5th sphpp meeting la cristalera , 5th and 6th november 2013

5th SpHPP Meeting La Cristalera, 5th and 6th November 2013

Juan Pablo Albar, ProteoRed-ISCIII, CNB-CSIC

SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

Management structure of the SpHPP

-1. PROJECT MANAGEMENT-2. CONFIDENTIAL AGREEMENT- 3. FINANCING SCENARIOS- 4. 2013 MILESTONES- 5. C-SpHPP versus B/D-SpHPP RELATIONSHIPS



PROJECT MANAGEMENTPROJECT MANAGEMENT

SpHPP-16

Proteo-Red/ISCIII

143 Unknown Proteins

697 Known Proteins

B/D-SpHPPPlatform

C-SpHPPPlatform

BIOBANKS /ISCIII

Chr. 16

BiologyCells

Tissues

Biofluids

DiseasePathogenesis

Diagnosis

TreatmentPrognosis

ProteoRedCIBER/RETICS/CAIBER


PROJECT MANAGEMENTPROJECT MANAGEMENT

Board of Directors: Principal investigators (PIs) Council

Project Director

1st Deputy Director 2nd Deputy Director

WG 1

RU 1a

WG n

RU 1x RU na RU nx

Executive Committee

. . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . .

Working Groups

Research Units

SpHPP Council, La Cristalera, Dec 2012

PROJECT MANAGEMENT

Programa de trabajo

Plataforma en Red de

Proteómica, ProteoRed

PLATAFORMA DE RECURSOS BIOMOLECULARES Y BIOINFORMÁTICOS, PRB2

Programa de trabajo

Formación y Coordinación

Programa de trabajoBanco

Nacional de ADN, BNADN

Programa de trabajo

Instituto Nacional de

Bioinformática, INB

Programa de trabajoCentro

Nacional de Genotipado,

CeGen

Programa de trabajo

Banco Nacional de Líneas

Celulares, BNLC


Programa de trabajoPlataforma en Red de Proteómica, ProteoRed

COORDINACIÓN SERVICIOS INVESTIGACIÓN

-COORDINACIÓN GENERAL

-CONTROL ECONÓMICO

-INTERACCIONES CON EL ISCIII

-INFORMES CIENTÍFICOS Y DE GESTIÓN

-ACTUALIZACIÓN MÉTODOS Y APLICACIONES

-ESTANDARIZACIÓN Y CONTROL DE CALIDAD

-ACTUALIZACIÓN TARIFAS Y CARTERA SERVICIOS

-SOPORTE INFORMÁTICO A LA PLATAFORMA

-PRESENTACIÓN DE SERVICIOS AL SNS

-EXPRESIÓN DE PROT Y ESTAND PEPTÍDICA

-SECUENCIACIÓN Y CARACTERIZACIÓN DE PROTEÍNAS

-PROTEÓMICA DIRIGIDA (S/MRM)

-BIOINFORMÁTICA Y PROT COMPUTACIONAL

-APLICACIONES CLÍNICAS Y BIOBANCOS


La estructura de gestión científico-técnica del Programa de Trabajo estará constituida por el COORDINADOR DEL PROGRAMA DE TRABAJO, asistido por un gestor administrativo y asesorado por el COMITÉ CIENTÍFICO-TÉCNICO del Programa de Trabajo.

Dicho comité estará formado por los subcoordinadores responsables de los paquetes de trabajo de Servicio (IP del grupo 6, C. Gil) e Investigación (IP del grupo 8, FJ. Corrales) y por el responsable de la tarea de Aplicaciones Clínicas y Biobancos (IP del grupo 15, FJ.Blanco).

El Coordinador General estará asistido asimismo por el CONSEJO GENERAL DEL PROGRAMA DE TRABAJO constituido por los IP de todos los grupos de trabajo.

ESTRUCTURA FUNCIONAL DEL PROGRAMADocumento del Coordinador del Programa de la Plataforma


Board of Directors: Principal investigators (PIs) Council

Project Director

1st Deputy Director 3rd Deputy Director

WG 1

RU 1a

WG n

RU 1x RU na RU nx

Exec Committee

. . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . .

