150304 science council of japan-kawaji
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ゲノミクス分野でのデータ共有状況と、 その再利用を促進するScientific Data誌
川路英哉 (理化学研究所) KAWAJI, Hideya (RIKEN) <[email protected]>
Data sharing in genomics and the "Scientific Data” journal driving reproducible science
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Genomics
遺伝形質、リスク因子
環境応答、細胞機能、病状
Medical care
http://www.allvectors.com/
ゲノム配列 DNA塩基対の並び
受け継いだ情報
遺伝子発現 エピジェネティクス
細胞毎の個性
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Genomics
ゲノム配列 DNA塩基対の並び
受け継いだ情報
遺伝子発現 エピジェネティクス
細胞毎の個性
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Genomics
論文
公共レポジトリGenBank/EMBL/DDBJ SRA/ERA/DRA
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• 大規模にデータを取ったが、革新的な発見はなかった (そのため、データの品質としては良いのに出版されなかった)
• データが整理されていなかった (解釈は論文にきちんと示されているけれど…)
• 論文にアクセスできなかった (「円安で、購読できなくなった」「研究費減額と共に、図書予算も減額」等)
• データにアクセスできなかった (「検体提供者の同意が無いため、登録できない」「知財権の共有を含む共同研究」 等)
データ再利用を阻む要素
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Genomics
論文
公共レポジトリGenBank/EMBL/DDBJ GEO/ArrayExpress SRA/ERA/DRA
データの詳細!(半)構造化メタデータ
data descriptor
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Get Credit for Sharing Your Data Publications will be indexed and citeable. 引用可能な形で、査読を経た論文としてデータを公開できるため、研究データの登録や共有に対するクレジットが得られる
Open-access Creative Commons licenses (CC-BY/CC-BY-NC) for the main Data Descriptor. Each publication supported by CCO metadata. 全てのユーザーが出版されたデータ記述とデータセットを利用可能 !Focused on Data Reuse All the information others need to reuse the data; no interpretative analysis, or hypothesis testing 他者がデータを再利用するのに必要な情報のみ出版;分析や仮説検証などを含まない
!Peer-reviewed Rigorous peer-review focused on technical data quality and reuse valueデータが該当する研究コミュニティーで標準的な形式・内容かどうかに焦点を当て、データの品質と再利用性について厳格な査読を行う !Promoting Community Data Repositories Not a new data repository; data stored in community data repositories 本誌は新しいデータリポジトリではなく、データセット自体は各研究コミュニティーに認知されたリポジトリを利用 するので、リポジトリ活用も促進する
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Sections: • Title • Abstract • Background & Summary • Methods • Technical Validation • Data Records • Usage Notes • Figures & Tables • References • Data Citations
The ‘Data Descriptor’ articleDetailed descriptions of the methods and technical analyses supporting the quality of the measurements. Does not contain tests of new scientific hypotheses 実験やデータ収集の質を保障する技術的分析や方法の詳細な記述。新たな科学的仮説の検証は含まない。
Get credit.
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!!!
Article type:Peer-‐reviewed “Data Descriptor”. Editorial teamManaging Editor (Andrew Hufton) Editorial Curator (Varsha Khodiyar) Honorary Academic Editor (Susanna Sansone, Oxford) Advisory Panel and Editorial Board Open access article processing charge $1,350 USD / £890 GBP / ¥145,500 for each accepted article
Scientific Data – launched May 2014Open access.
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!!!Experimental metadata or
structured component (in-house curated, machine-readable metadata with each
article)
Article or narrative
component (PDF and HTML)
Narrative description coupled with meta data
Data reuse
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Peer review at Scientific Data
Focuses on:
• Completeness (can others reproduce?) 完全性(データを他者が再現し再利用できるか?)
• Consistency (were community standards followed?) 一貫性(コミュニティーの報告基準に従っているか?)
• Integrity (are data in the best repository?) 整合性(データは適切なリポジトリに登録されているか?)
• Experimental rigour and technical quality(were the methods sound?) 実験の厳密さと技術的品質(実験方法は有効か?)
Does not focus on: • Perceived impact/importance 予測されるインパクトや重要性
• Size/complexity of data データの規模や複雑さ
Peer-reviewed
with community.
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• 「インセンティブ」を機能させる • 重要な(、しかし評価されにくい)ネガティブデータの評価 • 質の高い共有の評価
!• 「ピアレビュー」を機能させる
• 研究はそもそも、標準化しづらい (新しいことをやるのが研究)
• 形式的な標準化に加え、詳細を理解できる記述 (“Narrative” )
• Dual publicationを避ける - ヒトによって定義が曖昧
!• “フリーミアム” データの継続性 !
• 臨床データを扱う仕組みづくり • プライバシーと有用性のバランスが必要。 制限アクセスレポジトリの強化・拡充そして義務化。
!• 競争的資金、人材評価、ポジション
• データ生産者でないと、分野で評価されにくい • メソッド開発者でないと、情報科学として評価されにくい • データを確実に扱い、解釈する地に足のついた研究者は…
2014年春、!スタートした!ばかり。
ジャーナルだけでは!解決できない課題も