rapd nenas

13
Laporan Praktikum Genetika Molekuler KARAKTERISASI Ananas comosus (L.) Merr. BERBASIS MARKA RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) Oleh: MUHAMMAD NUR KHOLIS P051120071 PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR TAHUN 2012

Upload: kholis87

Post on 30-Dec-2014

196 views

Category:

Documents


24 download

DESCRIPTION

Teknik analisis diversitas genetik

TRANSCRIPT

Page 1: Rapd Nenas

0

Laporan Praktikum Genetika Molekuler

KARAKTERISASI Ananas comosus (L.) Merr. BERBASIS MARKA RAPD

(Random Amplification of Polymorphic DNA)

Oleh:

MUHAMMAD NUR KHOLIS

P051120071

PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

TAHUN 2012

Page 2: Rapd Nenas

1

Laporan Praktikum Genetika Molekuler

KARAKTERISASI Ananas comosus (L.) Merr. BERBASIS MARKA RAPD

(Random Amplification of Polymorphic DNA)

I. PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG

DNA tanaman, seperti halnya DNA pada eukariotik yang lain merupakan DNA

linier dengan ukuran yang bervariasi pada tiap jenis tanaman. DNA tanaman

mengandung gen-gen yang essensial bagi pertumbuhan dan kelangsungan hidup individu

tanaman yang bersangkutan. Oleh karena itu, berbagai teknik molekuler telah

dikembnagkan untuk memperoleh DNA tanaman agar dapat digunakan untuk lebih dapat

memehami karakter biologis darai suatu tanaman dari sudut pandang genetis.

Isolasi DNA buah nanas merupakan salah satu upaya untuk mengetahui berbagai

kultivar tanaman nanas yang ada di Indonesia. Tanaman nanas yang tumbuh di Indonesia

sangat beragam. Keragaman ini merupakan sumber plasma nutfah yang besar manfaatnya

terhadap program pemulian tanaman nanas yang akan menghasilkan jenis tanaman nanas

dengan kualitas buah yang tinggi. Karakter nanas yang dilakukan berdasarkan diskripsi

morfologi sperti ang telah dilakukan oleh Irfandi (2005) dapat terjadi kesalahan karena

deskripsi tersebut dipengaruhi oleh lingkungan dan pertimbangan manusia selain analisis

secara morfologi dapat dianalisis karakter isozym dari berbagai jenis nanan (Hadiati dan

Sukmadjaja, 2002). Namun karakter tersebut kurang dapat menggambarkan kondisi

sebenarnya dari berbagai jenis nanas sehingga program pemuliaan yang hanya didasarkan

pada karakter morfologi ataupun isozym akan didapatkan jenis tanaman nanas yang

kurang maksimal.

Salah satu pendekatan yang dapat dilakukan adalah pendekatan secara molekular

yaitu analisis berbasis marka molekular. Salah satu marka yang dapat digunakan untuk

menganalisis karakter genetik hubungan kekerabatan adalah marka RAPD (Random

Amplified Polymorphic DNA). Metode RAPD merupakan kombinasi teknik PCR

menggunakan primer-primer dengan sekuen acak untuk keperluan amplifikasi lokus acak

dari genom (Rafalski et al., 1991). Teknik ini digunakan untuk mengidentifikasi genotipe

Page 3: Rapd Nenas

2

tumbuhan, karena memiliki kelebihan dalam pelaksanaan dan analisisnya.

Dibandingkan dengan penanda DNA yang lain, seperti restriction fragment length

polymorphisms (RFLP) dan simple sequence repeats(SSR), teknik RAPD lebih murah,

mudah dilakukan, cepat memberikan hasil, menghasilkan polimorfisme pita DNA dalam

jumlah banyak, tidak memerlukan pengetahuan tentang latar belakang genom yang

dianalisis dan mudah memperoleh primer acak yang diperlukan untuk menganalisis

genom semua jenis organisme (Tingey et al., 1994 dalam Poerba and Martanti, 2008).

Teknik ini telah digunakan untuk menganalisis hubungan kekerabatan berbagai jenis

Cucumis sativus L. (Julisaniah et.al., 2008), kerabatan Durio zibethinus (Ruwaida et.al.,

2009), dan Camellia (Wang et.al.,2011)

B. TUJUAN

Tujuan dari praktikum kali ini adalah untuk mengisolasi DNA tanaman nanas

(Ananas comosus (L.) Merr.) serta mengetahui karakter molekular berbagai jenis

berdasarkan marka marka RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA).