Working Groups

Research Units


PROJECT MANAGEMENT

2nd Deputy Director

COORDINATORCOORDINATOR

ASSOCIATED COORDINATOR 1ASSOCIATED COORDINATOR 1


WG 1WG 1

IPs RU1a-1dIPs RU1a-1d

WG 4WG 4

IPs RU 2a-2hIPs RU 2a-2h

WG 2WG 2 WG 3WG 3 WG 5WG 5

IPs RU 3a-3gIPs RU 3a-3g IPs RU 4a-4fIPs RU 4a-4f IPs RU 5a-5gIPs RU 5a-5g

SpHPP CONSORTIUM BOARD OF DIRECTORS

EXECUTIVE COMITTEE

EXTENDED EXECUTIVE COMITTEE

BOARD OF DIRECTORS



COORDINATOR:Juan P. Albar

COORDINATOR:Juan P. Albar

ASS. COORDINATOR-1:Fernando J. CorralesASS. COORDINATOR-1:Fernando J. Corrales

ASS. COORDINATOR-3:Francisco J. Blanco

ASS. COORDINATOR-3:Francisco J. Blanco

WG 1:Concha Gil

WG 1:Concha Gil

IPs RU1a-1dIPs RU1a-1d

WG 4:Alberto Pascual

WG 4:Alberto Pascual

IPs RU 2a-2hIPs RU 2a-2h

WG 2:F. Corrales

WG 2:F. Corrales

WG 3:Ignacio Casal

WG 3:Ignacio Casal

WG 5:Francisco Blanco

WG 5:Francisco Blanco

IPs RU 3a-3gIPs RU 3a-3g IPs RU 4a-4fIPs RU 4a-4f IPs RU 5a-5gIPs RU 5a-5g

SpHPP CONSORTIUM BOARD OF DIRECTORS

EXECUTIVE COMMITTEE

EXTENDED EXECUTIVE COMITTEE

BOARD OF DIRECTORS


ASS. COORDINATOR-2:Concha Gil

ASS. COORDINATOR-2:Concha Gil

1. CNB-CSIC: Functional Proteomics Group & Proteomics Facility Group Leader: Dr. Juan Pablo Albar.

2. CBMSO-CSIC: Proteomics FacilityGroup Leader: Dra. Anabel Marina

3. CIB-CSIC: Functional Proteomics Lab & Proteomics FacilityGroup Leader: Dr. Ignacio Casal

4. CNB2-CSIC.: Bioinformatics GroupGroup Leader: Dr. Alberto Pascual

5. CNIC: Proteomics Unit & Proteomics FacilityGroup Leader: Dr. Jesús Vázquez

6. PCM-UCM: UCM-Microbiology II & Proteomics FacilityGroup Leader: Dra. Concha Gil

7. CIC bioGUNE. Proteomics PlatformGroup Leader: Dr. Felix Elortza

8. CIMA-NAVARRABIOMED: Proteomics LaboratoriesGroup Leader: Dr. Fernando J. Corrales.

9. UPV/EHU: Proteomics UnitGroup Leader: Dr. Jesus M. Arizmendi

10. CRG: Proteomics UnitGroup Leader: Dr. Eduard Sabidó.

11. IIBB-CSIC: Proteomics Unit & Facility Group Leader: Dr. Joaquín Abián.

12. PCB: Proteomics PlatformGroup Leader: Dr. Eliandre de Oliveira.

13. VHIO: Proteomics LaboratoryGroup Leader: Dr. Francesc Canals.

14. CIC-USAL Functional Proteomics Laboratory.Group Leader: Dr. Manuel Fuentes.

15. INIBIC : Reumathology Group & Proteomics PlatformGroup Leader: Dr. Francisco J. Blanco. 16. UV: Proteomics Facility.Group Leader: Dr. Manuel Sánchez del Pino

