2014/7/24

第34回統合DBミーティング Integrated MTG in NIBIO

2014/07/24 1

本日の予定 •  Sagace

–  アクセス解析 –  分生のブースタイトル決め –  新規ファセット項目“学会”追加の是非について –  新規ファセット分類（医薬品）に追加するデータベースについて

–  日本国外のDBの追加について –  Sagace独自に追加するDBについて

•  医薬基盤研内のデータのRDF化 – 進捗報告・相談

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分生ブースタイトル • 候補 – 創薬・疾患研究のためのデータベース統合 – 創薬・疾患研究のためのビッグデータ探索

新規ファセット項目 “学会”追加の是非について

• ターゲットとなるユースケース – 大学・研究機関の研究者，製薬会社の医薬情報担当者

• モチベーション –  学会発表する研究者や，学会に出展する製薬企業の担当者が，過去の学会情報を検索して情報を得たい。

– 論文にはなっていないが，学会で発表された事項を調べたい。

新規ファセット項目 “学会”追加の是非について

•  インデックス済みのDB追加候補 –  学会名鑑

•  未インデックスのDB追加候補 –  国際医学会議一覧表 –  日本医学会　Onlineライブラリーシンポジウム –  日本医学会　Onlineライブラリーフォーラム –  一般財団法人　国際医学情報センター　学会情報データベース –  UMIN-学会集会の一覧 –  日経メディカルオンラインー学会カレンダー

•  懸念事項 –  独自のインデックスを作る必要がありそう。ただ，医薬系に絞ってしまえば，こちらで対応可能である。

新規ファセット分類（医薬品）に追加するデータベースについて • 実際の結果をみてから判断したほうがよいのでは？ – 内部版のみファセット分類と項目変更 – メンバーの意見を伺う（特に今週1週間） – 適宜修正，更新

日本国外のDB追加について •  NBDCでインデックス済みの英語DB – Gene(Entrez Gene Human) – Gene(Entrez Gene Mouse) – UniProt(The Universal Protein Resource) – Gene Wiki Wikiproject（MCB）

Sagaceに独自に追加するDBについて

• 日本遺伝子診療学会　ガイドライン集 • 災害時　心の情報支援センター • 緊急被ばく医療研修

進捗報告 •  JSON-LDクローラーの作成 •  実験医学の原稿の作成 – Sagace – Google等の検索Tips（http://bit.ly/1upkuE3）

•  分子生物学会のブース要旨，トーゴーの日ポスター要旨の作成

•  新規追加対象DBの調査 – 小児医療のリンク集 – バイオバンク

医薬基盤研内のデータのRDF化 •  アプリケーション実装に向けて，疾患モデル小動物研究室の研究員の方々とMTG – 外部のDB連携より，基盤研内部のデータを参照できる方が，エンドユーザーには良いのでは？とのご提案

– 内部全てのDBをRDFにするにはコストがかかる –  RDFを使用してのデータベース統合としての利点を示すにはそれだけでは不十分？

提案 • 実験動物研究資源バンクの各エントリをベースとし，それに関連する基盤研内外のデータを参照データとして示していく。

目的・意識すること •  RDFとSPARQLによるデータベース統合の意義を示す – 外部DBのSPARQLエンドポイントから実験動物に関連する情報の取得

– 基盤研内部のDBのRDF化と実験動物に関連する情報の取得

• 実際に研究に役立つアプリケーション • 恒久的に更新される体制

基盤研外部 基盤研外部

基盤研内部

今後の予定 • 次回 – 8月22日（金）or 29日（金）or ?

• トーゴーの日 – 10月５日（日）？　

•  BioHackathon 2014 – 11月９日（日）～14日（金）

• 分子生物学会 – 11月25日（火）～27日（木）