2009.6.19정상원

서울대학교 의생명지식공학연구실

목차

I. 과제 개요

연구제목 변화지향적 지식구조를 반영한 의료정보학의 교과과정 개발 방법론 연구변화지향적 지식구조를 반영한 의료정보학의 교과과정 개발 방법론 연구

연구제목 2008 년도 대학교육과정개발 연구지원사업2008 년도 대학교육과정개발 연구지원사업

주관부서 교육과학기술부 / 한국학술진흥재단교육과학기술부 / 한국학술진흥재단

지원유형 제 1 유형 교육과정 체제 개선 연구제 1 유형 교육과정 체제 개선 연구

연구기간 2008.10.1. ~ 2010.9.30.(2 년 )2008.10.1. ~ 2010.9.30.(2 년 )

I. 과제 개요 : 연구 목적

변화지향적인 지식구조를 반영한 의료정보학 교과과정 개발 방법론을 개발함으로써 기술적 시대적 변화에 능동적으로 대처 가능한 의료정보 전문 인력 양성에 이바지함

의료정보학 지식체계 온톨로지 구축의료정보학 지식체계 온톨로지 구축

의료정보학 표준 교과과정 개발의료정보학 표준 교과과정 개발

의료정보학 전문성 자격요건 (Competency) 항목 개발의료정보학 전문성 자격요건 (Competency) 항목 개발

의료정보학 교과과정 관리시스템 개발의료정보학 교과과정 관리시스템 개발

I. 과제 개요 : 연구 내용1 차년도

2 차년도

• 의료정보학 지식체계 데이터 수집• 의료정보학 지식체계 온톨로지 구축• 의료정보학 지식구조 분석 및 예측

• 계량적 분석에 기반한 의료정보학 표준 교과과정 개발• 의료정보학 전문인력의 전문성 자격요건 항목 개발• 의료정보학 교과과정 관리시스템 개발

의료정보학 지식체계온톨로지 구축

의료정보학전문가 지식

의료정보학표준 교과과정 개발

의료정보학교과과정

학술회의 주제

의료정보학학술저널 주제

의료정보학 교과과정관리시스템 개발

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? ?? ? 50% 30% 20%

? ? ? ?㈑ 50%

? ? ? 30%

? ? ? 20%

? ? ? 0%

? ? ? 0%

의료정보학지식구조 분석 및 시각화

의료정보학 지식의변화추이 분석 및 예측

의료정보학전문성 자격요건

항목 개발

의료정보학의료정보학지식체계지식체계

데이터 수집데이터 수집

I. 과제 개요 : 연구 방법 (1차년도 )

I. 과제 개요 : 연구 방법 (2차년도 )

II.1 차년도 연구 내용

2.1. 의료정보학 지식구조 분석데이터 : 의료정보학 관련 컨퍼런스

• Co-Occurrence Network Analysis• Source– Events: 1999 ≤ Year ≤ 2008

• Medical Informatics: AMIA, MIE, CBMS• Bioinformatics: BIBE, ICSB, ISMB, RECOMB, CMSB

– Paper: 12,536 (Title + Abstract)• Variables– 2-gram≤N-gram ≤5-gram– Medical Informatics:6,958 topics– Bioinformatics: 5,436 topics

10

2.1. 의료정보학 지식구조 분석학술회의에 반영된 100 개의 상위 연구주제 (MI;

tf≥10)

2.1. 의료정보학 지식구조 분석학술회의에 반영된 100 개의 상위 연구주제 (BI;

tf≥10)

2.1. 의료정보학 지식구조 분석Decision Support in MI(Cosine 0.1;k-nn=4;N=42)

2.1. 의료정보학 지식구조 분석Decision Support in BI(Cosine 0.1;k-nn=3; N=40)

2.1. 의료정보학 지식구조 분석

PeriodTopic

99-00 01-02 03-04 05-06 07-08

snomed ct 0 22 40 68 137e health 0 14 57 44 99record linkage 0 13 11 6 19conceptual framework 0 12 12 6 12description logic 0 12 14 6 7patient safety 0 11 35 39 54self care 0 8 8 16 12mechanical property 0 7 6 7 12medical guideline 0 7 16 11 10system performance 0 7 7 6 10clinical pathway 0 6 13 16 17expression data 0 6 11 25 7heterogeneous data 0 6 5 7 15early warning 0 5 6 6 8gene ontology 0 5 15 11 15gene expression data 0 5 10 17 7web service 0 0 16 55 24microarray data 0 0 15 9 13physical activity 0 0 8 16 19feature extraction 0 0 8 11 7healthcare it 0 0 5 9 7grid technology 0 0 0 25 13grid infrastructure 0 0 0 24 16mass spectrometry 0 0 0 16 17health information exchange 0 0 0 10 35patient portal 0 0 0 9 10grid environment 0 0 0 8 9openehr archetype 0 0 0 8 8sequence alignment 0 0 0 7 8optic nerve 0 0 0 6 8protein ontology 0 0 0 6 7articular cartilage 0 0 0 0 14categorial structure 0 0 0 0 13process mining 0 0 0 0 9cancer biomedical informatics grid

0 0 0 0 8

myocardial perfusion 0 0 0 0 8profile hmm 0 0 0 0 8qt prolongation 0 0 0 0 8social networking 0 0 0 0 8transcription factor 0 0 0 0 8anomaly detection 0 0 0 0 7birth certificate 0 0 0 0 7supervised classification 0 0 0 0 7

새롭게 출현하는 연구주제 (Medical Informatics)2001-2002• SNOMED CT / e-health / record linkage / Conceptual framework / Description logic / Patient safety

2003-2004• web service / microarray data / physical activity / feature extraction