Groups participating in the Spanish SpHPP. Chr-16 Consortium


17. CNIO: Proteomics UnitGroup Leader: Dr. Javier Muñoz

18. FJD-HNPT :Cardiovascular Proteomics Laboratory.Group Leader: Dr. Fernando Vivanco.

19. IDIBELL-IASGroup Leader: Dra Silvia Barceló

20. IRBGroup Leader: Dra Marta Vilaseca

21. UBGroup Leader: Dr. Oriol Bach

22. IPBLN-CSIC Proteomics FacilityGroup Leader: Dr. Jaime Sancho

23. IMIBICGroup Leader: Dr. J. Antonio Bárcena

24. Spanish National Biobank Network / Spanish National Cancer Centre (CNIO)Group leader: Dr. Manuel M Morente.

Groups participating in the Spanish SpHPP: Chromosome-16 Consortium


WG 1.-Protein Expression & Peptide Standard Team

RU1a(Protein MicroArray)

M. FuentesCIC/IBMCC,(USAL/CSIC), Salamanca

RU1b(Protein Expression)

C. GilUCM-PCM,ProteoRed-ISCIII, Madrid

RU1c (Peptide Standard)

JP. AlbarCNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid

RU1d(Protein Characterization)

F. ElortzaCIC bioGUNE, ProteoRed-ISCIII, Bilbao

Scientific Researchers:

Dasilva N. Díez P. González M. Perez de Andrés M.


Marín E. Monteoliva L. Pitarch A.


Lombardía M.


Azkargorta M.Iloro I.

Chair: Concha GilCo-chair: Manuel Fuentes


WG 2.- S/MRM-Protein Platform Team

RU2aJP. AlbarCNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid

Chair: Fernando CorralesCo-chair: Francesc Canals

RU2bFJ. CorralesCIMA-UN ProteoRed-ISCIII,Pamplona

RU2c

F. CanalsV.H.I.O.ProteoRed-ISCIII, Barcelona

RU2d

C. GilPCM-UCMProteoRed-ISCIII, Madrid

RU2eM. Sánchez del PinoUVProteoRed-ISCIII,Valencia

RU2f

F. VivancoMG. BarderasFJD,MadridHNP, Toledo

RU2g

FJ. BlancoINIBIC, ProteoRed-ISCIII, La Coruña

RU2hI. OreraS.BarcelóIACS, ProteoRed-ISCIII,Zaragoza /IDIBELL Barcelona

RU2iJM. ArizmendiUPV/EHUProteoRed-ISCIII, Bilbao

Scientific Researchers:Alpízar A.Gharbi S. González C. Marcilla M.

Scientific Researchers:Martínez R. Miqueo C. Mora MI. Odriozola L.

Scientific Researchers:Bech-Serra JJ.Colomé N. Martín L.Monge M.

Scientific Researchers:Cáceres D. Clemente F. Hernáez ML.


Antúnez O. Cantero L. Valero L.

Scientific Researchers:Alvarez-Llamas G. Baldan M.Darde VM. De la Cuesta F.Gonzalez L. Martin M. Mouriño L. Padial LR. Posada-Ayala M.

Scientific Researchers:Calamia V. Fernandez P. Fernandez C. Ruiz C.


De la Torre C. Lattanzio G.

Scientific ResearchersAloria K. Beaskoetxea J.

RU2j

J. FernándezNavarrabiomed, Navarra

RU2k

E. SabidóCRG/UPF Barcelona

Scientific Researchers:C. ChivaE. BorràsIvonne Peña

Scientific ResearchersFernández J.Santamaría E.


WG 3.-Protein Sequencing Team

RU3aJM. Mato / F. ElortzaCIC-BioGUNE, ProteoRed-ISCIII, Bilbao

Chair: Ignacio CasalCo-chair: Manuel Sánchez del Pino

RU3bJ. AbianIIBB-CSIC ProteoRed-ISCIII, Barcelona

RU3cM. Sánchez del PinoUV, ProteoRed-ISCIII, Valencia

RU3dE. de OliveiraPCB, ProteoRed-ISCIII, Barcelona

RU3eI. CasalCIB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid

RU3fJM. ArizmendiUPV/EHUProteoRed-ISCIII, Bilbao

RU3g JP. AlbarCNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid

RU3hM.Esteller/S.Barceló(PTMs)IDIBELL, Barcelona

Scientific Researchers:Azkargorta M. Escobes I. Iloro I. Rodríguez E.

Scientific Researchers:Carrascal M. Gallardo O. Jaraquemada D. Villanueva J.

Scientific Researchers:Antúnez O. Cantero L. Valero L.


