issn 0854-4425 jurnal biologi indonesia · pdf filekualitas dna. analisis rapd analisis rapd...

J. Biol. Indon. Vol 6, No.2 (2010)

Vol. 6, No. 2, Juni 2010

Akreditasi: No 816/D/08/2009

BOGOR, INDONESIA

JURNALBIOLOGIINDONESIA

ISSN 0854-4425

Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja Ampat Papua Rini Riffiani

153

Perubahan Tutupan Hutan Mangrove di Pantai Timur Sumatera Utara Periode 1977-2006 Onrizal

163

Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] dari Provinsi Riau Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic DNA Yulita Kusumadewi, Yuyu S. Poerba, &Tukirin Partomihardjo

173

Laju Kehilangan dan Kondisi Terkini Habitat Baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) di Semenanjung Santigi, Sulawesi Tengah, Indonesia Awal Riyanto, Suprayogo Soemarno dan Achmad Farajallah

185

Plant- β Diversity and Composition in Mount Nok and the Waifoi Forest of the Waigeo Raja Ampat Islands: with Special Reference to The Threatened Species Didik Widyatmoko

195

Emisi Gas Dinitrogen Oksida dari Tanah Sawah Tadah Hujan yang diberi Jerami Padi dan Bahan Penghambat Nitrifikasi A. Wihardjaka

211

Pengelompokan Kelelawar Pemakan Buah dan Nektar Berdasarkan Karakteristik Jenis Pakan Polen di Kebun Raya Bogor, Indonesia Sri Soegiharto, Agus P. Kartono, & Ibnu Maryanto

225

JURNALBIOLOGIINDONESIA

ISSN 0854-4425

J. Biol. Indon. Vol 6, No. 2 (2010)

Jurnal Biologi Indonesia diterbitkan oleh Perhimpunan Biologi Indonesia.Jurnal ini memuat hasil penelitian ataupun kajian yang berkaitan dengan masalah biologiyang diterbitkan secara berkala dua kali setahun (Juni dan Desember).

Editor Pengelola

Dr. Ibnu MaryantoDr. I Made Sudiana

Dr. Anggoro Hadi PrasetyoDr. Izu Andry Fijridiyanto

Dewan Editor Ilmiah

Dr. Abinawanto, F MIPA UIDr. Achmad Farajalah, FMIPA IPB

Dr. Ambariyanto, F. Perikanan dan Kelautan UNDIPDr. Aswin Usup F. Pertanian Universitas Palangkaraya

Dr. Didik Widiyatmoko, PK Tumbuhan, Kebun Raya Cibodas-LIPIDr. Dwi Nugroho Wibowo, F. Biologi UNSOED

Dr. Parikesit, F. MIPA UNPADProf. Dr. Mohd.Tajuddin Abdullah, Universiti Malaysia Sarawak Malaysia

Assoc. Prof. Monica Suleiman, Universiti Malaysia Sabah, MalaysiaDr. Srihadi Agung priyono, F. Kedokteran Hewan IPB

Y. Surjadi MSc, Pusat Penelitian ICABIOGRADDrs. Suharjono, Pusat Penelitian Biologi-LIPI

Dr. Tri Widianto, Pusat Penelitian Limnologi-LIPIDr. Witjaksono Pusat Penelitian Biologi-LIPI

Alamat RedaksiSekretariat

Oscar efendi SSi MSid/a Pusat Penelitian Biologi - LIPI

Jl. Ir. H. Juanda No. 18, Bogor 16002 , Telp. (021) 8765056Fax. (021) 8765068

Email : [email protected] : http://biologi.or.id

Jurnal ini telah diakreditasi ulang dengan nilai A berdasarkan SK Kepala LIPI 816/D/2009 tanggal 28 Agustus 2009.


KATA PENGANTAR

Jurnal Biologi Indonesia edisi volume 6 nomer 2 tahun 2010 yaitu memuat 11artikel lengkap dan sebuah artikel tulisan pendek. Penulis pada edisi ini sangatberagam yaitu dari Departemen Kementerian Kehutanan, Pertanian, Fakultas MIPAIPB, Fakultas Kehutanan IPB, Fakultas. MIPA Universitas Indonesia, FakultasPertanian Universitas Sumatra Utara, Pusat Konservasi Kebun Raya Bogor, PusatPenelitian Limnologi-LIPI Bogor dan Pusat Penelitian Biologi LIPI Bogor. Topikyang dibahas pada edisi ini meliputi empat topik dalam bidang Botani, dua topiktentang mikrobiologi satu topik mengenaik hasil perombakan bakteri dan bahanorganik lainnya dan lima topik dalam bidang zoologi

Beragamnya penulis pada edisi ini yang membahas tiga topik utama yaituZoologi, Botani dan Mikrobiologi diharapkan semakin banyak keragaman pembacadan akhir kata yang diharapkan dari editor jurnal ini akan semakin banyak penulisyang berkeinginan membagi hasil karya penelitiannya dengan menulis ke dalamJurnal Biologi Indonesia.

