Elektroforezė agarozės gelyje

1. Atsakykite į klausimus (4 t.)

A. Koks yra DNR molekulės krūvis ir kas jį lemia? (0,5 t.)

B. Elektroforezės aparatas sukuria elektros lauką su teigiamu ir neigiamu

poliais dviejuose gelio galuose. Link kurio elektrodo poliaus (+ ar -)

elektroforezės metu judės DNR molekulė? Paaiškinkite, kodėl. (0,5 t.)

C. Kokia laidų spalva atitinka katodą ir anodą? (0,5 t.)

D. Po DNR molekulių mėginių suleidimo į gelį, jos yra verčiamos judėti per gelyje esančius agarozės

pluoštus. Kokie fragmentai (dideli ar maži) judės greičiau link priešingojo poliaus? Paaiškinkite savo

atsakymą. (1 t.)

E. Kokie fragmentai (dideli ar maži) gelyje nukeliaus trumpiausią atstumą? Kodėl? (0,5 t.)

F. Kam naudojamas mėlynas dažas, įleidžiamas į DNR mėginius prieš elektroforezės pradžią? (0,5 t.)

G. Kam naudojamas markeris? (0,5 t.)

2. Dešinėje pateiktas gelio elektroforezės rezultatas. 2, 3 ir 4

stulpeliai vaizduoja fragmentus, gautus sukarpius žiedinę

DNR molekulę atitinkamai EcoRI restriktaze, BamHI

restriktaze ir abejomis. Remdamiesi šia informacija,

atsakykite į žemiau pateiktus klausimus ir atlikite

užduotis. (3 t.) Šią užduotį galite atlikti Painte,

nusikopijavus (print screen) duotą paveikslėlį.

a) Paveikslėlyje mėlynai apibraukite trumpiausią fragmentą.

(0,5 t.)

b) Paveikslėlyje raudonai apibraukite ilgiausią fragmentą. (0,5

t.)

c) Paveikslėlyje žaliai apibraukite vienodo ilgio fragmentus.

(0,5 t.)

d) Ar EcoRI restriktazė ir BamHI restriktazė turi bent vieną

bendrą kirpimo vietą? Kaip nustatėte? (1 t.)

e) Pažymėkite teigiamą polių ir neigiamą polių. (0,5 t.)

3. Laboratorijos vedėjas paprašė jūsų paruošti tirpalų mišinį

elektroforezei. Jums reikia paruošti 1 ml 0,1 M buferio

Tris ir 2mM EDTA tirpalą. Turite 1M Tris buferio, 0,5 M

EDTA ir dejonizuoto vandens. Kaip paruošite šį tirpalą?

Užrašykite skaičiavimus. (3 t.)