1 service de bactériologie département des maladies infectieuses et parasitaires faculté de...
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Service de BactériologieDépartement des Maladies infectieuses et parasitaires
Faculté de Médecine Vétérinaire
Service de BactériologieDépartement des Maladies infectieuses et parasitaires
Faculté de Médecine Vétérinaire
Chapitre 5:
Les grands groupes bactériens
Chapitre 5:
Les grands groupes bactériens
Cours de bactériologie3ème candidature
Cours de bactériologie3ème candidature
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Les grands groupes bactériensLes grands groupes bactériens
Plan général du chapitrePlan général du chapitre
Taxonomie Nomenclature Systématique des bactéries d’intérêt médical
Taxonomie Nomenclature Systématique des bactéries d’intérêt médical
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Les grands groupes bactériensLes grands groupes bactériens
• Critères historiques de classification
• morphologie: protozoaires, bactéries
• coloration: Gram, Ziehl-Neelsen, Giemsa, Köster
• biochimie: biotypage (= galerie biochimique)
• moléculaires: - chaînes métaboliques
- enzymes respiratoires
- membrane externe
- paroi
- génétique: ADN et ARNr
Taxonomie
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Les grands groupes bactériensLes grands groupes bactériens
espèce: ≥ 70 % d’homologie des chromosomes
ΔTm entre les chromosomes homologues et hybrides ≤ 5°C
! critères phénotypiques simples !
(E.) coli et (S.) enterica
genre, famille: membrane, paroi, enzymes,…
Escherichia et Salmonella, Enterobacteriaceae
ordre, classe: séquences des ARNr
Enterobactériales, Gammaproteobactéries
embranchement (= phylum), série, division, règne, domaine: critères supérieurs: morphologie, structure, …
Protéobactéries, (série), Gracilicutes, (règne), (Eu)bactéries
• Critères actuels de classification Taxonomie
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Les grands groupes bactériensLes grands groupes bactériens
« Ce n’est pas le bactériologiste qui s’amuse
à rendre le monde bactérien complexe
mais ce dernier qui, petit à petit,
révèle sa complexité au bactériologiste »
« Ce n’est pas le bactériologiste qui s’amuse
à rendre le monde bactérien complexe
mais ce dernier qui, petit à petit,
révèle sa complexité au bactériologiste »
• Ne tirez pas sur le professeur Taxonomie
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Les grands groupes bactériensLes grands groupes bactériens
Binomiale en LATIN(en italique OU souligné)
Origine: - homme « célèbre »
- morphologie
- culture
- biochimie
- géographie
- pathologie
• Principes Nomenclature
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Les grands groupes bactériensLes grands groupes bactériens
Famille M-aceae Enterobacteriaceae
Genre M Salmonella Escherichia
Espèce m subterranea coli bongori fergusonii enterica hermanii
vulneris
Sous-espèce subsp m enterica houtenaearizonae indicadiarizonae salamae
• Exemple Nomenclature
Les grands groupes bactériensLes grands groupes bactériens
Pathotype (Pathovar)- Escherichia coli sérovar O101:K30:H- pathovar entérotoxinogène ou ETEC (STa+ F5+) des diarrhées du veau nouveau-né- Escherichia coli sérovar O141:K85:H- pathovar vérotoxinogène ou VTEC (Stx2e+ F18+) de la maladie de l’œdème du porcelet sevré
Biotype (Biovar)- Brucella melitensis biovars Melitensis (3), Abortus (7), Suis (5), Ovis, Canis, Neotomae
Sérotype (Sérovar) - Salmonella enterica sérovar Typhimurium- Leptospira interrogans sérovar Icterohaemorrhagiae- Escherichia coli sérovar O101: K30: H-- Streptococcus canis (séro)groupe G- Les biovars de Brucella melitensis sont subdivisées en sérovars A, M ou RLysotype (Lysovar)- Brucella melitensis biovar Abortus sérovar A lysovar Tbilissi- Salmonella enterica sérovar Typhimurium lysovar DT104
• Au-delà de l’espèce/sous-espèce Nomenclature
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Les grands groupes bactériensLes grands groupes bactériens
C. Importance médicale en denrées alimentaires d’origine animale (DAOA)- intoxications alimentaires chez l’homme
A. Définition- forme/assemblage, coloration de Gram- rapport avec l’oxygène (aérobie, anaérobie, microaérobie, …)- catalase, oxydase, mobilité, sporulation- métabolisme (R et/ou F), test O/F (F, O, -, non applicable)- colorations de Ziehl-Neelsen, de Giemsa, de Köster
B. Biologie- habitat, résistance dans le milieu extérieur- pouvoir pathogène: obligé, opportuniste, absent- espèces pathogènes, syndromes cliniques et hôtes
D. Importance en technologie des DAOA- détérioration des denrées alimentaires- mauvaise fabrication
Systématique des bactéries d’intérêt medical
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Les grands groupes bactériens Gram+Les grands groupes bactériens Gram+
Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes)- aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables
Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase-Bâtonnets Gram+ (Firmicutes)- petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliersBactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes)- les « mycoplasmes »
Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes)- avec ou sans hôtes intermédiaires
Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes)- oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:-Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes)- aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA
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Coques
Bâtonnets
Staphylococcusaéroanaérobies O/F:F amas en grappes
Micrococcusaérobies O/F:O ou nég., amas en grappes
Streptococcus anaérobies facultatifsEnterococcus O/F:FLactococcus chaînes(+ technologie DAOA)
Peptococcus anaérobies stricts Peptostreptococcus O/F:NA chaînes
Aerococcus aéro-(anaérobies)viridans O/F:F
chaînes
Gram +
Catalase +
Catalase -
Catalase faible ou nég.
Oxydase -
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
StaphylococcusStreptococcusEnterococcus
A. Définition
Coques (0,5 – 1,5 µm)
mobilité -spores -
test O/F: F
aéroanaérobies anaérobies facultatifs
catalase –catalase +
métabolisme Fmétabolisme R&F
Amas irréguliers (3 plans de division) Chaînettes (1 plan de division)
Sérotypie: Groupes de Lancefield
Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
• saprophytes: eau, air, sols, animaux
peau, nasopharynx, génital, intestin (lait)• + ou – résistant aux conditions extérieures
• pathogènes opportunistes
Staphylococcus StreptococcusEnterococcus
B. Biologie
suppuration et abcès superficiels et profonds, mammites, rhinites, …
troubles digestifs (genre Enterococcus)
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
StaphylococcusStreptococcusEnterococcus
Staph. aureus BB, CV, HO
Stap. intermedius CN, CT, CV
Staph. hyicus PC
Staph. schleiferi CN
troubles cutanés, otites, bactériémies, abcès, mammites, …
Str. agalactiae, dysgalactiae subsp. dysgalactiae, uberis BBmammites Str. equi subsp zooepidemicus, equi subsp. equi, dysgalactiae subsp. equisimilis CVtroubles respiratoires, génitaux & cutanés Str. equisimilis, porcinus, suis PCtroubles respiratoires, abcès, endocardite Str. canis, groupe L CNtroubles respiratoires, génitaux & cutanés Str. iniae, melleri, difficilis,… Poissonstroubles cutanés et internes (abcès, ulcères) Ent. faecalis, faecium… Tousbactériémie, abcès Aerococcus viridans Tousbactériémie, endocardite, méningite (rare)
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Staphylococcus StreptococcusEnterococcus
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Staphylococcus aureus, intermedius, hyicus, epidermidis
intoxication alimentaire: vomissements, coliques, diarrhée
évolution favorable en 24h (le + souvent)
production d’une ou plusieurs entérotoxine(s)
Enterococcus sp. = indicateur de contamination fécale des aliments
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Staphylococcus StreptococcusEnterococcus
Importance technologique dans la fabrication de certaines denrées
Enterococcus faecalis
maturation des fromages/flaveur prononcée des fromages mûrs
Lactococcus lactis
production d’acide dans le cadre des fermentations du lait
Enterococcus sp., Lactococcus sp., Leuconostoc sp., Pediococcus sp., Streptococcus sp.,… = « famille Streptococcaceae »
D. Autres genres d’intérêt technologique
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Les grands groupes bactériens Gram+Les grands groupes bactériens Gram+
Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes)- aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables
Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase-Bâtonnets Gram+ (Firmicutes)- petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliersBactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes)- les « mycoplasmes »
Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes)- avec ou sans hôtes intermédiaires
Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes)- oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:-Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes)- aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA
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-Listeriaaéroanaérobie, catalase +, O/:F- Erysipelothrixanaérobie facultative, catalase -, O/F:F- Renibacteriumaéroanaérobie, catalase +, O/F:F- Lactobacillus, Carnobacterium (technologie DAOA)
Gram +
Coques
Bâtonnets
longs (ramifiés)
grands, réguliers, sporulés
petits, réguliers
petits, irréguliers
Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
A. Définition
Listeria Erysipelothrix Renibacterium
catalase -
anaérobies facultatives
métabolisme F
amas intraleucocytairesfilaments
aéroanaérobies
catalase +
métabolisme R&F
aéroanaérobies
catalase +
métabolisme R&F
(mobilité + à 25°C)
petits bâtonnets réguliers
mobilité -
spores -
en paires = _ _ /
(0,5 x 1,0-2,0 µm) (0,2 x 1,0-2,0 µm) (0,3-1,0 x 1,0-1,5 µm)
test O/F: F
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Listeria Erysipelothrix
B. Biologie
Renibacterium
• saprophytes: sols, plantes, eaux, animaux
tube digestif tube digestif (mammifères, organes internes(homme, ruminants) oiseaux, poissons)
• résistants dans le milieu extérieur
• pathogènes opportunistes pathogène obligé
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Listeria Erysipelothrix
Listeria monocytogenesBB, OV, HO, rongeurs
Listeria ivanovii OV Erysipelothrix rhusiopathiae