Editor


UCAPAN TERIMA KASIH

Jurnal Biologi Indonesia mengucapkan terima kasih dan penghargaan kepadapara pakar yang telah turut sebagai penelaah dalam Volume 6, No 2, Juni 2010:

Dr. Niken TM. Pratiwi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPBIr. Majariana Krisanti MSi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPBOnrizal MSi, Universitas Sumatra UtaraDr.Tike Sartika, Balitnak, Departemen Pertania, Ciawi bogorDr. Dwi Astuti, Puslit Biologi-LIPIDrs. Edi Mirmanto MSc, Puslit Biologi-LIPIDrs. Roemantyo, Puslit Biologi-LIPIDrs. M. Noerdjito, Puslit Biologi-LIPIDrh. Anang S. Achmadi MSc, Puslit Biologi-LIPISigit Wiantoro SSi ,MSc Puslit Biologi-LIPIIr. Dwi Agustiyani MSc, Puslit Biologi-LIPI

Edisi ini dibiayai oleh DIPA Puslit Biologi-LIPI 2010


DAFTAR ISI

Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja Ampat Papua Rini Riffiani

153

Perubahan Tutupan Hutan Mangrove di Pantai Timur Sumatera Utara Periode 1977-2006 Onrizal

163

Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] dari Provinsi Riau Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic DNA Yulita Kusumadewi, Yuyu S. Poerba, &Tukirin Partomihardjo

173

Laju Kehilangan dan Kondisi Terkini Habitat Baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) di Semenanjung Santigi, Sulawesi Tengah, Indonesia Awal Riyanto, Suprayogo Soemarno dan Achmad Farajallah

185

Plant- β Diversity and Composition in Mount Nok and the Waifoi Forest of the Waigeo Raja Ampat Islands: with Special Reference to The Threatened Species Didik Widyatmoko

195

Emisi Gas Dinitrogen Oksida dari Tanah Sawah Tadah Hujan yang diberi Jerami Padi dan Bahan Penghambat Nitrifikasi A. Wihardjaka

211

Pengelompokan Kelelawar Pemakan Buah dan Nektar Berdasarkan Karakteristik Jenis Pakan Polen di Kebun Raya Bogor, Indonesia Sri Soegiharto, Agus P. Kartono, & Ibnu Maryanto

225

Kemampuan Kawasan Nir-Konservasi dalam Melindungi Kelestarian Burung Endemik Dataran Rendah Pulau Jawa Studi Kasus di Kabupaten Kebumen Eko Sulistyadi

237

Analysis of Nutrient Requirement and Feed Efficiency Ratio of Maroon Leaf Monkey (Presbytis rubicunda Mueller, 1838) Wartika Rosa Farida

255

Oksidasi Nitrit Oleh Bakteri Heterotrofik Pada Kondisi AerobikDwi Agustiyani, Ruly Marthina Kayadoe & Hartati Imamuddin

265

Pencirian Karbon Organik Air Sungai Citarum Hulu Dari Masukan Air Limbah Penduduk dan Industri Eko Harsono dan Sulung Nomosatryo

277

TULISAN PENDEK Arti Kebun Raya Bogor Bagi Kehidupan Kumbang Sungut Panjang (Coleoptera, Cerambicidae) Woro Anggaraitoningsih Noerdjito

289

173

Jurnal Biologi Indonesia 6(2): 173-183 (2010)

Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz]dari Provinsi Riau Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic

DNA

Yulita Kusumadewi, Yuyu S. Poerba, &Tukirin PartomihardjoLaboratorium Genetika Tumbuhan, Pusat Penelitian Biologi,

Cibinong Science Centre Jl. Raya Bogor Km. 46 Bogor 16911Email: [email protected]

ABSTRACT

Genetic Diversity of Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] from Riau Province Based onRandom Amplified Polymorphic DNA Fingerprint. Gonystylus bancanus is a commercialtimber found only on peat swamp forests, scatteredly distributed in Sumatra and Kalimantan.Their existence is now under severe threat due to habitat conversion. One of the remainingnatural populations of ramin was in Riau Province, Sumatra. This study aimed to assessgenetic diversity of this species within their natural populations in Riau Province using RandomAmplified Polymorphic DNA (RAPD). RAPD profiles were obtained by performing PCRamplification using five arbitrary primers. One hundred and eleven putative loci of RAPD werescored and analysed using Popgene and NTSYS software. Eleven of RAPD bands werecommonly found in all populations and 16 bands were distinctively found in certain populations.These unique bands may serve as population diagnostic marker for such populations. Theaverage genetic diversity within population (0.1606) was lower than that of among populations(0.1894). Genetic differentiation (Gst) indicated that 95.56% of total genetic diversity in raminwas attributed to the differences among populations. The highest genetic diversity was foundin population 3 (He:0.1858) and 3 (I:0.2864), while the lowest genetic variation was observed inpopulation 1 (He: 0.1438) and 2 (I: 0.2201). Total genetic diversity for all population (Ht) was0.1982 with an average value of genetic diversity within populations (Hs) was 0.1606. The lowlevel of genetic diversity found in ramin with high population differentiation may suggest thatthese remaining populations was undergoing genetic bottleneck resulted from severe habitatfragmentation.

Keywords: genetic diversity, populations, ramin, Gonystylus bancanus, RAPD.