Díaz R. Odena A.


Fernandez M.Mendes M.

Scientific Researchers:Aloria K. Beaskoetxea J. Omaetxebarria M J.


Navajas R. Paradela A.


De la Torre C. Gómez A.


RU3iJ. Muñoz

CNIO

Scientific Researchers:XXXXXX

WG 4.-Bioinformatics Team

RU4aJP. AlbarCNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid

Chair: Alberto Pascual Co-chair: Alberto Medina

RU4bFJ. CorralesCIMA-UNProteoRed-ISCIII, Pamplona

RU4cJ. AbianIIBB-CSIC ProteoRed-ISCIII, Barcelona

RU4dC. GilPCM-UCMProteoRed-ISCIII, Madrid

RU4eJM. ArizmendiUPV/EHUProteoRed-ISCIII, Bilbao

RU4gA. PascualCNB-CSIC, Madrid


M-Bartolomé S. Medina A.

Scientific Researchers:Braga M. Guruceaga E. Segura V.


Gallardo O.


Vialás V.

Scientific Researchers:Fullaondo A. Prieto G.

Scientific Researchers:Cruceiro J.Martínez D.Nogales R.Tabas D.

RU2hE. SabidóCRG/UPF Barcelona


Mancuso F.



XXXXXX

RU2iJ. VázquezCNIC

WG 5.-Clinical Health Care & Biobanking Team (B/D-SpHPP)

RU5aFJ. BlancoINIBIC, ProteoRed-ISCIII, La Coruña

Chair: Francisco J. BlancoCo-chair: Juan Pablo Albar

RU5bF. Bonilla/ I. Casal /JP. Al barHospital Puerta de Hierro, CIB Madrid

RU5cL. Rodríguez Padial/ F. Vivanco /M.E BarderasFJD, Madrid/HNP, Toledo

RU5dA. López de MunainInst. BiodonostiaS. Sebastian

RU5eF. CorralesCIMA-UN ProteoRed-ISCIII, Pamplona

RU5fC. GilPCM-UCMProteoRed-ISCIII, Madrid

RU5gM. MorenteSNBN, CNIO, Madrid(considered for inclusion in the consortium)

RU5hM.Esteller(Epigenetics)IDIBELL, Barcelona

Scientific Researchers:Lourido L. Mateo J. Rocha B.

Scientific Researchers:Mendes M. Peña C. Torres S. Gharbi S.González C.

Scientific Researchers:Alvarez G. Barroso G. De la Cuesta F. González L. Martín M. Moral V. Mouriño L. Posada M.


Aloria K. Arizmendi JM. Beaskoetxea J. Fullaondo A. Omaetxebarria MJ. Prieto G.


Bigaud E. Moreno A.

Scientific Researchers:Marín E. Monteoliva L.Pitarch A.

Scientific Researchers:De Luna F. Domenech N. Marín MC.

Scientific ResearchersBarceló S.Berdasco M.Casado V.De la Torre C. Gómez A.Lopez-Serra P. Setien EF.


SpHPP BOARD OF DIRECTORS COUNCIL


LA CRISTALERA, MIRAFLORES DE LA SIERRA. MADRID, DECEMBER 10TH, 2012


CONFIDENTIAL AGREEMENT


FINANCING SCENARIOS

• Currently there is no specific financing for SpHPP.• ProteoRed-ISCIII & PRB2 ISCIII Platform Support.• Private financing: SpHPP cluster• Financing through PIs projects:- …….- ……….-……………..-…………………


Proyectos alineados con el HPP.

CNBProteomeXchange.FP7-HEALTH. Project no: 260558. Duración: 2011-2014.

Plataforma en Red de Proteómica Carlos III. ProteoRed-ISCIII2005X747_3Duración: 2011-2013.

CHUAC/INIBICProyecto Proteoma Humano Español: Aplicación en Enfermedades Reumatológicas. FIS. PI12/00329. Duración: 2013-2016.

BÚSQUEDA DE INDICADORES PARA EVALUAR LA CALIDAD DE MUESTRAS DE PLASMA ALMACENADAS EN LOS BIOBANCOS Y DETERMINAR SU ADECUACIÓN A LOS MÉTODOS ANALÍTICOS PROTEOMICOS. FIS.PI12/02670 PCM-UCMProgramación de circuitos microbianos en medicina protectiva y terapeútica, PROMT.CAM Biomedicina. S2010/BMD-2414.Duración: 2012-2013.

