0 - datasets
TRANSCRIPT
Datasets provided in spatstat
Adrian Baddeley, Rolf Turner and Ege Rubak
For spatstat version 1.41-1
This document is an overview of the spatial datasets that are provided in the spatstat package.To flick through a nice display of all the data sets that come with spatstat type demo(data). To
see information about a given data set, type help(name) where name is the name of the data set Toplot a given data set, type plot(name).
Datasets in spatstat are โlazy-loadedโ, which means that they can be accessed simply by typingtheir name. Not all packages do this; in some packages you have to type data(name) in order to accessa data set.
1 List of datasets
1.1 Point patterns in 2D
Here is a list of the standard point pattern data sets that are supplied with the current installation ofspatstat:
1
name description marks covariates window
amacrine rabbit amacrine cells cell type ยทanemones sea anemones diameter ยทants ant nests species zonesbdspots breakdown spots ยท ยท ยฉbei rainforest trees ยท topographybetacells cat retinal ganglia cell type, area ยทbramblecanes bramble canes age ยทbronzefilter bronze particles diameter ยทcells biological cells ยท ยทchorley cancers case/control ยท
clmfires forest fires cause, size, dateelevation, orientation,
slope, land usecopper copper deposits ยท fault lines
demopat artificial data type ยทfinpines trees diam, height ยทgordon people in a park ยท ยท
gorillas gorilla nest sites group, seasonterrain, vegetation,
heat, waterhamster hamster tumour cells cell type ยทhumberside child leukaemia case/control ยทhyytiala mixed forest species ยทjapanesepines Japanese pines ยท ยทlansing mixed forest species ยทlongleaf trees diameter ยทmucosa gastric mucosa cells cell type ยทmurchison gold deposits ยท faults, rock type
nbfires wildfires several ยทnztrees trees ยท ยทparacou trees adult/juvenile ยทponderosa trees ยท ยทredwood saplings ยท ยทredwoodfull saplings ยท zones
shapley galaxies magnitude, recession, SE ยทsimdat simulated pattern ยท ยทsporophores fungi species ยท ยฉspruces trees diameter ยทswedishpines trees ยท ยทurkiola mixed forest species ยทvesicles synaptic vesicles ยท zoneswaka trees diameter ยท
The shape of the window containing the point pattern is indicated by the symbols (rectangle), ยฉ(disc), (convex polygon) and (irregular polygon).
Additional information about the data set name may be stored in a separate list name.extra.Currently these are the available options:
2
Name Contents
ants.extra field and scrub subregions;additional map elements; plotting function
bei.extra covariate imageschorley.extra incinerator location; plotting functiongorillas.extra covariate imagesnbfires.extra inscribed rectangleponderosa.extra data points of interest; plotting functionredwoodfull.extra subregions; plotting functionshapley.extra individual survey fields; plotting functionvesicles.extra anatomical regions
For demonstration and instruction purposes, raw data files are available for the datasets vesicles,gorillas and osteo.
1.2 Other Data Types
There are also the following spatial data sets which are not 2D point patterns:name description format
chicago street crimes point pattern on linear networkdendrite dendritic spines point pattern on linear networkspiders spider webs point pattern on linear networkflu virus proteins replicated 2D point patternsheather heather mosaic binary image (three versions)demohyper simulated data replicated 2D point patterns with covariatesosteo osteocyte lacunae replicated 3D point patterns with covariatespyramidal pyramidal neurons replicated 2D point patterns in 3 groupsresidualspaper data & code from Baddeley et al (2005) 2D point patterns, R functionsimba simulated data replicated 2D point patterns in 2 groupswaterstriders insects on water replicated 2D point patterns
Additionally there is a dataset Kovesi containing several colour maps with perceptually uniformcontrast.
2 Information on each dataset
Here we give basic information about each dataset. For further information, consult the help file forthe particular dataset.
amacrine: Amacrine cells
Locations of displaced amacrine cells in the retina of a rabbit. There are two types of points, โonโ andโoffโ.
> plot(amacrine)
3
amacrine
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โโ
โ
โ
โโโโ
โ โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ โ
โโ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
on
off
anemones: Sea Anemones
These data give the spatial locations and diameters of sea anemones on a boulder near sea level.
> plot(anemones, markscale=1)
anemones
โ โ
โ โโ
โโ
โโ
โ โโ
โโ
โโ
โโ
โ โโ
โโโ
โ โ โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ โ โ
โ โ
โโ
โโ
โ
โ โ
โโ
โโ
โ โ
โโ
โ โโโ โ
โโ
โ โ โ
โ
โโโ
โโ โ
โ
โโ
โ โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ โ
โ โ
โ โ
โโ โ
โ โ
โโ
โ โ โ
โ โโ โ
โ โโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ โ
โโ
โโ
โโ
โ โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ โ โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ โ
โ โ
โโ
โ โ
โ
โ โ
โ โ
โโ
โโ
โ โโ
โ โโ
โ โ
โโ โ
โโ
โ โโ
โโ
โ
โ
โโ โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ โโ
โ
โโ
โ
โ โ โ
โ โโ
โโ
โโ โ
โ
โ โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
2
3
4
5
6
7
8
ants: Antsโ nests
Spatial locations of nests of two species of ants at a site in Greece. The full dataset (supplied here) hasan irregular polygonal boundary, while most analyses have been confined to two rectangular subsetsof the pattern (also supplied here).
> ants.extra$plotit()
4
ants
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โ โโ
โ
โ โโ
โโ โ
โโ โ
โ
โโ
โโ
โ
โ โโ
โ
Messor
Cataglyphis
bdspots: Breakdown spots
A list of three point patterns, each giving the locations of electrical breakdown spots on a circularelectrode in a microelectronic capacitor.
> plot(bdspots, equal.scales=TRUE)
bdspots
R169โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โ
R282โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโ โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โโโ โโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโ
R423
โโโโโโโ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโ โโโโโโ
โโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโ โโโโโโ
โโโโโ
โ
โโโโ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโ
โโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโ โโ โ
โ
โโโ โโโโโโโโโโโโ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโ
โโโโโโโโโโโโ
โ โ โ โโ
โโโโโโโโโโโโ โโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโ
โโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โโ โ
โโ
โโโโโโ โโโโโ
โโโโโโโโ
โโ
โโ
โโ โ
bei: Beilschmiedia data
Locations of 3605 trees in a tropical rain forest. Accompanied by covariate data giving the elevation(altitude) and slope of elevation in the study region.