PENDAHULUAN

Ramin (Gonystylus bancanus,Thymelaeaceae) merupakan salah satujenis tumbuhan kayu komersial yangmenjadi primadona dalam duniaperdagangan kayu. Negara penghasilkayu ramin yang potensial saat ini hanya

Malaysia dan Indonesia. Kayu ramindiperdagangkan dalam berbagai produkseperti papan interior, komponenperabotan, pigura, lantai, pasak kayu danmainan anak-anak. Jenis-jenis ramin inihanya tumbuh di hutan gambut dantersebar secara mengelompok di Sumatradan Kalimantan (Jayusman 2007). Salah

174

Kusumadewi, Poerba, & Partomihardjo

satu populasi alam ramin yang masihtersisa adalah di area hutan konsesiProvinsi Riau, Sumatra.

Seperti halnya dengan jenis-jeniskayu komersil lainnya, jenis ini banyakdieksploitasi untuk diambil kayunyasehingga keberadaannya terancampunah. Hal ini diperburuk dengankenyataan bahwa ramin memiliki siklusregenerasi yang sangat sulit dan lambat,baik di habitat alaminya maupun di areapercobaan. Kesulitan dalam mengem-bangkan ramin melalui kultur jaringanjuga dialami oleh Laboratorium KulturJaringan di Bidang Botani Puslit Biologi-LIPI. Ramin dikategorikan sebagai jenisterancam dengan status rawan (VuA1cdIUCN 2008) dan dimasukkan dalamAppendix II CITES (2009).

Studi keragaman genetika dilakukanuntuk mengetahui variasi genetika padatingkat individu maupun populasi yangsalah satunya untuk tujuan konservasigenetik, populasi maupun jenis. Studi initelah dilakukan dengan menggunakanberbagai marka baik molekuler (RandomAmplified Polymorphic DNA (RAPD),Amplified Fragment Length Polymor-phism (AFLP), Random FragmentLenght Polymorphism (RFLP), SimpleSequence Repeats (SSRs) maupunprotein (isozyme dan allozyme).Beberapa studi sudah dilakukan untukmemperkirakan keragaman genetikaramin, termasuk mengembangkan markamikrosatelit untuk melacak asal usullokasi ramin untuk mencegahperdagangan kayu illegal (Smulders et al.2007) dan pengembangan protokolekstraksi kayu olahan ramin (Asif &Cannon 2005). Penelitian ini bertujuan

untuk mengetahui keragaman genetikaantar individu dan populasi ramin dikawasan propinsi Riau denganmenggunakan marka RAPD.

RAPD adalah marka molekuleryang telah banyak digunakan untukidentifikasi genotipe (Jimenez et al. 2002;Poerba et al. 2007) dan kultivar (Maliket al. 2006; Shabaan et al. 2006; Jain etal. 2007) serta memperkirakan keraga-man genetika jenis-jenis pohon kayutropis (Siregar et al. 2008; Rath et al.1998; Poerba et al. 2007). Keuntunganutama dari RAPD adalah menghasilkanpolimorfisme yang cukup tinggi, randomsampling dalam genom total dan secarateknis cukup cepat dan mudah dilakukan.Kekurangan dari penggunaan markaRAPD yaitu marka ini hanya mengam-plifikasi alel dominan dan memiliki tingkatkeberulangan yang rendah. Hal ini dapatdiatasi antara lain dengan melakukanamplifikasi PCR lebih dari satu kali untukmemastikan konsistensi hasil yangdiperoleh.

BAHAN DAN CARA KERJA

Sampel ramin yang dianalisis dalamstudi ini sejumlah 28 (Tabel 1) yangberasal dari enam populasi alam dipropinsi Riau (Gambar 1). Populasi 1, 2and 3 berada di area konsesi PT RiauAndalan Pulp and Paper (RAPP),populasi 4 dan 6 berada di PT Ara AraAbadi, dan populasi 5 berada dalamkonsesi PT Bina Daya Bintara. Sampelini dikoleksi dalam bentuk daun yangdikeringkan dalam silica gel.

175

Keragaman genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz]

No. populasi

No sampel

Jumlah sampel

Lokasi Keterangan

1 1-4 4 Palawan Pohon induk 2 5-7 3 Sungai Kutub Alam Lestari Anakan 3 8-10, 26 4 Blok Palalawan, Palalawan, Blok Konservasi,

Palalawan Batas Konservasi, Triomas Serapung Anakan

4 11, 13-19 8 Serapung A, Palalawan Batas Anakan 5 12, 20,

27-28 4 Blok Palalawan Anakan

6 21-25 5 Serapung Tengah Anakan

Tabel 1. Daftar sampel ramin dari setiap populasi.

1 23

46

5

Gambar 1. Lokasi pengambilan sampel pada enam populasi ramin di propinsi Riau. 1) Palawan,2) Sungai Kutub Alam Lestari, 3) Blok Palalawan, Palalawan, Blok Konservasi, PalalawanBatas Konservasi, Triomas Serapung, 4) Serapung A, Palalawan Batas, 5) Blok Palalawan,6) Serapung Tengah.

