変態に R を与えた結果がこれだよ… 6 R でフローサイトメトリー (FCM/FACS) を解析する

20131011Kashiwa.R#9 @ 東京大学駒場キャンパス 16 号館 126 ・ 127 教室

YF@Med_KU

Flow cytometry

© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本

Ag-Ab reaction

Beam

Detection and Quantification

Analysis and Classification

Flow cytometry

© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本

Ag-Ab reaction

Beam

Detection and Quantification

Analysis and Classification

実験は一切しないので R での解析についてのみFCM といいつつ話はクラスタリング( そもそも機械からどうデータ引っこ抜くのか知らない )

Bioconductor {flowCore}

7 種の抗体

1 細胞あたり 7 つの定量データが 10000 細胞分

実数軸 vs 対数軸

ヒストグラム

Gating

Gating

Gating

Gating: problem

Gate の設定があまりにも適当すぎる。

統計学的に細胞を分類 / 集団を特定したい。

Clustering距離が近いデータをまとめる

Clustering距離が近いデータをまとめる

Clustering距離が近いデータをまとめる

Clustering距離が近いデータをまとめる

kmeansクラスターの中心点があるとして仲間分け

Local outlier factor (LOF)近傍点集合からの離れ具合を定量化

Proceedings of the 2000 ACM SIGMOD international conference on Management of data. SIGMOD '00: 93–104

近傍点 3 つからの距離

Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)表面抗原発現パターンから分化系統樹作成

Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91Science. 2011 May 6;332(6030):687-96