PC, OV, HO
Renibacterium
Renibacterium salmoninarumSalmonidés
« Listériose » « Rouget » « Bacterial Kidney Disease »
Troubles nerveux, Septicémie, arthrose, Néphrite avortements dermatite granulomateuse
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Listeria Erysipelothrix
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Listeria monocytogenes
Sources: lait non ou mal pasteurisé, fromage, plats semi-préparés, …
femme enceinte: avortement, naissance prématurée d’un
nouveau-né infecté
méningo-encéphalite ou septicémie chez l’adulte
(surtout immunodéprimés)
Renibacterium
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Listeria Erysipelothrix
Erysipelothrix rhusiopathiae
contamination par voie digestive exceptionnelle
forme cutanée suite à des blessures lors de manipulation de
carcasses, de poissons, de crustacés, d’abats…
septicémie et endocardite rares (immunodéprimés)
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Renibacterium
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
D. Autres genres d’intérêt technologique
Carnobacterium spp
Lactobacillus spp
Certaines espèces sont testées/utilisées comme probiotiques dans les aliments, voire chez l’animal
Petits bâtonnets réguliers
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- Corynebacteriumaéroanaérobie, catalase +, O/F:F- Rhodococcusaérobie strict, catalase +, O/F:O- Arcanobacteriumanaérobie facultative, catalase -, O/F:F- Actinobaculumanaérobie stricte, catalase -, O/F:NA- Brevibacterium, Propionibacterium(technologie DAOA)
Gram +
Coques
Bâtonnets
longs (ramifiés)
grands, réguliers, sporulés
petits, réguliers
petits, irréguliers
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
petits bâtonnets irréguliers à coques (0,5 x 0,5-3,5 m): CORYNEFORMES
mobilité -spores -
associations en paires = _ _ /
A. Définition
Corynebacterium ActinobaculumRhodococcus Arcanobacterium
aéroanaérobies anaérobiesfacultatives
aérobiesstricts
anaérobiesstrictes
catalase + catalase -catalase + catalase -
métabolisme R&F métabolisme Fmétabolisme R métabolisme F
O/F: F O/F: NAO/F: O O/F: F
Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
B. Biologie
• résistance faible
• parasites: animaux
peau, tractus urogénital
• résistances moyennes
• saprophytes: sols, plantes, animaux
peau, tractus urogénital, tractus respiratoire supérieur, intestin
• pathogènes opportunistes
Corynebacterium ActinobaculumRhodococcus Arcanobacterium
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
C. diphteriae HOdiphtérie (croupe) C. pseudotuberculosis OV (ovis) CVlymphadénites (OV), lymphangites, abcès cutanés (CV)
C. renale C. pilosum BB, OV C. cystitidiscystite, pyélonéphrite, posthite
C. kutscheri rongeurstroubles respiratoires, généraux
Rhodococus equi CV (PC)pneumonie, entérite (CV) lymphadénite (PC)
Arc. pyogenes BB, PCabcès cutanés et internes, mammites, troubles respiratoires
Act. suis PC(comprend les anciennes espèces Eubacterium suis et Actinomyces suis)
cystite, pyélonéphrite, actinophytose de la mamelle
Corynebacterium ActinobaculumRhodococcus Arcanobacterium
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
D. Autres genres d’intérêt technologique
Petits bâtonnets irréguliers
Propionibacterium spp
Brevibacterium linens
Exemples: P. freudenreichii formation des yeux dans les fromages
(ex: emmental) via production de CO2 à partir d’acide lactique
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3 GENRES anaérobies stricts à facultatifs, catalase -, O/F:NA- Dermatophilus : bactéries coccoïdes- Actinomyces: bactéries corynéformes(une espèce aérobie stricte, catalase +, O/F:O)- Bifidobacterium(technologie DAOA)
2 GENRESaérobies stricts, catalase +, O/F: O ou nég.- Mycobacterium: coccobacilles à bâtonnets, acido-résistance totale, non ramifié- Nocardia: filaments, acido-résistance partielle, ramifié
Gram +
Coques
Bâtonnets
longs (ramifiés)
grands, réguliers, sporulés
petits, réguliers
petits, irréguliers
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+Dermatophilus Actinomyces
A. Définition
spores -
cocciforme streptoccociforme branchements séparation
bâtonnets filamentsbranchements septation
- petits bâtonnets corynéformes- bactéries coccoïdes (1 m)- association en «streptocoques» branchés - longs filaments ramifiés
(0,2 -1,0 x 10 - 50 µm)(5 -20 µm de longueur)
anaérobies strictes, facultatives(A. viscosus: aérobie stricte)(microaérophiles)
(catalase +)
(métabolisme R)
(O/F: O)
mobilité -mobilité +
catalase -
métabolisme F
O/F: NA
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Dermatophilus Actinomyces
B. Biologie
• pathogènes opportunistes
• résistance moyenne
• parasites des animaux
muqueuses digestives (de la bouche à l’anus), peau
• résistance faible
• parasite obligé des animaux
peau
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Dermatophilus Actinomyces
D. congolensis CV, OV, BBCN, CT, CP
« Strawberry foot rot »« Lumpy wool » OVDermatite mycotique
Streptothricose BBDermatite mycotique CV
problèmes cutanés(Dermatite proliférative contagieuse)
Act. bovis BB
Act. viscosus CN Act. hordeovulneris
Act. israeli HO
« actinophytoses » ou granulomes inflammatoiresavec problèmes cutanés, buccaux, osseux, digestifs, respiratoires, mammaires
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Mycobacterium Nocardia
A. Définition
aérobiescatalase +mobilité -spores –
métabolisme R(test O/F: O ou -)
Bâtonnets(filaments)
(0,2-0,6 x 1,0-10,0 m)
filaments
(0,5-1,5 x > 10,0 m)
filaments non branchéssans fragmentation
filaments branchésavec fragmentation
acido-résistance totale(Ziehl-Neelsen)
acido-résistance partielle(Ziehl-Neelsen modifié)
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Mycobacterium Nocardia
B. Biologie
pathogènes opportunistesà obligés
pathogènes opportunistes
• Saprophytes des sols, de l’air, des eaux,…
• Parasites des animaux
peau, muqueuses
• Forte résistance
• Pathogènes intracellulaires facultatifs
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+Mycobacterium Nocardia
Myc. bovis BB (CN, CT, HO)tuberculosis HO (CN, CT, PC)caprae CPavium subsp. avium gallinacésavium subsp. sylvaticum pigeons (ramiers)avium subsp. hominisuis PC, HOgenavense psittacidés
tuberculoses: troubles variables, lésions dans de multiples organes Myc. avium subsp. paratuberculosisparatuberculose: diarrhée BB, OV (CP) Myc. leprae HO (CT)lèpre humaine et féline Mycobacterium sp. toutestuberculoses atypiques Myc. marinum, fortuitum, chelonae, abscessus tuberculoses poissons
Nocardia asteroides CN, BB,
poissonsnocardiose: troubles cutanés, respiratoires et mammaires
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Mycobacterium Nocardia
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Mycobacterium bovis
Sources: lait cru, non ou mal pasteurisé fromages à base de lait cru
peut évoluer vers une tuberculose pulmonaire ou extra-pulmonaire
primo-infection passe inaperçue et guérison des lésions
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
D. Autre genre d’intérêt technologique
Bâtonnets ramifiés
Bifidobacterium spp
Certaines espèces sont testées/utilisées comme probiotiques dans les aliments
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- Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus aérobies, catalase +, O/F:Oaéroanaérobies, catalase +, O/F:F- Clostridiumanaérobies strictes, catalase -, O/F:NA- Alicyclobacillus(technologie des DAOA)
Gram +
Coques
Bâtonnetslongs (ramifiés)
grands, réguliers, sporulants
petits, réguliers
petits, irréguliers
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
isolés, en paires, en chaînes de longueur variablebactéries sporulantes
Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Clostridium
A. Définition
grands bâtonnets réguliers (0,5 – 1,0 x 2,5 – 20 µm)
mobilité + ou –spores +
aérobies strictes ouaéroanaérobies anaérobies strictes
catalase + catalase -
métabolisme R ou R&F métabolisme F
test O/F: O ou F test O/F: NA
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Clostridium
SPORESSPORES
centrales, paracentrales, subterminales, terminales
• ellipsoïdes non déformantes• ellipsoïdes déformantes• sphériques déformantes
• ellipsoïdes déformantes• sphériques déformantes
• O2 indispensable • O2 inhibitrice
• chute en nutriments • conditions hostiles(toxiques …)
Coloration de Ziehl-Neelsen modifiée pour sporesRésistances mécaniques, physiques, chimiques et biologiques
Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Clostridium
B. Biologie• saprophytes: air, eaux, sols, animaux
peau, muqueuses, intestins
• résistance: faible de la forme végétative, forte de la spore
• très nombreuses espèces non pathogènes
• quelques espèces pathogènes obligés ou opportunistes
Septicémie (= charbon bactéridien ou anthrax)MammitesLoques des abeilles (couvin)
Entérites/entérotoxémies/abomasiteHépatites Gangrène (gazeuse)Myosites (= charbons bactérien et parabactérien)Tétanos, botulisme
Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Bacillus anthracis BB, HO, PC, charbon bactéridienCV, (autres) (septicémie hémorragique)
Bacillus cereus BB mammites
Paenibacillus larvae Abeilles maladies du couvin= loque américaine= « Powdery scale »
Melissococcus plutoniusAbeilles maladie du couvin= loque européenne
Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Cl. chauvoei BB charbon bactérien (myosite) Cl. septicum Tous charbon parabactérien (myosite),
gangrènegazeuse, abomasite (braxy), dermatite
Cl. perfringens Tous entérites, entérotoxémies, gangrène Cl. novyi OV (BB) hépatite nécrosante, gangrène Cl. haemolyticum BB hépatite nécrosante Cl. sordellii Ruminants entérites, entérotoxémies Cl. spiroforme Lapins entérites, entérotoxémies Cl. piliforme CV, CN, CT, hépatite, entérite, myocardite
rongeurs Cl. difficile HO (animaux) entérites Cl. colinum oiseaux entérites, hépatite Cl. tetani Tous paralysie spastique (tétanos) Cl. botulinum Tous paralysie flasque (botulisme)
Cl. argentinense HO
Clostridium
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Clostridium
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Bac. cereus, subtilis (thurigiensis dans une moindre mesure)
forme émétique et forme diarrhéique (souvent bénignes, parfois mortelle)
Cl. perfringens
affection intestinale bénigne de courte durée (toxinotype A entérotoxinogène)
entérite nécrosante (toxinotype C)
Cl. botulinum
botulisme d’origine alimentaire (paralysie flasque)
Sources: conserves,….
Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Clostridium
D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur, …)
Exemple #2: Cl. tyrobutyricum gonflement des fromages dû à la
production de gaz (H2) + odeur et goût désagréables (acide butyrique)
Bacillus spp
Alicyclobacillus spp
Cl. tyrobutyricum
Cl. butyricum
Cl. estertheticum
Exemple #1: Al. acidoterrestris dégradation des produits (jus de fruits)
goût médicamenteux, odeur désagréable
Bacillus, Alicyclobacillus
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Les grands groupes bactériens Gram+Les grands groupes bactériens Gram+
Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes)- aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables
Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase-Bâtonnets Gram+ (Firmicutes)- petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliersBactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes)- les « mycoplasmes »
Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes)- avec ou sans hôtes intermédiaires
Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes)- oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:-Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes)- aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Classe des Mollicutes: bactéries sans paroi
(= les mycoplasmes)
CLASSIFICATION
4 ordres: Mycoplasmatales, Entomoplasmatales, Acholeplasmatales, Anaeroplasmatales
5 familles: Mycoplasmataceae, Entomoplasmataceae, Spiroplasmataceae, Acholeplasmataceae, Anaeroplasmataceae
8 genres: Mycoplasma, Ureaplasma, Entomoplasma, Mesoplasma, Spiroplasma, Acholeplasma, Anaeroplasma, Asteroleplasma
>200 espèces: certaines espèces des genres Mycoplasma (surtout), Ureaplasma et Acholeplasma peuvent être pathogènes pour les animaux ou l’homme
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma
A. Définition
• coques, coccobacilles (très petits ~ 0,1 µm), filaments ramifiés
• Gram + (génétiquement) MAIS PAS de paroi coloration Gram -
• anaérobies facultatifs ou stricts (microaérobies)
• mobilité –
• métabolisme F
• O/F: F (ou -)
• coloration de Giemsa
• exigences nutritionnelles (par exemple cholestérol), paasent au travers des filtres (0,22 m) car petitesse et forme malléables
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma
B. Biologie
• Parasites obligés des organismes supérieurs (animaux, plantes)
• La plupart des espèces sont saprophytes
• Quelques espèces sont pathogènes opportunistes ou primaires
• Résistance faible à moyenne dans le milieu extérieur
• -lactamesR, bacitracineR
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Mycoplasma BB
mycoides subsp. mycoides SC*** pleuropneumonie contagieuse
sp. bovine group 7 pneumonies, arthrites, mammites
bovis*****
dispar*** pneumonies
californicum, canadense mammites
alkalescens arthrites
bovigenitalium troubles génitaux, mammites
bovoculi conjonctivites
Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Mycoplasma OV, CP
capricolum subsp. capripneumoniae*** pleuropneumonie contagieuse (CP)
capricolum subsp. capricolum mammites, arthrites,
mycoides subsp. capri pneumonies, kératoconjonctivites,
mycoides subsp. mycoides LC septicémies (CP)
ovipneumoniae*** pneumonie (Agneau)
conjonctivae*** kératoconjonctivite infectieuse (OV)
agalactiae*** mammites, arthrites
Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Mycoplasma PC
hyopneumoniae***** pneumonie enzootique
hyorhinis*** pneumonies, polysérosites
hyosynoviae*** arthrites
(haemo)suis* anémie(ex-Eperythrozoon suis) (troubles de la reproduction)
Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma
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Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
Mycoplasma CN, CT, CV
cynos/canis*** troubles respiratoires (CN)
haemocanis anémie (CN)(ex-Haemobartonella canis)
felis** troubles respiratoires, conjonctivite (CT) pleurésie (CV)
haemofelis**** anémie infectieuse féline (CT)(ex-Haemobartonella felis)
Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma
55
Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
gallisepticum*** troubles respiratoires (poulet)sinusite, aérosacculite (dindon)
meleagridis*** aérosacculite, sinusite, arthrites (dindon)
synoviae*** aérosacculite, arthrites, ténosynovites
iowae légère aérosacculite
anseris troubles respiratoires (oie)
Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma
Mycoplasma Volaille
56
Les grands groupes bactériens GRAM+Les grands groupes bactériens GRAM+
arthritidis*** Arthrites (rats) pulmonis*** Troubles respiratoires et génitaux (rats et souris)
Ureaplasma*
diversum BB Avortements, troubles génitaux
Acholeplasma*
oculi Tous Conjonctivites equifetale CV Avortements (?) axanthum Oie Aérosacculite
Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma
Mycoplasma Rongeurs
57
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes)- aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables
Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase-Bâtonnets Gram+ (Firmicutes)- petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliersBactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes)- les « mycoplasmes »
Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes)- avec ou sans hôtes intermédiaires
Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes)- oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:-Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes)- aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA
58
Gram -
Gassner +coccobacilles
ou bâtonnets,
catalase +
Gassner -
E coliKlebsiellaEnterobacter
SalmonellaProteusYersinia
Pseudomonas PseudomonaceaeBurkholderia aérobies strictesStenotrophomonas oxydase +, O/F:O
Vibrio VibrionaceaeListonella aéro-anaéobiesAeromonas oxydase +, O/F:FPlesiomonas
Bordetella AlcaligenaceaeAlcaligenes aérobies strictes
oxydase +, O/F:-
Enterobacteriaceaeaéro-anaérobies,oxydase -, O/F:F
lactose +
lactose -
59
A. Définition
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Enterobacteriaceae Vibrionaceae Pseudomonaceae Alcaligenaceae
catalase +
mobilité +/-
spores -
aéroanaérobies aérobies strictes
oxydase - oxydase +
test O/F: F test O/F: O test O/F: -
métabolisme R&F métabolisme R
coccobacilles bâtonnets droits bâtonnets droits coccobacilles ou incurvés à bacilles
(0,3-1,0 x 1,0-6,0 m) (0,5-1,0 x 1,5-3,5 m) (0,5-1,0 x 1,5-5,0 m) (0,2-0,8 x 0,5-2,5 m)
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
B. Biologie
Enterobacteriaceae
• saprophytes: air, sols, eaux, végétaux, animaux
intestin, peau
• résistance à la dessication (plusieurs mois)
• saprophytes, pathogènes opportunistes ou obligés
plaies, surinfections, diarrhées, cystites,mammites,… septicémies, méningites,…
• subdivision en nombreux sérovars avec une relative spécificité d’hôte
61
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-Enterobacteriaceae
• coliformes: Gassner + lactose + (= fermentation du lactose) Escherichia coli***** Diverses tous (voir dia 12 aussi) Klebsiella pneumoniae** Diverses HO (animaux) Enterobacter sp.** Plaies HO, CV (autres) Pantoea (ex-Enterobacter) sp. Plaies, otites tous (rare)
• autres: Gassner + lactose – (pas de fermentation du lactose) Salmonella enterica***** Diverses tous (voir dias 11 & 12) Yersinia pseudotuberculosis*** Généralisée rongeurs, passereaux Y. enterocolitica*** Entérite HO (animaux) Y. pestis** Peste Y. ruckeri Généralisée poissons Edwardsiella tarda** Généralisée, entérite poissons, HO (autres) Ed. ictaluri Généralisées poissons Proteus sp.****, Morganella sp.* Surinfections tous Serratia sp.*, Providencia sp.* Shigella sp.* Entérite, dysenterie HO, primates
62
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-Enterobacteriaceae
Salmonella enterica subsp. enterica: animaux à sang chaud (mammifères et oiseaux) subsp. arizonae: animaux à sang froid (chaud) + environnement subsp. diarizonae: animaux à sang froid (chaud) + environnement subsp. houtenae: animaux à sang froid + environnement subsp. indica: animaux à sang froid + environnement subsp. salamae: animaux à sang froid + environnement
Salmonella bongori : animaux à sang froid + environnement Salmonella subterranea : environnement
Le genre Salmonella: les espèces et sous-espèces actuelles
Voir aussi fascicule de notes partie 2 pour la comparaison entre nouvelle et ancienne nomenclatures
63
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-Enterobacteriaceae
Escherichia coli: sérovars O:K:H:F O78:K-:H-:F11: colibacillose généralisée de la volaille O101:K30:H-:F5: diarrhée du veau nouveau-né O103:K-:H-:F-: entérite du lapereau O141:K85:H-:F18: maladie de l’œdème du porcelet O157:K-:H7:F-: entérocolite hémorragique de l’homme
Salmonella enterica: sérovars O:H Typhimurium (O1,4,5,12:H1,2): tous les mammifères Typhimurium variété Copenhagen (O1,4,12:H1,2): pigeon Dublin (O6,8:He,n,x): plutôt associé au bovin Hadar (O1,9,12:H-): diverses espèces, dont le cheval et la volaille Choleraesuis (O6,7:H1,5): plutôt associé au porc
Subdivisions en sérovars: quelques exemples
64
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Enterobacteriaceae
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Escherichia coli
Souches entérotoxinogènes (ETEC): diarrhée du voyageur (une des composantes de la turista)
Souches entérohémorragiques (EHEC O157:H7 et autres): - colite hémorragique- syndrome hémolytique et urémique (HUS)
N.B: E. coli = indicateur de contamination fécale des aliments (cfr Enterococcus)
Enterobacter sakazakii
méningite néonatale, septicémie, entérocolite nécrosante(rare, surtout prématurés et bébés immunodéprimés)
65
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Enterobacteriaceae
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Salmonella enterica subsp. enterica
Sérovars Typhimurium, Enteritidis, … :gastro-entérites + ou - sévères selon la souche, la dose ingérée, …
Sérovars Typhi et Paratyphi (spécifiques de l’homme) :fièvres typhoïde et paratyphoïde
Shigella dysenteriae, Sh. sonnei, Sh. flexneri
dysenterie bacillaire (diarrhée hémorragique)
66
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Enterobacteriaceae
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Yersinia enterolitica (Y. pseudotuberculosis)
principalement responsables de gastro-entérites fébriles
forme septicémique (immunodéprimés, diabète, cirrhose,…)
Edwardsiella tarda
gastro-entérite aiguë (plus rare)
67
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Enterobacteriaceae
D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…)
Proteus sp.