Proteómica dirigida (selected reaction monitoring) aplicada al estudio de la interacción de cándida-hospedador y nuevas y estrategias de disgnóstico de candidiasis invasivas. MINECO. BIO2012-31767. Duración: 2013-2015.

Desarrollo de kit de multidiagnóstico de infecciones vaginales.MINECO. IPT-2012-0698-0100000.Duración: 2012-2015.

Immune response to human fungal pathogensFP7-PEOPLE-2013-ITN. Duración: 2013-2017.


2015 2016 2017

Biobanking

Validation of MRM assays (3 groups, immunoreagents, correlation with gene expression)

Clinical samples. Disease-related changes on protein abundance. Biomarkers

Bioinformatics study

MRM for 184 proteins MRM for 339 proteins

SOP, bioinformatics procedures, formats, data banks, etc.

2012 2013 2014

Biobanking

MRM for 339 proteins

Validation of MRM assays (3 groups, immunoreagents, correlation with gene expression)

Clinical samples. Disease-related changes on protein abundance. Biomarkers

1616 Chromosome 16 workplan6THCHPP WORKSHOPBERLÍN16/03/2013

HUPO 2013. YOKOHAMA 15-18/09/2013


2013 SpHPP MILESTONES

• 1. European Bioinformatics cross analysis of Jurkat cells LC-MS/MS data.

• 2. PM8/QTAPAS Targeted Proteomics Study.• 3. Specific WGs Landmarks for:

- C-HPP: Berlin, March 16th, 2013- HUPO-PSI-PX: Liverpool, April 15th-19th, 2013- HUPO: Yokohama, September 2013- EUPA: Saint-Maló, October 2013- 2013 C-HPP Report, December 2013

SpHPP Council, CNB-CSIC May 2013

2013 SpHPP MILESTONES• WG3: Comprehensive Proteomic Analysis Team- 1. In deep analysis of 3-6/7 cell lines:

1.1 Characterization:1.1.1 Total cell lysates.1.1.2 Membrane anchored proteins.1.1.3 Secretome.1.1.4 Others.

1.2 Post-translational modifications:1.2.1 Phosphorylation.1.2.2 Acetylation.1.2.3 Glycosylation.

1.3 Interactions / Networks / Pathways.1.4 Isoforms or Proteoforms.1.5 Tissue localization/expression.1.6 Parameters for S/MRM.


Propuesta plan de trabajo SpHPP 2013

Tarea 3. Secuenciación y caracterización de proteínas.3.1.- Reanálisis de los datos generados en células Jurkat, CCD18, MCF7 y

Ramos incluyendo grouping .3.2.- Análisis cuantitatitvo de los experimentos de shotgun y validación

de los mismos mediante comparación con los experimentos de trasncriptómica .3.3.- Integración de los datos de los datos de proteómica generados con

ENCODE .3.4.- Inclusión de datos de otras líneas celulares/tejidos .3.5.- Análisis de subproteomas en, al menos, 3 líneas celulares. Entre

los subproteomas objeto de estudio se incluirá el secretoma, proteínas de membrana y nucleares .

3.6.- Elaborar la estrategia para abordar el estudio de las PTMs del Chr16 .

3.7.- Caracterización de PTMs de las proteínas del Chr16: fosforilación, glicosilación, acetilación.


Spanish HPP STRUCTURE

C-HPP

B/D-

HPP INTERACTIONWORKFLOW

?

INTERACTIONWORKFLOW

?


Steering Committee

AnalyticalGene/chromosome centric

ResearchDisease centric

Bioinformatics

MS and Ab based quantitative methods

Open access repositories

Hallmarks of diseasePotential biomarkers and

therapeutic targets

Clinical devices

Personalized medicine

Design of prototypesQuantitation of target proteins

MINECO

PharmasISCIII

Biotechs

MINECO ISCIII

CNB-CSICPCM-UCMCIB-CSICFJD/HNPCIC bioGUNECIMAUAB-CSICUVPCBVHIOUSALUPV-EHUINIBICBioDoHM


HOSPITALS RESEARCH INSTITUTES

RESEARCH CENTERS

COOPERATIVE NETWORKS

CANCERDrs I. CASAL & C.

