Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей
TRANSCRIPT
![Page 1: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/1.jpg)
MirOB:
инструмент анализа генных сетей для
решения задач персонализированной
медицины
http://mirob.interactome.ru
![Page 2: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/2.jpg)
![Page 3: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/3.jpg)
Визуализция данных
![Page 4: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/4.jpg)
Вначале была база данных
![Page 5: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/5.jpg)
Надо бы это все визуализировать
![Page 6: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/6.jpg)
Генная сеть TP53 на GraphViz
![Page 7: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/7.jpg)
Много статичной и однородной
информации на одном экране.
Что делать?
![Page 8: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/8.jpg)
Создали графическую и цветовую нотацию:
![Page 9: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/9.jpg)
Опять инфохаос
![Page 10: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/10.jpg)
Связали Ген-РНК-Белок-микроРНК в единые сущности
![Page 11: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/11.jpg)
А что будет, если использовать открытые базы?
данных?ç
![Page 12: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/12.jpg)
Еще улучшили графическую нотацию
![Page 13: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/13.jpg)
Информация об узле Информация о ребре
![Page 14: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/14.jpg)
Информация о генной сети
![Page 15: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/15.jpg)
![Page 16: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/16.jpg)
Все равно все очень сложно и непонятно.
![Page 17: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/17.jpg)
Фильтры
Планируем добавить фильтры:
● Тканевая специфичность
● Cut-off по уровням экспрессии
● По сигнальным каскадам
● Другие
![Page 18: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/18.jpg)
Колоректальный рак
![Page 19: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/19.jpg)
Gene Ontology?
![Page 20: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/20.jpg)
MirOB Ontology!
![Page 21: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/21.jpg)
Cisplatin resistance gene network
![Page 22: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/22.jpg)
![Page 23: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/23.jpg)
Диаграмма уровней экспрессии микроРНК
![Page 24: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/24.jpg)
Случайно уронили SNPPer
![Page 25: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/25.jpg)
Лекартсва, действующие на мишени
![Page 26: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/26.jpg)
MirOB -- инструмент анализа генных сетей
http://mirob.interactome.ru
![Page 27: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/27.jpg)
Что дальше
● Динамическая визуализация генных сетей
● Градации по экспрессионным уровням на генной сети
● Анализ “сырых” данных NGS в облаке
● GWAS анализ
● База данных генных сетей для совместного обсуждения
● Распределенные вычисления
Полноценный workflow от загрузки любых данных, до
понятного отчета.
![Page 28: Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022020116/55a763601a28ab3f058b4677/html5/thumbnails/28.jpg)
Александр Фокин, CEO MirOB
http://mirob.interactome.ru
+7 910 452 44 84