Erwinia sp.
Serratia sp.
Providencia sp.
Morganella sp.
Exemple: Morganella morganii prolifération dans produits
laitiers, poissons décarboxylation histidine production
d’histamine intoxication alimentaire
68
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Vibrionaceae
B. Biologie
• eaux douces et marines, égouts, animaux marins
• pas de résistance particulière
• pathogènes obligés ou opportunistes
diarrhées, infections généralisées
• bactéries mésophiles et/ou psychrophiles
69
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Vibrionaceae
Vibrio cholerae** Entérite HO V. salmonicida*** Listonella anguillarum*** Généralisée poissons V. ordalii*** V. metschnikovii* Entérite, oiseaux, batraciens
généralisée Aeromonas salmonicida*** Généralisée, Aer. caviae* dermo- poissons Aer. sobria* myonécrose Aer. hydrophila*** Généralisée, poissons, oiseaux
entérite mammifères
Plesiomonas shigelloides Entérite (PC, CN, CT)
70
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Vibrionaceae
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Vibrio sp.
gastro-entérites (V. vulnificus, V. parahaemolyticus)
entérite suraigüe, mort en quelques heures (V. cholerae = cholera)
Plesiomonas shigelloides
diarrhées variables sur la durée et les signes cliniques
Aeromonas hydrophila
pathologies digestives: - diarrhées aigües très aqueuses - gastro-entérites chroniquespathologies extra-digestives: septicémie parfois mortelle (surtout immunodéprimés)
71
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Pseudomonaceae
B. Biologie
• habitat = milieu extérieur
• saprophytes, pathogènes opportunistes
plaies, abcès, surinfections, infections chroniques, … morve
! un pathogène obligé des solipèdes: Burkholderia mallei !
• forte résistance dans le milieu extérieur (sauf Burkholderia mallei)
• résistance naturelle (constitutive) aux antibiotiques (surtout Pseudomonas aeruginosa)
72
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Pseudomonaceae
Pseudomonas aeruginosa***** Surinfections tous
Ps. anguilliseptica** Généralisées, poissons Ps. fluorescens** dermomyonécrose
Burkholderia mallei** Morve CV Burk. pseudomallei* Pseudomorve tous
Pseudomonas sp. Comamonas sp. Surinfections HO (animaux) Stenotrophomonas sp.
73
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-Pseudomonaceae
D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…)
Pseudomonas spp
Shewanella putrefaciens (ex-Pseudomonas putrefaciens)
Exemple: Sh. putrefaciens altération organoleptique des
produits de la mer odeur forte et désagréable
74
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-Alcaligenaceae
B. Biologie
• eaux, sols: peu pathogènes, opportunistes genre Alcaligenes
• animaux: pathogènes, peu résistantes genre Bordetella
Bordetella pertussis** Coqueluche HO B. parapertussis**
B. bronchiseptica***** Infections mammifèresrespiratoires
B. avium*** Infections oiseauxrespiratoires
Alcaligenes sp. Surinfections tous
75
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes)- aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables
Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase-Bâtonnets Gram+ (Firmicutes)- petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliersBactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes)- les « mycoplasmes »
Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes)- avec ou sans hôtes intermédiaires
Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes)- oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:-Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes)- aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA
76
Gram -Gassner -
Coccobacilles, bâtonnets aéro-anaérobies, microaérobies, anaérobies métabolisme R&F ou F, O/F: F ou NA catalase +(-), oxydase +(-)
bâtonnets, coccobacilles, filaments anaérobies facultatifs métabolisme F, O/F: F catalase +(-), oxydase +(-)
coccobacilles, bâtonnets, filaments anaérobies strictsmétabolisme F, O/F: NA catalase –(+), oxydase -
coques, coccobacilles, bâtonnets, filaments aérobies strictsmétabolisme R, O/F: O catalase +, oxydase +(-)
coques, coccobacilles, bâtonnets aérobies strictsmétabolisme R, O/F: - catalase v, oxydase v
bâtonnets spiralés courts microaérobiesmétabolisme R, O/F: NA catalase + ou -, oxydase +
77
Gram -Gassner -
Pasteurella coccobacillesMannheimia aéro-anaérobiesAvibacterium métabolisme R&F, O/F: FGallibacterium catalase +, oxydase +Actinobacillus espèces auxotrophes
Haemophilus bâtonnets, microaérobies métabolisme R&F, O/F: NA catalase +, oxydase + auxotrophes
Histophilus bâtonnets, anaérobies métabolisme F, O/F: NA
catalse -, oxydase -
Pasteurellaceae
coccobacilles, bâtonnets aéro-anaérobies, microaérobies, anaérobies métabolisme R&F ou F, O/F: F ou NA catalase +(-), oxydase +(-)
78
Les grands groupes bactériens GRAM-Les grands groupes bactériens GRAM-Pasteurellaceae
A. Définition
• coccobacilles à bâtonnets fins (0,2 - 0,3 x 0,3 - 2,0 µm) ! pléiomorphisme ! • aéroanaérobies (microaérobies, anaérobies, carbacidophiles)
• catalase + (- très rares)
• oxydase + (quelques exceptions -)
• mobilité -
• spores -
• métabolisme R et F (F: anaérobies)
• test O/F: F (ou NA: microaérobies, anaérobies)! certaines espèces: exigence en facteurs V et/ou X !
79
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
• parasites des muqueuses respiratoires, digestives et génitales des animaux (mammifères, oiseaux, reptiles, poissons)
• pathogènes parfois primaires, souvent secondairestroubles respiratoires (autres)
• certaines espèces non pathogènes
• peu résistants dans le milieu extérieur
Pasteurellaceae
B. Biologie
80
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Pasteurella*****
• coccobacilles
• aéroanaérobies
• catalase +
• oxydase +
• mobilité -
• métabolisme R et F
• test O/F: F
Pasteurellaceae
P. multocida***** mammifères, oiseauxtroubles respiratoires + oreille
P. trehalosi** OV (agneaux) (ex-P. haemolytica biotype T) septicémies
P. canis, dagmatis, stomatis** tous + HO gueule des carnivores, infections des plaies
P. canis biotype 2* BB (veau)(troubles respiratoires)
P. caballi* (catalase -) CV pathogénicité ?
« P. pneumotropica »*** rongeurstroubles respiratoires
81
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Mannheimia***** (ex-Pasteurella) (cf Pasteurella)
M. haemolytica biotype A***** pneumonies ruminantssepticémie, mammites petits ruminants
M. granulomatis*** pneumonies, métrites lagomorphesgranulomes sous-cutanés bovins (Brésil)
M. varigena* pneumonies, septicémie BB, PCmammite, abcès, …
M. glucosida flore respiratoire normale OV (agneaux)(= M. haemolytica biotype A11)
M. ruminalis non pathogène ruminants (rumen)
Pasteurellaceae
82
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Gallibacterium*** (ex-Pasteurella ou ex-Actinobacillus) (cf Pasteurella)
G. anatis**** infections respiratoires, salpingite, gallinacés, pigeonspéricardite, hépatite, septicémie, …
(= Past. haemolytica-like aviaire + Act. salpingitidis + Past. anatis)
Gallibacterium genomospecies 1+2 = autres souches non baptisées
Pasteurellaceae
Avibacterium*** (ex-Pasteurella ou ex-Haemophilus) (cf Pasteurella)
Av. gallinarum *** troubles respiratoires volaille (gallinacés) Av. paragallinarum*** (coryza infectieux)(= ex-Haemophilus gallinarum et paragallinarum)
Av. avium, volantium, spA non pathogènes pigeons(= ex-Pasteurella avium, volantium et spA)
exigence en facteur V
83
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Actinobacillus***** (cf Pasteurella)
Pasteurellaceae
Act. lignieresii***** ruminants actinophytose des tissus mous (« langue de bois »)
Act. equuli***** CVsepticémie, néphrite (poulain) ; endocardite, méningite (adulte)
Act. suis*** PC troubles digestifs et respiratoires Act. suis-like CV
Act. pleuropneumoniae***** PC pleuropneumonieexigence en facteur V
« Act. seminis »* OV (béliers) vésiculite, orchite
« Act. capsulatus »* lapins arthrites
84
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Haemophilus*****: exigence en facteurs V et/ou X
• très petits bâtonnets
• microaérobies,
carbacidophiles
• catalase +
• oxydase +
• mobilité -
• métabolisme R et F
• test O/F: NA
• croissance lente (2-4 jours)
Pasteurellaceae
Haem. parasuis***** PCmaladie de Glasser (polysérosite fibrineuse)
Haem. haemoglobinophilus CNnon pathogène
Haem. paracuniculus* lapins, rongeurspathogénicité ?