BELDA

Chr16-HPP Proteomics Platforms

NEUROLOGICAL DISEASES

Dr A. LOPEZ DE MUNAIN

CARDIOVASCULAR DISEASES

Dr F. VIVANCO

RHEUMATIC & MUSCULOSKELETAL

DISEASESDr F. BLANCO

SPANISH NATIONAL BIOBANK NETWORK-ISCIIIDr MANUEL M. MORENTE

OBESITYDr F.CORRALES

INFECTIOUS DISEASESDr C.GIL


B/D-HPPCoordinator: FJ. Blanco

BiologyBiomarkers (D/P/P/T)1ª Phase: Known Proteins2ª Phase: Unknown Proteins

Biobanks ISCIIICAIBER ISCIII(clinical research)

Cancer

Chair: C. Belda, F. BonillaCo-Chair: I. Casal

Neurologic DisordersChair: A. López-MunainCo-chair: JM. Arizmendi

Rheumatic DiseasesChair: FJ. BlancoCo-Chair: JP. Albar

Obesity Chair: J. PrietoCo-Chair:F. Corrales

Cardiovascular DiseasesChair: L. Rguez.-PadialCo-Chair: F. Vivanco

Infectious DiseasesChair: J. FortunCo-Chair: C. Gil

Muscular dystrophyParkinson diseases

Brain tumorsBreast cancerColon cancer

OsteoarthritisRheumatoid arthritisSLE

ObesityNAFLD

ArtherosclerosisValvular diseases

Candidiasis

Red RECAVA


Chromosome 16 Update: Surfing transcriptomics landscapes. A step beyond the annotation of Chr-16 proteome

Fernando J Corrales, Concha Gil, Juan P Albar & Chr16-Spanish HPPProteoRed-ISCIII, Spain

Scientific activity

• Two chr16 EC meeting• Three general meetings of chr16 consortium• WG monthly teleconferences• Three publications and one submitted• Six posters and four presentations in Yokohama• One oral prsentation in San Petersburg.• Two oral presentations in the Proteome Exchange meeting• Seven talks presenting SpHPP to the biomedical research community• One grant application.


1.-DATA SUBMISSION TO PX REPOSITORY Z00435Title: How to submit MIAPE compliant data to ProteomeXchange consortium

Z00849Title: Improving Chr-16 proteins coverage with high confidence and MIAPE compliant MS data

2.- INTEGRATION OF GENOMICS & PROTEOMICS DATAZ00824Title: Bioinformatic workflow for Chr16 characterization using proteomic shotgun and transcriptomic RNA-seq experiments.

Z00824Title: Integrating ENCODE in the Spanish Human Proteome Project: a bioinformatics approach

HUPO 2013 Abstracts submmitted from the Chr-16 Consortium (I)


3.-OPTIMIZATION OF PROTEOME COVERAGEZ00853 Title: Dissecting subcellular compartments for deep proteome coverage of Chromosome 16 in T cells.

4.-CHROMOSOME 16 SRM METHODSZ00822Title: Development of SRM methods for the detection and quantification of chromosome 16 proteins.

5.-MISSING PROTEINSZ00863 Title: Missing proteins in Chromosome 16-Spanish HP

HUPO 2013 Abstracts submmitted from the Chr-16 Consortium (II)


• The number of protein coding genes is 886 (ENSv70) including 187 than encode proteins without experimental MS evidence, according to the adopted C-HPP criteria.

• We have developed all bioinformatics workflows to combine data from UniprotKB, Ensembl, HBM and our own shotgun proteomics dataset from four different cell lines to get insight on chr16 proteome

• Expression of 67 genes coding for chr16 proteins were not detected in the collection16 tissue specific RNAseq datasets analyzed, not specifically pertaining the group of missing proteins.

• Targeted methods for detection of 49 proteins of chr16 have been already developed. All of these methods have been validated in at least two independent laboratories and in three distinct cell lines.