II. METODOLOGI

A. Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilakukan di Laboratorium Biorin Pusat Antar Universitas Institut

Pertanian Bogor pada tanggal 11 dan 18 September 2012.

B. Alat dan Bahan

Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain : Alat pemusing

(centrifuge) berpendingin (refrigerated), microfuge (5.000 x g), pengocok (Shaker) 37 oC,

tabung reaksi atau erlenmeyer, Eppendorff, Mikropipet ( P2, P20, P200 dan P 1000),

PCR tube, PCR-rak water-bath, elenmeyer, pemanas (microwave), seperangkat alat

elektroforesis, gel doc uv transiluminator dan Thermocycler ABI-Biosystem.

Bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini terdiri dari 7 jenis jenis

tanaman nanas (Ananas comosus (L.) Merr.) yang berasal dari Ps. Bioteknologi

Laboratorium Biorin PAU IPB, CTAB, 0.2 % mercapto etanol,2 % PVP

Page 4: Rapd Nenas

3

(polyvinylpyrrolidone) , Cloroform Isoamilalkohol (C:I;24:1), PCI (Phenol Cloroform

Isoamilalkohol (P:C:I;25:24:1), 2 M NaOH pH 5.2 , EtOH 10% , EtOH 70%, ddH2O

,RNAse , Buffer TAE 1X (Tris HCl pH 8.3, Asam Asetat Pekat 0.99 M, EDTA 50mM),

Loading dye Bromphenol biru dan Ethidium Bromida.

C. Cara Kerja

1. Isolasi DNA Genom Tanaman

Sebanyak 0.1 gr daun digerus dengan bantuan nitrogen cair dengan menggunakan

mortar sampai sampel berbentuk serbuk putih. Sampel dimasukkan kedalam 600 µl

CTAB 0.2 % mercapto etanol 2 % PVP (polyvinylpyrrolidone) dan diinkubasi pada suhu

65oC selama 15 menit. Sampel didinginkan pada es selama 10 menit. Ditambahkan

Cloroform Isoamilalkohol (C:I;24:1) kemudian tabung eppendorf dibolak-balik secara

perlahan. Sampel disentrifugasi pada 10.000 rpm 4oC selama 10 menit. Supernatan

diambil dan ditambahkan 600 µl PCI (Phenol Cloroform Isoamilalkohol (P:C:I;25:24:1)

kemudian dibolak-balik secara perlahan. Sampel disentrifugasi pada 10.000 rpm 4oC

selama 10 menit. Supernatan diambil dan ditambahkan 0.1 vol 2 M NaOH pH 5.2 dan 2

vol EtOH 10% kemudian disimpan dalam freezer selama 30 menit. Sampel disentrifugasi

pada 10.000 rpm 4oC selama 15 menit. Pellet diambil dan ditambahkan EtOH 70%.

Sampel disentrifugasi pada 10.000 rpm 4oC selama 5 menit. Pellet diambil dan divakum

selama 10 menit. Ditambahkan 15 µl ddH2O dan 0.2 vol RNAse kemudian dinkubasi

pada suhu 37 4oC selama 10 menit. RNAase diinaktifkan dengan pemanasan pada suhu

70oC selama 10 menit. Hasil isolasi DNA dicek dengan menggunakan elektroforesis.

2. Analisis Marka RAPD

Analisis RAPD dibuat dengan volume 10 µl reaksi PCR yang mengandung ±

100 µg DNA dari setiap jenis nanas, 0.2 µl primer DNA, 1 µl 2mM dNTP, 5 Unit (0.2

µl) Taq polimerase 10x buffer PCR, 6.3 µl ddH2O. Primer OPA 2, OPA 3 dan OPA 4

dari Operon Technologies (Alameda, CA) digunakan dalam percobaan ini. Reaksi

amplifikasi DNA dilakukan menggunakan Perkin Thermocycler ABI-Biosystem.

Program PCR terdiri dari 1 siklus pada 94°C selama 5 menit (PreDenaturasi); 40 siklus

pada: 94°C selama 1 menit (Denaturasi), 32°C selama 3 menit (Annealing), 72°C

Page 5: Rapd Nenas

4

selama 2 menit (Ekstension); 1 siklus pada 72°C selama 7 menit (Postekstension);

diakhiri dengan inkubasi pada 25°C. Produk PCR kemudian dielektoforesis dengan

agarose 1% (Promega) dan divisualisasikan di atas UV transilumimator kemudian

didokumetasikan dengan alat Geldoc.