•2005-2006•Grid technology / grid infrastructure / Mass spectrometry / Health information exchange

•2007-2008•Articular cartilage / Categorial structure / Process mining

2.1. 의료정보학 지식구조 분석

PeriodTopic

99-00 01-02 03-04 05-06 07-08

monte carlo 0 13 7 8 18time series 0 12 29 22 42biological sequence 0 10 8 23 21genomic data 0 10 12 15 21sequence analysis 0 10 11 9 12alternative splicing 0 7 24 9 19feature selection 0 6 11 53 50clustering algorithm 0 6 31 28 32biological network 0 5 7 17 23biological process 0 5 17 14 23prediction accuracy 0 5 15 28 22microarray experiment 0 5 11 20 13microarray gene expression 0 5 14 9 9protein function 0 4 20 41 17learning algorithm 0 4 8 12 12interaction network 0 3 22 42 60gene network 0 3 14 19 20novel method 0 3 17 12 16biological function 0 3 7 9 16decision tree 0 3 7 13 14artificial neural network 0 3 10 14 11motif finding 0 3 11 19 9function prediction 0 3 11 13 9t cell 0 3 12 10 8gene ontology 0 0 30 28 31system biology 0 0 26 19 38gene selection 0 0 18 30 14network model 0 0 15 11 8protein interaction network 0 0 15 34 34speed up 0 0 11 8 16novel algorithm 0 0 10 9 11distance based 0 0 9 15 8evolutionary algorithm 0 0 9 21 22selection algorithm 0 0 9 11 8image analysis 0 0 8 7 11reverse engineering 0 0 8 8 11case study 0 0 7 14 10computational approach 0 0 7 14 13selection method 0 0 7 13 17ppi network 0 0 0 13 16prostate cancer 0 0 0 11 15network motif 0 0 0 9 14true positive 0 0 0 7 12intrinsically disordered protein 0 0 0 0 14active contour 0 0 0 0 10association rule 0 0 0 0 10bone remodeling 0 0 0 0 10master equation 0 0 0 0 10peak detection 0 0 0 0 10clinical trial 0 0 0 0 9eeg signal 0 0 0 0 9temporal logic 0 0 0 0 9biological sample 0 0 0 0 8fuzzy rule 0 0 0 0 8metabolic engineering 0 0 0 0 8quantitative trait 0 0 0 0 8

새롭게 출현하는 연구주제 (Bioinformatics)2001-2002• Monte Carlo/ Time Series / Biological Sequnece / Genomic Data / Sequence Analysis

2003-2004• Gene Ontology / Systems Biology / Gene Selection / Network model / Protein Interaction network / Novel Algorithm

2005-2006• PPI network / Prostate Cancer / network motif

2007-2008• Intrinsically disordered protein / Active contour / Association rule / bone remodeling / master equation / peak detection

2.1. 의료정보학 지식구조 분석

• < 대한의료정보학회지 학회지 Data >구분 개수 내용

전체 2,063 작업차수 1~3 차 4~5 차

중복 988

작업 1,075

확인 완료 289 1,073

파일 없음 127 2

PDF 추가 240 -

학술 대회 419 -

Year 요약

1995 11

1996 134

1997 69

1998 36

1999 92

2000 91

2001 110

2002 141

2003 161

2004 49

2005 39

2006 50

2007 62

2008 30

총합계 1,075

Year Volume 편수 Year Volume 편수1995 1-1 11

2003

9-1 8

19962-1 45 9-2 12 2-2 89 9-3 14

19973-1 51 9-4 13 3-2 18 추계 73

19984-1 16 춘계 41 4-2 20

2004

10-1 9

1999

15 차 추계 20 10-2 10 15 차 춘계 26 10-3 15 5-1 15 10-4 9 5-2 10 추계 6 5-3 21

2005

11-1 10

2000

16 차 추계 32 11-2 9 16 차 춘계 17 11-3 11 6-1 8 11-4 9 6-2 8

2006

12-1 10 6-3 9 12-2 6 6-4 17 12-3 7

2001

17 차 추계 35 12-4 6 17 차 춘계 23 추계 14 7-1 13 춘계 7 7-2 16

2007

13-1 7 7-3 8 13-2 16 7-4 15 13-3 12

2002

18 차 추계 72 13-4 9 18 차 춘계 35 춘계 18 8-1 8

200814-1 8

8-2 7 14-2 11 8-3 9 14-3 11 8-4 10 총합계   1,075

진행중

2.1. 국내 의료정보학 지식구조 분석국내 의료정보학의 50 개 핵심 연구주제 (5≤tf)

진행중

2.2. 의료정보학 교과과정 데이터 수집

2.2. 의료정보학 교과과정 데이터 수집

과목명

강사

개요

강의 내용

데이터 수집 및 추출기활용

데이터 수집 및 추출기활용

2.3. 의료정보학 지식체계 온톨로지 구축

2.3. 포럼 운영http://bike.snu.ac.kr/~bmihttp://bike.snu.ac.kr/~bmihttp://bike.snu.ac.kr/~bmi

III.2 차년도 연구 내용

3.1. 의료정보학 표준 교과과정 개발

3.2. 의료정보학 전문성 자격요건 항목 개발

3.3. 의료정보학 교과과정 관리시스템 개발

3.3. 의료정보학 교과과정 관리시스템 개발

Instance

3.3. 의료정보학 교과과정 관리시스템 개발

• 의료정보학 교과과정 관리시스템 (Mock-up)

3.3. 의료정보학 교과과정 관리시스템 개발

IV. 예상 연구 결과

질의 응답

• 감사합니다 .

• http://bike.snu.ac.kr/~bmi