> plot(bei.extra$elev, main="Beilschmiedia")
> plot(bei, add=TRUE, pch=16, cex=0.3)
5
Beilschmiedia
120
130
140
150
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโ โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโโโโโโ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโโโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โโ
โโ
โโ โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ โ
โ
โ โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โโ โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโ โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ โ
โ
โ
โโโโ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โโโโโโโ
โโโ
โ
โโโโโโ
โโ
โ โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโโ โ
โ
โ
โโ
โ โโโ
โโโโ
โโโ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโโโ
โ
โ
โโ โ
โโ โ
โโโ
โโ
โโโ
โ
โโโโโโโโโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโโโ
โโ
โโโโ
โ
โโ
โโโโโโโโโโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโโ
โโ
โ
โโ
โ
โโโโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโ
โโ
โโโโโ
โ
โโ
โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โโ โ
โโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โโโ
โ
โ
โ
โโโโ
โโ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโโโ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โโ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โโ โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โโโ
โ
โโโ
โโโ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โโ
โโ
โโโโโ
โโ
โโโ โ
โโโ
โโโโโโโโโโโโ
โโโโโ
โโโโโโโโโ
โ
โ
โโ
โโ
โโโโโโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโโโ
โ
โโ โโ
โ
โโโโโโโโโโโโ
โโโ
โโโโ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โโ โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โโโ
โโโโ
โโ
โ
โ
โโ โโโ
โโ
โโ
โ
โโโโโ
โโ
โ โ
โ
โโ
โ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโ
โโ
โ
โ
โโ
โโโ
โโโ
โโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโ
โโ
โ โโโโ
โโ
โ
โโ
โ
โโโโโโ
โ
โโโโ
โโโโโโ
โโโโโโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโโ โ
โโ
โโโโโโโโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โโ
โโโ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ โโ
โโ
โ
โ โโโโโ
โ
โโโ โ
โ โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ โ
โโโโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โโ
โโ
โ โ
โโ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โโโโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโโโ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโโ
โโโ โโ
โ
โ โ โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โโโโ
โโ
โ
โโโโ
โโ
โโ
โโ
โโโ
โ โ
โโโ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ โ
โโ
โ
โ
โโโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โโโ โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโโโโ
โโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ โ โ
โ
โโโ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโโ โโ
โโโโโโโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โโโโโโโโ
โโโ
โ
โโโ
โ
โโ
โโโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โ
โ
โโ
โโโโโโ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโโโ
โ
โ
โโ
โโโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โโ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ โโโโ
โโ โ
โ
โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโ
โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โโโโโโ
โ
โ
โโโโโ
โโโโ
โโ
โโโโโ
โโ โ
โโโโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โโ
โโโโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ โ
โ
โ
โโโโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโโ
โโโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โโ
โโ
โ
โ
โโ โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโโโ
โโโ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโโ
โโโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโโโโโโโโโ
โโ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโโโ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
> M <- persp(bei.extra$elev,
+ theta=-45, phi=18, expand=7,
+ border=NA, apron=TRUE, shade=0.3,
+ box=FALSE, visible=TRUE,
+ main="")
> perspPoints(bei, Z=bei.extra$elev, M=M, pch=16, cex=0.3)
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โโโ
โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโโโ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โโโโโโโโ
โ โ
โ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ โ
โ
โ
โโ
โโโโ
โ
โโ
โ
โโโ โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโโโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ โโ
โโ
โโ
โโโ
โ
โโ
โโ
โโโโโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โโ
โโโโโโโโโโ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโโโโ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โโ โโโโ
โ
โ โ
โ
โ โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโโโ
โโ
โโ
โ
โ โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโ โ
โโ
โโโโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โโ
โโ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ
โโโโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ โ
โ โโโ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โโ
โ โ โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โโ
โโโ
โ
โโโ
โโโ
โโโ
โโ
โโโโโโ
โโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโโโ
โ
โ
โโโ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โโโ
โ
โโ โโ
โโ
โโโ
โโ
โโโโโโโโโโ
โโโ
โ
โโโโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโโ
โโ โ โ
โ
โโโโโ
โโ
โโ
โโโ
โโโโโโโโ
โโโโโโโโโโ
โโ
โ
โโโโโ
โโโ โโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโ
โโ
โโโโโโโ
โโ
โ
โโโโโโโ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โ
โโ
โโโโโโโ
โโโโโโ
โโโโโโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโโ
โ
โ
โ
โโ โโโ
โ
โโโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โโโ
โ โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ โโ
โโ
โ
โ โ
โโ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ โโ
โโโโ
โ
โ
โ โโ
โโ
โ โโ
โ
โ โโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ โ
โ โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ โ โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ โโโโ
โโ
โโโ
โ โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโโ
โโโ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โโ
โโโโ
โ
โ
โ
โ โ โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ โ
โโโโ
โโ
โ โโ
โโ
โโโ โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โโ โ
โ
โโโ
โ โโโ
โ
โโ
โ
โโโ
โโโ
โ
โ
โ
โโ โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ โ
โโโ
โ
โโ
โโ โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ โ
โโ
โโ
โ
โโโ
โโโ
โโโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโโ
โโโ
โ
โ
โโ โ
โ
โ โโโ
โโ โ โ
โโ
โโโโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โโโโ โโโโโโ
โโโโโโ
โ
โ
โโ โโโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โโ
โโ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโโ โโโ
โ
โโโ
โโโ
โ โโ
โโ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ
โโโ โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ โ โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโโโ
โ
โโ
โโ
โ โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โโโโ
โโโ
โ
โ
โโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โโ
โโโโโโ
โ
โ
โ
โ
โโโโโ โโ
โโโโโโโ
โ
โโ โโโ
โโโโโ
โโ
โโโโโโโ โ
โโโโโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โโ โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโโ
โโโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ โโ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ โ
โโ โ
โ
โโ
โ โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โโโโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
betacells: Beta ganglion cells
Locations of beta ganglion cells in cat retina, each cell classified as โonโ or โoffโ and also labelled withthe cell profile area.
