationCR
❖ Comparação das abordagens utilizadas
❖ BAliBASE 3
❖ Abordagem A1
46
![Page 105: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/105.jpg)
Mutação
❖ Simple Mutation
❖ Shift Gap Block Mutation
❖ Change Gap Block Mutation
47
![Page 106: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/106.jpg)
MutaçãoSimple Mutation
48
![Page 107: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/107.jpg)
MutaçãoSimple Mutation
48
![Page 108: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/108.jpg)
MutaçãoSimple Mutation
48
![Page 109: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/109.jpg)
MutaçãoSimple Mutation
48
![Page 110: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/110.jpg)
MutaçãoSimple Mutation
48
![Page 111: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/111.jpg)
MutaçãoShift Gap Block Mutation
49
![Page 112: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/112.jpg)
MutaçãoShift Gap Block Mutation
49
![Page 113: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/113.jpg)
MutaçãoShift Gap Block Mutation
49
![Page 114: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/114.jpg)
MutaçãoShift Gap Block Mutation
49
![Page 115: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/115.jpg)
MutaçãoShift Gap Block Mutation
49
![Page 116: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/116.jpg)
MutaçãoShift Gap Block Mutation
49
![Page 117: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/117.jpg)
Mutação
50
![Page 118: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/118.jpg)
MutaçãoChange Gap Block Mutation
50
![Page 119: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/119.jpg)
MutaçãoChange Gap Block Mutation
50
![Page 120: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/120.jpg)
MutaçãoChange Gap Block Mutation
50
![Page 121: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/121.jpg)
MutaçãoChange Gap Block Mutation
50
![Page 122: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/122.jpg)
MutaçãoChange Gap Block Mutation
50
![Page 123: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/123.jpg)
Crossover
❖ Single Point Crossover
❖ Best Partial Alignment Crossover
❖ Sequence Similarity Crossover
51
![Page 124: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/124.jpg)
CrossoverSingle Point Crossover
52
![Page 125: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/125.jpg)
CrossoverSingle Point Crossover
52
![Page 126: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/126.jpg)
CrossoverSingle Point Crossover
52
![Page 127: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/127.jpg)
CrossoverSingle Point Crossover
52
![Page 128: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/128.jpg)
CrossoverSingle Point Crossover
52
![Page 129: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/129.jpg)
CrossoverSingle Point Crossover
52
![Page 130: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/130.jpg)
CrossoverSingle Point Crossover
52
![Page 131: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/131.jpg)
CrossoverSingle Point Crossover
52
![Page 132: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/132.jpg)
CrossoverSingle Point Crossover
52
![Page 133: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/133.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 134: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/134.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 135: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/135.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 136: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/136.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 137: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/137.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 138: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/138.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 139: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/139.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 140: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/140.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 141: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/141.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 142: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/142.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
A
A'
B
B'
![Page 143: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/143.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
A
A'
B
B'
AB'
![Page 144: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/144.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
A
A'
B
B'
AB'
A'B
![Page 145: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/145.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
A
A'
B
B'
AB'
A'B
![Page 146: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/146.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
A
A'
B
B'
![Page 147: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/147.jpg)
CrossoverBest Partial Alignment Crossover
53
![Page 148: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/148.jpg)
CrossoverSequence Similarity Crossover
54
![Page 149: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/149.jpg)
CrossoverSequence Similarity Crossover
54
![Page 150: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/150.jpg)
CrossoverSequence Similarity Crossover
54
![Page 151: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/151.jpg)
CrossoverSequence Similarity Crossover
54
![Page 152: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/152.jpg)
CrossoverSequence Similarity Crossover
54
![Page 153: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/153.jpg)
CrossoverSequence Similarity Crossover
54
![Page 154: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/154.jpg)
Função Objetivo
❖ Sum of Pair Matrix Based Score
❖ Gap Affinity Sum of Pairs Matrix Based Score
55
![Page 155: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/155.jpg)
Função Objetivo
fitness =m!
i=1
n−1!
j=1
n!
k=j+1
σ(seqij, seqik)
Sum Of Pairs Matrix Based Score
56
![Page 156: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/156.jpg)
scoregap = gop + n× gep
Função ObjetivoGap Affinity Sum Of Pairs Matrix Based Score
σ(c1, c2) =
!
gop + gep se c1 ou c2 inicia um bloco de gaps,gep se c1 ou c2 estende um bloco de gaps.