Ekstraksi total DNA genomEkstraksi DNA dilakukan dengan

mengikuti protokol Delaporta et al.(1983). Lima µL total DNA dielektro-foresis dalam 0.7% gel agarosa dalamlarutan penyangga TEA(Tris-EDTA),kemudian diwarnai dengan ethidiumbromida, lalu divisualisasi menggunakanlampu ultraviolet kemudian difoto denganmenggunakan gel documentationsystem untuk memastikan kuantitas dankualitas DNA.

Analisis RAPDAnalisis RAPD yang dilakukan pada

studi ini mengikuti protokol William et al.(1990) dengan menggunakan lima primerRAPD (Operon Technology Ltd) yangdiseleksi dari 10 primer RAPD dariOperon Kit A, B, C, N, dan U. ReaksiPCR dilakukan dua kali ulangan untukmemastikan konsistensi profil yangdihasilkan. Hasil amplifikasi PCRdivisualisasi pada gel agarosa 2.0% dalamlarutan penyangga TEA secara

176


elektroforesis, lalu diwarnai denganetidium bromida. Hasil pemisahanfragmen DNA dideteksi dengan meng-gunakan UV transluminator, kemudiandifoto dengan menggunakan geldocumentation system. Sebagai standardigunakan 100 bp plus DNA marker(Promega) untuk menetapkan ukuran pitahasil amplifikasi DNA.

Analisis dataSkor data

Setiap pita RAPD dianggap sebagaisatu lokus putatif. Hanya lokus yangmenunjukkan pita yang jelas yangdisekor: ada (1) dan tidak ada (0).Matr iks binari fenotip RAPD inikemudian disusun untuk digunakan padabeberapa analisis.

Keragaman genetikaParameter-parameter yang

digunakan untuk mengkarakterisasi polakeragaman genetika dikalkulasi denganmenggunakan program POPGENE ver.1.31 (Yeh et al. 1997) dibawah asumsihukum keseimbangan Hardy-Weinberg.

Parameter yang digunakan untukmengukur keragaman genetika dalampopulasi adalah 1) Prosentase LokusPolimorfik (PLP, Nei 1973); 2) Jumlahalel putatif per lokus (na); 3) Jumlah alelefektif per lokus/gene pool (ne,, Hartl &Clark 1989); 4) keragaman genetika yangdiharapkan (H/He=expected heterozy-gosity (Nei 1973) dan keragamanfenotipik berdasarkan Shannon’sinformation index (Lewontin 1972).

Sedangkan parameter yangdigunakan untuk mengukur keragamangenetika antar populasi adalah 1) Nei’s

(1978) unbiased measures of geneticdistance; 2) the relative magnitude ofdifferentiation among populations(GST=Dst/Ht, Nei 1987); 3) Gene flow(Nm, Mc Dermott & McDonald 1993).

HASIL

Profil dan distribusi RAPD dipopulasi

Lima primer RAPD digunakandalam penelitian ini dan diperoleh 111fragmen DNA yang dihasilkan,berukuran dari 100 hingga 2800pb(pasang basa), yakni 99.11% diantaranyamerupakan pita polimorfik (Tabel 2).Primer OPD-20 menghasilkan pitaterbanyak (28) sedangkan primer OPU-12 menghasilkan pita tersedikit (17). Ada11 pita umum yang dijumpai pada seluruhpopulasi, yang sebagian besar berasaldari primer OPD-20. Sementara itu ada15 pita unik yang terdapat pada populasitertentu yang umumnya dijumpai padapopulasi 4 (Tabel 2).

Keragaman genetikaKeragaman genetika tertinggi

dijumpai pada populasi 3 dan 4 masing-masing berdasarkan parameter He(0,1858) dan I (0,2864). Keragamangenetika terendah dijumpai pada populasi1 dan 2 masing-masing berdasarkanparameter He (0,1438) dan I (0,2201)(Tabel 3).

Nilai total keragaman genetika padasemua populasi (Ht) adalah 0.1982+0,0179 dengan nilai rata-rata keragamangenetika dalam populasi (Hs) adalah0,1606+ 0,0097. Nilai keragamangenetika antar populasi (Dst) adalah

177


Tabel 2. Sebaran pita polimorfik RAPD pada enam populasi ramin di propinsi Riau.

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 M

Gambar 2. Salah satu profil RAPD yang dihasilkan dari primer OPN-14 menunjukkan pita- pita DNA polimorfik. M: DNA marker. Angka 1-28: nomor sampel. Anak panah menunjukkan pita umum ukuran 1800 pb.

Tabel 3. Keragaman genetika setiap populasi ramin.