85
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Histophilus*****
• petits bâtonnets
• anaérobies,
carbacidophiles
• catalase -
• oxydase -
• mobilité -
• métabolisme F
• test O/F: NA
• croissance lente (2-4 jours)
Hist. somni***** BB, OVInfections multiples respiratoires méningo-encéphalites avortements
! Regroupe les noms suivants !Haemophilus somnusHaemophilus agniHistophilus ovis
Pasteurellaceae
86
Gram -Gassner -
Taylorella bâtonnetsCapnocytophaga bâtonnetsEF4a coccobacillesStreptobacillus filaments perlés
Bâtonnets, coccobacilles, filaments anaérobies facultatifs métabolisme F, O/F: F catalase +(-), oxydase +(-)
87
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
A. Définition
Taylorella Capnocytophaga
! catalase + !
! oxydase + !
! catalase + ou - !
! oxydase + ou - !mobilité –
spores –
métabolisme F
test O/F: F
petits bâtonnets (pléiomorphisme)
(0,3 - 0,6 x 1,0 - 2,0 µm)
fins bâtonnets(0,5 x 1,0 – 3,0 mm)
anaérobies facultatives (carbacidophiles)
88
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
B. Biologie
• parasite des muqueuses génitales
• non pathogène pour l’étalon
• pathogène pour la jument
• peu résistant dans le milieu extérieur
Taylorella Capnocytophaga
• parasite des muqueuses buccales
• groupe DF-1 chez l’homme
• groupe DF-2 chez les carnivores
• peu résistant dans le milieu extérieur
T. equigenitalis***** CV (jument) métrite contagieuse équine (CEM)
C. canimorsus*** contamination de morsures, abcès, septicémie
HO, animauxC. cynodegmi* gingivite, stomatite
carnivores
89
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Groupe EF4a
• cfr Pasteurella• fermente le glucose MAIS ! inactif sur les autres sucres !• bouche des carnivores HO + animaux infection de plaies par morsure
• bâtonnets longs, filamenteux et « perlés »• muqueuses respiratoire et buccale des rongeurs
infections respiratoires rongeurs« rat-bite fever » HO« Haverhill fever »(contamination à partir de l’eau de boisson)
Streptobacillus moniliformis
Groups EF4a Streptobacillus
90
Gram -Gassner -
BacteroidesDichelobacter BacteroidaceaeFusobacterium
coccobacilles, bâtonnets, filaments anaérobies strictsmétabolisme F, O/F: NA catalase -(+), oxydase -
91
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
coccobacilles à bâtonnets (1 x 1,0 à 10 µm); filaments (jusqu’à 100 m) renflements, vacuoles, formes en fuseaux (Fusobacterium)
anaérobies stricts
catalase - (+)
oxydase -
mobilité -
spores -
métabolisme F
Test O/F: non applicable
A. Définition
Bacteroides FusobacteriumDichelobacter
92
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
• nature: sols, aircavités des animaux (tractus digestif, génital)surface des animaux (peau, espace interdigité, onglons)
• saprophytes, pathogènes opportunistes, pathogènes obligés
• résistants dans le milieu extérieur
• certaines espèces très résistantes aux antibiotiques !
B. Biologie
diarrhée, péritonite, abcès, … pododermatites (piétin)
Bacteroides FusobacteriumDichelobacter
93
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Bacteroides fragilis** entérites, péritonites, abcès tous
Dichelobacter nodosus***** piétin OV abcès, furoncles interdigités BB
Fusobacterium necrophorum*****subsp. necrophorum (= ancien biotype A)subsp. fundiliforme (= ancien biotype B)abcès, furoncle interdigités, pododermatite PC, BV, OVabcès disséminés (= nécrobacillose) tous
Fusobacterium nucleatum, russii CN, CTpathogénicité ?
Bacteroides FusobacteriumDichelobacter
94
Francisella coccobacilles, catalase +, oxydase -Neisseria diplocoques, catalase +, oxydase +FlavobacteriumChryseobacterium bâtonnets, filaments, catalase +, oxydase +TenacibaculumAcinetobacter coques + bâtonnets, catalase +, oxydase -EF4b coccobacilles, catalase +, oxydase +
Gram -
Gassner -
coques, coccobacilles, bâtonnets, filaments aérobies strictsmétabolisme R, O/F: O catalase +, oxydase +(-)
95
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-Francisella
A. Définition
Neisseria
catalase + (faible)
oxydase -
test O/F: O (lentement)
catalase +
oxydase +
test O/F: O
aérobies strictes
mobilité –
spores –
métabolisme R
petits coccobacilles (0,2 x 0,2 - 1,7 µm)
diplocoques aplatis (en grains de café) (0,6 – 1,0 mm)
96
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
B. Biologie
NeisseriaFrancisella
• parasites obligés: rongeurs et lagomorphes• très sensibles dans le milieu extérieur (sauf eaux + humidité)• pathogènes des animaux et de l’homme• pathogènes intra-cellulaires facultatifs
Genre Francisella
• commensaux des muqueuses de l’homme et des animaux• pathogènes de l’homme• non (ou peu) pathogènes chez l’animal
Genre Neisseria
97
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Francisella tularensistularémie = septicémie avec granulomes (pseudotubercules)
subsp. tularensis biotype A lagomorpheshémisphère Nord (Amérique)
subsp. holartica biotype B rongeurs(ex-paleartica) hémisphère Nord (Eurasie)
Fr. novicida ? rongeurs(ex-Fr. tularensis subsp. novicida)pathogénicité ?
Francisella Neisseria
Neisseria gonorrhoeae Gonorrhée HO Neisseria meningitidis Méningite
Neisseria canis ? CN
98
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Francisella tularensis (tularémie)
forme gastro-intestinale: via la nourriture ou l’eau contaminées
forme oculaire: inoculation conjonctivale via les doigts souillés
forme ulcéro-ganglionnaire: blessures lors de manipulation d’un animal mort ou malade (80% des cas); plus fréquemment parmi les chasseurs, les forestiers,…
NeisseriaFrancisella
99
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
A. Définition
Bâtonnets(0,5 x 1,0-3,0 m; filaments jusqu’à 100 m)
aérobies strictes
catalase +
oxydase +
mobilité + (par glissement)
spores-
métabolisme R
test O/F: O
TenacibaculumFlavobacterium Chryseobacterium
100
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
B. Biologie
• habitants des eaux douces et salées, de l’environnement marin
• habitant des sols (Flavobacterium)
• beaucoup d’espèces non pathogènes
• quelques espèces très pathogènes (poissons)
• infections nosocomiales (HO)
• certaines espèces psychrophiles
• conditions particulières de croissance (Tenacibaculum)
TenacibaculumFlavobacterium Chryseobacterium
101
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Flavobacterium psychrophilum septicémie poissons(ex- Cytophaga psychrophila) lésions cutanées d’eau froide(ex- Flexibacter psychrophilus)
Fl. columnare maladie des alevins truites(ex-Flexibacter columnaris)
Fl. branchiophilum Fl. hydatis maladie des branchies, poissons
(ex-Cytophaga aquatilis) lésions cutanées Fl. johnsoniae
(ex-Cytophaga johnsonae)(ex-Flexibacter aurantiacus)
Tenacibaculum maritimum maladie des branchies poissons (ex-Flexibacter maritimus) lésions cutanées d’eaux salées
Ten. ovolyticum maladie des œufs et alevins poissons(flétan)
TenacibaculumFlavobacterium Chryseobacterium
102
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…)
• genre Chryseobacterium
Exemples: Chr. indologenes altération de produits laitiers
Chr. gleum (beurre notamment) :
Chr. indoltheticum modifications couleur, odeur, …
TenacibaculumFlavobacterium Chryseobacterium
103
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
A. Définition
Groupe EF4bAcinetobacter
oxydase –
test O/F: O (-)
oxydase +
test O/F: O
aérobies strictes
catalase +
mobilité –
spores -
métabolisme R
coques + bâtonnets(en code morse)(1,0 - 1,5 x 1,5 - 2,5 µm)
coccobacilles (cfr Pasteurella & groupe EF4a)
104
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Groupe EF4bAcinetobacter
• bouche des carnivores
• infections de plaies par morsure(HO, animaux)
• habitants des eaux, sols, muqueuses
• très peu pathogènes
• (sur)infections nosocomiales(HO)
B. Biologie
105
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…)
Genre Acinetobacter
• rôle discuté
Exemple: Acinetobacter johnsonii
flore des aliments frais ou altérés
(lait, produits laitiers, carcasse de volailles, poissons)
! quelques souches capsulées (lévanes) aptes à donner une
consistance visqueuse au lait, à la surface des fromages !
Acinetobacter Groupe EF4b
106
Brucella coccobacilles, catalase +, oxydase +Bartonella bâtonnets, catalase -, oxydase -Moraxella avec ex-BranhamellaRiemerella coques à bâtonnets, catalase +, oxydase +BergeyellaLegionella coccobacilles, catalase -, oxydase -Afipia bâtonnets, catalase +, oxydase -
Gram -
Gassner -
coques, coccobacilles, bâtonnets aérobies strictsmétabolisme R, O/F: - catalase v, oxydase v
107
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Brucella Bartonella
A. Définition
coccobacilles bâtonnets droits ou incurvés (0,5-0,7 x 0,5-1,5 µm) (0,3 - 0,5 x 1,0 - 1,7 µm)
aérobies strictes (carbacidophiles parfois en primo-culture)
spores – métabolisme R
test O/F: -
catalase + catalase - oxydase v+ oxydase - mobilité - mobilité v
légèrement acido-résistants (Koester) se colore mieux au Giemsa
Presque toutes les souches du genre Brucella possèdent DEUX chromosomes
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
parasites obligés du tractus génital
dans la nature après avortement (par exemple)
résistantes à la dessication, à la putréfaction
sensibles aux antiseptiques et aux agents physiques
pathogènes intra-cellulaires facultatifs
pathologies: avortementstroubles génitauxbursitesautres
Brucella
B. Biologie
Bartonella
parasites du sang, des globules rouges et des cellules endothéliales hôtes intermédiaires: puces, poux, mouches (?) transmission:
- par contact avec le sang- par griffures- par piqûres de l’arthropode
pathologies: anémiesendocarditelymphadéniteéruption verruqueuse
109
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
! 8 différentes espèces ou 1 espèce avec différents biotypes !