> plot(betacells)
6
betacells
type
โโโ โโ
โ โโ โ
โ โโ โโโโ โโโ โโ
โ โ โโ โโ โโโ โ โโ โ
โ โโโ โโโโ โ โโโ โ
โ โโโโโ
โ โโโโ โโ โโโ โโโโ โโ โ
โ
on
off
area
โ โ โโ โโโ โ โโ โโโ โ โโโ โโ โโโโ โโ โโโ โโ โโ โโโ โโ โ โโโ โโโโ โโ โ โโ โโ โ โ โโโ โโโโ โ โโ โโ โโ โโ โ โโโโ โ โโ โ โโ โโ โ โโโโ โโ โโ โโโ โโ โโ โโโ โ โโ โโโ โโโ โโ โ โ โโโโโ โโโโโโ โโ โ โโ โ โ โ โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
200
250
300
350
400
450
500
bramblecanes: Bramble canes
> plot(bramblecanes, cols=1:3)
bramblecanes
โโโโ โโ
โโ
โโโโโ
โโโโโ
โโ
โ
โโโโโ
โโโโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โโโโ
โ
โ โโ โโ
โโ
โโโโโ
โโโโ
โโโโโ
โโ
โ
โโโ โ
โโโโโโ
โโโโโโโโ โโโ
โ
โ
โ
โโโโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโโโโ
โ
โโ
โโ
โ
โ โโ โโ
โโโโ
โ
โ โ
โ
โโโ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโโโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโโโ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โโโโ
โโโโ
โโโโโ
โโโโโ
โโ
โ
โโโ
โโโโ
โโโ
โโ โโโ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ โ
โ
โโโโโ
โโ
โโ โ
โโโ
โ
โ
โโโ
โโโ
โ
โ
โโโ
โโ
โโโโ
โ
โ
โ โโโ
โ
โ
โโโ
โโโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโโโ
โโ
โ
โโโโ
โ
โ
2
1
0
> plot(split(bramblecanes))
7
split(bramblecanes)
0
โโโโ โโ โโ
โโโโโ
โโโโโ
โโโ
โโโโโโโโโโ
โโ
โ
โโโโโโ
โ
โโโ
โโโโโโ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โโโ
โโโโ
โ
โโโ โโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โโ
โ
โโ โ โโ โโโโโ
โโโ โโโโโ โโโโ
โ
โ
โโโโโโ
โโโโโโ
โ
โโโโโ
โ
โโ
โโ
โ
โโโ โโโโโโ
โโ โ
โ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โโ
โโโโโ
โ
โโโ
โโ
โโ
โ โโโ
โโโ
โ
โโโโ
โโโโโ
โโ
โ
โ
โโ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โโโโโโโโโ โโ
โโโโโ
โโ
โโโโ
โโโโ
โโโโโ
โโโโโ
โโโโโโโโโโ
โโโ
โโโโโโ
โโ
โโโโ
โโโ
โโโ
โโโ
โ โ
โ
โโโโโ
โโโโโ โโโโโโโโโโโ
โ
โโโ
โโโ โโโโ
โ
โโ โโโ
โโ
โโโ
โโโโโ
โ
โโ
โโ
โโโโโโ
โโ
โโ
โ
โโโโโโโ
โโโโ
โ
โ
1
โโ
โโโโ
โโโ โโโ
โโโโโโโ
โโโ
โ
โโโ โโโ โโ โโ
โโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโ
โโ
โ โโ โโโ โโโโโโ
โ โโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ โ
โโโ
โโโโ โโโ
โโ
โ
โโ
โโ
โโ
โโโ
โโโ
โโ
โโโ
โ
โโโโ
โ
โโ โโ
โโโ
โโโโโโโ
โโโโ
โโโ
โโ โโโโโ
โ
โโโโโโ
โโ
โ
โโโโโโ
โโโ
โโโโโโโโโโโ
โ
โโโ
โโโโโโโโโ
โ
โโ
โ
โโโโ
โโโโโ
โโโโโโ
โโโ
โโโ
โโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโ
โโโ
โโโโโ
โโ
โโ
โโโโโโโโโโ
โโโ
โโ โโโโโโ
โโโโ
โโโโโโ
โโโโโโ
โโ
โ
โ
โโโโโโ
โโโโ
โโโโโ
โ
โโ
โโโโโโ
โโโโ
โโโ
โโโโโโโโ
โโโ
โโโโโโโ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโโโโ
โโ
โโโ
โ
โโโ
โโ
2
โโโโโ โโโ โ
โโ โ
โโโ
โโโโโโ โ
โโ
โโโ
โโโ
โ
โโ
โ
โโโ
โโ
โโโ
โ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโโโ
โโ
โ
โ โโ
โโโโโ โโโ โ
โโ
โ
โ
โโ โ
bronzefilter: Bronze filter section profiles
Spatially inhomogeneous pattern of circular section profiles of particles, observed in a longitudinalplane section through a gradient sinter filter made from bronze powder.
> plot(bronzefilter,markscale=2)
bronzefilterโโ โ โโ โ โโโ โ โโ โโ โโ โ โโ โโ โ โโโโ โโ โ โโโ โโ โโ โ โโ โโโ โโโ โ โ โ โโ โโโโ โ โโโ โโโ โ โโโ โ โโ โโ โโ โ โโโ โ โโ โโ โ โโ โโโ โโโ โโ โโ โ โ โโโ โ โโโโ โโ โ โโโโ โ โโโ โ โ โโโ โโโ โโโโโโ โ โโ โ โโ โโ โโ โโโโ โ โโโ โโ โโ โโ โ โโโโโ โโโโ โโ โ โโโ โโ โ โโ โโ โ โ โโ โ โ โโ โ โ โโ โ โโ
โ โ โโ โโ โ โโ โ โโ โโ โโโ โโ โโโ โโ โโ โ โโโโโ โ โโโ โโโ โ โโ โโโโโ โโ โ โ โโ โ โโ โ โโ โโ โโโโ โโ โ โโ โ โโ โ โโ โโโ โโ โโ โโ โโโ โโ โโโ โ โโโ โโโโ โโ โโ โ โโโโ โโ โโโ โ โโ โ โโ โ
โ โโ โ โโ โ โ โโโ โ โโ โโ
โ โโ โโโ โโ โโโ โ โโ โโโ โ โโโ โ
โโ โ โโโ โโ โโ โ โโ โโโโโ โโโ โโโ โโ โโ โโโ โโ โโ โโ โโ โโโ โโโ โโ โโ โ โ โโ โโ โโ โโ โโโ โโ โ โโโ โ โโโ โ โ โโโ โโ โโโ โ โ โ โโโโโ โโ
โ โ โโโโ โโ โ โ โโโ โโ โโโ โ โโ โ โโ โโ โ โโ โ โโ โ โ โโโ โโโโ โโโ โ โ โโโ โโ โโ โ โ โ โโโ โ โโ โโ โ
โโโ โ โโ โ โโ โโ โโ โโโ โโ โโโ โโ โ โโโโ โโ โโ โ โโโโโ โโ โ โโโโ โโ โ โโ โโ โโโโ โโ โ โโโ โ โโโ โ โ โโ โ โ โโ โโ โ โโ โโ โ โ โโ โโ โโ โโ โ โ โโ
โโโ โโ โ โ โโ โโโ โโ
โ โโ
โ โโ โโโโโ โ
โ
โ
โ
0.1
0.2
0.3
0.4
cells: Biological cells
Locations of the centres of 42 biological cells observed under optical microscopy in a histologicalsection. Often used as a demonstration example.
> plot(cells)
8
cells
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
chicago: Chicago street crimes
Street crimes reported in a two-week period in an area close to the University of Chicago. A multitypepoint pattern on a linear network.
> plot(chicago, main="Chicago Street Crimes", col="grey",
+ cols=c("red", "blue", "black", "blue", "red", "blue", "blue"),
+ chars=c(16,2,22,17,24,15,6), leg.side="left", show.window=FALSE)
Chicago Street Crimes
โ
โโ
โ
โ โ
โโ
โโ โ โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
trespass
theft
robbery
damage
cartheft
burglary
assault
chorley: Chorley-Ribble cancer data
Spatial locations of cases of cancer of the larynx and cancer of the lung, and the location of a disusedindustrial incinerator. A marked point pattern, with an irregular window and a simple covariate.
