Étude comparée de la diversitémicrobienne sur les sites de Berre,

Entressen, Touloubre et Coulon.

Présenté par :Timothée ADRIEN

Introduction

Présentation de l’atelier de microbiologie

Présentation du principe des différentes techniques employées

Les résultats obtenus en fonction des différents sites étudiés

Conclusion

Présentation de l’atelier de microbiologie.

Trois objectifs:- L’étude des caractères microbiologiques tel que la morphologie, la mobilité, des bactéries présentes sur les sites étudiés.- Mesurer l’activité métabolique énergétique des bactéries de ces sites.- Isoler les bactéries capables de dégrader les hydrocarbures, d’oxyder l’arsenic trivalent ou le fer ferreux ou de réduire le fer ferrique. En ce qui concerne le site de l’étang de Berre on tentera aussi de suivre la dégradation des hydrocarbures. (objectif réalisé en partie seulement)

Un but:Identifier et recenser la population bactérienne sur chacun de nos sites.

Présentation de l’atelier de microbiologie.

Deux paillasses différentes:- Une pour les manipulations tel que les ensemencements de milieu de culture (les manipulations s’y font sous flamme pour travailler en milieu stérile).- Un microscope optique pour l’observation des bactéries (état frais ou après coloration de GRAM).

Présentation de l’atelier de microbiologie.

Les limites liées au manque de place, et à un lieu de passage important.

Présentation du principe des différentes techniques employées.

Remarque préalable:-Toutes les manipulations faites en microbiologie doivent être effectuées sous flamme pour éviter toute contamination de nos échantillons.-Les bactéries auront préalablement étaient concentrées 10 à 100 fois.

Étude des caractères morphologiques.

L’observation d’un état frais (cellules vivantes) permet d’observer la mobilité des bactéries (linéaire, circulaire…) ou leurs immobilités, mais aussi leurs agencements (en chaînette, en amas…). Celle-ci s’effectue au microscope.L’observation des bactéries après coloration de Gram. Différents colorants permettent de mettre en évidence la présence ou l’absence d’une paroi bactérienne.On observera en rose les Gram – (présence d’une paroi) et en violet les Gram+ (bactéries dépourvues de paroi).Les limites:Dans le milieu naturel les bactéries sont très petites et par conséquent les résultats de la coloration de Gram ne sont pas toujours pertinents.

Isolement sur milieux sélectifs solides.

Ici on procède par étalement des bactéries présentes dans nos échantillons sur un milieu solide.Trois milieux sont utilisés:- Un milieu non sélectif trycase soja (TS) qui permet la croissance de toutes les bactéries.- Milieu Chapman sur lequel seul les staphylocoques poussent.- Milieu Drygalski sur lequel seul les bacilles courant se développent.

Métabolisme énergétique.

Permet une identification présomptive de la famille ou du genre bactérien.Le test oxydase permet la différenciation des bacilles Gram –. Le test pouvant être positif ou négatif.Le test catalase permet la différenciation des staphylocoques. Le test pouvant être positif ou négatif.

Test oxydase

Test catalase

Expériences propre à l’étang de Berre.

Culture d’un mélange de germe.A partir d’un mélange de germe on inocule un bouillon TS. Ce dernier est agité à 500 rpm. On suivra l’absorbance à 600 nm.Ce qui nous permet de déterminer la concentration bactérienne dans le milieu.1 UA représente 108 bactéries.Dégradation des hydrocarbures.Déterminer si les bactérie de l’étang de Berre ont la capacité de dégrader les HBPas de résultats car nous n’avons pas suivi la formation de produit de décomposition des HB par chromatographie.Analyse de l’activité ferri-réductrice.Ici, nos valeurs sont insatisfaisantes, et on ne peut conclure sur l’activité ferri-réductrice de nos bactéries.

Les résultats obtenus en fonction des différents sites étudiés

La Touloubre.

Coulon.

L’étang de Berre.

La décharge d’Entressen: lagune d’entrée, lagune de sortie.

Résultats Touloubre

Résultats Touloubre

Types de bactéries identifiées:– Pseudomonas et Acinetobacter

Quantité dénombrée:– Sur Drygalski environ 500 000 UFC/ml– Sur gélose TS environ 450 000 UFC/ml– Sur Chapman 0, donc pas de coque

Résultats Coulon

Résultats Coulon

Ici on ne peut rien conclure

Résultats étang de Berre

Résultats étang de Berre

Types de bactéries identifiées:– Pseudomonas et Acinetobacter– Vibrio et ou Aeromonas– Staphylococcus et ou microccus

Quantité dénombrée:– Sur Drygalski: environ 32 000 UFC/ml– Sur gélose TS: aucune observation– Sur Chapman: environ 49 000 UFC/ml

Résultats décharge d’Entressen

Résultats décharge d’Entressen

Lagune d’entrée:– Types de bactéries

identifiées:AcinetobacterEnterobacterStaphylococcus (Aureus ou Saprophyticus) et microccus.

– Quantité dénombrée:Sur Drygalski: environ 450 000 UFC/mlSur Chapman: environ 4 500 UFC/mlSur gélose TS: environ 1 700 000 UFC/ml

Lagune de sortie:– Types de bactéries

identifiées:Pseudomonas et ou Acinetobactermicrococcaceae

– Quantité dénombrée:Sur Drygalski: environ 63 000 UFC/mlSur gélose TS: environ 67 000 UFC/mlSur Chapman: environ 400 UFC/ml (possibilitécontamination

Conclusion

Les limites:– Au niveau des manipes– Des tests eux même (e.g coloration de gram)– Du matériel (e.g absence d’un chromatographe)– Du protocole (e.g on aurait pu faire des tests pour

déterminer le type respiratoire)– Donc il y a des limites certaines quant à la

pertinence de nos résultats.