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  • Josef Ingenerf

    Institut für Medizinische Informatik Universität zu Lübeck

    SNOMED CT SNOMED CT -- EinfEinfüührunghrung

    52. GMDS-Jahrestagung, 17.-19.9.2007, Augsburg

    Montag, 17.9.2007, 14:00-17:00 Uhr, Kongresshalle Augsburg

  • Ingenerf, Lübeck (2)

    Inhalte

    � Einführung, Motivation

    � SNOMED CT: formal definierte Terminologie

    � Hinweise

  • Ingenerf, Lübeck (3)

    Klassifikation und Terminologien

  • Ingenerf, Lübeck (4)

    Standardisierung auf verschiedenen Abstraktionsniveaus

    Freitext

    Statistische Klassifikation

    (~ 103-104 Klassen)

    z.B. ICD-10, OPS, ...

    Fall- gruppen- system

    (~ 101-102 Gruppen)

    z.B. DRGs, ...

    Kompositionelle Referenzterminologie

    (~ 105-106 Konzepte/Termini)

    z.B. SNOMED-CT, GALEN, ...

    Wiederverwenden,Wiederverwenden, semantischesemantische

    InteroperabilitInteroperabilitäätt

    ZweckgebundenesZweckgebundenes Aggregieren,Aggregieren, VergleichenVergleichen

    DeduktionDeduktion

    ZZäählenhlen

  • Ingenerf, Lübeck (5)

    Elektronische Dokumentation und Kommunikation Elektronische Dokumentation und Kommunikation

    K25.9 V

    N95.1

    ICDICD--1010

    Klimonorm ® Tabl.üb., 21St

    Arznei

    Verd. Magenulkus

    4075012Klimakterische Kopfschmerzen

    PZNPZNDiagnose

    eGK

    Semantische InteroperabilitSemantische Interoperabilitäätt

    T88.7T88.7

    E14.90 Aspirin ® 20St 0078597

    Penicillinallergie

    Diabetes Mellitus

    Patient 123

    Maschinelle Interpretation von Codes.

    Style

    Sheets

    Menschliche Interpretation von Text.

    Konventionelle Dokumentation und KommunikationKonventionelle Dokumentation und Kommunikation

    "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf MagengeschwMagengeschwMagengeschwMagengeschwüüüür erfolgt stationr erfolgt stationr erfolgt stationr erfolgt stationääääre re re re ÜÜÜÜberweisung." berweisung." berweisung." berweisung."

    Einrichtung A Einrichtung BAustausch und Wiederverwendung von PatientendatenAustausch und Wiederverwendung von Patientendaten

    Bei Risiken und

    Nebenwirkungen

    fragen SieArztbrief

    Zacpac ® Kombip.,1P (12647061264706)

    Medication

    Gastric ulcer, caused by Helicobacter-Infection (K25.9, B96.81!)

    Finding

    Patient 123

    Daten-

    integration

    PatientendatenPatientendaten

    Antibiotikum- Komb.präparat

    12647061264706A02B D04A02B D04

    0078597

    4075012

    PZN

    AnalgetikumN02B A01

    HormonpräparatG03F B09

    TextATC … IF DIAG = PenizillinPenizillin--AllergieAllergie

    AND ARZNEI = BetalactameBetalactame THEN

    Warnung. => ICD ist zu grob.

    T88.7T88.7 = Nicht näher bezeichn. unerwünschte Nebenwirkung eines Arzneimittels

    A02B A02B D04 = Mittel Mittel bei peptischem Ulkus (inkl. H.pylori)

    => ATC ist zu grob.

    für Diagnosen:

    AntibiotikaAntibiotika

    für Arzneien:

    OrdnungssystemOrdnungssystem ArzneimitteldatenArzneimitteldaten

    Medizinisches WissenMedizinisches Wissen OrdnungssystemOrdnungssystem

  • Ingenerf, Lübeck (6)

    Funktionsweise von Klassifikationen Klassifikationen teilen eine Grundgesamtheit durch fort- schreitende Unterteilung vom Allgemeinen zum Besonderen!

    z.B. Krankheiten

    K25.9 ca. 12.000 Klassen (Klassifikationen)

    Ulkus ventriculi, n.n.bez.

  • Ingenerf, Lübeck (7)

    Ausdrucksschwäche von Klassifikationen

    z.B. Krankheiten

    K25.9 ca. 12.000 Klassen (Klassifikationen)

    Ulkus ventriculi, n.n.bez.

    Magengeschwür, Ulcus ventriculi, Ulcus ad pylorum, Ulcus pyloricum, Ulcus praepyloricum, Ulcus pepticum ventriculi, Ulcus pepticum des Pylorus, Ulcus pepticum des Magens, Ulcus callosum ventriculi, Antrumerosion, Magenulkus, Magenschleimhauterosion, Magen- schleimhautdefekt, Magenwanddefekt, Magenerosion, …

    ca. 350.000 Begriffe (Terminologien)

  • Ingenerf, Lübeck (8)

    akute Entzündung der linken Niere

    akute Lungen- entzündung

    akute, diffuse Entzündung der linken Niere

    akute, diffuse Streptokokken- Entzündung der linken Niere

    Tuberkulose

    Ausdrucksstärke von Terminologien

    Geschwüre (Entzündungen, Tumore, …)

    Verlauf - akut - subakut - chronisch

    Topographie - Hirnhaut - Hals - Niere - Lunge - ...