> chorley.extra$plotit()
9
ChorleyโRibble Data
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโโโโ
clmfires: Castilla-La Mancha Fires
Forest fires in the Castilla-La Mancha region of Spain between 1998 and 2007. A point pattern with4 columns of marks:
cause cause of fireburnt.area total area burned, in hectaresdate date of firejulian.date date of fire in days since 1.1.1998
> plot(clmfires, which.marks="cause", cols=2:5, cex=0.25,
+ main="Castilla-La Mancha forest fires")
CastillaโLa Mancha forest fires
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โโโ
โ
โ
โโ
โโโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
other
intentional
accident
lightning
The accompanying dataset clmfires.extra is a list of two items clmcov100 and clmcov200
containing covariate information for the entire Castilla-La Mancha region. Each of these two elementsis a list of four pixel images named elevation, orientation, slope and landuse.
> plot(clmfires.extra$clmcov200, main="Covariates for forest fires")
10
Covariates for forest fires
elevation
500
1000
1500
2000
orientation
5010
020
030
0
slope
1020
3040
landuse
urba
nde
nsef
ores
tbu
sh
copper: Queensland copper data
These data come from an intensive geological survey in central Queensland, Australia. They consist of67 points representing copper ore deposits, and 146 line segments representing geological โlineamentsโ,mostly faults.
> plot(copper$Points, main="Copper")
> plot(copper$Lines, add=TRUE)
Copper
โโ
โโโโ
โโ
โ
โ
โโโโโโโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโโโ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โโ
โโโโโ
โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โโโ
โโ
โ
demohyper
A synthetic example of a hyperframe for demonstration purposes.
> plot(demohyper, quote({ plot(Image, main=""); plot(Points, add=TRUE) }),
+ parargs=list(mar=rep(1,4)))
11
demohyper
โ0.
3โ
0.2
โ0.
10
0.1
0.2
0.3
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ0.
3โ
0.1
00.
10.
20.
3
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ0.
3โ
0.1
00.
10.
20.
3
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
demopat
A synthetic example of a point pattern for demonstration purposes.
> plot(demopat)
demopat
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
B
A
dendrite
Dendrites are branching filaments which extend from the main body of a neuron (nerve cell) topropagate electrochemical signals. Spines are small protrusions on the dendrites.
This dataset gives the locations of 566 spines observed on one branch of the dendritic tree of a ratneuron. The spines are classified according to their shape into three types: mushroom, stubby or thin.
> plot(dendrite, leg.side="bottom", main="", cex=0.75, cols=2:4)
12
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
mushroom stubby thin
finpines: Finnish pine saplings
Locations of 126 pine saplings in a Finnish forest, their heights and their diameters.
> plot(finpines, main="Finnish pines")
Finnish pines
diameter
โ
โ
โ
โโโโโโโ
โโโ
โโโโโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโโโ
โ
โ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโโโโโ
โโ
โโโโโ
โ
โ
โโโโโโ
โโโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโโโ โ โโ โโโ
โโโโโโโโ
โโโ
โโ
โ
โโโโโโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
0
1
2
3
4
5
6
7
height
โโ
โ
โโโโโโโ
โโโโโโโ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโโโโ
โ
โ
โโโโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโโโ
โโโโโ
โโโโโโโ
โ
โโโโโโโโโโโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ โโโโโโโโโโโโ โโโโโโโ
โโโ
โโ
โ
โโโโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
1
2
3
4
5
flu: Influenza virus proteins
The flu dataset contains replicated spatial point patterns giving the locations of two different virusproteins on the membranes of cells infected with influenza virus.
It is a hyperframe containing point patterns and explanatory variables.
> wildM1 <- with(flu, virustype == "wt" & stain == "M2-M1")
> plot(flu[wildM1, 1, drop=TRUE],
+ main=c("flu data", "wild type virus, M2-M1 stain"),
+ chars=c(16,3), cex=0.4, cols=2:3)
13
flu datawild type virus, M2โM1 stain
wt M2โM1 13
โโ โโโโโ โโ
โโ โโโ
โ
โโโโโโโโ โโโ โโ โโ
โโโ โ โโโโโโ โโ โ โโโโโโ โโโ โ
โ
โโโโโโโ
โโโ โโ โโโ โโโ
โ
โโโ โโ โโโโโโโโโ
โโโโโ
โโโโ โโโโ
โโ โโโ
โโโโโโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
M1
M2
wt M2โM1 22
โ
โ
โโโ โโโโ
โ
โโ
โ โโ โโโโ
โโโโโโโ
โ
โโโ โ
โโโ โ
โโ
โโโ
โโโโโ โโ
โ
โโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโ
โ
M1
M2
wt M2โM1 27
โโ
โ โโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโโโ
โโโโ โโ โโ
โโ โ
โโโ
โโโ โโโโโโ
โ โโ โ โโ
โโโโโโ
โโโ
โ
โโโ
โโโโโ
โโ
โ
M1
M2
wt M2โM1 43
โ
โโ
โโโโ โ โโ โโ โโโ โโโ โโโโโโ
โโโโ
โโ โโโโ
โโโโโ โโ โโ โโโโโโ โโโ โโโ โโ โ โโ โโโโโ โโโโ โ โ
โโ โโโโโโ โโโโโ โโโโโ โ โ โโ โ โโโโ โโโโ โโ
โโโโ
โ โโโ โโ โโโโโ โโ
โโ โ
โโ
โโโ โ โ โโ โโ
โโโโ โโ โโ โโโ โ โโโ โ โโโ โ โโโโ โโ โ โโ โ โโ โโ
โ โโโ โโ โโโโ โโ โโ โโ โ โโ โโ
โ โโโโ โโ โ โ โโโโโโโ โโ
โโโ
โโโ โโโโโโ โ
โ โ
โโ โโโ โโโโโโ
โโโ โโ โ โ
โ
M1
M2
wt M2โM1 49
โโ
โโโ
โโโโโ
โโ
โ
โโโ
โโ
โโโโโ
โโโโ โโโโโโโโ
โ
โโโโ โ โโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ โ โโโโโ โ โโ โโ โ โโ โโโ โ
โ
โโ โโโโโ โโโโโโโโโ
โโโ โโ
โโโโ โโโโโ โ โโโ
โ
โโโ
โโโ โโ โโ โโโโโโโโ
โโโโโโ โโ โโ โ โโโ โโโโโ
โ
M1
M2
wt M2โM1 65
โโ
โโ โโ
โโโโ
โโ
โโโโ โโโโโโ
โ
โโโโโโโโโโ
โ
โโ โโโโ โโโโ
โโโโ
โโโโโโโโ
โโ
โโโ โ โโ โโโโโ โโโ โโ โโ โโ โโโโ โ โโ
โโโโโ
โโ
โโโโโโ โโโโโโโโโโ
โ
โ
โ
โโโโโ
โ
M1
M2
wt M2โM1 71
โโโโ โโโ โโโ
โโโโโโโ
โโ
โโโ
โโโโ
โโ โ
โโโโ โโโ โโโโ โ
โโโโโ
โโโโ
โโโโ โโ โ
โ
M1
M2
wt M2โM1 84
โ
โโโโโโโโโ
โ
โโโโโโโโโ
โโโโ
โ
โโโโโ โโโโ
โโ โโโโ โ
โ
โโโ โโ โโโโ โโโโ โโโ โโโโโโโ
โโโ โโโ
โ
โโ
โ
โโ โโโ
โ โโโโโโ
โโ
โโ โโโโโ โโ โโ โโ โโ
โ
M1
M2
gordon: People in Gordon Square
Locations of people sitting on a grass patch on a sunny afternoon.