Br. melitensis (3 biotypes) OV, CP + homme, bovins, porcs Br. abortus (7 biotypes) BB + homme, chiens, ovins, porcs, chevaux Br. suis (5 biotypes) PC (sangliers) + chevaux, homme, chiens,
ruminants sauvages, rongeurs
Br. ovis OV (béliers) ? Br. canis CN ? (homme) Br. neotamae rongeurs (Utah, USA) - « Br. cetaceae » cétacés ? « Br. pinnipediae » pinnipèdes ?
! 8 différentes espèces ou 1 espèce avec différents biotypes !
Br. melitensis biovar Melitensis (3 sous-biotypes) Br. melitensis biovar Abortus (7 sous-biotypes) Br. melitensis biovar Suis (5 sous-biotypes) Br. melitensis biovar Ovis Br. melitensis biovar Canis Br. melitensis biovar Neotamae
Genre Brucella
Brucella Bartonella
110
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
! Subdivision en sérotypes A (pour Abortus) et/ou M (pour Melitensis) ! Br. Melitensis
Biotype 1 sérotype M périméditerranée Biotype 2 sérotype A asie centrale Biotype 3 sérotype A/M Amérique du sud
Br. Abortus Biotype 1 sérotype A monde (+++) Biotype 2 sérotype A monde (+) Biotype 3 sérotype A Inde, Afrique de l’est Biotype 4 sérotype M rare Biotype 5 sérotype M Royaume-Uni,
Allemagne Biotype 6 sérotype A rare Biotype 9 sérotype M rare
Br. Suis Biotype 1 sérotype A monde (pas en Europe) Biotype 2 sérotype A (+ lièvres) Europe orientale et
centrale Biotype 3 sérotype A Amériques, Chine Biotype 4 séroype A/M (rennes) régions arctiques Biotype 5 sérotype M (rongeurs) ancienne URSS
Br. Ovis sérotype R monde Br. Canis sérotype R monde
Genre Brucella
Brucella Bartonella
111
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
B. henselae maladie de la griffe du chat HO puces(abcès, lymphadénite, bactériémie, endocardite, …) (Ctenocephalides felis)
B. clarridgeiae idem HO puces
B. bovis ? BB ? (mouches)
B. chomelii ? cervidés ?
B. quintana fièvre des tranchées HO poux
B. bacilliformis fièvre d’Oroya HO mouches(Amérique du Sud)
(Phlebotomus)
Genre Bartonella
Brucella Bartonella
112
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Brucella
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Brucella Abortus, Melitensis (Suis)
Brucellose = syndrome grippal récurrent (fièvre ondulante)
Séquelles possibles (endocardite)
Infections sub-cliniques fréquentes
Sources: lait et produits laitiers non pasteurisés
maladie professionnelle des vétérinaires et éleveurs
Sources: avortons et enveloppes fœtales
Voie: transcutanée, conjonctivale, …
Bartonella
113
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
coques (1,0 - 1,5 µm) à bâtonnets (1,0 - 1,5 x 1,5 - 2,5 µm)
aérobies strictes
catalase +
oxydase +
mobilité –
spores –
métabolisme R
test O/F: -
Moraxella Riemerella Bergeyella
A. Définition
114
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
habitants des muqueuses peu pathogènes (! Exceptions !) résistants dans le milieu extérieur
B. Biologie
M. bovis**** kératoconjonctivite infectieuse BB M. ovis** OV(ex-Branhamella ovis)
R. anatipestifer polysérosite et septicémie canard(= peste du canard)
B. zoohelcum contaminations de plaies par morsure tous(ex-Weeksella) (présence dans la gueule des carnivores: cfr EF4a, EF4b, …)
Moraxella Riemerella Bergeyella
115
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-Legionella
A. Définition
coccobacilles bâtonnets(0,3-0,7 x 2,0-3,0 µm) (0,5-1,0 x 1,5-3,0 m)
aérobies strictes
catalase +(faible)
oxydase v-
mobilité +
spores –
métabolisme R
test O/F: -
Afipia
116
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
habitants du milieu extérieur notamment dans l’eau douce (lac, rivière, fontaine, machine à glace,…) résistants dans le milieu extérieur non pathogène pour les individus en bonne santé importance très limitée en médecine vétérinaire
B. Biologie
Legionella Afipia
Genre Legionella
Genre Afipia
peu connue habitant des eaux (?) endosymbiotes d’amibes (?) dans les coussinets plantaires du chat (= vecteur mécanique) intracellulaires facultatives
117
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-Legionella
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
fièvre de Pontiac (syndrome pseudogrippal)Source: eau de boisson (hôpitaux par exemple)
Legionella pneumophila
Legionella pneumophila Maladie du légionnaire HO Legionella spp. (pneumonie et maladie systémique)
Afipia
Afipia felis Maladie de la griffe du chat HO(plus rare que Bartonella henselae)
118
Gram -
Gassner -
CampylobacterHelicobacterArcobacter
bâtonnets spiralés courts microaérobiesmétabolisme R, O/F: NA catalase + ou -, oxydase +
119
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
bâtonnets courbes: virgules, S, spires, « mouette » (0,2-0,5 x 0,5-5 µm)
microaérobies
catalase + ou -
oxydase +
mobilité + (tire-bouchon)
spores –
métabolisme R
test O/F: NA
A. Définition
Campylobacter Helicobacter Arcobacter
120
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
B. Biologie
parasites des muqueuses génitales, stomacales et intestinales
pathogènes obligés, pathogènes opportunistes ou non pathogènes
très sensibles dans le milieu extérieur et aux antiseptiques
quelques résistances à des antibiotiquespolymyxinesR
triméthoprimeR
sulfamidésR
Campylobacter Helicobacter Arcobacter
121
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
C. jejuni*****subsp. jejuni entérites toussubsp. doylei ? HO
C. coli hépatite oiseauxnon/peu pathogène mammifères
C. fetus subsp. fetus*** avortements OV (BB)subsp. venerealis** avortements BB
Campylobacter Helicobacter Arcobacter
Genre Campylobacter
122
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Genre Helicobacter
H. pylori ulcères gastriques, gastrites HO, CN, CT
H. suis ulcères gastriques, gastrites PC (HO, singes)
H. felis H. heilmannii H. salomonis gastrite, duodénite, hépatite CN, CT, HO H. pylori félidés sauvages H. canis
H. spp. estomac, duodénum, foie animaux de laboratoire,animaux sauvages
Campylobacter Helicobacter Arcobacter
123
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
C. coli, C. lari, C. upsaliensis
gastro-entérites, septicémies
gastro-entérites, septicémies, méningites, avortements
C. jejuni subsp. jejuni
Genre Campylobacter
Campylobacter Helicobacter Arcobacter
124
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Campylobacter Helicobacter Arcobacter
H. pylori
contamination aliments, eaux de surface par matières fécales
gastrites chroniques, ulcères gastro-duodénaux
Genre Helicobacter
A. butzleri
association fréquente avec des cas d’entérites
Genre Arcobacter
! pouvoir pathogène incertain !