3. Analisis

Polimorfisme dari pola pita yang terbentuk diukur kemiripan genetiknya

berdasarkan ada tidaknya pita. Rumus kemiripan genetik yang digunakan adalah

kemiripan genetik Dice. Klasterisasi dilakukan dengan Unweighted Pair Group With

Arithmatic Mean (UPGMA) yang dihitung melalui SHAN pada program NTSYSpc

version 2.0.

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Isolasi DNA

DNA berbagai jenis nanas diisolasi dengan menggunakan campuran metode

nitrogen cair dan metode PCI (Phenol:Clroroform:Isoamilalkohol). Daun nanas

ditimbang 0,1 gr dan dipilih yang paling muda, hal ini dimaksudkan agar didapatkan sel

yang masih muda sehingga DNA akan mudah untuk diisolasi. Daun kemudian

dihancurkan dengan nitrogen cair sampai berubah menjadi bubuk. Fungsinya adalah

untuk mempermudah penggerusan dan menjaga agar DNA tidak mengalami kerusakan.

Hal ini dilakukan sampai didapatkan daun tanaman nanas yang telah hancur menjadi

bubuk. Selanjutnya dilakukan penambahan buffer ekstrak berupa CTAB 0.2%

mercaptoetanol 2% PVP (polyvinylpyrrolidone) yang berfungsi untuk melisiskan

membran sel dan membran fosfolipid bilayer. Kemudian dilakukan inkubasi pada suhu

65oC yang berfunngsi untuk optimasi kerja buffer ekstrak. Selanjutnya ditambahkan

Cloroform Isoamilalkohol (CI;24;1) dan dibolak-balik secara perlahan. Selanjutnya

dilakukan sentrifugasi sampel dengan kecepatan 10000 rpm pada suhu 4 oC selama 10

menit. hal ini dilakukan untuk memisahkan debris dan komponen sel lain yang menjadi

pengotor dengan DNA. Hasilnya didapatkan bahwa supernatan berwarna hijau sedangkan

pelet berwarna putih kehijauan.

Page 6: Rapd Nenas

5

Supernatan yang telah diperoleh selanjutnya diambil dan ditambahkan dengan

larutan Phenol:Chloroform:Isolamyl Alkohol (PCI;25:24:1). Hal ini dilakukan untuk

mengekstraksi DNA dari kontaminan. Fenol merupakan pelarut organik yang dapat

melarutkan protein, lipid dan molekul lain seperti polisakarida sehingga diharapkan akan

didapatkan supernatan yang berisi DNA bebas kontaminan. Setelah dicampur, campuran

tersebut dibolak-balikkan perlahan untuk optimalisasi homogen. Selanjutnya dilakukan

sentrifugasi dengan PCI tersebut dengan kecepatan 10000 rpm pada suhu 4 oC selama 10

menit. Hasil yang didapatkan adalah supernatan dan pelet yang berada pada tiga lapisan

lapisan atas berwarna hijau jernih, lapisan tengah berwarna hijau keruh dan pelet yang

berwarna hijau tua. Kemudian diambil supernatan, yang perlu diperhatikan jangan sampai

ikut diambil bagian yang lain karena dikhawatirkan akan menghambat kerja enzim lain

yang digunakan untuk analisis lebih lanjut.

Presipitasi DNA dilakukan dengan penambahan 2M NaOH dan EtOH 10 % untuk

menghilangkan phenol maupun kontaminan lain. Untuk optipasi presipitasi, diinkubasi

pada frezer. Kemudian setelah presipitasi dilakukan sentrifugasi 10000 rpm pada suhu 4

oC selama 15 menit untuk mendapatkan pelet. Pelet dipresipitasi ulang dengan

penambahan EtOH 70% untuk membersihkan kembali kontaminan yang masih tersisa.

