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　最近のゲノム解析の進展により、遺伝子、タンパク質、細胞、個体にいたる様々な研究材料

が生まれ、それに付随する情報も材料と同様に研究上の重要な位置を占めるようになってきた。

これらの情報を利用者にとって使いやすい検索システムを備えたデータベースとして公開する

ことは、ライフサイエンス研究の発展に大いに貢献する。

　情報解析技術室では、当センターが取り扱うバイオリソースを中心に、国内外の関連機関が

保有するリソースに関する所在情報ならびにそれらの特性情報を収集し、データベース化し、

国内外のデータベースと連携したシステムを構築する。また、これらを研究者コミュニティー

に公開することにより、ライフサイエンス研究の基盤形成を促進することを目的とする。

情報解析技術室では以下のような情報、技術開発業務を行う。

Ⅰ .リソース情報事業

　1.リソースデータの収集・管理とデータベース開発

　2.開発されたデータベースや検索システムのオンラインによる情報提供

　3.リソース情報解析の技術相談

　4.リソース提供業務支援

Ⅱ .リソース情報技術開発事業

　1.リソースデータベースの統合検索のための技術開発

　2.リソース情報解析のための技術開発

室長 深海 　薫　（平成 15年 7月～）

小幡　裕一 （兼務）（平成 13年 4月～平成 15年 7月）

研究員 岩瀬 秀　（平成 14年 2月～）

太田 聡史　（平成 15年 10月～）

先任技師 野口 守　（平成 13年 4月～）

臼井　トア子　（平成 14年 4月～平成 15年 5月）

客員主幹研究員 鵜川 義弘　（平成 13年 11月～）

1-6. 情報解析技術室

　　室長　深海　薫（平成15年 7月～） 　

　　 　　室長　小幡　裕一（兼務）（～平成 15年 7月）

Bioresource Information Division

Kaoru Fukami

Yuichi Obata

事業内容

職員とメンバー構成

　96

後列左から　江木、中田、福田、野口、松野 　石山、一石、太田、深海室長、岩瀬

Ⅰ .リソース情報事業

平成１４年度から開始された実験動物、実験植物の提供業務を支援するシステムの開発を引

き続き行っている。また実験動物についてはより多くの特性情報を提供出来かつ検索性のより

優れたシステムを、実験植物については扱うデータタイプを拡張した検索システムを開発した。

さらに研究用ヒト臍帯血幹細胞、日本人由来不死化細胞株、研究用ヒト間葉系幹細胞といった

新しいリソースの提供開始に伴い、その提供業務を支援するシステムの開発を行った。

既存の細胞提供業務と提供事務システムについては、利用者からの意見・要望を取り入れ、

年次計画と成果

より使いやすいシステムへの

改善を行っている。また各リ

ソースデータベースに格納さ

れた所在情報ならびに特性情

報の更新を随時行い、常に最

新の情報が提供されるように

している。

当センターが収集してきた

多くのリソースには、研究者

により作成された特性情報が

添付されており、それらは研

究を遂行する上で非常に有用

性が高い。このように当セン

ターは、研究材料とそれに付

随する特性情報を同時に提供

できる利点を持っている。こ

の利点をさらに高めるため、個体から細胞、遺伝子までの特性情報を有機的に結びつけたデー

タベースの作成を計画中である。

BRC Annual Report2003~2004

情報解析技術室Bioresource Information Division

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（原著論文）　*印は査読制度がある論文誌

1. Sakaki Y, Watanabe H, Taylor T, Hattori M, Fujiyama A, Toyoda A, Kuroki Y, Itoh T, Saitou N, OOta

S, Kim CG, Kitano T, Lehrach H, Yaspo ML, Sudbrak R, Kahla A, Reinhardt R, Kube M, Platzer

M, Taenzer S, Galgoczy P, Kel A, Bloecker H, Scharfe M, Nordsiek G, Hellmann I, Khaitovich P,

Paabo S, Chen Z, Wang SY, Ren SX, Zhang XL, Zheng HJ, Zhu GF, Wang BF, Zhao GP, Tsai SF,

Wu K, Liu TT, Hsiao KJ, Park HS, Lee YS, Cheong JE, Choi SH; Chimpanzee Chromosome 22

Sequencing Consortium. Human versus chimpanzee chromosome-wide sequence comparison and

its evolutionary implication. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 2003; 68:455-460. *

2. Fukami-Kobayashi K, Tateno Y, Nishikawa K; Parallel evolution of ligand specificity between

LacI/GalR family repressors and periplasmic sugar-binding proteins. Molecular Biology and

Evolution 2003; 20: 267-277. *

3. Watanabe H, Fujiyama A, Hattori M, Taylor TD, Toyoda A, Kuroki Y, Noguchi H, BenKahla A,

Lehrach H, Sudbrak R, Kube M, Taenzer S, Galgoczy P, Platzer M, Scharfe M, Nordsiek G,

Blocker H, Hellmann I, Khaitovich P, Paabo S, Reinhardt R, Zheng HJ, Zhang XL, Zhu GF, Wang

BF, Fu G, Ren SX, Zhao GP, Chen Z, Lee YS, Cheong JE, Choi SH, Wu KM, Liu TT, Hsiao KJ,

Tsai SF, Kim CG, OOta S, Kitano T, Kohara Y, Saitou N, Park HS, Wang SY, Yaspo ML, Sakaki

