Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности...
DESCRIPTION
Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ. Център по Молекулна Медицина, МУ - София. Микрочипове. Център по Молекулна Медицина, МУ - София. Само предметно стъкло или?. Проби (олигонуклеотиди, cDNA, антитела). Повърхност, покрита с т.нар. “spots”. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
Човешкият геном върху предметно стъкло -
възможности на микрочиповия анализ
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Микрочипове
Само предметно стъкло или?
Проби (олигонуклеотиди, cDNA, антитела)
Микрочип (предметно стъкло)
Повърхност, покрита с т.нар. “spots”
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Southern blot с микро-размери
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Малко история...
Макрочип – средата на 80-те години на 20 век
- найлонова мембрана- 2000 гена
1991г. – фотолитографско принтиране (Affymetrix)
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
1995г. – Количествено определяне на генната експресия с чипове1996г. - Започва продажбата на чипове (Affymetrix)1997г. – Анализ на генната експресия при дрожди (S. cerevisiae)2000г. – Анализ на тумори2003г. – Въвеждане в клиничната практика2004г. – Целият човешки геном на един микрочип
Малко история...
Публикации в PubMed
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Видове микрочипове
ДНК – олигонуклеотиди
РНК – cDNA
Белтък - антитела YYY
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Affymetrix Agilent NimbleGen Illumina
Платформи
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Affymetrix
Проби – 25 нд. (синтез in situ) По-голям брой проби за един ген Оцветяване – стрептавидин-фикоеритин 250 нг. ДНК 1М
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Agilent
Проби – 60 нд. (printed/spotted array) Оцветяване – Cy-3, Cy-5 500 нг. ДНК 1М
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
NimbleGen
Проби – 60 нд. Оцветяване – Cy-3, Cy-5500 нг. ДНК4.2М
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Illumina
Проби – 50 нд. (beads array)Оцветяване – streptavidin-Cy-3750 нг. ДНК1М
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Biotin labeled cDNA
aCGH (array Comparative Genomic Hybridization)
- определяне на геномни амплификации/ делеции
- сравнение с контролна ДНК
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
2. ДНК белязване – Cy3, Cy5
3. Хибридизация, промиване
array CGH - стъпки
проба контрола
1. Изолиране на ДНК от проба и контрола
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Agilent - белязване
цианини
550 nm
650 nm
озон
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Array spot
Labelled DNA
Hybridize
Wash, Scan
R G Colour display
Hybridize
Wash, Scan
Hybridize
Wash, Scan
Agilent - белязване
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Hybridize
Wash, Scan
4. Сканиране – Tiff файл
array CGH - стъпки
5. Анализ на резултатите - Feature Extraction software – Tiff - Txt
- Genomic Workbench
- GeneSpring
- CytoSure…
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Agilent
aCGH - сканиране
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Приложения
CNV (copy number variations)
SNP (single nucleotide polymorphisms)
Methylation
Protein-DNA interaction
Gene expression
miRNA expression
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Център по Молекулна Медицина, МУ - София