• For Chr16 missing proteins, SRM methods are optimized using in house produced recombinant forms. Optimized methods for 24 recombinant chr16 proteins has been achieved and tests on complex biological matrices are currently ongoing.

• Databases are currently being implemented to search MS/MS spectral data and explore our capacity to assign novel transcripts and isoforms taking advantage of the large data collection resulting from the multicentric shotgun proteomic analysis performed on four independent cell lines that allowed mapping of 41,4% of chr16 proteins.

CONCLUSIONS


Data submission

PRIDE XML

Export

RAW data

PSI standard

MIAPE (MS,MSI)

Inspection project

definition

MIAPE Extraction Data compilation

ProteomeXChange

Data inspection

Data visualization

Search engine

FDR, thresholds,

etc…

Data curation

• Our shotgun experimental strategy, has enabled the detection and identification of 8,766 proteins expressed in the Jurkat T, Ramos, CCD-18 or MCF-7 cell lines, and 42% of the Chr 16 protein-coding genes were identified 385 pcg). This information was submitted to the Proteored MIAPE repository, with the data generated between the 15 laboratories of the Spanish HPP (sHPP) consortium and then to ProteomeXchange.

•Its possible and easy to reach the MIAPE compliance of the submitted data to ProteomeXchange by using:

The ProteoRed MIAPE Extractor

CONCLUSIONS II


Proyecto Proteoma Humano

HPP

Asociación CLÚSTER ESPAÑOL DEL PROTEOMA HUMANO


El objetivo de este documento es concretar el marco de referencia que permita tener una visión global del Proyecto Proteoma Humano (HPP) en lo relativo a su plasmación en España (HPP-Spain), en torno al cromosoma 16.

Este marco debe dar cabida y permitir registrar y desarrollar todas y cada una de las actividades que se realicen en el ámbito del HPP-Spain, de forma que todos los agentes involucrados tengan una visión sistémica del proyecto, independientemente de sus respectivos roles específicos. Para ello, el documento se estructura en los siguientes capítulos:

1. Proyecto Proteoma Humano – HUPO, que presenta el proyecto desde su perspectiva global mundial

2. HPP-Spain, donde se recogen las características específicas de cómo el proyecto se está concretando en el ámbito español, como iniciativa público-privada y científico-empresarial, en torno al cromosoma 16

3. Concreción de la iniciativa HPP-Spain en términos de “Proyecto”, debiendo identificar, como tal, objetivos, actividades, fases, presupuestos, organización, etc. en cada uno de los grandes bloques que integran el Proyecto global.

En este sentido, el documento tiene la vocación de estar “permanentemente vivo”, en el sentido de recoger tanto los aspectos concretos conocidos y desarrollados hasta la actualidad, como los que vayan identificándose en el corto, medio y largo plazo, a medida que se identifiquen y desarrollen.


HPP-HUPO

HPP–Spain: Clúster Español del Proteoma Humano

El Proyecto

Anexo I – xxx

Anexo n - xxx


El Clúster Español del Proteoma Humano es un proyecto que, surgido de la iniciativa público-privada, y con una visión eminentemente empresarial, tiene como principal objetivo el impulso de nuevas actividades empresariales basadas en el desarrollo tecnológico e industrial en el campo de las Biociencias en general que pueden generarse como oportunidades al amparo de la participación española en este proyecto internacional.

Desde una perspectiva científica, el Clúster Español del Proteoma Humano forma parte del proyecto de investigación internacional HUPO (Human Proteome) que tiene como objetivo desarrollar la descripción completa del Proteoma Humano. Para su consecución se cuenta con la colaboración de distintos consorcios internacionales entre los que se “reparten” las investigaciones. El Clúster Español del Proteoma Humano concentrará sus esfuerzos en investigar el cromosoma 16 sin excluir otras oportunidades que puedan surgir durante el desarrollo del mismo.

Desde la perspectiva empresarial, el Clúster Español del Proteoma Humano aboga por una colaboración intersectorial de empresas tecnológicamente competitivas de diferentes perfiles que aprovechen el escenario del proyecto HUPO para desarrollar nuevos emprendimientos (start-ups, spin-offs, etc.), que, desde sus respectivas áreas de conocimiento y experiencia, no necesariamente biotecnológicas, puedan aplicar dicho conocimiento y experiencia al nuevo sector para impulsar la economía española, en un contexto y vocación internacional, desarrollando una industria en un sector en alza, el de las Ciencias de la Salud que, en los próximos años, va a ser fundamental para la creación de empleo, riqueza y ventajas competitivas.

