53 dbherv-res: ヒト内在性レトロウイルス由来 転写調節...
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53 dbHERV-REs: ヒト内在性レトロウイルス由来転写調節エレメントデータベースの構築 伊東潤平1,2)、○杉本竜太2)、中岡博史2)、山田思郎3)、木村哲晃2)、早野崇英4)、井ノ上逸朗1,2)
1)総合研究大学院大学 生命科学研究科 2)情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 3)東海大学 医学部付属大磯病院 4)山口大学 大学院医学系研究科
ヒト内在性レトロウイルス トランスポゾンの1種であるヒト内在性レトロウイルス(HERV)は、配列中に転写調節エレメント(HERV-RE)を有しており、近傍遺伝子の発現調節に様々な影響を与える。
大規模エピゲノム解読プロジェクト(ENCODE, Roadmap)により同定された転写調節エレメントのうち、HERV-REは12%程度を占める。
我々はENCODEとRoadmapから取得した、97種の転写因子の519個のChip-seqデータセットを用いてHERV-REを網羅的に調査した。794,972箇所のHERV遺伝子座とオーバーラップする転写因子結合部位(HERV-TFBS)を同定し、さらに、HERVコピー間で互いに共有される転写因子結合部位(HERV-RE)を2,201種類同定した。
dbHERV-REs ヒト内在性レトロウイルスの持つ転写因子結合部位の網羅的データベース
http://herv-tfbs.com
1. データベース、転写因子の種類、及び各種統計量を使っ
てHERVをフィルタリング可能
2. HERVとその挿入年代、有意に結合する転写因子のリスト
3. 選択したHERVの基本情報を表示
4. 各種データをテキストファイルでダウンロード可能
5. 各転写因子結合部位、DHS、系統樹等を表示
• 794,972箇所のHERV-REを収録
• AJAXを使ったリロードフリーな設計
• HERV-REの研究基盤を提供
アクセス解析結果
参照論文 Jumpei Ito et al. Systematic identification and characterization of regulatory elements derived from human endogenous retroviruseshttps://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006883
今後の予定 ユーザーからのフィードバックを元に機能追加、更新予定。
RDF化を行いデータベース間の有機的連携を検討する。
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2017年7月12日以降のdbHERV-REsの主要なアクセス元
国立衛生研究所 アメリカ
情報システム研究機構 日本
様々なプロバイダー 中国
スイス連邦工科大学ローザンヌ校 スイス
ルートヴィヒ・マクシミリアン大学ミュンヘン ドイツ
パリ第7大学 フランス
ロンドン大学クイーンメアリー イギリス
ロングウッドメディカル学術エリア アメリカ
アクセス数0 20 40 60 80
解析パイプラインを選択
データベースを選択
統計的閾値を設定
転写因子の種類を選択
HERVの名前で検索
HERVに有意に結合する転写因子と統計量を表示
plotly.jsを使ったインタラクティブなチャート
例: HERV上に見られるChip-seqシグナルを表示
HERV-RE Host gene
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