57
![Page 157: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/157.jpg)
Seleção
❖ Roulette Selection
❖ Most Fitted Selection
58
![Page 158: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/158.jpg)
SeleçãoRoulette Selection
59
![Page 159: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/159.jpg)
SeleçãoRoulette Selection
59
![Page 160: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/160.jpg)
SeleçãoRoulette Selection
59
![Page 161: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/161.jpg)
SeleçãoRoulette Selection
59
![Page 162: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/162.jpg)
SeleçãoRoulette Selection
59
![Page 163: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/163.jpg)
SeleçãoRoulette Selection
59
![Page 164: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/164.jpg)
SeleçãoRoulette Selection
59
![Page 165: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/165.jpg)
SeleçãoMost Fitted Selection
60
![Page 166: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/166.jpg)
SeleçãoMost Fitted Selection
60
![Page 167: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/167.jpg)
SeleçãoMost Fitted Selection
60
![Page 168: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/168.jpg)
Primeiros Resultados
❖ GAADT: Santos, 1998
❖ Mesmo escopo
❖ Mestrado
❖ Algoritmos Genéticos
❖ Código fonte não disponível
❖ Poucos casos de teste para comparação
61
![Page 169: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/169.jpg)
Primeiros Resultados
1aab 1fjlA 1hpi 1csy 1tgxA média
GAADT 88,1% 81,4% 70,8% 70,3% 69,2% 76,0%
ALGAe (média) 88,4% 93,8% 88,3% 76,2% 68,5% 83,0%
ALGAe(máximo) 89,6% 100,0% 96,2% 80,7% 77,2% 88,7%
fonte: Santos, 1998 62
![Page 170: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/170.jpg)
Primeiros Resultados
BAliBASE T-COFFEE Muscle ClustalW ALGAe
RV11 (SP) 47,1% 47,9% 43,4% 38,1%
RV12 (SP) 85,5% 84,7% 81,7% 76,1%
fonte: Hang, 2008 63
![Page 171: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/171.jpg)
Melhorias
64
![Page 172: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/172.jpg)
Análise Inicial
m(gen) =SPmax(gen)
SPmax(n)
65
![Page 173: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/173.jpg)
Análise Inicial
66
![Page 174: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/174.jpg)
Penalização de Gaps
❖ Trabalhos relacionados
❖ Agrawal e colegas (2008) e Reese e Pearson (2002)
❖ Buscas em bancos de sequências
67
![Page 175: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/175.jpg)
Penalização de Gaps
❖ Penalizações de Gaps
❖ Abertura (q)
❖ Extensão (r)
❖ BLOSUM62 e BLOSUM80
❖ BAliBASE 3 - RV12
68
![Page 176: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/176.jpg)
Penalização de Gaps
-16-14
-12-10
-8-6
-4-2
-5.0
-4.0
-3.0
-2.0
-1.0
0.0
0.60
0.65
0.700.75
0.80
0.85
SP
q
r
SP
0.60
0.65
0.70
0.75
0.80
0.85
-16-14
-12-10
-8-6
-4-2
-5.0
-4.0
-3.0
-2.0
-1.0
0.0
0.250.300.350.400.450.500.550.60
TC
q
r
TC
0.25
0.30
0.35
0.40
0.45
0.50
0.55
0.60
-20-18
-16-14
-12-10
-8-6
-4
-5.0
-4.0
-3.0
-2.0
-1.0
0.0
0.600.650.700.750.800.85
SP
q
r
SP
0.60
0.65
0.70
0.75
0.80
0.85
-20-18
-16-14
-12-10
-8-6
-4
-5.0
-4.0
-3.0
-2.0
-1.0
0.0
0.300.350.400.450.500.55
TC
q
r
TC
0.30
0.35
0.40
0.45
0.50
0.55
BLOSUM62
BLOSUM8069
![Page 177: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/177.jpg)
Penalização de Gaps
Melhor resultado
(q,r)
1 - Agrawal e colegas
(q,r)
2 - Reese e Pearson
(q,r)
Melhoria em relação
a 1 (%)
Melhoria em relação
a 2 (%)
BLOSUM62 (5,1) (11,2) (9,5) 4,0 14,0
BLOSUM80 (9,2) (13,2) (13,5) 0,7 6,0
70
![Page 178: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/178.jpg)
Resultados
❖ Experimentos inconclusivos
❖ Seleção de matriz par a par
❖ Função objetivo baseada em estrutura
71
![Page 179: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/179.jpg)
Resultados
❖ Possíveis melhorias
❖ Ferramental estatístico
❖ Comparação visual contra benchmark
72
![Page 180: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/180.jpg)
Resultados
❖ Problema
❖ Visualizadores existentes
❖ Poucas ferramentas (comparação de alinhamentos)
❖ Não permitiam as visualizações desejadas
❖ Difícil configuração/customização