Kemudian dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm pada suhu 4 oC selama 5

menit sampai didapatkan pelet kembali. Pelet yang didapatkan kemudian dikering

anginkan dan di vakum untuk menghilangkan EtOH yang masih tersisa kemudian untuk

pengenceran DNA pelet di encerkan dengan ddH2O. Untuk menghilangkan RNA

digunakan RNAse yang dinkubasi pada suhu 37oC selama 10 menit dan untuk meng

inaktifkan RNAse diinkubasi ulang pada suhu 70oC selama 10 menit. DNA hasil isolasi

kemudian di elektroforesis pada tegangan 100 volt selama 30 menit untuk mengetahui

kualitas DNA yang dihasilkan dari proses isolasi tersebut. Hasil isolasi DNA tergantung

dari tahapan proses isolasi mulai dari preparsi, lisis sel dan presipitasi DNA, jika dalam

tahapan itu ada kekeliruan akan mengakibatkan hasil isolasi yang didapatkan juga

kurang maksimal sehingga untuk anallisis lebih lanjut juga tidak maksimal. Hasil isolasi

DNA didapatkan band DNA yang diingikan.

Page 7: Rapd Nenas

6

B. Analisis RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA)

Analisis RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) merupakan analisis

marka molekular yang berbasis pada PCR (Polmeration Chain Reaction). PCR adalah

suatu metode in vitro yang digunakan untuk mensintesis sekuens tertentu DNA dengan

menggunakan dua primer oligonukleotida yang menghibridisasi pita yang berlawanan

dan mengapit dua target DNA. Pada dasarnya reaksi PCR adalah tiruan dari proses

replikasi DNA in vivo, yaitu dengan adanya pembukaan rantai DNA (denaturasi) utas

ganda, penempelan primer (annealing) dan perpanjangan rantai DNA baru (extension)

oleh DNA polimerase dari arah terminal 5’ ke 3’. Hanya saja pada teknik PCR tidak

menggunakan enzim ligase dan primer RNA. Secara singkat, teknik PCR dilakukan

dengan cara mencampurkan sampel DNA dengan primer oligonukleotida,

deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), enzim termostabil Taq DNA polimerase dalam

larutan DNA yang sesuai, kemudian menaikkan dan menurunkan suhu campuran secara

berulang beberapa puluh siklus sampai diperoleh jumlah sekuens DNA yang diinginkan

(Brown, 2002).

Teknik RAPD merupakan suatu cara untuk menganalisis variabilitas genetik

melalui amplifikasi genom suatu tanaman dengan menggunkan primer acak tunggal.

variabilitas genetik tanaman dilihat berdasarkan polimorfisme pita DNA yang berhasil

diamplifikasi. Prinsip dasar RAPD adalah komplementasi urutan basa primer dengan

urutan basa cetakan. jika terdapat adanya komplementasi urutan basa antara primer dan

DNA template (cetakan), maka akan menempel pada kedua ujung 3’OH utas DNA

cetakan. Apabila kedua situs penempelan primer berada dalam jarak yang dapat

diamplifikasi, maka produk PCR akan diperoleh berupa fragmen atau pita DNA (Tingey

et.al., 1992). Pada praktikum kali ini digunakan 3 jenis primer aitu OPA 2, OPA 3 dan

OPA 4.

Tabel 1. Karakteristik Primer pada Analisis RAPD

NO Primer code Sequnce (5’-3’) BM (bp)

1 OPA-2 CAGGCCCTTC 2964

2 OPA-3 TGCCGAGCTG 3044

3 OPA-4 AGTCAGCCAC 2997

(Talebi et.al., 2011)

Page 8: Rapd Nenas

7

Gambar 1. Hasil elektroforesis gel agarosa Amplifikasi DNA oleh Primer OPA-2

(M : Marka, 1 : DNA nanas kel. 1, 2 : DNA nanas kel. 2, 3 : DNA nanas

kel.3, 4 : DNA nanas kel.4, 5 : DNA nanas kel.5, 6 : DNA nanas kel.6, 7 :

DNA nanas kel.7, 8 : DNA nanas Kalimantan, 9: DNA nanas Makasar,

10:DNA nanas Irian)

Amplifikasi DNA genom dengan menggunakan primer OPA 2 (Gambar 1) dapat

teramplifikasi dengan baik karena menunjukkan adanya polimorfisme band DNA.

dengan jumlah total band DNA sebanyak 40 band. Namun variabilitasnya relatif sama

Pada kelompok 2 tidak didapatkan produk amplifikasi DNA , hal itu disebabkan karena

DNA memiliki konsentrasi DNA yang terlalu kecil dan banyaknya pengotor atau

kontaminan sehingga akan mengganggu proses amplifikasi. Dari visualisasi tersebut juga

dapat diketahui proses elektroforesis yang dilakukan kurang baik karena band DNA yang

dihasilkan tidak berada pada garis lurus

Page 9: Rapd Nenas

8

Gambar 2. Hasil elektroforesis gel agarosa Amplifikasi DNA oleh Primer OPA-3

(M : Marka, 1 : DNA nanas kel. 1, 2 : DNA nanas kel. 2, 3 : DNA nanas

kel.3, 4 : DNA nanas kel.4, 5 : DNA nanas kel.5, 6 : DNA nanas kel.6, 7 :