> plot(gordon, main="People in Gordon Square", pch=16)
People in Gordon Square
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโโโ
โ
โโ
โโ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โโโโ
โ
โ โ
โโโ
โ
โ
โโโโโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ
โโโโ
โโโ
โโ
โ
gorillas: Gorilla nesting sites
Locations of nesting sites of gorillas, and associated covariates, in a National Park in Cameroon.gorillas is a marked point pattern (object of class "ppp") representing nest site locations.gorillas.extra is a named list of 7 pixel images (objects of class "im") containing spatial covari-
ates. It also belongs to the class "listof".
> plot(gorillas, which.marks=1, chars=c(1,3), cols=2:3, main="Gorilla nest sites")
14
Gorilla nest sites
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ โ
โโ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโโ โ
โ
โ
โโ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโโ
โโ
โ
โโ
โโ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
minor
major
The vegetation covariate is also available as a raw ASCII format file,
> system.file("rawdata/gorillas/vegetation.asc", package="spatstat")
hamster: Hamster kidney cells
Cell nuclei in hamster kidney, each nucleus classified as either โdividingโ or โpyknoticโ. A multitypepoint pattern.
> plot(hamster, cols=c(2,4))
hamster
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ โ
โโ
โโ โ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โ
โโ โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โโโ โ
โ
โโ
โ โโ
โโโ
โโ
โโ
โ
โโ โ
โโ
โ
โ
โ โ
โโ โ
โ โโ
โ โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ โ
โโ
โ
โ โ
โ โโ
โโ
โ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โโ
โ โโโ
โโโ
โ
โโ โ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
pyknotic
dividing
heather: Heather mosaic
The spatial mosaic of vegetation of the heather plant, recorded in a 10 by 20 metre sampling plot inSweden. A list with three entries, representing the same data at different spatial resolutions.
> plot(heather)
15
heather
fine medium coarse
humberside: Childhood Leukemia and Lymphoma
Spatial locations of cases of childhood leukaemia and lymphoma, and randomly-selected controls, inNorth Humberside. A marked point pattern.
> plot(humberside)
humberside
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
control
case
The dataset humberside.convex is an object of the same format, representing the same pointpattern data, but contained in a larger, 5-sided convex polygon.
hyytiala: Mixed forest
Spatial locations and species classification for trees in a Finnish forest.
> plot(hyytiala, cols=2:5)
16
hyytiala
โ
โ
rowan
pine
birch
aspen
japanesepines: Japanese black pine saplings
Locations of Japanese black pine saplings in a square sampling region in a natural forest. Often usedas a standard example.
> plot(japanesepines)
japanesepines
โ
โ โ
โ
โ โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โโ โ โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ โ โ โ โ โโ
โ โ
โ โ
โโ
โ โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โโ โ โ โ
lansing: Lansing Woods
Locations and botanical classification of trees in a forest. A multitype point pattern with 6 differenttypes of points. Includes duplicated points.
> plot(lansing)
17
lansing
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โโ
โโโ
โโโ
โโโ โ
โโ โ
โโ
โ
โ โโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โโ
โโโ
โโโ
โโ โโโโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโโโโโโ
โโโโโโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ โ โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ โ
โโ
โโ
โ
whiteoak
redoak
misc
maple
hickory
blackoak
> plot(split(lansing))
split(lansing)
blackoak
โ
โโ
โโ
โโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโ โ
โโ
โ
โโโโโโโโโ
โ
โ
โ
โโ
โโโโโโโ โโโโ
โโโโโโโโโโโ
โโโ โ
โ
โโโโโ
โโ
โโ
โโโโ
โโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโ
โโ
โโโโ
โโโ
โโโโ
โ
โโโโโโโโโโ
hickory
โโโโโ
โโโโโโโโโ
โโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโ
โ
โโโโ โโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโ โโโ
โโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโโโโโ
โโ
โโโโ
โโโโโ
โโโโโโโโโโ
โโโโ โโโโโ
โโโ
โโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โ
โ
โโโโ โโโโโโโ โโโโโโ
โ โโโโ
โ
โโโโโโโโโโโ
โโโโโโโ
โโโโ
โโโโ
โโโ
โโโโโโ
โโโโโโโโโโ โโ
โโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โโ โโโโโโโ โโโโโโโโ
โโโ
โโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโ
โโโโ
โโโโโ
โโโ
โโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโ
โ
โโโโโโโโโโโ
โโโโโโโ โโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโ
โ
โโโโโโโโโ
โโ
maple
โโโโโโโ
โ โโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โ
โ
โโ
โ โ
โโโโ
โโโ
โโโโ
โโโ
โโ
โโโโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โ
โโโ โโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโ
โโโโโโโ
โโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโ
โโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโ โโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโ โโ
โโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโ
โโ
โโโโโ
โ
โโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโ โโ
โโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโ โโ
โโโโโโโโ โโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโ
โ
โ
โ
โ
misc
โโโโโโ
โโโโโ
โ
โโโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโ
โโ
โโโโ
โ
โ
โโโ
โโ
โโโโโ
โโโ โ
โโ
โโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโ
โ โ
โโโ
โโ โโโโโโโ
โโ
โ
โโโโ โโโ
โโโโโโโ
โ
redoak
โโ โโโโโโโโ
โโโโโโโโโโ
โโโ
โโโโโโ
โโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโ
โโ โโโ
โโโโโ
โโโ
โ
โโโโโโ
โโโโโโโ
โโโโ
โโโ
โโโโ
โโโโโโโโโโโ
โโโ โ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ โโโ
โโโ โโโโโโโโโ โโโ
โ
โโโโโ
โโโโ
โโโโ
โโโโโโ
โโโโ
โโ
โโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโ
โโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโโ โโโโโ
โโโโ
โ
โโโโโโ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโ
โโ โโโ
โโโโ
โโโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโ
whiteoak
โโ
โโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโ
โโโโโโโโโโโโโโโ โโ
โโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโ โโโ
โโ
โโโโโโ
โโโโโ
โโโโโ โ
โโโโ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโ
โโโ โโโโโ
โโโโ
โโโ โ โโโโ
โโโโโโโ
โโโ
โโโโโโ
โโโโโโโโ
โโโโ โโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโ
โ
โโโโโโโ
โโโโโโ
โโโ
โโโ
โโโโโโโโ
โโโโโโโ โโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โโโโ โโโโโโโโ
โโโโโโโโโโโโโโ
โโ โโโโโ
โโโโ
โ
โโโโโโโ โโโโโโโโโ
โโโโโโโโโ
โโ
โโโ โโโโโโโโโโโโโโโโ
โโโ
โโ โโโ
โโโโโโโโโโโโโโโ
โโ
โโโโโ
โโ
longleaf: Longleaf Pines
Locations and diameters of Longleaf pine trees.