Nama primer

Urutan DNA primer

Jumlah dan ukuran pita terpendek-terpanjang

Ukuran pita umum

Ukuran pita unik pada setiap populasi

1 2 3 4 5 6

OPB-15 GGAGGGTGTT

19 (100-1600 pb)

100 350 1300 500 1500 450 950 1600

OPC-16 CACACTCCAG

22 (300-1600 pb)

650 700 900

- - - 450 750

- 400

OPD-20 ACCCGGTCAC

28 (300-1800 pb)

800 850 1400 1800

- - - -

750 - - -

- - - -

- - - -

- - - -

- - - -

OPN-14 TCGTGCGGGT 25

(400-1800 pb) 1800 - - - - - -

OPU-12 TCACCAGCCA 17

(300-1200 pb) 650 1500 450 - 650 400 350

Jumlah 111 11 2 3 1 4 2 3

Populasi Jumlah sampel

Jumlah lokus polimorfik

PLP (%) na ne He I

1 4 50 44.64

1,4464 1,2334 0,1438 0,2214

2 3 44 39,29 1,3929 1,2525 0,1480 0,2201 3 4 62 55,36 1,5536 1,3013 0,1859 0,2838

4 8 80 71,43 1,7143 1,2679 0,1769 0,2864 5 4 55 49,11 1,4911 1,2541 0,1574 0,2427 6 5 61 54,46 1,5446 1,2353 0,1520 0,2415

178


Tabel 4. Nilai Ht, Hs, Dst, GST dan Nm

0,1894, jauh lebih rendah Ht dan Hs.Differensiasi genetika (Gst) yang adaantar populasi adalah 95.56% dan geneflow (Nm) yang terjadi antar populasi2,1393 (Tabel 4). Sedangkan nilai Gstuntuk individual marka RAPD berkisarantara 0.0045 (OPB15-18)- 0.3097(OPD20-23).

Jarak genetika dan analisis klusterJarak genetika tertinggi (0.0491)

tercatat antara populasi 2 dan 5,sedangkan jarak genetik terendah(0.0181) tercatat antara populasi 1 dan 2(Tabel 5).

Dendrogram UPGMA (Gambar 3)menyajikan gambaran kesamaangenetika keenam populasi berdasarkanmatriks jarak genetika Nei (1978) (Tabel5). Populasi 3 dan 4 serta 1 dan 2memiliki kesamaan yang terbanyak,sesuai dengan jarak genetik yang cukupkecil (Tabel 5) sehingga membentuk duakelompok di terminal cabangdendrogram. Berikutnya populasi 6 yangterdekat dengan kedua kelompok ini dan

Tabel 5. Jarak genetika antar populasi ramin berdasarkan Nei’s Unbiased Measures.

populasi 5 terletak di dasar dendrogram.

PEMBAHASAN

Profil dan distribusi RAPD dipopulasi

Jumlah pita yang dihasilkan setelahamplifikasi DNA dengan PCR sangatbergantung pada bagaimana primermengenal urutan DNA komplementernyapada cetakan DNA (DNA template)yang digunakan (Tingey et al. 1994).Polimorfisme pita-pita RAPD yangdihasilkan dari penelitian ini sangat tinggi(99,11% polimorfik). Duplikasi reaksiPCR juga menghasilkan keberulanganyang memuaskan sehingga hal inimenunjukkan bahwa primer yangdiseleksi menghasilkan profil RAPDyang cukup konsisten.

Variasi genetika yang ditemui padapenelitian ini berdasarkan perbedaan polapita RAPD yang dijumpai pada individuramin. Secara umum, 111 pita RAPDini menyebar rata di seluruh individuramin. Namun ada pita-pita tertentu

Populasi 1 2 3 4 5 6 1 **** 2 0,0181 **** 3 0,0251 0,0225 **** 4 0,0197 0,0331 0,0196 **** 5 0,0407 0,0491 0,0294 0,0253 **** 6 0,0235 0,0359 0,0366 0,0299 0,0319 ****

Ht Hs Gst Dst Nm Rerata 0,1982+ 0,0179 0,1606+ 0,0097 0,9956 0,1894 2,1393

179


yang dijumpai di seluruh individu dan pitaunik yang hanya dijumpai di populasitertentu atau bahkan di individu tertentu.Terdapatnya pita-pita tertentu yanghanya dijumpai pada populasi tertentumaka pita-pita unik tersebut berpotensiuntuk dijadikan marka untuk identifikasiprovenance. Namun demikian, untukmenjadikan RAPD sebagai markadiagnostik tingkat populasi masih perluditunjang studi lanjutan, karena jumlahsampel yang terdapat pada populasi 2khususnya (3 individu) masih sangatminim. Apabila jumlah sampeldiperbanyak akan ada kemungkinanditemukan pita-pita unik lainnya atausebaliknya pita unik menjadi pita umum.Namun mengingat densitas ramin yangcukup kecil (~1 pohon/hektar) makajumlah individu sampel yang didapatkanjuga cukup kecil.

Keragaman genetikaJumlah individu yang dicuplik untuk

sampel bervariasi antara 3 hingga 8(Tabel 3). Rendahnya jumlah sampeldisebabkan oleh rendahnya densitasramin. Hal ini kemungkinan disebabkanterjadinya fragmentasi habitat ramin yangcukup parah sehingga populasi-populasiramin terpisah menjadi sub-populasi yanghanya berisi beberapa individu dalamjumlah kecil. Menurut hasil crusing PTDiamond Raya Timber, sejak tahun 1999telah terjadi penurunan potensi pohonsebesar 80% dan saat ini ini densitasramin di area tersebut adalah 0.7 pohon/hektar (Jayusman 2007).

Penurunan ukuran populasi dapatmenyebabkan terisolasinya populasi-populasi menjadi populasi kecil, seringkalihanya terdiri kurang dari 50 individu.