DNA nanas kel.7, 8 : DNA nanas Kalimantan, 9: DNA nanas Makasar,

10:DNA nanas Irian)

Hasil amplifikasi DNA genom dengan menggunakan primer OPA 3 didapatkan

jumlah band DNA paling banya bila dibandingkan amplifikasi yang dilakukan oleh OPA-

2 dan OPA-4 aitu sebanyak 49 band DNA. Jumlah DNA paling banyak terdapat pada

sampel nanas kelompok 6, sedangkan jumlah band DNA paling sedikit terdapat pada

kelompok 1. Sampel DNA kelompok 2 tidak mampu menghasilkan produk amplifikasi.

Hal ini dimungkinkan urutan basa nukleotida yang menusun primer tersebut tidak

komplemen dengan pasangan basa yang menusun sampel nanas. Gambar 2. juha

menjukkan adanya variabilitas yang tinggi bila dibandingkan dengan amplifikasi yang

dilakukan oleh OPA-2 dan OPA-4.

Page 10: Rapd Nenas

9

Gambar 3. Hasil elektroforesis gel agarosa Amplifikasi DNA oleh Primer OPA-4

(M : Marka, 1 : DNA nanas kel. 1, 2 : DNA nanas kel. 2, 3 : DNA nanas

kel.3, 4 : DNA nanas kel.4, 5 : DNA nanas kel.5, 6 : DNA nanas kel.6, 7 :

DNA nanas kel.7, 8 : DNA nanas Kalimantan, 9: DNA nanas Makasar,

10:DNA nanas Irian)

Gambar 3. merupaka hasil amplifikasi genom dengan menggunakan primer OPA

4, hasil amplifikasi didapatkan jumlah total band DNA paling kecil jika dibandingkan

dengan amplifikasi yang dilakukan olah OPA-2 dan OPA-3 aitu sebanyak 36 band DNA.

Letak band DNA dari seluruh sampel adalah sama, hal ini mennjukkan tidak ada

variabilitas polimorfisme band DNA yang dihasilkan dari amplifikasi oleh OPA-4.Hanya

sampel DNA kelompok 2 tidak dapat teramplifikasi dengan baik dengan tidak adanya

band DNA sama sekali, hal itu disebabkan karena DNA memiliki konsentrasi DNA yang

terlalu kecil dan banyaknya pengotor atau kontaminan sehingga akan mengganggu proses

amplifikasi karena proses amplifikasi DNA merupakan proses yang sangat sensitif.

Berikut merupakan tabel variabilitas hasil amplifikasi dengan menggunakan

primer OPA-2, OPA-3 dan OPA-4.

Page 11: Rapd Nenas

10

Tabel. 2 Variabilitas Amplifikasi DNA Genom Berbagai Jenis Nanas

dengan menggunakan Prmer OPA-2, OPA-3 dan OPA-4

Sampel OPA-2 OPA-3 OPA-4

D E F G H A B C D E F G H E F G H

Kel 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1

Kel 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Kel 3 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1

Kel 4 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1

Kel 5 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

Kel 6 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

Kel 7 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

Kalimantan 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1

Makasar 0 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1

Papua 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1

Ket : Scoring 1 : jika terdapat band DNA, Scoring 0 : jika tidak terdapat band DNA

Tabel diatas merupakan gambaran hasil amplifikasi oleh OPA-2, OPA-3 dan

OPA-4, OPA-3 mampu mengamplifikasi dengan jumlah total DNA polimorfisme paling

banyak bila dibandingkan amplifikasi yang dilakukan oleh OPA-2 dan OPA-4, hal ini

disebabkan karena basa urutan nukeotida yang menyusun primer memiliki tingkat

komplemen yang relatif besar.

Polimorfisme hasil amplifikasi oleh primer OPA-2, OPA-3 dan OPA-4 kemudian

kemiripan genetik yang digunakan adalah kemiripan genetik Dice dan klasterisasi

dilakukan dengan Unweighted Pair Group With Arithmatic Mean (UPGMA) yang

dihitung melalui SHAN pada program NTSYSpc version 2.0 (Gambar 4).