> plot(longleaf)
18
longleaf
โโโ
โ
โโโโ
โโโโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโโโโโ
โโโ
โโ
โโ โโโโ โโ โโ
โ
โ
โ
โโโโโ โโโ
โโโโโ
โโโโ
โ
โ
โโ
โโ
โโโ
โโโโโ
โโโโโ
โโโโโโ โ โโ โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โโโ
โโโ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โโโ
โโโ
โโ
โโ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โโโ
โโโ
โ
โ
โโ
โโโโโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโโ
โโโโโ
โโโโโ
โโ โ โ
โโโ
โ
โโโ
โโโโโ
โโโโ
โโโโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โโโโ
โโโ
โโ โโโ
โโโ
โโโ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโโโโ
โโ
โ
โโ
โโ
โโโโโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โโโโโโโโ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ โโ โ
โ
โโโ
โโโโโโโ
โ
โ
โ
โโโโ
โ
โโโโ
โ
โ
โโ
โโโ
โโ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โโโโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโโโ
โโ
โ
โโ
โโโ โโโโโโ
โโ
โ
โโ
โ
โโโโโ
โ
โ
โโ
โโโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโโโ
โ
โโ
โโโโโ
โโ
โ
โโโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโโโโโ
โโ
โ
โโโโโ
โโโโโ
โ โโโ
โโ
โ โโโโ
โโโโโโโ
โ
โโ
โโโโโโ โ
โ โ โโโโโโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ โโโ
โ
โโโโโ
โ
โโ
โโโโ
โ
โโโโ
โโโ
โโ โ
โโ
โ
โโโโโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
20
40
60
mucosa: Gastric Mucosa Cells
A bivariate inhomogeneous point pattern, giving the locations of the centres of two types of cells in across-section of the gastric mucosa of a rat.
> plot(mucosa, chars=c(1,3), cols=c("red", "green"))
> plot(mucosa.subwin, add=TRUE, lty=3)
mucosa
โโ โ
โโ โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โโ
โโ โ
โโ โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โโโโ
โ โโโ โ
โโ
โ
โโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
other
ECL
murchison: Murchison Gold Deposits
Spatial locations of gold deposits and associated geological features in the Murchison area of WesternAustralia. A list of three elements:
๏ฟฝ gold, the point pattern of gold deposits;
๏ฟฝ faults, the line segment pattern of geological faults;
๏ฟฝ greenstone, the subregion of greenstone outcrop.
19
> plot(murchison$greenstone, main="Murchison data", col="lightgreen")
> plot(murchison$gold, add=TRUE, pch=3, col="blue")
> plot(murchison$faults, add=TRUE, col="red")
Murchison data
nbfires: New Brunswick Fires
Fires in New Brunswick (Canada) with marks giving information about each fire.
> plot(nbfires, use.marks=FALSE, pch=".")
nbfires
> plot(split(nbfires), use.marks=FALSE, chars=".")
20
split(nbfires) 1987 1989 1990 1991
1992 1993 1994 1995
1996 1997 1998 1999
2000 2001 2002 2003
> plot(split(nbfires)$"2000", which.marks="fire.type",
+ main=c("New Brunswick fires 2000", "by fire type"),
+ cols=c("blue", "green", "red", "cyan"),
+ leg.side="left")
New Brunswick fires 2000by fire type
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ โโโ
โ
โโ
โ
โ โ โโ
โ
โ
โโ โ
โโ
โ
โ โโโโโ
โ
โโโโโโ
โ
โโโโ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ โโโโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ โโโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โโ
โโ โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
other
dump
grass
forest
nztrees: New Zealand Trees
Locations of trees in a forest plot in New Zealand. Often used as a demonstration example.
> plot(nztrees)
> plot(trim.rectangle(as.owin(nztrees), c(0,5), 0), add=TRUE, lty=3)
21
nztrees
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
osteo: Osteocyte Lacunae
Replicated three-dimensional point patterns: the three-dimensional locations of osteocyte lacunaeobserved in rectangular volumes of solid bone using a confocal microscope. A hyperframe containing3D point patterns and explanatory variables.
> plot(osteo[1:10,], main.panel="", pch=21, bg='white')
osteo[1:10, ]
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
For demonstration and instruction purposes, the raw data from the 36th point pattern are availablein a plain ascii file in the spatstat installation,
> system.file("rawdata/osteo/osteo36.txt", package="spatstat")
paracou: Kimboto trees
Point pattern of adult and juvenile Kimboto trees recorded at Paracou in French Guiana. A bivariatepoint pattern.
> plot(paracou, cols=2:3, chars=c(16,3))
22
paracou
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
juvenile
adult
ponderosa: Ponderosa Pines
Locations of Ponderosa Pine trees in a forest. Several special points are identified.
> ponderosa.extra$plotit()
ponderosa
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ โโ
โ
โ โ โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โโ โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
A
B
C
pyramidal: Pyramidal Neurons in Brain
Locations of pyramidal neurons in sections of human brain. There is one point pattern from each of31 human subjects. The subjects are divided into three groups: controls (12 subjects), schizoaffective(9 subjects) and schizophrenic (10 subjects).
