2014/8/28

第35回統合DBミーティング Integrated MTG in NIBIO

1

本日の予定 •  Sagace –  Sagaceに追加するDBについて – 新規ファセット項目に加えるDBについて – 進捗報告

•  医薬基盤研内のデータのRDF化 – 進捗報告

2

新規ファセット項目について 担当割り振り（敬称略）

•  化合物 –  水口，五十嵐，陳

•  漢方薬 –  伊藤，深川

•  薬効・効能 –  森田，水口

•  副作用・有害情報 –  森田，深川

•  レギュレーション・ガイドライン –  五十嵐，陳

•  学会 –  坂手

3

新規追加データベースについて データベース名と判別案 文部科学省特定領域研究ゲノム研究のホームページ 研究成果情報

   

 

ファセット項目・分類 指定項目

データベースの種類 文献・用語集・辞書

生物種 特定生物なし

生体の階層 その他

医薬品 その他

分類 B

4

医薬基盤研内のデータのRDF化

• 外部のデータベースとの統合を模索 •  CAS number – ToxyGATEs中のCELL data, 希少疾病用医薬品のRDFに存在

– Drugbankに紐付け，特許番号を取得可能 – 特許番号から特許情報（タイトル，発案者等を取得可能）

5

CAS numberによるRDFの統合 •  CAS number – アメリカ化学会が発行するChemical Abstracts誌で使用されている化学物質を特定する場合の番号

– 例：アセトアミノフェン：103-90-2 – ⚠1万個まではライセンスが無料

• 参照：http://www.cas.org/legal/infopolicy

6

希少疾病用医薬品の場合 @prefix  dbowl:        <h1p://dbpedia.org/ontology/>  .  @prefix  drgb:  <h1p://bio2rdf.org/drugbank_vocabulary/>  .    <h1p://www.nibio.go.jp/orphanDrugTarget#1>  drgb:product  "アルギU配合顆粒"@ja;  dbowl:casNumber  "1119-­‐34-­‐2”;  ・・・

orphanDrugTarget#1

アルギU配合顆粒 drgb:product

1119-­‐34-­‐2 dbowl:casNumber

7

ToxyGATEsの場合 <h1p://127.0.0.1:3333/0040011LR>  

 <h1p://127.0.0.1:3333/compound_name>  "acetaminophen"  ;    <h1p://127.0.0.1:3333/cas_number>    "103-­‐90-­‐2"  ;  

0040011LR

acetaminophen compound_name

103-­‐90-­‐2 cas_number

8

トリプルストアにデータを保存 •  OWLIM

9

アップロード • 設定上指定したディレクトリにrdfデータをscp等でアップロード

10

Repositoryに接続（または作成）

11

データをアップロード

12

共通するCas Numberを出す

13

実行結果

14

外部データとの連携 •  DrugBankとの統合 – SPARQL Endpoint – http://drugbank.bio2rdf.org/sparql – DrugBankのRDFには，CAS numberが振られていなかったので調べて一つ一つ振っていった •  web版のDrugBankにはCAS numberが存在する，ライセンスの影響か

15

• 当初トリプルストアに保存したCAS numberをURLに変更 –  例：1119-34-2 →http://bio2rdf.org/cas:1119-34-2

•  CAS numberとdrugbankの番号をマッピング

16

@prefix  b2r:  <h1p://bio2rdf.org/>  .  @prefix  drugbank:      <h1p://bio2rdf.org/drugbank:>  .    <h1p://bio2rdf.org/cas:10238-­‐21-­‐8>  b2r:x-­‐drugbank      drugbank:DB01016.  

SPARQL クエリ

17

実行結果

18

RDF関連の今後の予定 • 特許のデータとの統合 • 希少疾病用医薬品のRDFにICD10を付与

• 難病研究資源バンクのデータのRDF化 •  SPARQL Endpointの調査 – EBI関連, MGI, Clinical Trials

19

今後の予定 • 次回 – 9月19日（金）or 26日（金）or ?

• トーゴーの日 – 10月５日（日）？　

•  BioHackathon 2014 – 11月９日（日）～14日（金）

• 分子生物学会 – 11月25日（火）～27日（木）

20