73
![Page 181: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/181.jpg)
Anubis
74
![Page 182: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/182.jpg)
Anubis
75
![Page 183: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/183.jpg)
Anubis
❖ Comparador visual
❖ Benchmark x alinhamento alvo
❖ Java
❖ Extensível/flexível
76
![Page 184: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/184.jpg)
Anubis
❖ Plug-ins
❖ Baixo acomplamento
❖ Mensagens
❖ Visualizadores
❖ Camadas
77
![Page 185: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/185.jpg)
Anubis
78
![Page 186: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/186.jpg)
Anubis
78
![Page 187: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/187.jpg)
Anubis
78
![Page 188: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/188.jpg)
Anubis
78
![Page 189: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/189.jpg)
Anubis
78
![Page 190: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/190.jpg)
Anubis
79
![Page 191: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/191.jpg)
Anubis
79
![Page 192: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/192.jpg)
Anubis
79
![Page 193: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/193.jpg)
Anubis
79
![Page 194: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/194.jpg)
Anubis
79
![Page 195: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/195.jpg)
Anubis
79
![Page 196: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/196.jpg)
Correspondência de Colunas
80
![Page 197: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/197.jpg)
Árvores Filogenéticas
81
![Page 198: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/198.jpg)
Árvores Filogenéticas
81
![Page 199: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/199.jpg)
Árvores Filogenéticas
81
![Page 200: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/200.jpg)
Árvores Filogenéticas
81
![Page 201: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/201.jpg)
Estruturas Secundárias
82
![Page 202: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/202.jpg)
Outras Funcionalidades
❖ Porcentagem de sucesso
❖ Similaridade em relação ao benchmark
❖ Colunas e sequências
❖ Gaps (opcional)
83
![Page 203: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/203.jpg)
Outras Funcionalidades
❖ Sequências consenso
❖ Alfabetos comprimidos
❖ Pontuação
84
![Page 204: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/204.jpg)
Outras Funcionalidades
❖ Visualização
❖ Ocultar colunas/sequências
❖ Cores
❖ Sincronizar o scrolling dos alinhamentos
85
![Page 205: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/205.jpg)
Considerações Finais
86
![Page 206: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/206.jpg)
Contribuições - Ferramentas
❖ ALGAe
❖ Anubis
❖ Open-source
❖ GitHub
87
![Page 207: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/207.jpg)
Contribuições
❖ ALGAe: A testbench environment for a Genetic Algorithm-based Multiples Sequence Aligner
❖ S. Ordine, A. Grilo, A. Almeida e Z. Dias
❖ Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB’2011
❖ Brasília
88
![Page 208: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/208.jpg)
Contribuições
❖ An empirical study for gap penalty score using a multiple sequence alignment genetic algorithm
❖ S. Ordine, A. Almeida e Z. Dias
❖ Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB’2012
❖ Campo Grande
89
![Page 209: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/209.jpg)
Trabalhos Futuros
❖ ALGAe
❖ Função objetivo baseada em estrutura
❖ Anubis
❖ Mesclar alinhamentos
❖ Ferramental estatístico
90
![Page 210: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/210.jpg)
Obrigado
91
![Page 211: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/211.jpg)
![Page 212: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/212.jpg)
![Page 213: Alinhamento múltiplo de - ic.unicamp.brzanoni/orientacoes/mestrado/sergio/slidesTese.pdf · Defesa de Mestrado Alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmos genéticos](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022011807/5c0c648c09d3f2e4358c1553/html5/thumbnails/213.jpg)