> pyr <- pyramidal
> pyr$grp <- abbreviate(pyramidal$group, minlength=7)
> plot(pyr, quote(plot(Neurons, pch=16, main=grp)), main="Pyramidal Neurons")
23
Pyramidal Neurons control
โ โ โ โ โโ
โโโ
โโ
โโ
โ โโ
โโโ โ
โโ
โโโโโ
โโโ โ
โโโ
โ
โโ
โโโโ
โ
โ
control
โโ โ โโ โ
โโ
โ
โโโ โ โ โโ
โโโโ
โ โโโ โ โโ
โโ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โ โ
controlโ โ โโ โ
โโ
โ
โโโโโโโ
โโ โ โโโโโ
โ โโ โ โ
โโโ โ
โโโโ
โ โโโโโโโ โโ
โโ โโ โโ
โโโโโโโ โโ โโโ
โโ
controlโโ
โ โโโโ โโ
โ โโโโ
โ
โ โ โ โโ โ
โโ โโโ
โ
โโโโโโโโ
โโ
โโโโ
โ โ โ โ โโ
โโโ
โโโโ โ
โโ
โโโ โ
controlโ
โโโ
โโโ
โ โโ
โโโ
โโ
โโโ โ
โโ
โโโโโ
โโโโโโ
โ
โโ
โ โโ โ
โโ
โโ
โโโโโ
โโโโโโโโ
โโโ
โโโ โ
โโ
controlโโ
โโ
โโโโ
โโโ โโ โ
โโโ
โโ โ
โ
โโโ
โ
โโ
โโ
โ โโ
controlโ โ โ โโโ โโ โ
โโโโ
โโโ
โโ
โโโโ
โโโ โ โ
โ
โโโโ
โโ โ
โ โโโโ
โโโ
โโโโโ
โโโโ
โโโโ
โโโโ โโ โโ โโโโโ โ
โโโโโ
โโโโโโโโโ
โ โโโ
โโ โ
โโโโโโโ
โ โ
โโ โโ
โโ
controlโ
โ โ โโ
โโโโ
โโโโโ โโ
โโ โ
โ
โ โโ โ
โ
โ
โโโ
โโโโโ
โโ
โโโโโ โ โ
โโ
โโโโโ
โโโ
โโ
โโ โ
โโ
โ
โโ
controlโ
โโ
โ โโ โโ
โ
โโโ โ โ
โ
โโโ
โโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ โโ
โโ
โโ
โ
โโ
controlโ
โ โ
โโโโ
โ
โ โ โโ โโ
โ โโ โ
โ
โ
โ
โโโโโ
โโ
โโโ
โโ โ
โโโ โ
โ โ
โโ
โ
โโโ
โโโโ
โโโ
โโ
โโ
โ
control
โโโ
โ
โโโ
โ โ
โโ
โโโ
โโ
โโโ
โโ
โโโ
โโ
โโโโโโโ โ
โโ
โโโ
โโ
โโ
โโโ
controlโ โ
โโโโ
โโโ
โโ
โโโ โ
โโ
โโ
โโโโ
โโโ
โ โ โ
โโ
โโ
โ โ
โโ
โ
schzffcโ
โโโโโ โโ
โโโ โโโ โ
โ โ
โโ
โ โโ โ
โ
โ โโโ
โโโโ
โโ
โ โ
schzffc
โโ โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ โ
schzffcโ
โโ โโ
โโโโ
โโ
โโ
โโโ โ
โ โ โ โโโ
โโโโ
โโโ
โโ
โโ
โ โโ โโโ
โ โ
โ
โโ
โโโ
โโ
โโ
โโโ
schzffc
โ โโ
โ
โโโโ โ
โ
โ
โ
schzffcโโโ โ
โโ
โโ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โโโโ
โโ
โ โ โโ
โ โ โโโ
โโโ
โโโ
โโโ
โโโโโโ โ
โ
โโโ โ โ
โ
schzffcโโ โ
โโโ
โ
โโโ
โโโโโโ
โ โ
โโโ
โโ โ โ โ
โโ
โ
โโโ
โโ
โโ โโโโ โโ โ
โ
โโโโโโโ
โโโโโ
โโ
โโ โโ
โโ โโ
โ โโ
โโโโโ
โโโโโ
schzffcโ โ โ
โ
โโโโโโ
โ
โโ
โ โโ โ
โ โโ
โโโโ
โโ โโโโโ โ โ
โโโโโโ
โโ
โโ โ โ โโ
โโ
โโ
โโ
โโโโ โ
โ โ โ
schzffcโ โ
โโโโโโ
โโโโ
โโ
โโ โ
โโโโโ
โ โโโโโ โ โ
โโโโโ
โ
โโโโโโ
โ
โ
โโโโ โโ โ
โโโ
โ โโโโโโโโโโ
โโโโ
โโโ
โโโ
โ
schzffc
โ โโโโโ
โ
โ โโโโ
โโ
โโ
โ
โโโ
โ
schzphrโ
โ โโ
โ โ โโโ
โโ โ โโโ
โ
โ โโโ
โโ โ
โโ
โโโ
โ โ โโ
โโโโ
โโโ
โ
โ
โโโ
โโโ
schzphr
โ โ
schzphrโ
โโโ
โ โโ โ
โโโโ
โโโ
โโโ
โ
โโ
โโโโ
โโโโโ
โ
โโโโโ
โโ
โ
โ โ
โโโโ
โ
โโ โ
โโ
โ โ โ โโ
โ
schzphr
โ โโโโโโ
โโโ
โ โ โโ
โ โ
โโโโโ
โ โ โโ
โ โโ
โโโ
โโโ
โ โ
โ
schzphr
โโ
โโโ
โ
โโโโ
โโ
โโ โ
โ
schzphrโ
โโ โ โ
โโโโโโ
โโ
โ โ โโ
โโ โ โ
โ
โโ
โ
โโโโ
โโ โโ โ โ โ
โโโ
โโ
โ โโ
schzphr
โ
โโโ
โ โ โ
โโโ
โ
โโโโโ โ
โโ
โโ
โ
โ
โโโโ
โโโ
โ
โโ โ
โโโโ
โโ
โ
schzphr
โโ
โโ
โโโโ
โโโโ
โโโ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ โ โ โ
โโ
โ
โโ โ
โ
schzphrโ โ โ
โโโ
โ โ โโโโ
โโโ โ โ
โโโ โ โ
โโโโ
โโโโโ
โโ โโ โ
โ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โ
schzphr
โโ
โโ
โโโ
โ
โโ
redwood, redwoodfull: Redwood seedlings and saplings
California Redwood seedlings and saplings in a forest. There are two versions of this dataset: redwoodand redwoodfull.
The redwoodfull dataset is the full data. It is spatially inhomogeneous in density and spacing ofpoints.
The redwood dataset is a subset of the full data, selected because it is apparently homogeneous,and has often been used as a demonstration example.
> plot(redwood)
redwood
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโโ
โโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ โโ
โโ
โ
โโ โ
โ โโ โโ
โ โ
โ
> redwoodfull.extra$plotit()
24
Strauss's redwood data
โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โโ โ
โโโ โ โโโ
โโ โโโ โ
โโ โ
โ โโ โ โ
โโโโ โ โโ
โโโ โโโโโ
โโ
โโ โ โ โโ โโ โโ โโ โโ โโ โโ โ
โโโ โโโโ โ
โโ โ โโ โโ โ โโ โโโ โโ โโโ โโโ โ
โ
โโโ โ โ โโโโ โโ โโโโ โ โโโ โโ โโโ โโ โ
โโ โ
โโ โโโ
โ
โ
โโโ โโโ โโ โโ โ โโ โโโโโโโโโโ
โโโโโ
โโโโ โโโ โ โโโ โโ
โโ
โโโโ โโโโโโโ โ
Region I
Region II
Ripley's subset
residualspaper: Data from residuals paper
Contains the point patterns used as examples in
A. Baddeley, R. Turner, J. Mรธller and M. Hazelton (2005) Residual analysis for spatialpoint processes. Journal of the Royal Statistical Society, Series B 67, 617โ666
along with R code.
> plot(as.listof(residualspaper[c("Fig1", "Fig4a", "Fig4b", "Fig4c")]),
+ main="")
Fig1
โโโ โ
โโโ
โโ
โโโโโโ
โโ โโ
โ
โโ
โโโ โ
โ โโโโโ โ โ
โ โโโ โโ โ
โโ
โโโโ
โ
โ
โ
โ โโ โ
โ โโโโ โโโโโ โ
โโโโโ โ โโโโ
โโ โโโ
โโ โ โโโ โโโโโโโโโโโ
โโโโ
โโ
โโโโโโโ โโโโ
โโโโ
โโโ
โโโโ โ โโ โ โโ
โโโ
โโโ
โโ โโโโ โโ
โโ โโ
โโโ โ
โ
โโ โ
โโโ
โโโ โโโ โ
โโโ โ โ
โโ
โโ โโโ
โโโ
โ โโโ
โโโ โ
โโโโ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
Fig4a
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
Fig4b
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
Fig4c
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
shapley: Shapley Galaxy Concentration
Sky positions of 4215 galaxies in the Shapley Supercluster (mapped by radioastronomy).