125
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes)- aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables
Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase-Bâtonnets Gram+ (Firmicutes)- petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliersBactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes)- les « mycoplasmes »
Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes)- avec ou sans hôtes intermédiaires
Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes)- oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:-Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes)- aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA
126
Gram -
Gassner -
Longs et minces filaments spiralésFlagelles périplasmiques
Spirochetaceae: Treponema, Brachyspira, BorreliaLeptospiraceae: LeptospiraAutres: « Spirillum », Anaerobiospirillum
127
Gram -
Gassner -
Treponema spires étroites et régulières, non cultivablesBrachyspira spires étroites et régulières, anaérobies strictesBorrelia spires larges et régulières, microaérobies ou non cultivables
Longs et minces filaments spiralésFlagelles périplasmiques
Spirochetaceae
Leptospiraceae
Leptospira spires étroites et irrégulières, aérobies strictes
Autres
« Spirillum » spires larges et régulières (microaérobies)Anaerobiospirillum spires régulières, bâtonnets longs et épais,
anaérobie strictes
128
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
A. Définition bâtonnets spiralés fins et longs (0,1 - 0,5 x 3 - 20 µm)
(spires étroites, régulières, (idem) (spires larges, régulières, et peu séparées) et bien séparées)
non cultivables anaérobies strictes microaérobies(ou
non cultivables) coloration de Gram
(peu colorable) (bien colorable) (peu colorable)(coloration de Giemsa) (coloration de Giemsa)
catalase ?/- oxydase ?/-
mobilité + (cils aux deux extrémités sous la membrane externe) spores –
métabolisme ? métabolisme F métabolisme ? test O/F: ? test O/F: NA test O/F: NA
Treponema Brachyspira Borrelia
129
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
dans les cavités orales, intestinales et/ou génitales
très sensibles dans le milieu extérieur
pouvoir pathogène variable
genre Borrelia: cycle avec hôte intermédiaire obligatoire arthropodes piqueurs hématophages tiques des genres Ixodes, Rhipicephalus, Boophilus, Argos, …
B. Biologie
Treponema Brachyspira Borrelia
130
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Treponema pallidum syphilis HO T. paraluiscuniculi** « syphilis » lapin
(= lésions cutanées et lymphadénites)
Brachyspira hyodysenteriae***** entérocolite et dysenterie PC Br. pilosicoli** diarrhée CN, PC, HO Br. innocens non pathogène PC
(= ex-Treponema et ex-Serpulina)
Borrelia burgdorferi***** « maladie de Lyme » HO, mammifères B. garinii***** (= fièvre, abattement, érythème, polyarthrites) B. afzeli***** (avortements, néphrites, …)
(cultivables, microaérobies, régions tempérées) B. anserina syndrome d’abattement oiseaux
(non cultivable, régions tropicales) B. theileri peu pathogène ruminants
(non cultivable, régions tropicales)
Treponema Brachyspira Borrelia
131
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
bâtonnets spiralés (0,1 x 6 - 12 µm) en S ou en C (spires étroites et irrégulières)
aérobies strictes (difficiles à cultiver)
Gram – mais peu colorables (coloration de Giemsa)
catalase + oxydase + mobilité +
spores –
métabolisme R test O/F: croissance trop lente et difficile
A. Définition
Leptospira
132
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
2 groupes qui sont assimilés à 14 espèces subdivisées en sérotypes Espèces/sérovars non pathogènes résistants dans le milieu extérieur
L. alexanderi, L. biflexa, L. parva, L. wolbachii L. meyeri (certains sérovars) habitat: eaux et des boues
Espèces/sérovars pathogènes peu résistants dans le milieu extérieur***** L. alstoni, L. borgpetersnii, L. fainei, L. inadai, L. interrogans,
L. kirschneri, L. noguchii, L. santarosai, L. weilii L. meyeri (certains sérovars) la plupart des souches pathogènes font partie de l’espèce L. interrogans habitat: tubuli rénaux des espèces réservoirs et hôtes les sérovars avec une relative spécificité d’hôte et de réservoir dans le milieu extérieur seulement après contamination par des
décharges contaminées (urines, lochies, …)
B. Biologie
Leptospira
Voir aussi fascicule de notes partie 2 pour la comparaison entre nouvelle et ancienne nomenclatures
133
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
L. Pomona: bétail, ovins, porcins, équins (canins, félins, humains) L. Canicola: canins, félins, humains, (bovins, porcins, équins) L. Hardjo°: bovins, (ovins, humains, équins) L. Icterohaemorrhagiae: canins, humains, (bovins, porcins, équins) L. Autumnalis: (canins, humains) L. Grippotyphosa: ovins, équins, (bovins, porcins, canins, humains, félins) L. Sejroe: bovins L. Tarrasovi°°: (porcins) L. Australis: (bovins, canins, équins) L. Bataviae: (humains, félins) L. Bratislava: (porcins, équins)
° = L. meyeri °° = L. borgpetersenii
Sérotypes et espèces animales domestiques hôtes primaires (et secondaires)
Leptospira
Leptospirose mammifères(= néphrite interstitielle, hépatite, avortements, …)
134
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
L. Pomona: bétail, porcs, animaux sauvages L. Canicola: chien et canidés sauvages, bétail, porcs L. Hardjo°: bétail, moutons L. Icterohaemorrhagiae: rats, souris L. Autumnalis, L. Grippotyphosa, L. Sejroe: faune sauvage L. Tarrasovi°°: porc L. Australis: hérisson L. Bataviae: chien, rat, souris L. Bratislava: bétail, porc, chevaux
° = L. meyeri °° = L. borgpetersenii
Sérotypes et espèces animales domestiques réservoirs
Leptospira
135
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Leptospira
Leptospires pathogènes
sérovars Icterohaemorrhagiae, Bataviae et Copenhageni
(= réputés les plus pathogènes)
2 formes: ictérique sévère et non ictérique
(signes cliniques très variés)
problème de profession (chevilleurs, bouchers, …)
transmission par contact avec les organes internes
136
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
position taxonomique incertaine bâtonnets hélicoïdaux (0,2 x 3 - 5 µm) mise en culture non prouvée apparemment microaérobie
A. Définition
« Spirillum »
B. Biologie
muqueuses buccale et respiratoire des rongeurs très sensibles dans le milieu extérieur pouvoir pathogène important
Spirillum minus « rat-bite fever » HO« sodoku »
137
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
gros bâtonnets spiralés
anaérobies strictes
habitat: intestin
Anaerobiospirillum succinoproducensDiarrhée CN, CT
Anaerobiospirillum
138
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes)- aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables
Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase-Bâtonnets Gram+ (Firmicutes)- petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliersBactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes)- les « mycoplasmes »
Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes)- avec ou sans hôtes intermédiaires
Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes)- oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:-Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes)- aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA
139
Gram -
Gassner -
Toutes les cellulesPas d’hôtes intermédiaires
Chlamydiales
Autres
Lawsonia: entérocytesClostridium piliforme: entérocytes, hépatocytes, cardiomyocytes
Cellules endothélialesErythrocytesLeucocytesSystème réticulo-endothélialHôtes intermédiaires
Rickettsiales
140
Gram -
Gassner -
Intracellulaires obligéesToutes les cellulesPas d’hôtes intermédiaires
Chlamydia pas de peptidoglycan
Chlamydophila pas de chaîne de transport d’électrons
Piscichlamydia colorations de Köster et Giemsa
Ordre des Chlamydiales
Chlamydiaceae
141
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
transmission directe par aérosol pas d’hôte intermédiaire dépendant de la cellule hôte pour la production d’énergie infecte de très nombreux types de cellules
B. Biologie
Chlamydia Chlamydophila Piscichlamydia
A. Définition
corps élémentaire: forme extracellulaire infectante et résistante(0,2 - 0,3 µm)
corps réticulé: forme intracellulaire à l’intérieur d’une vésicule/vacuole bactérie dépourvue de PDG peu colorable au Gram, colorable au Giemsa et Köster entrée dans la cellule divisions morula
142
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Chlamydia trachomatis** trachome, urogénital, HOpneumonie
Chlamydia suis non pathogène PC
Chlamydia muridarum ? souris
Chlamydophila pneumoniae pneumonies HO
Chlamydophila psittaci***** psittacose - ornithose oiseaux (HO)
Chlamydophila felis**** conjonctivites, pneumonies CT
Chlamydophila pecorum*** polyarthrites, pneumonies, ruminantsconjonctivites
Chlamydophila abortus*****avortements, OV (BB, HO) infections génitales
Chlamydia caviae ? cobayes
Piscichlamydia salmonis épithéliocytose des branchiessalmonidés
Chlamydia Chlamydophila Piscichlamydia
143
Gram -
Gassner -
Cellules endothélialesErythrocytesLeucocytesSystème réticulo-endothélialHôtes intermédiaires
Anaplasma érythrocytes, tiques Ixodes
Ehrlichia leucocytes mononucléés, tiques Rhipicephalus
Neorickettsia leucocytes mononucléés + intestin (tiques ?)
Ordre des Rickettsiales: coloration de Giemsa
Anaplasmataceae
Rickettsiaceae
Autres
(Rickettsia pas en Europe, tiques diverses)
Piscirickettsia septicémie (?) du poisson, ?
Coxiella cellules réticulo-endothéliales, pas d’hôte intermédiaire, colorations de Köster et Giemsa
144
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
A. Définition corps élémentaire (0,3 – 1,0 m) =
- forme infectant « l’hôte intermédiaire »- forme libre (genre Coxiella)
corps réticulé = forme intracellulaire libre ou à l’intérieur d’une vacuole
bactéries pourvues d’un PDG
peu colorable au Gram, colorable au Giemsa(genre Coxiella colorable au Köster)
Nombreux remaniements taxonomiques (voir aussi le genre Mycoplasma) Haemobartonella felis***** voir Mycoplasma haemofelisHaemobartonella canis voir Mycoplasma haemocanisEperythrozoon suis*** voir Mycoplasma (haemo)suisAegyptianella pullorum voir Mycoplasmatacea
Anaplasma NeorickettsiaCoxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia
145
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
B. Biologie
transmission par arthropodes piqueurs hématophages (tiques)
! Biologiquement, le mammifère est souvent un hôte accidentel terminal !
le genre Coxiella ne présente pas d’hôte intermédiaire obligé et se transmet fréquemment par aérosol
dépendant de la cellule hôte pour certaines parties du métabolisme
infecte les érythrocytes:entrée dans la cellule division(s) deux (ou quatre) bactéries
infecte les leucocytes poly- et mononucléés, les cellules du système réticulo-endothélial, les cellules endothélialesentrée dans la cellule divisions « morula »
Anaplasma NeorickettsiaCoxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Anaplasma phagocytophilum*** leucopénie, vasculite tiques ! Leucocytes (surtout polynucléés) (Ixodes ricinus) ex-Ehrlichia phagocytophila OV (BB) (« Tick-borne fever ») ex-Ehrlichia equi CV ?
Coxiella burnetii***** avortements BB (CT) tiquessyndrome grippal HO souvent pas(« Fièvre Q ») d’hôte intermédiaire
! Cellules du système réticulo-endothélial Ehrlichia canis*** leucopénie, CN tiques
thrombocytopénie (Rhipicephalus sanguineus)! Leucocytes (surtout mononucléés)
Neorickettsia risticii** leucopénie, diarrhée CV ? (tiques)(ex-Ehrlichia risticii) (« Potomac horse fever »)! Leucocytes (surtout mononucléés)
Piscirickettsia salmonis septicémie salmonidés NON (?)