Y; DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22. Nature. 2004 May

27; 429(6990): 382-388. *

研究発表（誌上発表）

Ⅱ .リソース情報技術開発事業

　国内外の複数の保存機関が独立に管理運用している各リソースのデータベースを統合し、所

在情報が一元的に検索できるシステムを国立遺伝学研究所などと協力して開発している。これ

は、有用なリソースが容易に取りこぼしなく検索され、同時にその付随情報が提供されること

で、研究者によるリソース利用の促進を図

るのが第一のねらいである。また統合の過

程で得られた情報（整合性など）のフィー

ドバックにより、各データベースの情報の

質が高まる効用がある。さらに、バイオリ

ソースに関する多種多様な情報を一元的に

見渡せるようになるため、それらから生物

学的に有意義な情報を抽出することが容易

となる。これらは、研究の無駄を省き、研

究の促進に役立つ。現在、マウスとシロイ

ヌナズナの統合データベースシステム開発

の準備を行っている。

BRC Annual Report2003~2004

情報解析技術室Bioresource Information Division

　98

4. Kashiwagi K, Fukami-Kobayashi K, Shiba K, Nishikawa K; Construction and characterization of

chimeric proteins composed of type-1 and type-2 periplasmic binding proteins MglB and ArgT.

Biosci Biotechnol Biochem. 2004; 68(4): 808-813. *

5. Imanishi T, Itoh T, Suzuki Y, O'Donovan C, Fukuchi S, Koyanagi KO, Barrero RA, Tamura T,

Yamaguchi-Kabata Y, Tanino M, Yura K, Miyazaki S, Ikeo K, Homma K, Kasprzyk A, Nishikawa

T, Hirakawa M, Thierry-Mieg J, Thierry-Mieg D, Ashurst J, Jia L, Nakao M, Thomas MA,

Mulder N, Karavidopoulou Y, Jin L, Kim S, Yasuda T, Lenhard B, Eveno E, Suzuki Y, Yamasaki

C, Takeda J, Gough C, Hilton P, Fujii Y, Sakai H, Tanaka S, Amid C, Bellgard M, Bonaldo Mde

F, Bono H, Bromberg SK, Brookes AJ, Bruford E, Carninci P, Chelala C, Couillault C, de Souza

SJ, Debily MA, Devignes MD, Dubchak I, Endo T, Estreicher A, Eyras E, Fukami-Kobayashi

K, Gopinath GR, Graudens E, Hahn Y, Han M, Han ZG, Hanada K, Hanaoka H, Harada E,

Hashimoto K, Hinz U, Hirai M, Hishiki T, Hopkinson I, Imbeaud S, Inoko H, Kanapin A, Kaneko

Y, Kasukawa T, Kelso J, Kersey P, Kikuno R, Kimura K, Korn B, Kuryshev V, Makalowska I,

Makino T, Mano S, Mariage-Samson R, Mashima J, Matsuda H, Mewes HW, Minoshima S,

Nagai K, Nagasaki H, Nagata N, Nigam R, Ogasawara O, Ohara O, Ohtsubo M, Okada N, Okido

T, OOta S, Ota M, Ota T, Otsuki T, Piatier-Tonneau D, Poustka A, Ren SX, Saitou N, Sakai

K, Sakamoto S, Sakate R, Schupp I, Servant F, Sherry S, Shiba R, Shimizu N, Shimoyama M,

Simpson AJ, Soares B, Steward C, Suwa M, Suzuki M, Takahashi A, Tamiya G, Tanaka H, Taylor

T, Terwilliger JD, Unneberg P, Veeramachaneni V, Watanabe S, Wilming L, Yasuda N, Yoo HS,

Stodolsky M, Makalowski W, Go M, Nakai K, Takagi T, Kanehisa M, Sakaki Y, Quackenbush J,

Okazaki Y, Hayashizaki Y, Hide W, Chakraborty R, Nishikawa K, Sugawara H, Tateno Y, Chen

Z, Oishi M, Tonellato P, Apweiler R, Okubo K, Wagner L, Wiemann S, Strausberg RL, Isogai

T, Auffray C, Nomura N, Gojobori T, Sugano S; Integrative annotation of 21,037 human genes

validated by full-length cDNA clones. PLoS Biol. 2004 Jun; 2(6):856-875. *

（総説）

1. 深海 -小林 薫（分担執筆）：『バイオインフォマティクスがわかる』　菅原秀明　編（羊土社）

　第２章「配列の整列（アライメント）」　27-34 (2003)

2. 太田　聡史：「ゲノムからみたヒトとチンパンジー・何がヒトとチンパンジーを分け隔てた

のか？」、生物の科学・遺伝、裳華房（印刷中）．

（レクチャーノート）

1. 太田　聡史：「分子進化系統樹作製法と生物情報学への応用」、「数学者のための分子生物学

入門・新しい数学を造ろう」、2003年、No. 2:75-85、京都大学大学院理学研究科数学教室．

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研究発表（学会発表）（国内会議）1. 福地佐斗志、深海 -小林薫：“GTOP：ゲノム規模立体構造予測とその応用研究 ”、第３回タ

ンパク質科学会、札幌、６月（2003）

2. 太 田 聡 史："Detection of positive Darwinian selection in human chromosome 21 by using

chimpanzee chromosome 22"、日本遺伝学会第 75回大会、仙台、９月（2003）

3. 深海薫、西川建：“タンパク質ドメインの組み合わせの違いによる原核生物の系統分類 ”、

日本遺伝学会第 75回大会、仙台、９月（2003）

4. Setsuko Mise-Omata, Shigeru Iwase, Nathan Mise, Yuichi Obata, Takahiro Doi.: "The strong

reduction of PTEN expression by a specific RNA interference induced loss of adhesion of the

cells."、 第 57回日本細胞生物学会総会、大阪、5月　(2004)

5. 飯村恵美、吉野佳織、岩瀬秀、西條薫、中村幸夫：“ヒト由来培養細胞株の STR解析 ”、第

7回分子生物学会、神戸、12月　(2004)

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