> shapley.extra$plotit(main="Shapley")
25
Shapley
โ38
โ36
โ34
โ32
โ30
โ28
simdat: Simulated data
Another simulated dataset used for demonstration purposes.
> plot(simdat)
simdat
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
spiders: Spider webs
Spider webs across the mortar lines of a brick wall. A point pattern on a linear network.
> plot(spiders, pch=16, show.window=FALSE)
26
spiders
โ
โ โ โโ โ
โ โโ โ โ โ โ โ
โ โ โ โ
โ โ โ โ โ
โ โ โ โ โ โ
โ โ
โ โ โ โ
โโ โ
โ โ โโ โ โ
โ โ
โ โ
sporophores: Sporophores
Sporophores of three species of fungi around a tree.
> plot(sporophores, chars=c(16,1,2), cex=0.6)
> points(0,0,pch=16, cex=2)
> text(15,8,"Tree", cex=0.75)
sporophores
โโโ
โโโโ
โโ
โโโ
โโโ โโโ
โโโโโโโ
โ
โโ
โโโโโโ
โโ
โโ โโโโโโ
โโ โโโโโโ
โ
โ
โโโโ
โโโโโ
โ
โโ
โโโโ
โโ
โโโโ
โ โโ
โ โโโโโโ
โโโโโโโโ
โ
โโโโโ
โโโโโโ
โโโ
โโโ
โโโโโโโโโ
โ
โโโโ
โโ
โโ โ โโโโ
โโโ
โโ
โโโโ
โโโโ
โโโโโ
โโโโ
โโโโโโโโโ โ
โโ
โโ
โโ
โโโโโโ
โโโโ
โโโ
โโ
โ
โ
โโ โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
Hebloma spp
L pubescens
L laccata
โTree
spruces: Spruces in Saxony
Locations of Norwegian spruce trees in a natural forest stand in Saxonia, Germany. Each tree ismarked with its diameter at breast height.
> plot(spruces, maxsize=min(nndist(spruces)))
27
spruces
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
0.2
0.25
0.3
0.35
swedishpines: Swedish Pines
Locations of pine saplings in a Swedish forest. Often used as a demonstration example.
> plot(swedishpines)
swedishpinesโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
urkiola: trees in a wood
Locations of birch and oak trees in a secondary wood in Urkiola Natural Park (Basque country,northern Spain). Irregular window, bivariate point pattern.
> plot(urkiola, cex=0.5, cols=2:3)
28
urkiolaโโ
โ
โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ โ
โโ
โ
โโโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ โ โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโโ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโโโโโ
โโโ
โ
โ
โโโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โโ
โโโ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ โโโ
โ
โ
โ
โ
โโโโ
โ
โโ
โ
โ โโโโ
โโโ
โ
โ
โโ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โโ
โโโ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ โโ
โโโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโโ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โโโโ
โ
โ โโ
โโโ
โโ
โ
โโ
โ โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ โโ
โโ
โโ
โ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โโโโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โโโ
โโ
โโโโ
โโ
โ
โ
โ
โ โโ
โโ
โโ
โ โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโโโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โ โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโโโโโโโ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ โโโโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โโโโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โ โ โ
โโโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ โโโ
โ โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ โ
โโ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โ โ
โ โ
โ
โ
โโโ
โ
โ โ โโ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ โโโ
โ
โโ
โ
โโ
โโโโโ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ โ
โ โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ โโโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โ
โโ
โโ
โโโ
โโ
โโโโ
โ
โโ
โ โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โโโ
โ
โ โ
โโ
โ
โโ
โ
โโโ
โโโ
โโ
โโโโโ
โโโ
โ
โ
โ
โโโโ
โ โ
โ โ โโ
โโ โ
โโโโ
โโ โโ
โ โโ
โโโโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ
โโโโ
โ
โโโ
โโ
โโโ
โโโ
โโโโโ
โโ
โ
โโโ
โโ
โโโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ
โโโ
โโโโ โ
โ
โ
oak
birch
waka: trees in Waka National Park
Spatial coordinates of each tree, marked by the tree diameter at breast height.
> plot(waka, markscale=0.04, main=c("Waka national park", "tree diameters"))
Waka national parktree diameters
โโโโ
โ
โโ
โโ โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โโโ โ
โ
โ
โโโ
โโโ
โ โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโโ
โโ
โโ
โโ โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโโ
โ
โโ
โโโโ
โโโโ
โ
โโโ
โ
โโ โ โ
โ
โ
โโโโ
โโ
โ
โโ
โ
โโ โโ
โ
โ โโ
โ
โ
โโ โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โโ โ
โโ
โ
โโ โ โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โโโโ
โ โ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โโโ
โโโ โโ
โโ
โ
โโ
โโโ
โ
โโโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โ
โโโโโ
โ
โ โโ
โโ
โโโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโโ
โโ
โโ โ
โ
โโ โโโ โ
โ
โโ
โโโ
โโ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โโ
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โโ
โโ
โ โ
โโ
โโโ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ
โ โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ โ
โ โ
โโ
โ
โ
โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ โโโ
โ
โโ
โ
โ
โ โ โ
โ
โโโ
โ
โ โโ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โโ
โโโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโโ
โ
โ
โ โ
โ
โโ
โโ
โ โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
20
40
60
80
100
120
vesicles: synaptic vesicles
Point pattern of synaptic vesicles observed in rat brain tissue.
> v <- rotate(vesicles, pi/2)
> ve <- lapply(vesicles.extra, rotate, pi/2)
> plot(v, main="Vesicles")
> plot(ve$activezone, add=TRUE, lwd=3)
29
Vesicles
โ
โ
โ
โโ โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โโ
โโ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ โโ
โ
โ
โ
The auxiliary dataset vesicles.extra is a list with entries
presynapse outer polygonal boundary of presynapsemitochondria polygonal boundary of mitochondriamask binary mask representation of vesicles windowactivezone line segment pattern representing the active zone.
For demonstration and training purposes, the raw data files for this dataset are also provided in
the spatstat package installation:
vesicles.txt spatial locations of vesiclespresynapse.txt vertices of presynapsemitochondria.txt vertices of mitochondriavesiclesimage.tif greyscale microscope imagevesiclesmask.tif binary image of maskactivezone.txt coordinates of activezone
The files are
in the folder rawdata/vesicles in the spatstat installation directory. The precise location of thefiles can be obtained using system.file, for example
> system.file("rawdata/vesicles/mitochondria.txt", package="spatstat")
waterstriders: Insects on a pond
Three independent replications of a point pattern formed by insects on the surface of a pond.
> plot(waterstriders)
waterstriders
Component_1
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
Component_2
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
Component_3
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โโ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
โ
30