    Seitigkeit - links - rechts - beidseitig

    Ausbreitung - focal - multifocal - diffus

    Ätiologie - Bakterien

    - Streptokokken ...

    - Virus - Adenoviren - Tuberkulosis V. ...akute Entzündunglinke Niere

    Terminologien zerlegen Ausdrücke in ihre Bedeutungsbestandteile und rekonstruieren die Gesamtbedeutung mit einer Grammatik.

    Systematized Nomenclature of Medicine, Clinical Terms (SNOMED CT)

  • Ingenerf, Lübeck (9)

    Inhalte

    � Einführung, Motivation

    � SNOMED CT: formal definierte Terminologie

    � Hinweise

  • Ingenerf, Lübeck (10)

    SNOMED: Historie, siehe „http://www.snomed.org“ 1965 SNOP: Systematized Nomenclature of Pathology

    1974 SNOMED: Systematized Nomenclature of Medicine, N = 44.587 terms

    1979 SNOMEDII: Erweiterung

    1984 SNOMED II: Deutsche Übersetzung und Erweiterung N = 80.000 terms (Prof.Wingert, jetzt ID GmbH)

    1993 SNOMED III: SNOMED International, N = 130.580 terms

    1998 SNOMED® RT™: SNOMED Reference Terminology (Release 1.0 Nov 2000, Release 1.1 July 2001)

    2002 SNOMED®CT™: SNOMED Clinical Terms, Merger of SNOMED RT and Clinical Terms V.3 (the Read Codes) N = 350.000 Concepts, 800,000 Terms, >1 Mio. Relationships

    2004 included in 2004AA UMLS-Metathesaurus.

    2007 Gründung der IHTSDO (International Health Terminology SDO)

  • Ingenerf, Lübeck (11)

    IHTSDO: Neue SNOMED CT SDO

  • Ingenerf, Lübeck (12)

    Verfügbare Orginal-Datenbestände über UMLS

  • Ingenerf, Lübeck (13)

    Active Concepts

    Die Kategorie 1 "Clinical finding" enthält "Disorders" und die Kategorie 5 "Body structures" enthält "Morphological abnormalities" als Unterkategorien.

    SNOMED CT: Übersicht

  • Ingenerf, Lübeck (14)

    Definieren statt hierarchisieren !

    2) Wertrestriktion z.B. Magengeschwür = Geschwür hatLOK Magen

    0) Primitive Subsumption, d.h. manuell hierarchisieren z.B. Magen isa Organ, Geschwür isa Krankheit

    1) Explizite Kriterien, d.h. "Relation Wert"-Paare, z.B. Organkrankheit = Krankheit hatLOK Organ => Organkrankheit isa Krankheit

    3) Berücksichtigung der transitiven partitativen Relation z.B. Pylorusgeschwür = Geschwür hatLOK Pylorus

    mit: Pylorus part-of Magen

    => Pylorusgeschwür isa Magengeschwür

    mit 0)

    => Magengeschwür isa Organkrankheit

    4) notwendiges Wissen (GCI: general concept inclusions) z.B. Geschwür hatLOK Magen isa Geschwür hatLOK Magenschleimhaut

  • Ingenerf, Lübeck (15)

  • Ingenerf, Lübeck (16)

    SNOMED CT: Beispiel (Definieren statt hierarchisieren)

    ⇒ Die Begriffshierarchie wird rechnergestützt deduziert.

  • 1789662003 Helicobacter-assoziiertes pylorisches

    Ulkus

    128070006 infektiöse Krankheiten des

    Abdomens

    302292003 Befund der Strukturen des Rumpfes

    301857004 Befund der Körperregionen

    118234003 Befund nach Lokalisation

    404684003 klinischer Befund

    138875005 SNOMED CT-Begriff

    123946008 Erkrankung nach Lokalisation

    64572001 Krankheit

    40733004 Infektionskrankheit

    312121001 bakterielle Infektionskrankheit des

    Magen-Darm-Trakts

    386618008 Befund des

    Gastrointestinaltraktes

    386617003 Befund des Verdauungssystems

    84410009 Erkrankung des Magen-Darm-

    Kanals

    53619000 Störung des Verdauungssystems

    362965005 Störung eines Körpersystems

    312129004 bakterielle Infektion des

    Magen-Darm-Trakts

    39204006 pylorusnahes

    Magengeschwür

    397825006 Ulcus ventriculi

    6185008 in Verbindung mit Helicobacter

    stehende Krankheit

    408638001 Erkrankung, hervorgerufen durch einen

    gramnegativen Bazillus

    … ……

  • Ingenerf, Lübeck (18)

    Verwendung von SNOMED CT Kodes in HL7-CDA

    History of Present Illness Henry Levin, the 7 this a 67 year old male complaining of disabling

    osteoarthritis of the right knee.

    codeSystem="2.16.840.1.113883.6.96" displayName="finding site"/>

    codeSystem="2.16.840.1.113883.6.96" displayName="right knee"/>

  • Ingenerf, Lübeck (19)

    Strukturierte Befundeingabe

    Pat

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