Page 12: Rapd Nenas

11

Gambar 4. Dendrogram analisis klustering berbagai jenis nanas dengan UPGMA

dengan Program NTSYSpc version 2.0 berdasar polimorfisme OPA-2,

OPA-3 dan OPA-4

Dari gambar dendogram diatas dapat diketahui 10 jenis nanas yang dianalisis

terbagi menjadi dua kluster besar yaitu Cluster A terdiri dari sampel nanas kelompok 1,

papua, makasar, kelompok 3, kalimantan dan sampel nanas kelompok 4 dan kelompok 4.

Cluster B yang terdiri dari sampel nanas kelompok 5 dan kelompok 6. Cluster A terbagi

menjad 2 yaitu cluster A.1 yang terdiri dari sampel nanas keelompok 1 dan makasar,

sedangkan cluster A.2 terdiri dari sampel nanas kelmpok 3, kalimantan, kelompok 7 dan

kelompok 4. Dendogram tersebut menunjukkan kekerabatan terdekat dari sampel nanas

yang digunakan adalah sampel nanas kelompok satu dengan papua dan sampel kelompol

3 dan kalimantan karena memiliki tingkat kesamaan paling besar dibanding dengan yang

lain. Dendogram tersebut dapat dijadikan sebagai dasar pemuliaan jenis nanas baru

dengan berdasar pada nilai kemiripan serta hubungan kekerabatan yaitu persilangan

dengan menggunakan jenis nanas yang memiliki kesamaan kecil dan hubungan

kekerabatan jauh. Sampel nanas kelompok 2 tidak dianalisis klustering karena tidak ada

produk amplifikasi polimorfisme OPA-2, OPA-3 dan OPA-4.

Page 13: Rapd Nenas

12

IV. KESIMPULAN

Sampel nanas yang dianalisis polimorfik berdasar amplifikasi OPA-2, OPA-3 dan

OPA-4, terbagi menjadi dua kluster besar yaitu Cluste A (t.d Cluster A.1 dan Cluster A.2

dan Cluster B. Sampel nanas kelompok satu dengan papua dan sampel kelompol 3 dan

kalimantan kekerabatan terdekat dari sampel nanas yang digunakan adalah karena

memiliki tingkat kesamaan paling besar dibanding dengan yang lain.

DAFTAR PUSTAKA

Hadiati S. dan Sukmadjaja D. 2002. Keragaman Pola Pita Beberapa Nenas Berdasarkan

Analisis Isozim. Jurnal Bioteknologi Pertanian 7 (2) : 62-70

Irfandi. 2005. Karakterisasi Morfologi Lima Populasi Nanas (Ananas comosus

(L.).Merr.). Skripsi. Program Studi Hortikultura Fakultas Pertanian IPB.

Julisaniah N.I., L. Sulistyowati and A. N. Sugiharto. 2008. Analisis Kekerabatan

Mentimun (Cucumis sativus L.) menggunakan Metode RAPD-PCR dan Isozim.

Biodiversitas 9 (2) : 99-102

Poerba Y.S. and D. Martanti. 2008. Keragaman Genetik berdasarkan Marka Random

Amplified Polymorphic DNA pada Amorphophallus muelleri Blume di Jawa.

Biodiversitas 9 (4) : 245-249

Rafalski, J.A., S.V. Tingey and J.G.K.Williams. 1991. RAPD markers-a new technology

for genetic mapping and plat breeding. AgBitech News and Information 3: 645-

648.

Ruwaida I.P., E. Yuniastuti and Supriyadi. 2009. Analisis Keragaman Tanaman Durian

Sukun (Durio zibethinus) Berdasarkan Penanda RAPD. Bioteknologi 6 (2): 96-

105.

Talebi E., M. Khademi and G. Subramaya. 2011. RAPD Markers for Understanding of

the Genetic Variabilit among the Four Silkworm Race and Their Hybrids. Middle-

East Journal of Sciencetific Research 7 (5) : 789-795.

Tingey S. V. and J. P. Tufo. 1993. Genetic analisys with RAPD Markers . Plant

Physiology 101: 349-352

Wang X.F., H.Y. Zheng, W.H. Zheng, C.Q. Ao, H.Y. Jin, L.H. Zhao, N. Li and L.R. Jia.

2011. RAPD-based Genetic Diversities and Correlation with Morphological

Traits Camelia (Theaceae) Cultivars in China. Genetic and Molecular Research.

10 (2): 849-859