En Europe
Anaplasma NeorickettsiaCoxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
Anaplasma marginale** anémie, ictère BB arthropodes! Erythocytes (Afrique) (tiques)
An. centrale non pathogène BB idem! Erythocytes (Afrique)
An. ovispeu pathogène OV idem! Erythocytes (anémie, ictère) (Afrique)
Ehrlichia ruminantium oedèmes, péricardite ruminants tiques(ex-Cowdria ruminantium) (« Heart water ») (Afrique) (Amblyomma)! Cellules endothéliales
Neorickettsia syndrome général CN Douve du foiehelminthoeca (« Salmon poisoning ») (Amérique N) du saumon! Cellules du système réticulo-endothélial
Rickettsia rickettsii vasculite, hémorragies, HO (CN, OV) tiques(« Rocky Mountain spotted fever ») (Dermatocentor spp.)
! Cellules endothéliales Rickettsia felis typhus murin (?) HO puces du chat « Pseudotyphus de Californie » (Ctenocephalides
felis)! Cellules endothéliales
Quelques exemples hors Europe
Anaplasma NeorickettsiaCoxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia
148
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)
Coxiella burnetii (fièvre Q)
forme aiguë: signes cliniques évoquant une grippe
forme chronique (la plus grave): - surtout immunodéprimés - femme enceinte (naissance prématurée, avortement ou mort in utéro)
Sources: eaux et nourriture contaminées(surtout le lait cru et les produits laitiers à base de lait cru)
Anaplasma NeorickettsiaCoxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia
149
Gram -
Gassner -
Autres
Lawsonia: entérocytes, pas d’hôte intermédiaireClostridium piliforme: entérocytes, hépatocytes, cardiomyocytes (voir bactéries Gram +)
150
Les grands groupes bactériens Gram-Les grands groupes bactériens Gram-
petits bâtonnets incurvés(0,2-0,5 x 0,5-1,5 m)
forme de campylobactère
A. Définition
Lawsonia
Complexe adénomatose proliférative: PC- adénomatose bénigne- entérite nécrotique- iléite régionale- entéropathie hémorragique
Lawsonia intracellularis
intracellulaire obligé
symbiote des entérocytes
B. Biologie
151
Les grands groupes bactériensLes grands groupes bactériens
Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes)- aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables
Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase-Bâtonnets Gram+ (Firmicutes)- petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliersBactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes)- les « mycoplasmes »Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes)- oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:-Coccobacilles, bâtonnets et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes)- aéroanaérobies métabolisme R & F; aérobies métabolisme R; microaérobies métabolisme R; anaérobies facultatives métabolisme F; anaérobies strictes métabolisme F
Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes)- avec ou sans hôtes intermédiaires
152
Service de BactériologieDépartement des Maladies infectieuses et parasitaires
Faculté de Médecine Vétérinaire
Service de BactériologieDépartement des Maladies infectieuses et parasitaires
Faculté de Médecine Vétérinaire
Chapitre 6:
Ecologie bactérienne
Chapitre 6:
Ecologie bactérienne
Cours de bactériologie3ème candidature
Cours de bactériologie3ème candidature
153
Où vivent les bactéries ?
dans la nature cycle de la matière
. non pathogènes
. certains pathogènes (maladies telluriques)
. origine fécale
154
Où vivent les bactéries ?
au contact des animaux digestion, flore de barrière, …
peau, muqueuses digestives, respiratoires, génitales, conjonctivales(muqueuses urinaires)
. flore résidente: bactéries commensales bactéries pathogènes opportunistes
. flore non résidente: bactéries non pathogènes bactéries pathogènes opportunistes bactéries pathogènes obligés
155
dans les animaux (sang, organes internes, …)
Pas de flore commensale interne
QUOIQUE …
(sang: période postprandiale)(muscles: spores de Cl. chauvoei, Cl. septicum, …)(foie: spores de Cl. novyi, Cl. haemolyticum, …)(foie <ombilic abcès, foyers de nécrose)
! et surtout le genre Bartonella dans et sur les érythrocytes !
Où vivent les bactéries ?
156
Peau – Revêtement cutané - Oreilles externes
Flore résidente Gram positive surtout
Flore non résidente (variée) ‹ extérieur (sols, litière)
• staphylocoques,streptocoques• Arcanobacterium• Actinomyces• clostridies
aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes
essentiellement non pathogènes, pathogènes opportunistes
157
! Circonstances adjuvantes !
• plaies accidentelles, chirurgicales, naturelles
• glandes sébacées, follicules pileux
• pli
• « crasses » (dans l’oreille)
Peau – Revêtement cutané - Oreilles externes
158
Œil - Conjonctive
Idem, mais plus riche en Gram négatives
! Circonstances adjuvantes !• corps étranger• vent• froid
• Moraxella• Branhamella
non pathogènes
pathogènes opportunistes
159
1) Bouche et pharynx
Système digestif
• flore résidente nombreuse et variée
• flore non résidente variée
• biotopes variés: joues, palais, langue (dessus et dessous), gencives, larynx, amygdales
160
1) Bouche et pharynx (suite)
. coques Gram+ et Gram-
. Actinomyces
. pasteurelles, actinobacilles, hémophiles
. coliformes, …
. EF4a, EF4b, M5, Weeksella, Capnocytophaga…
aérobies strictes, aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes
non pathogènes, pathogènes opportunistes locaux ou respiratoires ou systémiques
Système digestif
161
! Circonstances adjuvantes !
• blessure (< nourriture)
• tartre
• stress: voyage, froid,…
1) Bouche et pharynx (suite)
Système digestif
162
rumen
2) Estomacs
! réservoir de certains pathogènes humains !
• Escherichia coli O157: H7
Eubactéries 1010 – 1011 / ml 200 espèces
Archaebactéries 107 – 109 / ml 4 – 5 espèces
Protozoaires ciliés 104 – 106 / ml 25 – 30 espèces
Champignons 103 – 104 / ml 12 espèces
Bactériophages 107 / ml
Système digestif
163
digérant
2) Estomacs (suite)
flore résidente très limitée
hélicobactéries: ulcères, gastrites, cancers,…
Système digestif
164
grêle
3) Intestins
de peu habité (102 / ml) à très habité (107 / ml)
péristaltisme
90 % anaérobies strictes, anaérobies facultatives, microaérobies
Gram+ et Gram- en proportions variables
Bacteroides, Lactobacillus, clostridies, entérocoques, campylobactères
non pathogènes ou pathogènes opportunistes
Système digestif
165
10 % aéroanaérobies Gram + et Gram – (surtout)
entérobactéries, Bacillus
= non pathogènes, pathogènes (Salmonella, Escherichia coli)
! . perturbation de la flore par des antibiotiques (dysbactériose) . perturbation du péristaltisme
3) Intestins
grêle
Système digestif
166
caecum, colon
3) Intestins
très habité 109 – 1011 / ml
peu de péristaltisme
flore similaire: encore plus d’anaérobies strictes
non pathogènes ou pathogènes opportunistes (clostridies, spirochètes)
réservoirs d’autres pathogènes (Salmonella par exemple)
! origine de l’envahissement du grêle ! si perturbation du péristaltisme
Système digestif
167
Flore résidente nombreuse et variée
Flore non résidente variée
Biotopes différents: naseaux, muqueuse, cornets, pharynx, amygdales, …
1) Nez et pharynx
Système respiratoire
168
1) Nez et pharynx (suite)
aérobies strictes aéroanaérobies, anaérobies facultatives,anaérobies strictes
non pathogènes, pathogènes opportunistes locaux,respiratoires profonds (très nombreux)
Système respiratoire
• staphylocoques, streptocoques, …
• Arcanobacterium pyogenes
• coques Gram -
• bordetelles, pasteurelles, hémophiles, …
• coliformes, …
• mycoplasmes
• Streptobacillus moniliformis
169
bronchopneumonies: mycoplasmes, pasteurelles, actinobacilles, bordetelles, hémophiles, streptocoques, …
1) Nez et pharynx (suite)
rhinite atrophique: B. bronchiseptica + P. multocida gourme: Strep. Equi pyogènes classiques: streptocoques, staphylocoques, Arcanobacterium
pyogenes, …
! blessures, stress, froid, ventilation, poussières, pollution !
Système respiratoire
170
aucune flore résidente
flore de passage < pharynx
2) Larynx, trachée, bronches, alvéoles
Système respiratoire
Trachéobonchites/bronchopneumonies/pleuropneumonies:
mycoplasmes, pasteurelles, actinobacilles, bordetelles, hémophiles, streptocoques, …
! stress, froid, voyages, ventilation, poussières, pollution !
171
pas de flore résidente
flore de passage chez femelle < vagin chez mâle (rare) <fourreau
Mécanismes de protection: miction, pH urine, longueur de l’urètre (mâle)
Système urinaire
1) Vessie
2) Cavité pyélique du rein
pas de flore
! interférences avec le flux urinaire, la miction !! infections d’origine hématogène !
172
Flores résidentes commensales abondantes et variées
Flores de passage variées < périnée + matières fécales
< peau, milieu extérieur
Biotopes différents: vulve, vagin, col
prépuce, pénis
Système génital
1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) - Fourreau
173
Système génital
femelle: - surtout anaérobies facultatives et strictes: Lactobacillus
- 10 % autres: staphylocoques, streptocoques < périnée
- flores de passage: entérobactéries < matières fécales
vaginite, métrite, cystiteavortements
mâle: de tout < peau, environnement
peu de problèmestransfert vénérien avortements, métrites, cystites, …(Campylobacter fetus, Corynebacterium renale, Taylorella equigenitalis, Actinobaculum suis, …)
1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) – Fourreau (suite)
174
pas de flore
Système génital2) Matrice
pas de flore résidente
flore de passage lors de l’ouverture du col
• Possibilité de métrite, de résorption embryonnaire, d’avortements, …
• ? Lien avec délai de retour en chaleurs ?
3) Urètre et glandes annexes (mâle)
175
pas de flore résidente
trayon: flore de passage < peau, litière
! interférence avec la traite, le flux lacté !
! infections d’origine hématogène !
4) Mamelle