0.0360 0.0180 0.0000

0.1

pop5

pop6

pop1

pop2

pop3

pop4

Populasi 1

Populasi 2

Populasi 3

Populasi 4

Populasi 5

Populasi 6

Gambar 3. Dendrogram pengelompokkan enam populasi ramin berdasarkan jarak genetika Nei (1978).

180


Rendahnya jumlah individu dalam setiappopulasi dapat menjadi ancamantersendiri bagi kelangsungan hidup raminkarena dapat menyebabkan terjadinyaerosi genetik dan tingginya diferensiasiantar populasi. Hasil penelitian kamimenunjukkan bahwa terdapat differen-siasi genetika yang sangat tinggi (99,56%)diantara populasi ramin. Sementara itu,nilai total keragaman genetika populasiramin (Ht: 0,1982) termasuk rendahdibanding jenis tumbuhan hutan tropisterancam lainnya, Metasequoiaglyptostroboides (H: 0,318, Li et. al.2005), tetapi lebih tinggi dibandingDipterocarpus littoralis (H: 0,1958).Rendahnya nilai keragaman genetikadalam populasi ini tidak sesuai dengankenyataan yang umumnya terjadi padajenis-jenis tumbuhan menyerbuk silang.Ramin, seperti halnya jenis-jenistumbuhan tropis lainnya adalah jenistumbuhan dominan di hutan rawa gambut,late successional dan menyerbuksilang. Pada jenis-jenis menyerbuk silangseperti ini biasanya nilai keragamangenetika dalam populasi lebih tinggidaripada antar populasi (Loveless &Hamrick 1984; Hamrick & Godt 1989;Pither et al., 2003). Sebaliknya, telahterjadi pada ramin yang diteliti.Rendahnya keragaman genetika raminkemungkinan disebabkan oleh terjadinyainbreeding antar individu dalam populasiyang jumlahnya sedikit sehingga variasigenetik yang ada juga rendah ataubahkan selfers pada individu. Terjadinyainbreeding dan/atau self fertilisation,memang sulit untuk dibuktikan terutamapada ramin yang memiliki jangka hidup

panjang. Namun hal ini merupakan salahsatu penjelasan yang bisa dipaparkan.

Ancaman lain bagi kelangsunganhidup ramin adalah rendahnya tingkatregenerasi. Dari informasi yangdiperoleh di lapangan, tingkat predasiramin oleh mamalia kecil (tupai) danburung (rangkong) cukup tinggi. Masaberbuah ramin rata-rata setiap 3-5 tahunsekali yang seringkali merupakan panenraya. Tingginya predasi mengakibatkanberkurangnya jumlah biji yang dapatberkecambah menjadi semai. Kemam-puan semai untuk berkembang jugasangat rendah karena berbagai faktor,antara lain serangan herbivor dan matikekeringan, sehingga seringkali sulitmenjumpai anakan ramin di habitatalaminya. Teknik budidaya ramin jugabelum sepenuhnya dikuasai hingga saatini. Sementara itu ramin merupakan jeniskayu favorit dalam dunia perdagangankayu yang terus diminati. Seluruh kondisiini cukup memprihatinkan, dan apabiladibiarkan berlanjut, dikhawatirkan raminakan segera mengalami kepunahan.

Jarak genetika dan analisis klusterPopulasi 5 dan 6 tidak mengelompok

bersama dengan populasi-populasi lain.Hal ini kemungkinan karena individu-individu ramin yang berada di keduapopulasi ini memiliki alel yang palingberbeda yang tercermin dari profilRAPD mereka.

Tingginya jarak genetik antarapopulasi 2 dan 5 yang juga tercermin daripola pengelompokkan pada dendrogram,kemungkinan disebakan oleh rendahnyajumlah individu yang tercuplik dimanakesemua individu dalam kedua populasi

181


ini juga memiliki alel yang sangatberbeda. Kedua populasi ini terletak padadua hutan konsesi yang berbeda (Gambar1) dalam jarak yang cukup jauh sehinggakemungkinan terjadinya percampuranmateri genetik baik melalui pollenmaupun pencaran biji antar keduapopulasi ini juga sangat kecil.

Sedangkan mengelompoknyapopulasi 3 dan 4 –yang secara geografisjaraknya cukup jauh (Gambar 1)-kemungkinan disebabkan oleh dua hal.Yang pertama, adanya kesamaan profilRAPD yang dihasilkan dari amplifikasiPCR. RAPD menggunakan primeruniversal yang mengamplifikasi daerahgenom DNA secara acak, sehingga pita-pita DNA yang dihasilkan juga bersifatacak. Kedua, terdapatnya kemungkinanbahwa beberapa individu pada keduapopulasi berasal dari provenance yangsama- apabila terjadi introduksi padakedua populasi tersebut. Namun hal yangkedua kemungkinan kecil terjadi, karenasemua ramin yang berada dalam areakonsesi ini merupakan hutan alam.

UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis mengucapkan terima kasihkepada PT Riau Andalan Pulp and Paperatas fasilitas dan ijin pengumpulanmaterial di area konservasi kawasan HTIRAPP. Terima kasih juga kepada Sdri.Agustina dan Herlina yang telah memberibantuan teknis terhadap penelitian ini.