HPP-Spain: el Clúster Español del Proteoma HumanoUna iniciativa científico-empresarial...


Complementariamente a los objetivos empresariales y científicos, la especialización y desarrollo de nuevas iniciativas empresariales en sectores altamente competitivos, como el de la proteómica, dará un plus de prestigio a la marca España en el mundo científico y tecnológico.

Finalmente, participar en un proyecto científico mundial ayudará a la internacionalización de empresas españolas altamente competitivas; de esa forma, se potenciará la venta de sus productos y servicios en un mundo cada vez más globalizado y competitivo, facilitando la consolidación de una economía basada en la ciencia, que emerge con fuerza y por la que los países más competitivos apuestan.

HPP-Spain: el Clúster Español del Proteoma Humano... con vocación internacional


Para el desarrollo del proyecto Clúster Español del Proteoma Humano, se ha creado un consorcio integrado por organizaciones que representan los diferentes perfiles que de forma poliédrica pueden contribuir al éxito de esta participación. Incluye organismos públicos, privados, empresariales y científicos, todos ellos alineados con los objetivos previamente relacionados y con el potencial necesario y suficiente para desarrollarlos con éxito:

• Empresas: Ibermática, Asociación de la Máquina Herramienta, etc.

• Entidades de capital: Kutxabank, Fondos de capital-riesgo, Capital privado, etc.

• Centros tecnológicos: Tecnalia, IK4, etc.

• Centros Investigación: ProteoRed, etc.

• Red sanitaria pública: Hospitales Madrid, Biodonostia, Cima, Inibic, Biobanco, etc.

• Gabinetes jurídicos: Cremades&Calvo Sotelo, Cialt, etc.

Este consorcio ha adoptado la forma de Asociación-Clúster, en cuyos estatutos (Anexo II) se explicita que sus objetivos fundacionales son “Promover el crecimiento y la competitividad del sector asociado a la Proteómica y sus organismos, apoyando el desarrollo de los mismos en todas las áreas (…) Promoviendo la formación, la I+D+i, y la excelencia en la práctica de sus procesos y la gestión de los mismos; favoreciendo la cooperación entre los organismos y las empresas miembros entre sí y con otros Grupos de Interés (…). Defender los intereses de los miembros Asociados y representarlos ante los Grupos de Interés. (…). Generar una economía basada en la ciencia y tecnología en torno a la Proteómica. (…). Generar proyectos que permitan realizar descubrimientos en el área de la proteómica (…)”.

HPP-Spain: el Clúster Español del Proteoma HumanoEl Consorcio


A partir de los antecedentes y premisas reflejadas en los anteriores capítulos de este documento, y para facilitar la comprensión y articulación de acciones en torno al Proyecto Global, el mismo debe articularse en los siguientes Proyectos o Macro-Áreas de Actividad:

• Proyecto Científico HPP-Spain

• Proyecto Empresarial

• Organización y gestión del Clúster

• Acciones de comunicación y divulgación

Partiendo de la periodificación prevista para el proyecto Científico (una fase piloto, de 2012 a 2018; y una fase de ejecución, de 2018 a 2022), alrededor del cuál deben enmarcarse el resto de actividades, en el esquema de la página siguiente se reflejan estas cuatro Áreas en dicho espacio temporal.

El ProyectoIntroducción


El ProyectoEsquema general

Proyecto Empresarial

Proyecto Científico HPP-Spain

Fase Piloto (2012 – 2018) Fase Ejecución (2018 – 2022)

Acciones de Comunicación / Divulgación

Organización / Gestión del Clúster


Supported by EU FP7 grant ProteomeXchange [grant number 260558]


5th sphpp meeting la cristalera , 5th and 6th november 2013

Documents

th sphpp meeting

bnlc sphpp meeting

csic sphpp meeting

biobancossphpp meeting

plataformasphpp meeting

paquetes de trabajo

grupos de trabajo

project management2nd