DAFTAR PUSTAKA

Asif, M.J. & C.H. Cannon. 2005. DNAextraction from processes wood: a

case study for the identification ofendangared timber species(Gonystylus bancanus). PlantMol. Biol. Reporter 23: 185-192.

Convention on International trade inendangered species of wild floraand fauna. 2009. Appendices I, IIand III. Valid from 22 May 2009.P. 40.

Delaporta, SL., J. Wood, & JB. Hicks.1983. A plant DNA minipre-paration. Version II. Plant Mol.Biol. Reporter 4:19–21.

Hamrick, JL., & MJW. Godt, 1989.Allozyme diversity in plant species.Dalam: Brown, AHD, MJ. Clegg,AL. Kahler, & BS. Weir (eds.).Plant population genetics,breeding and genetic resources.Sinauer Associates, Sunderland,Massachusetts.

Hartl, DL. & AG. Clark. 1989.Principles of population gene-tics. 2nd ed. Sinauer Associates,Sunderland, Massachusetts.

IUCN. 2008. Red List of EndangeredSpecies. International Union for theConservation of Nature andNatural Resources, Gland.Switzerland. Available from URL:http://www.iucnredlist.org/

Jayusman. 2007. Degradasi sumberdayagenetik jenis ramin dan upayapenyelamatannya. Apforgennewsletter 4:1-4.

Jain, PK, L. Saini, MH. Pathak & VK.Gupta. 2007. Analysis of geneticvariation in different banana(Musa species) variety usingrandom amplified polymorphic

182


DNAs (RAPDs). African J.Biotech. 6 (17): 1987-1989.

Jiminez , JF., P. Sanchez-Gomez, J.Guemes, O. Werner & JA.Rossello. 2002. Genetic variabilityin a narrow endemic snapdragon(Antirrhinum subaeticum,Schrophulariaceae) using RAPDmarkers. Heredity 89(5): 387-393.

Lewontin, R.C. 1972. The apportionmentof human diversity. J. Evol. Biol.6: 381-398.

Li, YY., XY. Chen, X. Zhang, TY. Wu,HP. Lu, & YW Chai. 2005.Genetic differences between wildand artificial populations ofMetasequoia glyptostroboidesHu et Cheng (Taxodiaceae):Implication for species recovery.Conser. Biol. 19: 224-231.

Loveless, MD. & JL. Hamrick. 1984.Ecological determinants of geneticstructure in plant populations. Ann.Rev. Ecol.& Syst. 15: 65-95.

Malik, SK., R. Chaudhury, OP. Dhariwal& R.K. Kalia. 2006. Collection andcharacterisation of Citrus indicaTanaka and C. macroptera Montr.:wild endange-red species of northeastern India. Gen. Res. & CropEvol. 53: 1485-1493.

McDermott, JM. & BA. McDonald.1993. Gene flow in plant pathosys-tems. Ann.Rev. Phytopathology31: 353-373.

Nei, M. 1978. Estimation of averageheterozygosity and genetic distancefrom a small number of individuals.Genetics 89: 583-590.

Nei, M. 1973. Analysis of gene diversityin subdivided populations.

Proceedings of the NationalAcademy Sciences USA 70: 3321-3323.

Pither, R., JS. Shore, & M. Kellman.2003. Genetic diversity of thetropical tree Terminalia amazonia(Combretaceae) in naturallyfragmented populations. Heredity.91(3): 307-313.

Poerba, YS., A. Wawo, & KS. Yulita.2007. Keragaman Fenotipe RAPDSantalum album L. di Pulau Timorbagian timur. Berita Biologi 8(6):537- 546.

Shaaban, EA., S. Abd-El-Aal SKH., NS.Zaied & AA. Rizkalla. 2006.Assessment of genetic variabilityon some orange accessions usingRAPD DNA markers. Res. J.Agri.& Biol.Sci 2(6): 564-570.

Siregar, IZ., T. Yunanto, & PPamoengkas. 2008. Implikasigenetik metode pembiakantanaman Shorea johorensisFoxw. Pada sistem silvikulturtebang pilih tanam jalur (TPTJ).Biodiversitas 9(4): 250-254.

Smulders, MJM., WPC. Van TWestende, B. Diway, G.D.Esselink, P.J. Van Dr Meer, & J.M.Koopman. 2007. Development ofmicrosattelites markers inGonystylus bancanus (Ramin)useful for tracing and trackingwood of this protected species.Molecular Ecology Notes.(Proof. read. version)

Tingey, SV., JA. Rafalski, & MK.Hanafey. 1994. Genetic analysiswith RAPD markers: In Plant

183


Molecular Biology. C. Coruzzi &P. Puidormenech (Eds.) p.491-498.

Williams, JG., AR. Kubelik, KJ. Livak,J.A. Rafalsky, & S.V. Tingev.1990. DNA polymorphismamplified by arbitrary primers areuseful as genetic markers. NucleicAcids Research 18(22): 6531-6535.

Yeh, FC., RC. Yang, TBJ. Boyle, ZH.,Ye, JX. Mao 1997. POPGENE(version 1.31), the user-friendlyshareware for population genetic

analysis. Molecular Biology andBiotechnology centre, University ofAlberta, Edmonton. Alberta,Canada. Available free at http://www.ualberta.ca/~fyeh.

Yulita, KS & T. Partomihardjo. 2010.Keragaman genetika populasipelahlar [Dipterocarpus littoralis(Bl.) Kurz] di PulauNusakambangan berdasa-rkanprofil Enhanced Random AmplifiedPolymorphic DNA. BeritaBiologi (in press.)

Memasukkan: Juni 2009Diterima: Desember 2009


PANDUAN PENULIS

Naskah dapat ditulis dalam bahasa Indonesia atau bahasa Inggris. Naskah disusun dengan urutan:JUDUL (bahasa Indonesia dan Inggris), NAMA PENULIS (yang disertai dengan alamat Lembaga/Instansi), ABSTRAK (bahasa Inggris, maksimal 250 kata), KATA KUNCI (maksimal 6 kata),PENDAHULUAN, BAHAN DAN CARA KERJA, HASIL, PEMBAHASAN, UCAPANTERIMA KASIH (jika diperlukan) dan DAFTAR PUSTAKA.

Naskah diketik dengan spasi ganda pada kertas HVS A4 maksimum 15 halaman termasukgambar, foto, dan tabel disertai CD. Batas dari tepi kiri 3 cm, kanan, atas, dan bawah masing-masing 2,5 cm dengan program pengolah kata Microsoft Word dan tipe huruf Times New Romanberukuran 12 point. Setiap halaman diberi nomor halaman secara berurutan. Gambar dalambentuk grafik/diagram harus asli (bukan fotokopi) dan foto (dicetak di kertas licin atau di scan).Gambar dan Tabel di tulis dan ditempatkan di halam terpisah di akhir naskah. Penulisan simbol α,β, χ, dan lain-lain dimasukkan melalui fasilitas insert, tanpa mengubah jenis huruf. Kata dalambahasa asing dicetak miring. Naskah dikirimkan ke alamat Redaksi sebanyak 3 eksemplar (2 eksemplartanpa nama dan lembaga penulis).

Penggunaan nama suatu tumbuhan atau hewan dalam bahasa Indonesia/Daerah harusdiikuti nama ilmiahnya (cetak miring) beserta Authornya pada pengungkapan pertama kali.

Daftar pustaka ditulis secara abjad menggunakan sistem nama-tahun. Contoh penulisanpustaka acuan sebagai berikut :

Jurnal :Hara, T., JR. Zhang, & S. Ueda. 1983. Identification of plasmids linked with polyglutamate

production in B. subtilis. J. Gen. Apll. Microbiol. 29: 345-354.Buku :Chaplin, MF. & C. Bucke. 1990. Enzyme Technology. Cambridge University Press. Cambridge.Bab dalam Buku :Gerhart, P. & SW. Drew. 1994. Liquid culture. Dalam : Gerhart, P., R.G.E. Murray, W.A. Wood,

& N.R. Krieg (eds.). Methods for General and Molecular Bacteriology. ASM., Washington.248-277.

Abstrak :Suryajaya, D. 1982. Perkembangan tanaman polong-polongan utama di Indonesia. Abstrak

Pertemuan Ilmiah Mikrobiologi. Jakarta . 15 –18 Oktober 1982. 42.Prosiding :Mubarik, NR., A. Suwanto, & MT. Suhartono. 2000. Isolasi dan karakterisasi protease

ekstrasellular dari bakteri isolat termofilik ekstrim. Prosiding Seminar nasional IndustriEnzim dan Bioteknologi II. Jakarta, 15-16 Februari 2000. 151-158.

Skripsi, Tesis, Disertasi :Kemala, S. 1987. Pola Pertanian, Industri Perdagangan Kelapa dan Kelapa Sawit di

Indonesia.[Disertasi]. Bogor : Institut Pertanian Bogor.Informasi dari Internet :Schulze, H. 1999. Detection and Identification of Lories and Pottos in The Wild; Information

for surveys/Estimated of population density. http//www.species.net/primates/loris/lorCp.1.html.


Kemampuan Kawasan Nir-Konservasi dalam Melindungi Kelestarian Burung Endemik Dataran Rendah Pulau Jawa Studi Kasus di Kabupaten Kebumen Eko Sulistyadi

237

Analysis of Nutrient Requirement and Feed Efficiency Ratio of Maroon Leaf Monkey (Presbytis rubicunda Mueller, 1838) Wartika Rosa Farida

255

Oksidasi Nitrit Oleh Bakteri Heterotrofik Pada Kondisi AerobikDwi Agustiyani, Ruly Marthina Kayadoe & Hartati Imamuddin

265

Pencirian Karbon Organik Air Sungai Citarum Hulu Dari Masukan Air Limbah Penduduk dan Industri Eko Harsono & Sulung Nomosatryo

277

TULISAN PENDEK Arti Kebun Raya Bogor Bagi Kehidupan Kumbang Sungut Panjang (Coleoptera, Cerambicidae) Woro Anggaraitoningsih Noerdjito

289

issn 0854-4425 jurnal biologi indonesia · pdf filekualitas dna. analisis rapd analisis rapd...

Documents